BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-083A17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 121,464,531 - 121,657,018
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCdh13
Upstream genenone
Downstream geneHsbp1, Mlycd, Osgin1, Efcbp2, Gm587, Mbtps1, Hsdl1, Lrrc50, Taf1c, EG628061, 4930403J07Rik, Kcng4, Wfdc1, Atp2c2, 4632415K11Rik, Cotl1, BC025816, Usp10, Crispld2, Zdhhc7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-083A17.bB6Ng01-083A17.g
ACCDH897416DH897417
length1,130892
definitionDH897416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083A17, 5' end.DH897417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-083A17, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(121,655,883 - 121,657,018)(121,464,531 - 121,465,423)
sequence
gaattccagcaatttcaatgatattcagtgcatgcttgtatcatctctct
agtggtaataggaactggtgtttttaggttgcttattggtgtcatgttct
agactggatgtggcctcagccttagttcataggtgttcaaaatttttgag
ccaggtgtgatggttaattttaattatcaacttgatacaacatggacttg
cctggaaagtgagtctcagtgaggaattatctaggttgggttggtctgtg
gggaactgtctttattgttagctgatggggaaggacctgaccaactatgg
gaggcaccatgacccagcccactgtggacagcgccattccctagttaggg
ggctcttgaacagtgtaagaaagaagaaagctggctgagagggagcaagc
aagtgttcacgcattcattctctttctgctcttaactatggacatgatgc
tctaagttcctgccttgacttccccaagattgtggactctaatctataac
tgtaaactgagatgaaactaggataccaggtgagtctattattctcaaac
aaggaaagtgcctcagtttccctaatctacctacaaagttagggatagat
gaagtttaaaaacatttccatattcccaagtgagttggtatttcatcact
gacaaaaccctgaagggaacagttgaaaagagaaaaggtctatttgggct
catggcttcagactgtggttggctgctacatggattcaaagtcaagatgc
agaaggtacaccacagcagcaggaagatacagcagaggctactcacagca
tggctgacagaaagcagattgatagattgacagatcaatagatcaataga
tagaacctactggggacagcaggcttccctatctgctgttactccatttg
gtgttcagccagtggtgctgggcacattcagggtcaatctctttcttagt
taattattccaggaacaacctaaaaacaagcaattgctctcagtccacca
tgttgaccagcgagatgagccaccacaccacagcactgccctgagactca
caaactttgtgtctctcagtttctcttcccccttgcttgcttgcttgctt
gaacagtatcaaagataaacaatggcctgg
gaattctgcagcctgtggaacgtagtgatctggaggcgagctgattgctc
tagacctgagagttagagccagagtatgcaagagggagagaagcaagtat
tgtagcagatgcatgggttgcatggagcagaggtggagtgcaaaggacat
cctgtgccgattcctgcaacaccatgactaggagaaagtggggtggtgtg
aatgacagccagggatgccccctgtgtgctaggctgtggaccctgctctg
agaacaaaggtgagaccaagggtagtgcatttgggtggagacacaaaggc
tcttaaaatgatgcccagagcatagaaggaagcccgctgtgaggaagggc
tagggggtacagctgtgtactcaggccctctgagtgcattcctcactcat
tccatctgcctttgtgctagagtatattgctttgggttgttcctgctaca
gtttaaatacctttgaaaccaaagtagcttgcatcaaccaggacttgtgt
ttctcatgggcatcttctttgattggccaagggtcatctgtgctgggcag
agttccagatgtttgggtcctggcatgttctacagcttcctccttctccc
tctacagccagctgcccagctctgagaacaaccctggcagttttatcccg
gagacaatttcactacgcagaatagaaagcaaagagttgctgctggcttc
ttaaacgtggaggccagcgaggctgctttaaaccagaaccggtatctcca
tcatcttagtcagggtttctattcctgcacaaacatcatgactaagaagc
agttggggaggaaagggtttattcagcttacacttcacattgttgttcat
cacaaaaggaagttaggactggaactcaagcaggtcacgaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_121655883_121657018
seq2: B6Ng01-083A17.b_40_1169 (reverse)

seq1  CCAGG-CATTGTTTATC-TTGATACTTTGTCTCCAAGCAAGCAAGCAAGC  48
      ||||| ||||||||||| |||||||    | | |||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCATTGTTTATCTTTGATAC----TGTTCAAGCAAGCAAGCAAGC  46

seq1  AAGGGGGAAGAGGAACTGAGAGACACAAAGTTTGTGAGTCTCAGGGGCAG  98
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGGGGAAGAGAAACTGAGAGACACAAAGTTTGTGAGTCTCA-GGGCAG  95

seq1  TGCTGTTGGTGTGGTGGCTCATCTCGCTGGTCAACATGGTTGGACTGAGA  148
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGCTG-TGGTGTGGTGGCTCATCTCGCTGGTCAACATGG-TGGACTGAGA  143

seq1  GCAATTGCTTGTTTTTAGGTTGTTTCCTGGAATAATTAACTAAGAAGGAG  198
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GCAATTGCTTGTTTTTAGGTTG-TTCCTGGAATAATTAACTAAGAAAGAG  192

seq1  ATTGACCCTGAATGTGGCCAGCACCACTGGCTGAACACCAAATGGAGTAA  248
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACCCTGAATGTGCCCAGCACCACTGGCTGAACACCAAATGGAGTAA  242

seq1  CAGCAGATAGGGAAGCCTGCTGTCCCCAGTAGGTTCTATCTATTGATCTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGATAGGGAAGCCTGCTGTCCCCAGTAGGTTCTATCTATTGATCTA  292

seq1  TTGATCTGTCAATCTATCAATCTGCTTTCTGTCAGCCATGCTGTGAGTAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCTGTCAATCTATCAATCTGCTTTCTGTCAGCCATGCTGTGAGTAG  342

seq1  CCTCTGCTGTATCTTCCTGCTGCTGTGGTGTACCTTCTGCATCTTGACTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGCTGTATCTTCCTGCTGCTGTGGTGTACCTTCTGCATCTTGACTT  392

seq1  TGAATCCATGTAGCAGCCAACCACAGTCTGAAGCCATGAGCCCAAATAGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCATGTAGCAGCCAACCACAGTCTGAAGCCATGAGCCCAAATAGA  442

seq1  CCTTTTCTCTTTTCAACTGTTCCCTTCAGGGTTTTGTCAGTGATGAAATA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTCTCTTTTCAACTGTTCCCTTCAGGGTTTTGTCAGTGATGAAATA  492

seq1  CCAACTCACTTGGGAATATGGAAATGTTTTTAAACTTCATCTATCCCTAA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTCACTTGGGAATATGGAAATGTTTTTAAACTTCATCTATCCCTAA  542

seq1  CTTTGTAGGTAGATTAGGGAAACTGAGGCACTTTCCTTGTTTGAGAATAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTAGGTAGATTAGGGAAACTGAGGCACTTTCCTTGTTTGAGAATAA  592

seq1  TAGACTCACCTGGTATCCTAGTTTCATCTCAGTTTACAGTTATAGATTAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCACCTGGTATCCTAGTTTCATCTCAGTTTACAGTTATAGATTAG  642

seq1  AGTCCACAATCTTGGGGAAGTCAAGGCAGGAACTTAGAGCATCATGTCCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCACAATCTTGGGGAAGTCAAGGCAGGAACTTAGAGCATCATGTCCA  692

seq1  TAGTTAAGAGCAGAAAGAGAATGAATGCGTGAACACTTGCTTGCTCCCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTAAGAGCAGAAAGAGAATGAATGCGTGAACACTTGCTTGCTCCCTC  742

seq1  TCAGCCAGCTTTCTTCTTTCTTACACTGTTCAAGAGCCCCCTAACTAGGG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCAGCTTTCTTCTTTCTTACACTGTTCAAGAGCCCCCTAACTAGGG  792

seq1  AATGGCGCTGTCCACAGTGGGCTGGGTCATGGTGCCTCCCATAGTTGGTC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGCGCTGTCCACAGTGGGCTGGGTCATGGTGCCTCCCATAGTTGGTC  842

seq1  AGGTCCTTCCCCATCAGCTAACAATAAAGACAGTTCCCCACAGACCAACC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCTTCCCCATCAGCTAACAATAAAGACAGTTCCCCACAGACCAACC  892

seq1  CAACCTAGATAATTCCTCACTGAGACTCACTTTCCAGGCAAGTCCATGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTAGATAATTCCTCACTGAGACTCACTTTCCAGGCAAGTCCATGTT  942

seq1  GTATCAAGTTGATAATTAAAATTAACCATCACACCTGGCTCAAAAATTTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCAAGTTGATAATTAAAATTAACCATCACACCTGGCTCAAAAATTTT  992

seq1  GAACACCTATGAACTAAGGCTGAGGCCACATCCAGTCTAGAACATGACAC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACACCTATGAACTAAGGCTGAGGCCACATCCAGTCTAGAACATGACAC  1042

seq1  CAATAAGCAACCTAAAAACACCAGTTCCTATTACCACTAGAGAGATGATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGCAACCTAAAAACACCAGTTCCTATTACCACTAGAGAGATGATA  1092

seq1  CAAGCATGCACTGAATATCATTGAAATTGCTGGAATTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCATGCACTGAATATCATTGAAATTGCTGGAATTC  1130

seq1: chr8_121464531_121465423
seq2: B6Ng01-083A17.g_66_957

seq1  GAATTCTGCAGCCTGTGGAACGTAGTGATCTGGAGGCGAGCTGATTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCAGCCTGTGGAACGTAGTGATCTGGAGGCGAGCTGATTGCTC  50

seq1  TAGACCTGAGAGTTAGAGCCAGAGTATGCAAGAGGGAGAGAAGCAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACCTGAGAGTTAGAGCCAGAGTATGCAAGAGGGAGAGAAGCAAGTAT  100

seq1  TGTAGCAGATGCATGGGTTGCATGGAGCAGAGGTGGAGTGCAAAGGACAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGCAGATGCATGGGTTGCATGGAGCAGAGGTGGAGTGCAAAGGACAT  150

seq1  CCTGTGCCGATTCCTGCAACACCATGACTAGGAGAAAGTGGGGTGGTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGCCGATTCCTGCAACACCATGACTAGGAGAAAGTGGGGTGGTGTG  200

seq1  AATGACAGCCAGGGATGCCCCCTGTGTGCTAGGCTGTGGACCCTGCTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGACAGCCAGGGATGCCCCCTGTGTGCTAGGCTGTGGACCCTGCTCTG  250

seq1  AGAACAAAGGTGAGACCAAGGGTAGTGCATTTGGGTGGAGACACAAAGGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAAAGGTGAGACCAAGGGTAGTGCATTTGGGTGGAGACACAAAGGC  300

seq1  TCTTAAAATGATGCCCAGAGCATAGAAGGAAGCCCGCTGTGAGGAAGGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAAATGATGCCCAGAGCATAGAAGGAAGCCCGCTGTGAGGAAGGGC  350

seq1  TAGGGGGTACAGCTGTGTACTCAGGCCCTCTGAGTGCATTCCTCACTCAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGGTACAGCTGTGTACTCAGGCCCTCTGAGTGCATTCCTCACTCAT  400

seq1  TCCATCTGCCTTTGTGCTAGAGTATATTGCTTTGGGTTGTTCCTGCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATCTGCCTTTGTGCTAGAGTATATTGCTTTGGGTTGTTCCTGCTACA  450

seq1  GTTTAAATACCTTTGAAACCAAAGTAGCTTGCATCAACCAGGACTTGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTAAATACCTTTGAAACCAAAGTAGCTTGCATCAACCAGGACTTGTGT  500

seq1  TTCTCATGGGCATCTTCTTTGATTGGCCAAGGGTCATCTGTGCTGGGCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCATGGGCATCTTCTTTGATTGGCCAAGGGTCATCTGTGCTGGGCAG  550

seq1  AGTTCCAGATGTTTGGGTCCTGGCATGTTCTACAGCTTCCTCCTTCTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCAGATGTTTGGGTCCTGGCATGTTCTACAGCTTCCTCCTTCTCCC  600

seq1  TCTACAGCCAGCTGCCCAGCTCTGAGAACAACCCTGGCAGTTTTATCCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGCCAGCTGCCCAGCTCTGAGAACAACCCTGGCAGTTTTATCCCG  650

seq1  GAGACAATTTCACTACGCAGAATAGAAAGCAAAGAGTTGCTGCTGGCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAATTTCACTACGCAGAATAGAAAGCAAAGAGTTGCTGCTGGCTTC  700

seq1  TTAAACGTGGAGGCCAGCGAGGCTGC-TTAAACCAGAACCGGTATCTCCA  749
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACGTGGAGGCCAGCGAGGCTGCTTTAAACCAGAACCGGTATCTCCA  750

seq1  TCATCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACTAAGAAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTTAGTCAGGGTTTCTATTCCTGCACAAACATCATGACTAAGAAGC  800

seq1  AAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCACATTGCTGTTC  849
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  -AGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTT-CACATTGTTGTTC  848

seq1  ATCACCAAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGAAG  893
      ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ATCACAAAAGGAAGTTAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCACGAAG  892