BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-080G20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,483,829 - 130,657,823
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3, EG628847
Downstream geneNrp1, LOC668494, Itgb1, LOC100042659, LOC100042667, Ccdc7, 1700008F21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-080G20.bB6Ng01-080G20.g
ACCDH895570DH895571
length1,160698
definitionDH895570|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G20, 5' end.DH895571|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-080G20, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,656,664 - 130,657,823)(130,483,829 - 130,484,525)
sequence
gaattccaagggcatctaaggaaacatccaggtctttgtgtcacaggaca
aagaactgtaccagagatacacagctaaaaataaatacagagacatatta
ttaccctagaacccataggggctcctgaacttggataggtgtatactcca
gtgcattggccaagtcccatgagcctttgtagatacatacagatcaccat
ctctcttatgtgtactccttcagctctgcttgggggatgttctatttgtt
agacatagcccaggtgaggagaggtctatattcatgctttgtcacctagc
tttcagttgttatttttgatgccactctctactctcctgctgcagcagca
ccttcatatcaatgtcaatggtgaccgtgatggtgtgggctccattttca
ttttgatgacttatgtcttttcccctttagtctgacatggaactctgtag
atggcacaatttcatttaagtgaaaaatctagtacactccaaagtgttct
cctccttctgggaggagcccagtcaatataattctctctgtatgggattg
atagatgggtgacccctaactggccttgacaaccaaagaagagaattaca
ggtgatttgtgataggaaagactgattggagggaacaatgtcctccccaa
atccttttttgttgtatttgtgacagatacctatttctgatgagacactt
gtctttttaaaagtccttccctttggtagcacggtgggcagcctatcagt
ctcacacaattctccatgaatacatctctttctttcctgggctccatggt
ttgtagtttgagaagctcttcagagttcaaggtcagctgtgagaagaaag
tagtaaagagaaagagccaatgcttccacttaattctgacctcagtcttc
aagtaaagtatttttagagcctttccgttatcagatgtccagaaaagaat
gttctcaagggtgagtgcacactatggtgactatccagggccaatgctag
aagctttatgggtaatcttcagacctctagataggatgagagcaatctaa
gggaggcaggagttgggaataaggttgagggtggataatgctgaaccttc
tcgaaagtcactggcttagctaggagaactctgtaggaaaagttgggaga
ttgtatggag
gaattccagcctgggaattctaggactcttacaaactacagcagatccta
catggcagggtccctggactgtgtgaaggagacacagcaagctcatagct
gcctgtgtgtatttgttgggcctgtgaccctctaaaactcatttgctgga
gtgatcacacagagggtttcagtatcatctgaaaatgaggtggttagccc
ttcttgctaccacaaaataccccaatctaagccacttacagaagggaggg
tctattttggcttagcatttgttatggtttgtatatgtttggcccagaga
gtggcactattaggaggtgtggtcttgttggaataggtgtgtcactgtgg
gcatgggctttaagaccttcatcctagctgtctggaagtcagtcttccac
tagcagccttcagatgaagatgctgaactctcacctctgcttgcaccatg
cctgcctggatactgccatgctcttgccttgataataattgactgaacct
ctgaagctgtaaaccattcccagttaaatttctttaaaacagttgccttg
gtcatggtttttgttcacagcagtaaaaccctgactaagacagtgtttga
gggtacagttcaccatggatgactagggcatggcagaagaagcatgaggc
agctggtcacatggcatccacagtcaccaatccgggaaaagatgaaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130656664_130657823
seq2: B6Ng01-080G20.b_35_1194 (reverse)

seq1  CTCCATTCAAATCTCCCACTTTCTCCTCCAGAGTTCCTCCT-GCTTAAAG  49
      |||||| | |||||||||  || |||| ||||||| ||||| |||  |||
seq2  CTCCATAC-AATCTCCCAACTTTTCCTACAGAGTT-CTCCTAGCT--AAG  46

seq1  CCAAGTGACTTTCGAGATAGCTCAGCATTATCCACCCTCAACC-TCTTCC  98
      || ||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| | ||||
seq2  CC-AGTGACTTTCGAGAAGGTTCAGCATTATCCACCCTCAACCTTATTCC  95

seq1  CAACTCCTTGCCTCCC-TAGATTGCTCTCATCCTATCTAGAAGTCTGAAG  147
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CAACTCC-TGCCTCCCTTAGATTGCTCTCATCCTATCTAGAGGTCTGAAG  144

seq1  ATTACCCCTAAAGCTTCTAGCATTGGCCCTGGATAGTCACCATAGTGTGC  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCCATAAAGCTTCTAGCATTGGCCCTGGATAGTCACCATAGTGTGC  194

seq1  ACTCACCCTTGAGAACATTCTTTTCTGGACATCTGAATACGGGAAAGGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||
seq2  ACTCACCCTTGAGAACATTCTTTTCTGGACATCTG-ATAACGGAAAGGCT  243

seq1  CTAAAAATACTTTACCTGAAGACTGAGGTCAGAATTAAGTGGAAGCATTG  297
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATACTTTACTTGAAGACTGAGGTCAGAATTAAGTGGAAGCATTG  293

seq1  GCTCCTTCTCTTTACTACTTTCTTCTCACAGCTGACCTTG-ACTCTGAAG  346
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCTCTTTCTCTTTACTACTTTCTTCTCACAGCTGACCTTGAACTCTGAAG  343

seq1  AGCTTCTCAAACTAC-AACCATGGAGCCCAGGAAAG-AAGAGATGTATTC  394
      ||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGCTTCTCAAACTACAAACCATGGAGCCCAGGAAAGAAAGAGATGTATTC  393

seq1  ATGGAGAATTGTGTGAGACTGATAGGCTGCCCACCGTGCTACCAAAGGGA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGAATTGTGTGAGACTGATAGGCTGCCCACCGTGCTACCAAAGGGA  443

seq1  AGGACTTTTAAAAAGACAAGTGTCTCATCAG-AATAGGTATCTGTCACAA  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTTTAAAAAGACAAGTGTCTCATCAGAAATAGGTATCTGTCACAA  493

seq1  ATACAACAAAAAAGGATTTGGGGAGGACATTGTTCCCTCCAATCAGTCTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACAAAAAAGGATTTGGGGAGGACATTGTTCCCTCCAATCAGTCTT  543

seq1  TCCTATCACAAATCACCTGTAATTCTCTTCTTTGGTTGTCAAGGCCAGTT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCACAAATCACCTGTAATTCTCTTCTTTGGTTGTCAAGGCCAGTT  593

seq1  AGGGGTCACCCATCTATCAATCCCATACAGAGAGAATTATATTGACTGGG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCACCCATCTATCAATCCCATACAGAGAGAATTATATTGACTGGG  643

seq1  CTCCTCCCAGAAGGAGGAGAACACTTTGGAGTGTACTAGATTTTTCACTT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCCAGAAGGAGGAGAACACTTTGGAGTGTACTAGATTTTTCACTT  693

seq1  AAATGAAATTGTGCCATCTACAGAGTTCCATGTCAGACTAAAGGGGAAAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGAAATTGTGCCATCTACAGAGTTCCATGTCAGACTAAAGGGGAAAA  743

seq1  GACATAAGTCATCAAAATGAAAATGGAGCCCACACCATCACGGTCACCAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAAGTCATCAAAATGAAAATGGAGCCCACACCATCACGGTCACCAT  793

seq1  TGACATTGATATGAAGGTGCTGCTGCAGCAGGAGAGTAGAGAGTGGCATC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATTGATATGAAGGTGCTGCTGCAGCAGGAGAGTAGAGAGTGGCATC  843

seq1  AAAAATAACAACTGAAAGCTAGGTGACAAAGCATGAATATAGACCTCTCC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAACAACTGAAAGCTAGGTGACAAAGCATGAATATAGACCTCTCC  893

seq1  TCACCTGGGCTATGTCTAACAAATAGAACATCCCCCAAGCAGAGCTGAAG  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGGGCTATGTCTAACAAATAGAACATCCCCCAAGCAGAGCTGAAG  943

seq1  GAGTACACATAAGAGAGATGGTGATCTGTATGTATCTACAAAGGCTCATG  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACACATAAGAGAGATGGTGATCTGTATGTATCTACAAAGGCTCATG  993

seq1  GGACTTGGCCAATGCACTGGAGTATACACCTATCCAAGTTCAGGAGCCCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGGCCAATGCACTGGAGTATACACCTATCCAAGTTCAGGAGCCCC  1043

seq1  TATGGGTTCTAGGGTAATAATATGTCTCTGTATTTATTTTTAGCTGTGTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGGTTCTAGGGTAATAATATGTCTCTGTATTTATTTTTAGCTGTGTA  1093

seq1  TCTCTGGTACAGTTCTTTGTCCTGTGACACAAAGACCTGGATGTTTCCTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGTACAGTTCTTTGTCCTGTGACACAAAGACCTGGATGTTTCCTT  1143

seq1  AGATGCCCTTGGAATTC  1160
      |||||||||||||||||
seq2  AGATGCCCTTGGAATTC  1160

seq1: chr8_130483829_130484525
seq2: B6Ng01-080G20.g_72_769

seq1  GAATTCCAGCCTGGGAATTCTAGGACTCTTACAAACTACAGCAGATCCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCTGGGAATTCTAGGACTCTTACAAACTACAGCAGATCCTA  50

seq1  CATGGCAGGGTCCCTGGACTGTGTGAAGGAGACACAGCAAGCTCATAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCAGGGTCCCTGGACTGTGTGAAGGAGACACAGCAAGCTCATAGCT  100

seq1  GCCTGTGTGTATTTGTTGGGCCTGTGACCCTCTAAAACTCATTTGCTGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGTGTGTATTTGTTGGGCCTGTGACCCTCTAAAACTCATTTGCTGGA  150

seq1  GTGATCACACAGAGGGTTTCAGTATCATCTGAAAATGAGGTGGTTAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGATCACACAGAGGGTTTCAGTATCATCTGAAAATGAGGTGGTTAGCCC  200

seq1  TTCTTGCTACCACAAAATACCCCAATCTAAGCCACTTACAGAAGGGAGGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGCTACCACAAAATACCCCAATCTAAGCCACTTACAGAAGGGAGGG  250

seq1  TCTATTTTGGCTTAGCATTTGTTATGGTTTGTATATGTTTGGCCCAGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTTTGGCTTAGCATTTGTTATGGTTTGTATATGTTTGGCCCAGAGA  300

seq1  GTGGCACTATTAGGAGGTGTGGTCTTGTTGGAATAGGTGTGTCACTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCACTATTAGGAGGTGTGGTCTTGTTGGAATAGGTGTGTCACTGTGG  350

seq1  GCATGGGCTTTAAGACCTTCATCCTAGCTGTCTGGAAGTCAGTCTTCCAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGCTTTAAGACCTTCATCCTAGCTGTCTGGAAGTCAGTCTTCCAC  400

seq1  TAGCAGCCTTCAGATGAAGATGCTGAACTCTCACCTCTGCTTGCACCATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAGCCTTCAGATGAAGATGCTGAACTCTCACCTCTGCTTGCACCATG  450

seq1  CCTGCCTGGATACTGCCATGCTCTTGCCTTGATAATAATTGACTGAACCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGGATACTGCCATGCTCTTGCCTTGATAATAATTGACTGAACCT  500

seq1  CTGAAGCTGTAAACCATTCCCAGTTAAATTTCTTTAAAACAGTTGCCTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAGCTGTAAACCATTCCCAGTTAAATTTCTTTAAAACAGTTGCCTTG  550

seq1  GTCATGGTTTTTGTTCACAGCAGTAAAACCCTGACTAAGACAGTGTTTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGGTTTTTGTTCACAGCAGTAAAACCCTGACTAAGACAGTGTTTGA  600

seq1  GGGTACAGTTCACCATGGATGACTAGGGCATGGCAGAAGAAGCATGAGGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTACAGTTCACCATGGATGACTAGGGCATGGCAGAAGAAGCATGAGGC  650

seq1  AGCTGGTCACATGGCATCCACAGTCACGAATCAGGG-AAAGATGAACA  697
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||
seq2  AGCTGGTCACATGGCATCCACAGTCACCAATCCGGGAAAAGATGAACA  698