BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-082C05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 124,677,121 - 124,834,967
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGm22, Zfpm1
Upstream gene1700018B08Rik, Fbxo31, Map1lc3b, Zcchc14, Jph3, Klhdc4, Slc7a5, BC048644, Car5a, Banp
Downstream geneTrhr2, 5830416A07Rik, Il17c, Cyba, Mvd, Snai3, Rnf166, 2310061F22Rik, Cdt1, Aprt, Galns, Trappc2l, Pabpnl1, Cbfa2t3h, C230057M02Rik, A530010L16Rik, BC021611, LOC100043225, Cdh15, Ankrd11, Spg7, Rpl13, Cpne7, Sult5a1, LOC100043251, Dpep1, Chmp1a, 4732415M23Rik, Cdk10, Spata2L, 1300018I17Rik, Zfp276, Fanca
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-082C05.bB6Ng01-082C05.g
ACCDH896784DH896785
length1,1291,104
definitionDH896784|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082C05, 5' end.DH896785|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-082C05, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,677,121 - 124,678,256)(124,833,858 - 124,834,967)
sequence
gaattcaaaggagaaagactagctgagcacaagtgtttacctctccactt
cttgctggtggacgccatgtgtgaccagctccctcacactgctgtcacct
cctactgctgtgccttccccatcacgatggactgcatcctccaaccagga
gcctaaataaacccttccttccgtaagtcacgtcagggattctgtcagag
caacagggaggacccgacaacctgtggcctcgccggggctttccctcttc
actgctaatgggttcttttgttttcttgttgagtttcaagtcatgctttt
ggcgaggcgtaatgttcgttggcaattcaagatcatgtctgtgtcctctg
ctgttggcttccaggtatataccttagcattttatagtaagttcatggcc
catctcaggttgatcgtgtcacactgtggggtggccccctgagctctgtc
ccttcaacactgcaccattataatcatgcagacctgtggcttctgaagcc
acattgagattccatcctttcgagctggggcattccggtgcttaggagcc
atattgctcagagcctctgtttttccttaatactcggctgcttttattat
tgattctcagtgattttgaaatattcaagaaaatctgttgggttcccgta
aatttgaagccactggtgtagtctcatgtgttccaagtaccctgtcctcc
ttgggtgggcatgaacagagacctcaggagcctcgaaagctgtctgtgac
ccatgtttgtgagacttggtgtcaaaccctgcttacccagcagatgcagg
acaaaggcaacggagaagctctcacaccaccaggaccccagagtttgcag
ttcctctggctataagcttacaaatgtccattcatcagctttgagatggg
gtctcagtagcccaggctggccttaaactctgtataccagaggatgggcg
tgaacttgacttctgcttctctgcttcgagtacggttacctggtttgtgg
gtcctgggggtttgggacccaggcttgtgcatgctagacaagtactcgcc
aaagaagccggccacatcctgagtcctatggtgttactttaaggagctga
gtcacccaggcactgggaaagccactgta
gaattcagccgcgagctgagggaagcccagcttggggctcaacctgggga
aagtttgtgtagagttcagctctggaccagagtggtctgtggcccatcag
gcccagggtgtgtccctgctgtgcctcagggacacataagccctcccggc
tcaatcccctcacctgctgggcccaaatccacaggccctgggctaccacc
tctctactcccgcctccttagactcatggactgttctggctccaagtcct
ctggaccttgcatgcattcctttcttgtgggctcccctctctggcacctc
aggcccatcgtggtcaccctcagcctgcagagccccgagcagggccacct
gttttgtgcacttacgggctttggtcacatgctctctgaagacactttcc
tggcatgctccttgggttttataatctacatagggctacaacattccctc
tgcccagaggagagtactgagaccacaccgtggggtcactgcaaagctgg
accctgggcagtgtgtggctatcagagctgcaaacatagcattgcctgtc
tgatgcagatgtaatagaaaatcagccacttagggggcttatgaacttgc
tcatacctccctgtgaggaaaaccaggctgtctagtggctgacaagttgg
aggccacaatgtctctccccatctctattttacagaccatgaaaccaagg
tcctgaggtcagtagtccattcctagacactccacaaagctaggctcctg
cctttcacagcagcagcatcaaagaagagtggccagtacccggcaagata
cagaactcttgacagtgggtgaaaactccactgtgaatgacccagactgt
ggagtgctaccatcactgagtaccagcagaggcagcaggagccagtgggc
agagacagaagcagagatgatagagatcatgacagtgatggtgatattgg
caccttggggtacactctaatgtgggtaagcagggagactattagttggg
tctgcaccatcagccaactgctccctgggcatccacacagattggaactc
gggcccagtcggggttctctgtagggggggggggctttttcctttttccc
attt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_124677121_124678256
seq2: B6Ng01-082C05.b_48_1176

seq1  GAATTCAAAGGAGAAAGACTAGCTGAGCACAAGTGTTTACCTCTCCACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGGAGAAAGACTAGCTGAGCACAAGTGTTTACCTCTCCACTT  50

seq1  CTTGCTGGTGGACGCCATGTGTGACCAGCTCCCTCACACTGCTGTCACCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGGTGGACGCCATGTGTGACCAGCTCCCTCACACTGCTGTCACCT  100

seq1  CCTACTGCTGTGCCTTCCCCATCACGATGGACTGCATCCTCCAACCAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTGCTGTGCCTTCCCCATCACGATGGACTGCATCCTCCAACCAGGA  150

seq1  GCCTAAATAAACCCTTCCTTCCGTAAGTCACGTCAGGGATTCTGTCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAATAAACCCTTCCTTCCGTAAGTCACGTCAGGGATTCTGTCAGAG  200

seq1  CAACAGGGAGGACCCGACAACCTGTGGCCTCGCCGGGGCTTTCCCTCTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAGGGAGGACCCGACAACCTGTGGCCTCGCCGGGGCTTTCCCTCTTC  250

seq1  ACTGCTAATGGGTTCTTTTGTTTTCTTGTTGAGTTTCAAGTCATGCTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTAATGGGTTCTTTTGTTTTCTTGTTGAGTTTCAAGTCATGCTTTT  300

seq1  GGCGAGGCGTAATGTTCGTTGGCAATTCAAGATCATGTCTGTGTCCTCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGAGGCGTAATGTTCGTTGGCAATTCAAGATCATGTCTGTGTCCTCTG  350

seq1  CTGTTGGCTTCCAGGTATATACCTTAGCATTTTATAGTAAGTTCATGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTGGCTTCCAGGTATATACCTTAGCATTTTATAGTAAGTTCATGGCC  400

seq1  CATCTCAGGTTGATCGTGTCACACTGTGGGGTGGCCCCCTGAGCTCTGTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCAGGTTGATCGTGTCACACTGTGGGGTGGCCCCCTGAGCTCTGTC  450

seq1  CCTTCAACACTGCACCATTATAATCATGCAGACCTGTGGCTTCTGAAGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCAACACTGCACCATTATAATCATGCAGACCTGTGGCTTCTGAAGCC  500

seq1  ACATTGAGATTCCATCCTTTCGAGCTGGGGCATTCCGGTGCTTAGGAGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGAGATTCCATCCTTTCGAGCTGGGGCATTCCGGTGCTTAGGAGCC  550

seq1  ATATTGCTCAGAGCCTCTGTTTTTCCTTAATACTCGGCTGCTTTTATTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCTCAGAGCCTCTGTTTTTCCTTAATACTCGGCTGCTTTTATTAT  600

seq1  TGATTCTCAGTGATTTTGAAATATTCAAGAAAATCTGTTGGGTTCCCGTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTCTCAGTGATTTTGAAATATTCAAGAAAATCTGTTGGGTTCCCGTA  650

seq1  AATTTGAAGCCACTGGTGTAGTCTCATGTGTTCCAAGTACCCTGTCCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAAGCCACTGGTGTAGTCTCATGTGTTCCAAGTACCCTGTCCTCC  700

seq1  TTGGGTGGGCATGAACAGAGACCTCAGGAGCCTCGAAAGCTGTCTGTGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTGGGCATGAACAGAGACCTCAGGAGCCTCGAAAGCTGTCTGTGAC  750

seq1  CCATGTTTGTGAGACTTGGTGTCAAACCCTGCTTACCCAGCAGATGCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGTTTGTGAGACTTGGTGTCAAACCCTGCTTACCCAGCAGATGCAGG  800

seq1  ACAAAGGCAACGGAGAAGCTCTCACACCACCAGGACCCCAGAGTTTGCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGGCAACGGAGAAGCTCTCACACCACCAGGACCCCAGAGTTTGCAG  850

seq1  TTCCTCTGGCTATAAGCTTACAAATGTCCATTCATCAGCTTTGAGATGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTGGCTATAAGCTTACAAATGTCCATTCATCAGCTTTGAGATGGG  900

seq1  GTCTCAGGTAGCCCAGGCTGGCCTTAAACTCTGTATACCAGAGGATGGCC  950
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCTCA-GTAGCCCAGGCTGGCCTTAAACTCTGTATACCAGAGGATGGGC  949

seq1  GTGAACTTGACTTCTGCTTCTCCTGCCTTCGAGTACCGGTTACCTGGTTT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  GTGAACTTGACTTCTGCTTCT-CTG-CTTCGAGTA-CGGTTACCTGGTTT  996

seq1  GTGGGTCCT-GGGGTTTGGGACCCCAGGCTTTGTGCATGCTAGACAAGTA  1049
      ||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTCCTGGGGGTTTGGGA-CCCAGGC-TTGTGCATGCTAGACAAGTA  1044

seq1  CTCGCCCAAAGAAGCCGGCCACATCCTGAGTCCTAATGTGTTACTTTAAG  1099
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||
seq2  CTCG-CCAAAGAAGCCGGCCACATCCTGAGTCCTATGGTGTTACTTTAAG  1093

seq1  GAGCTGGAGTCACCCA-GCACTGGGGACAGCCACTGTA  1136
      ||||| |||||||||| ||||| |||| ||||||||||
seq2  GAGCT-GAGTCACCCAGGCACT-GGGAAAGCCACTGTA  1129

seq1: chr8_124833858_124834967
seq2: B6Ng01-082C05.g_70_1173 (reverse)

seq1  AAATGGGAAAAAGAAAAAAGGCACCCCCCCCT-CAAGGAACCCCGACTTG  49
      ||||||||||||| |||||| | ||||||||| ||  |||||||||| ||
seq2  AAATGGGAAAAAGGAAAAAGCCCCCCCCCCCTACAGAGAACCCCGAC-TG  49

seq1  GCCCCGAGTTCCAATGCTGTGGTGATGCCCA-GGAGCAGTTGGCTGACTG  98
      | ||||||||||||| |||||  |||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  GGCCCGAGTTCCAAT-CTGTGTGGATGCCCAGGGAGCAGTTGGCTGA-TG  97

seq1  CTGCAGACCCAACT-ATAGTCTTCCTTGCTTTACCCACACTAGAGTGTAC  147
       ||||||||||||| |||||| ||| ||| ||||||||| ||||||||||
seq2  GTGCAGACCCAACTAATAGTC-TCCCTGC-TTACCCACATTAGAGTGTAC  145

seq1  CCCAAGGTTGCCAATATCACCATCACTGTCATGATCTCCTATCATCTCCT  197
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||
seq2  CCCAAGG-TGCCAATATCACCATCACTGTCATGATCT-CTATCATCT-CT  192

seq1  GCTTCTGTCTCTGCCC-CTGGCTCCCTGCTGCCTCTGCCTGGTACTCAGT  246
      |||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCTTCTGTCTCTGCCCACTGGCT-CCTGCTGCCTCTG-CTGGTACTCAGT  240

seq1  GATGGTAGCACTCCACAGTCTGGGTCATTCACAGTGGAGTTTTCACCCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTAGCACTCCACAGTCTGGGTCATTCACAGTGGAGTTTTCACCCAC  290

seq1  TGTCAAGAGTTCTGTATCTTGCCGGGTACTGGCCACTCTTCTTTGATGCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGAGTTCTGTATCTTGCCGGGTACTGGCCACTCTTCTTTGATGCT  340

seq1  GCTGCTGTGAGAGGCAGGAGCCTAGCTTTGTGGAGTGTCTAGGAATGGAC  396
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTGTGAAAGGCAGGAGCCTAGCTTTGTGGAGTGTCTAGGAATGGAC  390

seq1  TACTGACCTCAGGACCTTGGTTTCATGGTCTGTAAAATAGAGATGGGGAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGACCTCAGGACCTTGGTTTCATGGTCTGTAAAATAGAGATGGGGAG  440

seq1  AGACATTGTGGCCTCCAACTTGTCAGCCACTAGACAGCCTGGTTTTCCTC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGTGGCCTCCAACTTGTCAGCCACTAGACAGCCTGGTTTTCCTC  490

seq1  ACAGGGAGGTATGAGCAAGTTCATAAGCCCCCTAAGTGGCTGATTTTCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGAGGTATGAGCAAGTTCATAAGCCCCCTAAGTGGCTGATTTTCTA  540

seq1  TTACATCTGCATCAGACAGGCAATGCTATGTTTGCAGCTCTGATAGCCAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATCTGCATCAGACAGGCAATGCTATGTTTGCAGCTCTGATAGCCAC  590

seq1  ACACTGCCCAGGGTCCAGCTTTGCAGTGACCCCACGGTGTGGTCTCAGTA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCCCAGGGTCCAGCTTTGCAGTGACCCCACGGTGTGGTCTCAGTA  640

seq1  CTCTCCTCTGGGCAGAGGGAATGTTGTAGCCCTATGTAGATTATAAAACC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCTCTGGGCAGAGGGAATGTTGTAGCCCTATGTAGATTATAAAACC  690

seq1  CAAGGAGCATGCCAGGAAAGTGTCTTCAGAGAGCATGTGACCAAAGCCCG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAGCATGCCAGGAAAGTGTCTTCAGAGAGCATGTGACCAAAGCCCG  740

seq1  TAAGTGCACAAAACAGGTGGCCCTGCTCGGGGCTCTGCAGGCTGAGGGTG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGCACAAAACAGGTGGCCCTGCTCGGGGCTCTGCAGGCTGAGGGTG  790

seq1  ACCACGATGGGCCTGAGGTGCCAGAGAGGGGAGCCCACAAGAAAGGAATG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACGATGGGCCTGAGGTGCCAGAGAGGGGAGCCCACAAGAAAGGAATG  840

seq1  CATGCAAGGTCCAGAGGACTTGGAGCCAGAACAGTCCATGAGTCTAAGGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCAAGGTCCAGAGGACTTGGAGCCAGAACAGTCCATGAGTCTAAGGA  890

seq1  GGCGGGAGTAGAGAGGTGGTAGCCCAGGGCCTGTGGATTTGGGCCCAGCA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCGGGAGTAGAGAGGTGGTAGCCCAGGGCCTGTGGATTTGGGCCCAGCA  940

seq1  GGTGAGGGGATTGAGCCGGGAGGGCTTATGTGTCCCTGAGGCACAGCAGG  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGAGGGGATTGAGCCGGGAGGGCTTATGTGTCCCTGAGGCACAGCAGG  990

seq1  GACACACCCTGGGCCTGATGGGCCACAGACCACTCTGGTCCAGAGCTGAA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACCCTGGGCCTGATGGGCCACAGACCACTCTGGTCCAGAGCTGAA  1040

seq1  CTCTACACAAACTTTCCCCAGGTTGAGCCCCAAGCTGGGCTTCCCTCAGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACACAAACTTTCCCCAGGTTGAGCCCCAAGCTGGGCTTCCCTCAGC  1090

seq1  TCGCGGCTGAATTC  1110
      ||||||||||||||
seq2  TCGCGGCTGAATTC  1104