BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-081B05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 40,503,416 - 40,614,333
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC434304
Upstream geneTusc3, LOC100038974, LOC632066, EG621335
Downstream geneMsr1, EG621431, LOC100039072, LOC666959, EG632166, Fgf20, 2900075B16Rik, Zdhhc2, Cnot7, Vps37a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-081B05.bB6Ng01-081B05.g
ACCDH896029DH896030
length1,180791
definitionDH896029|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B05, 5' end.DH896030|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-081B05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,613,145 - 40,614,333)(40,503,416 - 40,504,156)
sequence
gaattctattttagtacacaagagagtaaggcacattgaagtggaataaa
ttgttagcggttggtggtggtggttgaacagagtaaagtaattttatctt
ttgactaggaaacagcttgtaagaatgtctcagcttttataatctttcaa
gtggttcgttcatttgatcccctgataatgaatactaattcataagaaaa
ctgaccagaggagcagaatacacataaagatgcttgaggaatgcacagac
actgagaagaccaccattttaataatgaagacagctctgtgctaatctgc
attaccagttttacaagattaatattggtatcatttttaaacagtgtgta
taaactcttcaaaccataaatttagtagtcactgatgaataatctataaa
agcataacttaccttgaagccataatgttcgaaaattgcagaacaaattt
aaataaagatagataactttagggaggccaagagaaaccaagtttcagag
atgaaacaaaatttcaatatttaaggacctgattacttatctctcaggag
gctaagctgccatctgaactggcataagattttctggcttccagatggcc
tgggaagagattagcaagcgttcctatagtatttcacttccacttggaat
attatgtggttttacctccctttaaacatcctgtactaagaaatttccct
ccaaagtggaaggttttaatcttagaggaagctactatacagtaactcta
gacggattaagattcctgggaatatcatatctggagaaagagtttttgga
aagcttttgtttgaagttatggagtctgctcacgagcaggtactcatcat
taggtggaactgacatcagattcttgtaaagaatgaaaatcaaaatttaa
tatccagcatactcacaatcttaaatgtcttcagttttctagggtttaca
atataatgtttaataaattgaactctgcttatatataaacataccttgaa
aatacctttagtcccattgtgtgtatctcaccacatctttatgacctgaa
tagtggtggcctatataggagtgtccaattaagtccgtggtaaatacccg
aagtggtggcgcacttatagggaagaaattgacaatatttaatgctttga
atattttaatggatgtgtacctaatttccc
gaattctctgctatcctagtaggtagtctgatgcctaagagtctgacctg
ttaccaagtgtcccttttgcaacaaccgtatttatgttggtggatactcg
tatggatgtttgatttatgtccagtttacttcttcctgtgagaccctatc
gaagaagactgtgacttgaaaaattcaaacatgttgcacatgaaagacac
aatgagtagatgaagctgaaattcacaaaagtaaggatgtttgtaactca
ggagtctgctaaggtcagagatgcagacaataagccatcatgacatatgg
cagtggcaaggaactcaacagtgagttgtgggggggaatgaaatgggcca
ttattaacggccataagagttttcagtttgctttcctgtggagattgaag
agtccctatttcgaaggaattcaagcaaagagggggatttccttgtgtaa
gtcaagttgtgaagtagaattcctcgaactcatcaagtgttggacttcct
aagaggaagaacaattagcatataccataaataaccatgcatgtttgaag
aaaccaatgctgatgccatacaacttgattttaaaccactaaatcctaaa
attttataccagtcaagaacattataaaaattattttatggagccaccaa
gaaggctctgtgtataaagggcactttgacaacaagcccgacgagtttaa
caacttggacctaaatgattggaaggaaaaaaactgacttgtacatgtga
taccatagtatgaacacacctaacactacccattgcataca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_40613145_40614333
seq2: B6Ng01-081B05.b_46_1225 (reverse)

seq1  GGGAAATTTAGAGTCACACACATCCATTTAAATAATTTCAAAGCATTTAA  50
      |||||| |||| ||   ||||||||||| |||||  ||||||||| ||||
seq2  GGGAAA-TTAG-GT---ACACATCCATTAAAATA--TTCAAAGCA-TTAA  42

seq1  ATA-TGTCCATATTCTTCCCTATAAGGCTGCGGCCACAC-TCGTGTATCT  98
      ||| |||| || ||||||||||||||  |||| |  ||| ||| |||| |
seq2  ATATTGTCAAT-TTCTTCCCTATAAG--TGCGCCACCACTTCGGGTATTT  89

seq1  ACCACGTGCTT-ATTGGACACCTCC--TATAGGCCACCACTATTCTAGGT  145
      ||||||  ||| |||||||| ||||  |||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCACGGACTTAATTGGACA-CTCCTATATAGGCCACCACTATTC-AGGT  137

seq1  CATAAAGATGTGGTTGAGATACACACAATGGGACTAAAGGTATTTTCAAG  195
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGATGTGG-TGAGATACACACAATGGGACTAAAGGTATTTTCAAG  186

seq1  GTATGTTTATATATAAGCAGAGTTCAATTTATTAAACATTATATTGTATA  245
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTATGTTTATATATAAGCAGAGTTCAATTTATTAAACATTATATTGTAAA  236

seq1  CCCTAGAAAACTGAAGACATTTAAGATTGTGAGTATGCTTGATATTAAAT  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  CCCTAGAAAACTGAAGACATTTAAGATTGTGAGTATGCTGGATATTAAAT  286

seq1  TTTGATTTTCATTCTTTGACAGATGCTGATGTCAGTTCCACCTAATGATG  345
      |||||||||||||||||   |||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTTTCATTCTTTACAAGAATCTGATGTCAGTTCCACCTAATGATG  336

seq1  AGTACCTGCTCGTGAGCAGACTCCATAACTTCAAACAAAAGCTTTCCAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTGCTCGTGAGCAGACTCCATAACTTCAAACAAAAGCTTTCCAAA  386

seq1  AACTCTTTCTCCAGATATGATATTCCCAGGAATCTTAATCCGTCTAGAGT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTTTCTCCAGATATGATATTCCCAGGAATCTTAATCCGTCTAGAGT  436

seq1  TACTGTATAGTAGCTTCCTCTAAGATTAAAACCTTCCACTTTGGAGGGAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTATAGTAGCTTCCTCTAAGATTAAAACCTTCCACTTTGGAGGGAA  486

seq1  ATTTCTTAGTACAGGATGTTTAAAGGGAGGTAAAACCACATAATATTCCA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTTAGTACAGGATGTTTAAAGGGAGGTAAAACCACATAATATTCCA  536

seq1  AGTGGAAGTGAAATACTATAGGAACGCTTGCTAATCTCTTCCCAGGCCAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGTGAAATACTATAGGAACGCTTGCTAATCTCTTCCCAGGCCAT  586

seq1  CTGGAAGCCAGAAAATCTTATGCCAGTTCAGATGGCAGCTTAGCCTCCTG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGCCAGAAAATCTTATGCCAGTTCAGATGGCAGCTTAGCCTCCTG  636

seq1  AGAGATAAGTAATCAGGTCCTTAAATATTGAAATTTTGTTTCATCTCTGA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAAGTAATCAGGTCCTTAAATATTGAAATTTTGTTTCATCTCTGA  686

seq1  AACTTGGTTTCTCTTGGCCTCCCTAAAGTTATCTATCTTTATTTAAATTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGGTTTCTCTTGGCCTCCCTAAAGTTATCTATCTTTATTTAAATTT  736

seq1  GTTCTGCAATTTTCGAACATTATGGCTTCAAGGTAAGTTATGCTTTTATA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGCAATTTTCGAACATTATGGCTTCAAGGTAAGTTATGCTTTTATA  786

seq1  GATTATTCATCAGTGACTACTAAATTTATGGTTTGAAGAGTTTATACACA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATTCATCAGTGACTACTAAATTTATGGTTTGAAGAGTTTATACACA  836

seq1  CTGTTTAAAAATGATACCAATATTAATCTTGTAAAACTGGTAATGCAGAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAAAAATGATACCAATATTAATCTTGTAAAACTGGTAATGCAGAT  886

seq1  TAGCACAGAGCTGTCTTCATTATTAAAATGGTGGTCTTCTCAGTGTCTGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCACAGAGCTGTCTTCATTATTAAAATGGTGGTCTTCTCAGTGTCTGT  936

seq1  GCATTCCTCAAGCATCTTTATGTGTATTCTGCTCCTCTGGTCAGTTTTCT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTCCTCAAGCATCTTTATGTGTATTCTGCTCCTCTGGTCAGTTTTCT  986

seq1  TATGAATTAGTATTCATTATCAGGGGATCAAATGAACGAACCACTTGAAA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATTAGTATTCATTATCAGGGGATCAAATGAACGAACCACTTGAAA  1036

seq1  GATTATAAAAGCTGAGACATTCTTACAAGCTGTTTCCTAGTCAAAAGATA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATAAAAGCTGAGACATTCTTACAAGCTGTTTCCTAGTCAAAAGATA  1086

seq1  AAATTACTTTACTCTGTTCAACCACCACCACCAACCGCTAACAATTTATT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTTTACTCTGTTCAACCACCACCACCAACCGCTAACAATTTATT  1136

seq1  CCACTTCAATGTGCCTTACTCTCTTGTGTACTAAAATAGAATTC  1189
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCAATGTGCCTTACTCTCTTGTGTACTAAAATAGAATTC  1180

seq1: chr8_40503416_40504156
seq2: B6Ng01-081B05.g_116_862

seq1  GACCTGTTACCAAGTGTCCCTTTTGCAACAACCGTATTTATGTTGGTGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGTTACCAAGTGTCCCTTTTGCAACAACCGTATTTATGTTGGTGGA  50

seq1  TACTCGTATGGATGTTTGATTTATGTCCAGTTTACTTCTTCCTGTGAGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGTATGGATGTTTGATTTATGTCCAGTTTACTTCTTCCTGTGAGAC  100

seq1  CCTATCGAAGAAGACTGTGACTTGAAAAATTCAAACATGTTGCACATGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCGAAGAAGACTGTGACTTGAAAAATTCAAACATGTTGCACATGAA  150

seq1  AGACACAATGAGTAGATGAAGCTGAAATTCACAAAAGTAAGGATGTTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACACAATGAGTAGATGAAGCTGAAATTCACAAAAGTAAGGATGTTTGT  200

seq1  AACTCAGGAGTCTGCTAAGGTCAGAGATGCAGACAATAAGCCATCATGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAGGAGTCTGCTAAGGTCAGAGATGCAGACAATAAGCCATCATGAC  250

seq1  ATATGGCAGTGGCAAGGAACTCAACAGTGAGTTGTGGGGGGGAATGAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGCAGTGGCAAGGAACTCAACAGTGAGTTGTGGGGGGGAATGAAAT  300

seq1  GGGCCATTATTAACGGCCATAAGAGTTTTCAGTTTGCTTTCCTGTGGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCATTATTAACGGCCATAAGAGTTTTCAGTTTGCTTTCCTGTGGAGA  350

seq1  TTGAAGAGTCCCTATTTCGAAGGAATTCAAGCAAAGAGGGGGATTTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAGTCCCTATTTCGAAGGAATTCAAGCAAAGAGGGGGATTTCCTT  400

seq1  GTGTAAGTCAAGTTGTGAAGTAGAATTCCTCGAACTCATCAAGTGTTGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGTCAAGTTGTGAAGTAGAATTCCTCGAACTCATCAAGTGTTGGA  450

seq1  CTTCCTAAGAGGAAGAACAATTAGCATATACCATAAATAACCATGCATGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTAAGAGGAAGAACAATTAGCATATACCATAAATAACCATGCATGT  500

seq1  TTGAAGAAACCAATGCTGATGCCATACAACTTGATTTTAAACCACTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAGAAACCAATGCTGATGCCATACAACTTGATTTTAAACCACTAAAT  550

seq1  CCTAAAATTTAATACCAAGTCAAGAACATTATAAAAATTA-TTTATGGAG  599
      |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CCTAAAATTTTATACC-AGTCAAGAACATTATAAAAATTATTTTATGGAG  599

seq1  CCACCAAGAAGGCTCTGTGTATAAA-GGCAC-TTGACAACAAGCCCGACG  647
      ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCACCAAGAAGGCTCTGTGTATAAAGGGCACTTTGACAACAAGCCCGACG  649

seq1  AGTTTAACAACTTGGACCTAAATGA-TGGAAGG-AAAAAACTGACTTGTA  695
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGTTTAACAACTTGGACCTAAATGATTGGAAGGAAAAAAACTGACTTGTA  699

seq1  CATGTGATACCATAGTATGAACACA-CTAACACTA-CCATTGCATACA  741
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CATGTGATACCATAGTATGAACACACCTAACACTACCCATTGCATACA  747