BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-088K18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 60,434,539 - 60,552,592
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040515, Hand2, Scrg1, Sap30, Hmgb2, LOC547012, Galnt7, LOC100040634, LOC100040711
Downstream gene4930431L04Rik, BC030500
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-088K18.bB6Ng01-088K18.g
ACCDH901462DH901463
length1,1201,151
definitionDH901462|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088K18, 5' end.DH901463|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-088K18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,434,539 - 60,435,667)(60,551,442 - 60,552,592)
sequence
gaattccagcccttccgacacggtgacctagatagtagcaattgcactgt
gaaacatctgctgtcagctgacatccacaaaatcttctgtgggttttggg
actcctctgtacgcatattctgtgttggctagtttttatgtcaacgtgac
acacagtaaggtcatgtaggaagaaaaatatcttaatcaggaaagttctt
ttataggattggcctgtaggtaagtgtgtagagtattttcttgattagtg
actcatgtgggatggctgagccccttgtgagtggtgccacccctgggcag
gtggtcttccctgctataagacagcaggctcacccagtacagagctaacc
agtaagcagccgccttggagtttcgattgctattatgaaacatcatggcc
caaagcaaacgggagaaaaggtttatttggcttacacttctgcatcattg
ttgaccacagaaggaagtcagggtatgaacgcaaacacagcaggaacctg
cagccaagagctagtgtagagatgatgtaggaatgttgcttcctgcttgc
tccttatggcttgctcggcctgctttctcacgatacccaaaatgactagc
ccatgatggtaccacttactatgggtaggctctgccacttactatggggt
attccctcccacaagcttgcctacagtctacctttatagaggcatttttt
ctcaactgaggttccctcttctcagatgtttataccttgtgtcaagttga
tgtaaaactgtccaagacaggaatgttcttccatgacctggggcatccct
tcctttgtccaggttcctgccttgaattcttgccctgagttgcctccatg
atgaactacaagttgtaagatgaaagaaagccctttcctccccaagttgc
ctttggtcatggtgtttctcacaatagaaaccctagcgaggacatagcct
ttctccactctttatccaaacatgtaattttatttacatcttacttttta
tttatcaattaaaaacctgataagtagtaattggtgtaatattgttggct
attgaaatccttctgaaatataaatgcacacacttgaaagggtttaagtt
cagcatgttactcctaccta
gaattcctttccatctcacagagttcacttatctttcttatgcctaagtt
catgctgccttctttacctgaaatgatcttatccttcaaactctttgtat
ctttaactgtgctcatttttccaatttgccactcacataccaaatcccct
ctgcaatttctcgctcactccagatgagagataattcattttcctttaaa
gaagaaattctcaaattcatgactttttcattgatgtgattgtcatatat
gcacatatcgtctctccctggctagaatataagattctgtcacatttaga
atatcgcctagcatatattagtcatttaactataatctatcttaaaattt
tagatgtgtaagggaaatgtcatgcatatttaacataaatagaagaaagg
aatgtgcaaaatcagaggtgaatacaaaatatctacaagaatgatgtact
cataattttaaccttcgtattaaaatatgacagcaagccatttagtcacg
gtcatgtacttagaatttagtcatttgctcagaattacacttatcctcat
ctcatgatcactcatggtaacctcaactgtcacagatgtcctaattgcca
aaatcataaactgagccaatatggcacctatgactggtctatggaaaatt
taaccccatttcagtatctctgtattcatttacctgtccatttatgctta
gagcaaaatctatttctgtgatatccagagacatgagaaataaggaagaa
gggatggctggaataatcaagacatcaaagttatcagatgttctgcccga
aatgcaaatatcccaaagaaggaataaatatctatcttgtcatacattgt
cttctatgtcctttaagtatccttgtctgtacatcctttacctaccacag
ttccatataccaagccagagtgaattccttttttatttctctggtttaaa
tttattttctatatcttactagacaactatttgttttactatgggatacc
tgattgccacaaatggagtaagaataaagagaagaattctggtttaggca
taagaatccttccccttttctttttgttcttgaagtcaattaagaggggc
agcattaaccatcctctgttccctcctgagaccctcagaaactctgcatc
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_60434539_60435667
seq2: B6Ng01-088K18.b_49_1168

seq1  GAATTCCAGCCCTTCCGACACGGTGACCTAGATAGTAGCAATTGCACTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCTTCCGACACGGTGACCTAGATAGTAGCAATTGCACTGT  50

seq1  GAAACATCTGCTGTCAGCTGACATCCACAAAATCTTCTGTGGGTTTTGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATCTGCTGTCAGCTGACATCCACAAAATCTTCTGTGGGTTTTGGG  100

seq1  ACTCCTCTGTACGCATATTCTGTGTTGGCTAGTTTTTATGTCAACGTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTCTGTACGCATATTCTGTGTTGGCTAGTTTTTATGTCAACGTGAC  150

seq1  ACACAGTAAGGTCATGTAGGAAGAAAAATATCTTAATCAGGAAAGTTCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTAAGGTCATGTAGGAAGAAAAATATCTTAATCAGGAAAGTTCTT  200

seq1  TTATAGGATTGGCCTGTAGGTAAGTGTGTAGAGTATTTTCTTGATTAGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGGATTGGCCTGTAGGTAAGTGTGTAGAGTATTTTCTTGATTAGTG  250

seq1  ACTCATGTGGGATGGCTGAGCCCCTTGTGAGTGGTGCCACCCCTGGGCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGTGGGATGGCTGAGCCCCTTGTGAGTGGTGCCACCCCTGGGCAG  300

seq1  GTGGTCTTCCCTGCTATAAGACAGCAGGCTCACCCAGTACAGAGCTAACC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTCTTCCCTGCTATAAGACAGCAGGCTCACCCAGTACAGAGCTAACC  350

seq1  AGTAAGCAGCCGCCTTGGAGTTTCGATTGCTATTATGAAACATCATGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGCAGCCGCCTTGGAGTTTCGATTGCTATTATGAAACATCATGGCC  400

seq1  CAAAGCAAACGGGAGAAAAGGTTTATTTGGCTTACACTTCTGCATCATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAAACGGGAGAAAAGGTTTATTTGGCTTACACTTCTGCATCATTG  450

seq1  TTGACCACAGAAGGAAGTCAGGGTATGAACGCAAACACAGCAGGAACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCACAGAAGGAAGTCAGGGTATGAACGCAAACACAGCAGGAACCTG  500

seq1  CAGCCAAGAGCTAGTGTAGAGATGATGTAGGAATGTTGCTTCCTGCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCAAGAGCTAGTGTAGAGATGATGTAGGAATGTTGCTTCCTGCTTGC  550

seq1  TCCTTATGGCTTGCTCGGCCTGCTTTCTCACGATACCCAAAATGACTAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTATGGCTTGCTCGGCCTGCTTTCTCACGATACCCAAAATGACTAGC  600

seq1  CCATGATGGTACCACTTACTATGGGTAGGCTCTGCCACTTACTATGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGATGGTACCACTTACTATGGGTAGGCTCTGCCACTTACTATGGGGT  650

seq1  ATTCCCTCCCACAAGCTTGCCTACAGTCTACCTTTATAGAGGCATTTTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCCTCCCACAAGCTTGCCTACAGTCTACCTTTATAGAGGCATTTTTT  700

seq1  CTCAACTGAGGTTCCCTCTTCTCAGATGTTTATACCTTGTGTCAAGTTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTGAGGTTCCCTCTTCTCAGATGTTTATACCTTGTGTCAAGTTGA  750

seq1  TGTAAAACTGTCCAAGACAGGAATGTTCTTCCATGACCT-GGGCATCCCT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGTAAAACTGTCCAAGACAGGAATGTTCTTCCATGACCTGGGGCATCCCT  800

seq1  TCCTTTGTCCAGGTTCCTGCCTTGAATTCTTGCCCTGAGTTGCCTCCATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTCCAGGTTCCTGCCTTGAATTCTTGCCCTGAGTTGCCTCCATG  850

seq1  ATGAACTACAAGTTGTAAGATGAAAGAAAGCCCTTTCCTCCCCAAGTTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTACAAGTTGTAAGATGAAAGAAAGCCCTTTCCTCCCCAAGTTGC  900

seq1  CTTTGGTCATGGTGTTTCCTCACAATAGAAACCCTAGCGAGGACATAGCC  949
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGTCATGGTGTTT-CTCACAATAGAAACCCTAGCGAGGACATAGCC  949

seq1  TTTCCTCCACTCTTTTATTCCAAACAATTGTTAATTTTTATTTACATCTT  999
      ||| |||||||||||   ||||||||  |||  | |||||||||||||||
seq2  TTT-CTCCACTCTTT--ATCCAAACA--TGT--AATTTTATTTACATCTT  992

seq1  ACTTTTTATTTATCAAATTAAAAAACCTGATAAGTAGTAATT-GTGT-AT  1047
      ||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| |||| ||
seq2  ACTTTTTATTTATCAA--TTAAAAACCTGATAAGTAGTAATTGGTGTAAT  1040

seq1  ATTGTTGGCTA-TGACATCC-TCTGAAATATACATGCACACACCTGAAAA  1095
      ||||||||||| ||| |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| 
seq2  ATTGTTGGCTATTGAAATCCTTCTGAAATATAAATGCACACACTTGAAA-  1089

seq1  GGGGTTTAAGTCAGGCATGTTAACTCACTACCTA  1129
       ||||||||||   ||||||| |||| |||||||
seq2  -GGGTTTAAGTTCAGCATGTT-ACTC-CTACCTA  1120

seq1: chr8_60551442_60552592
seq2: B6Ng01-088K18.g_70_1220 (reverse)

seq1  TGATGCAGAGTATCTG-GAGGCTCA-GAGGGGACAGAGGATGTGTTAATG  48
      ||||||||||| |||| | | |||| ||||| |||||||||| |||||||
seq2  TGATGCAGAGTTTCTGAGGGTCTCAGGAGGGAACAGAGGATG-GTTAATG  49

seq1  GCCTGCACCTC-TAATTGGCTTCAAGA--CAAGAGGATAGGGGAA-GATT  94
        |||| |||| |||||| ||||||||   || || | ||||||| ||||
seq2  --CTGCCCCTCTTAATTGACTTCAAGAACAAAAAGAAAAGGGGAAGGATT  97

seq1  CTTATGCCTAAACCAG-ATTCTTCCTCCTTTTATTCTTTACT-CATTTGT  142
      |||||||||||||||| |||||| |||  ||||||| ||||| |||||||
seq2  CTTATGCCTAAACCAGAATTCTT-CTC--TTTATTC-TTACTCCATTTGT  143

seq1  -GCAATCAGGTATCCCATAGTAAAACAAATAGTTGTCTAGTTAAGATATA  191
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GGCAATCAGGTATCCCATAGTAAAACAAATAGTTGTCTAG-TAAGATATA  192

seq1  GAAAATAAATTTAAAACCAGAGAAATAAAAAAGGAATTCACTCTGGCTTG  241
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAAATTT-AAACCAGAGAAATAAAAAAGGAATTCACTCTGGCTTG  241

seq1  GTATATGGAACTGTGGTAGGTAAAGGATGTACAGACAAGGATACTTAAAG  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGGAACTGTGGTAGGTAAAGGATGTACAGACAAGGATACTTAAAG  291

seq1  GACATAGAAGACAATGTATGACAAGATAGATATTTATTCCTTCTTTGGGA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGAAGACAATGTATGACAAGATAGATATTTATTCCTTCTTTGGGA  341

seq1  TATTTGCATTTCGGGCAGAACATCTGATAACTTTGATGTCTTGATTATTC  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGCATTTCGGGCAGAACATCTGATAACTTTGATGTCTTGATTATTC  391

seq1  CAGCCATCCCTTCTTCCTTATTTCTCATGTCTCTGGATATCACAGAAATA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATCCCTTCTTCCTTATTTCTCATGTCTCTGGATATCACAGAAATA  441

seq1  GATTTTGCTCTAAGCATAAATGGACAGGTAAATGAATACAGAGATACTGA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGCTCTAAGCATAAATGGACAGGTAAATGAATACAGAGATACTGA  491

seq1  AATGGGGTTAAATTTTCCATAGACCAGTCATAGGTGCCATATTGGCTCAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGGGTTAAATTTTCCATAGACCAGTCATAGGTGCCATATTGGCTCAG  541

seq1  TTTATGATTTTGGCAATTAGGACATCTGTGACAGTTGAGGTTACCATGAG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGATTTTGGCAATTAGGACATCTGTGACAGTTGAGGTTACCATGAG  591

seq1  TGATCATGAGATGAGGATAAGTGTAATTCTGAGCAAATGACTAAATTCTA  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATGAGATGAGGATAAGTGTAATTCTGAGCAAATGACTAAATTCTA  641

seq1  AGTACATGACCGTGACTAAATGGCTTGCTGTCATATTTTAATACGAAGGT  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACATGACCGTGACTAAATGGCTTGCTGTCATATTTTAATACGAAGGT  691

seq1  TAAAATTATGAGTACATCATTCTTGTAGATATTTTGTATTCACCTCTGAT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATGAGTACATCATTCTTGTAGATATTTTGTATTCACCTCTGAT  741

seq1  TTTGCACATTCCTTTCTTCTATTTATGTTAAATATGCATGACATTTCCCT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACATTCCTTTCTTCTATTTATGTTAAATATGCATGACATTTCCCT  791

seq1  TACACATCTAAAATTTTAAGATAGATTATAGTTAAATGACTAATATATGC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATCTAAAATTTTAAGATAGATTATAGTTAAATGACTAATATATGC  841

seq1  TAGGCGATATTCTAAATGTGACAGAATCTTATATTCTAGCCAGGGAGAGA  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCGATATTCTAAATGTGACAGAATCTTATATTCTAGCCAGGGAGAGA  891

seq1  CGATATGTGCATATATGACAATCACATCAATGAAAAAGTCATGAATTTGA  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATATGTGCATATATGACAATCACATCAATGAAAAAGTCATGAATTTGA  941

seq1  GAATTTCTTCTTTAAAGGAAAATGAATTATCTCTCATCTGGAGTGAGCGA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTTCTTTAAAGGAAAATGAATTATCTCTCATCTGGAGTGAGCGA  991

seq1  GAAATTGCAGAGGGGATTTGGTATGTGAGTGGCAAATTGGAAAAATGAGC  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATTGCAGAGGGGATTTGGTATGTGAGTGGCAAATTGGAAAAATGAGC  1041

seq1  ACAGTTAAAGATACAAAGAGTTTGAAGGATAAGATCATTTCAGGTAAAGA  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAAAGATACAAAGAGTTTGAAGGATAAGATCATTTCAGGTAAAGA  1091

seq1  AGGCAGCATGAACTTAGGCATAAGAAAGATAAGTGAACTCTGTGAGATGG  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGCATGAACTTAGGCATAAGAAAGATAAGTGAACTCTGTGAGATGG  1141

seq1  AAAGGAATTC  1151
      ||||||||||
seq2  AAAGGAATTC  1151