BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-089M09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,742,980 - 130,878,260
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genePard3, EG628847
Downstream geneNrp1, LOC668494, Itgb1, LOC100042659, LOC100042667, Ccdc7, 1700008F21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-089M09.bB6Ng01-089M09.g
ACCDH902264DH902265
length1,1721,106
definitionDH902264|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089M09, 5' end.DH902265|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-089M09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,877,078 - 130,878,260)(130,742,980 - 130,744,089)
sequence
gaattccaccacactggcagttgcatggagaatgggtggtctgtggaatt
agggaagaagatgagttttgacatactgctctgaactcacagtgggaaga
aaggggaagcaaggagttcatgcagttagagagtgaagctaaccggacag
gcaggttgctatggcaacagaggagcaggtgttgtcaagaaagaccctgc
aggactcaatcctccataactataggggttttagtggccacatgggcatg
gacactgaagaaggctgtcttggaagaaagttggactttgactagtttca
gtttctgcccctttctggatgagtttgtaatccaaaccattacttggctt
tgaggtgatgagtgtatgggtcactgaagtgtagttggtggtagtaaagt
ggcaggaaggatgacaaagtgagaggacagaaaaggaaagccataggcag
aattttcataaacatgtattatttaccttggagcacgggggccaggaaat
gcatgcttgtttcttcccactgtatttgagggggaggttctcactggcat
agagctgactgatttgcttaggctggctggtcagtgagccagtgatacca
atgtggagaccatgctgaccagagagaatactattttcttggctccgttg
atgattttaaaagttcacatttagaactaggaacatatggtatatacaac
gtttttcatgaacactgaactggttttcataaaactcacaacaatttgct
taataaaatgatatatagtaatacagaattacattcttttcaactttcat
gactcaagaatgattctcaataaatgtctgtttacaataaataaataaat
aaataaataaataaataaataaatgtgtctggtgatatccaaagactata
cccttcctcatagccatatggctcttcaatatacaatgtctttcatcctt
atacctacattctcttctttgttcatgtactctaagattgttcaaaggga
tttaagatattagccttttacatgagcacacagagcattattaagtggac
ttctgtggaaacagccgagccattcttcatcttgtgaagtcttcattcag
catccatcatggaccattttcacataaaatgtgcttttaactgtcatgca
attcttgcaggaaagttcagtc
gaattctttaagttccaaacacttgaccttaacgttctgttgattaagaa
ccactattggatctccaagagcactcaagtgggtatttgttcagagaaat
ttaaaagcaaaggtgccaggaaagaggaatctaaaaacagaattggaact
ctgagatgccagaagagagtaaaccttgtaattcagtatggtaggccagt
gcttccagacttattgcatccagagtcaaggtcatctttctgaagagcat
cagaggggaggtgtgggttaaaatggtgcatttgccctatttgggctgtt
accaaatttccaatgaatggaaacccaacctaggacttctacttcctgac
ttacagagacactggactattggacatattgaacatttgtggtaaatgct
tgttaatggaatagtccttaccctggagtctctatgtctaagcttccctc
ttccttctttgggctttctaatctgtattcttcagacttagcattcatct
gatgtacttccagaccattctgctatttcagatactaccttagcaaaatt
tctaagtgctaaagactcttaaaaaatacacttagaagggagattaggta
agaatcctaagtatgctgccagccctgggacacttgcctagtgacctaat
ttcatgggaatttgccaggcctactctgtggaagaattccaggcctatcc
cttcagccccatggcttattcagctgacagtgcacacatccaggctgttc
acattgttctgaccttcagagattgtctttaatagtgctctagttactgc
ataaatcctagtaaatgaagagacagtcatgttcatggcttataaaattc
atacaactacaagctcttatgtcaaatggtaagagtgtgtgtgtgcgtgt
gtgtgcatgaatgtgtgcatgtacgtttgcatgtacgtttgttgcataca
tgtggtagcccgagaccatccctgggtttgattcctttagtgctgcaatc
tcggtttggaacactacaggtcgtctaggctttctggcaacaggccaccg
gaactacctgtttcttcttttttagcaccaggtttcaagcatatgtgacc
aacatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130877078_130878260
seq2: B6Ng01-089M09.b_44_1215 (reverse)

seq1  GACTGAACTATCATGGCAAGAAATTGCATGACAGTTTTTAAAAGCCACAC  50
      ||||||||| || | ||||| |||||||||||||   ||||||| |||| 
seq2  GACTGAACTTTCCT-GCAAG-AATTGCATGACAG---TTAAAAG-CACA-  43

seq1  TTATCTGTGAAAAATGGTTCATGAT-GATGCTGAATGGAGACTTCACAAG  99
      || | |||| |||||||| |||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTTATGTG-AAAATGGTCCATGATGGATGCTGAATGAAGACTTCACAAG  92

seq1  ACTGAAGATGTGCTCTGGCTGTTT-CACAG-AGTCACCTAAATAATGCTC  147
      | ||||||   |||| |||||||| ||||| ||||  || ||||||||||
seq2  A-TGAAGAATGGCTC-GGCTGTTTCCACAGAAGTCCACTTAATAATGCTC  140

seq1  TGTGTGCTCATGT-AAAGGCTAATATCTTAAATTCCCTTTGAACAATCTT  196
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCTCATGTAAAAGGCTAATATCTTAAA-TCCCTTTGAACAATCTT  189

seq1  TAAGAGTACAATGAACAAAGAAGAGAATGTAGGTATAAGGATGAAAGACA  246
        ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  --AGAGTAC-ATGAACAAAGAAGAGAATGTAGGTATAAGGATGAAAGACA  236

seq1  TTGTTATTATTGAAGAGCCATATGGCTATGAGGAAGGGTATAGTCTTTGG  296
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGT--ATATTGAAGAGCCATATGGCTATGAGGAAGGGTATAGTCTTTGG  284

seq1  ATATCACCAGACACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACCAGACACATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTT  334

seq1  ATTGTAAACAGACATTTATTGAGAATCATTCTTGAGTCATGAAAGTTG-A  395
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATTGTAAACAGACATTTATTGAGAATCATTCTTGAGTCATGAAAGTTGAA  384

seq1  AAGAATGTAATTCTGTATTACTATATATCATTTTATTAAGCAAATTGTTG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTAATTCTGTATTACTATATATCATTTTATTAAGCAAATTGTTG  434

seq1  TGAGTTTTATGAAAACCAGTTCAGTGTTCATGAAAAACGTTGTATATACC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTTTATGAAAACCAGTTCAGTGTTCATGAAAAACGTTGTATATACC  484

seq1  ATATGTTCCTAGTTCTAAATGTGAACTTTTAAAATCATCAACGGAGCCAA  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTTCCTAGTTCTAAATGTGAACTTTTAAAATCATCAACGGAGCCAA  534

seq1  GAAAATAGTATTCTCTCTGGTCAGCATGGTCTCCACATTGGTATCACTGG  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATAGTATTCTCTCTGGTCAGCATGGTCTCCACATTGGTATCACTGG  584

seq1  CTCACTGACCAGCCAGCCTAAGCAAATCAGTCAGCTCTATGCCAGTGAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTGACCAGCCAGCCTAAGCAAATCAGTCAGCTCTATGCCAGTGAGA  634

seq1  ACCTCCCCCTCAAATACAGTGGGAAGAAACAAGCATGCATTTCCTGGCCC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCCCCTCAAATACAGTGGGAAGAAACAAGCATGCATTTCCTGGCCC  684

seq1  CCGTGCTCCAAGGTAAATAATACATGTTTATGAAAATTCTGCCTATGGCT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTGCTCCAAGGTAAATAATACATGTTTATGAAAATTCTGCCTATGGCT  734

seq1  TTCCTTTTCTGTCCTCTCACTTTGTCATCCTTCCTGCCACTTTACTACCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTTCTGTCCTCTCACTTTGTCATCCTTCCTGCCACTTTACTACCA  784

seq1  CCAACTACACTTCAGTGACCCATACACTCATCACCTCAAAGCCAAGTAAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTACACTTCAGTGACCCATACACTCATCACCTCAAAGCCAAGTAAT  834

seq1  GGTTTGGATTACAAACTCATCCAGAAAGGGGCAGAAACTGAAACTAGTCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGATTACAAACTCATCCAGAAAGGGGCAGAAACTGAAACTAGTCA  884

seq1  AAGTCCAACTTTCTTCCAAGACAGCCTTCTTCAGTGTCCATGCCCATGTG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCAACTTTCTTCCAAGACAGCCTTCTTCAGTGTCCATGCCCATGTG  934

seq1  GCCACTAAAACCCCTATAGTTATGGAGGATTGAGTCCTGCAGGGTCTTTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTAAAACCCCTATAGTTATGGAGGATTGAGTCCTGCAGGGTCTTTC  984

seq1  TTGACAACACCTGCTCCTCTGTTGCCATAGCAACCTGCCTGTCCGGTTAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAACACCTGCTCCTCTGTTGCCATAGCAACCTGCCTGTCCGGTTAG  1034

seq1  CTTCACTCTCTAACTGCATGAACTCCTTGCTTCCCCTTTCTTCCCACTGT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTCTCTAACTGCATGAACTCCTTGCTTCCCCTTTCTTCCCACTGT  1084

seq1  GAGTTCAGAGCAGTATGTCAAAACTCATCTTCTTCCCTAATTCCACAGAC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCAGAGCAGTATGTCAAAACTCATCTTCTTCCCTAATTCCACAGAC  1134

seq1  CACCCATTCTCCATGCAACTGCCAGTGTGGTGGAATTC  1183
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCATTCTCCATGCAACTGCCAGTGTGGTGGAATTC  1172

seq1: chr8_130742980_130744089
seq2: B6Ng01-089M09.g_69_1174

seq1  GAATTCTTTAAGTTCCAAACACTTGACCTTAACGTTCTGTTGATTAAGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAGTTCCAAACACTTGACCTTAACGTTCTGTTGATTAAGAA  50

seq1  CCACTATTGGATCTCCAAGAGCACTCAAGTGGGTATTTGTTCAGAGAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTATTGGATCTCCAAGAGCACTCAAGTGGGTATTTGTTCAGAGAAAT  100

seq1  TTAAAAGCAAAGGTGCCAGGAAAGAGGAATCTAAAAACAGAATTGGAACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCAAAGGTGCCAGGAAAGAGGAATCTAAAAACAGAATTGGAACT  150

seq1  CTGAGATGCCAGAAGAGAGTAAACCTTGTAATTCAGTATGGTAGGCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGATGCCAGAAGAGAGTAAACCTTGTAATTCAGTATGGTAGGCCAGT  200

seq1  GCTTCCAGACTTATTGCATCCAGAGTCAAGGTCATCTTTCTGAAGAGCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCCAGACTTATTGCATCCAGAGTCAAGGTCATCTTTCTGAAGAGCAT  250

seq1  CAGAGGGGAGGTGTGGGTTAAAATGGTGCATTTGCCCTATTTGGGCTGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGGAGGTGTGGGTTAAAATGGTGCATTTGCCCTATTTGGGCTGTT  300

seq1  ACCAAATTTCCAATGAATGGAAACCCAACCTAGGACTTCTACTTCCTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAATTTCCAATGAATGGAAACCCAACCTAGGACTTCTACTTCCTGAC  350

seq1  TTACAGAGACACTGGACTATTGGACATATTGAACATTTGTGGTAAATGCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGAGACACTGGACTATTGGACATATTGAACATTTGTGGTAAATGCT  400

seq1  TGTTAATGGAATAGTCCTTACCCTGGAGTCTCTATGTCTAAGCTTCCCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAATGGAATAGTCCTTACCCTGGAGTCTCTATGTCTAAGCTTCCCTC  450

seq1  TTCCTTCTTTGGGCTTTCTAATCTGTATTCTTCAGACTTAGCATTCATCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCTTTGGGCTTTCTAATCTGTATTCTTCAGACTTAGCATTCATCT  500

seq1  GATGTACTTCCAGACCATTCTGCTATTTCAGATACTACCTTAGCAAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTACTTCCAGACCATTCTGCTATTTCAGATACTACCTTAGCAAAATT  550

seq1  TCTAAGTGCTAAAGACTCTTAAAAAATACACTTAGAAGGGAGATTAGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGTGCTAAAGACTCTTAAAAAATACACTTAGAAGGGAGATTAGGTA  600

seq1  AGAATCCTAAGTATGCTGCCAGCCCTGGGACACTTGCCTAGTGACCTAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCTAAGTATGCTGCCAGCCCTGGGACACTTGCCTAGTGACCTAAT  650

seq1  TTCATGGGAATTTGCCAGGCCTACTCTGTGGAAGAATTCCAGGCCTATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGGGAATTTGCCAGGCCTACTCTGTGGAAGAATTCCAGGCCTATCC  700

seq1  CTTCAGCCCCATGGCTTATTCAGCTGACAGTGCACACATCCAGGCTGTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCCCCATGGCTTATTCAGCTGACAGTGCACACATCCAGGCTGTTC  750

seq1  ACATTGTTCTGACCTTCAGAGATTGTCTTTAATAGTGCTCTAGTTACTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGTTCTGACCTTCAGAGATTGTCTTTAATAGTGCTCTAGTTACTGC  800

seq1  ATAAATCCTAGTAAATGAAGAGACAGTCATGTTCATGGCTTATAAAATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCCTAGTAAATGAAGAGACAGTCATGTTCATGGCTTATAAAATTC  850

seq1  ATACAACTACAAGCTCTTATGTCAAATGGTAAGAGTGTGTGTGTGCGTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAACTACAAGCTCTTATGTCAAATGGTAAGAGTGTGTGTGTGCGTGT  900

seq1  GTGTGCATGAATGTGTGCATGTACGTTTGCATGTACGTTTGTTTGCATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GTGTGCATGAATGTGTGCATGTACGTTTGCATGTACGTTTG-TTGCATAC  949

seq1  ATGTGGTAGCCGGAGACCATCCCTGGGTATGATTCCTTTAGTGCTGCCAA  1000
      ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  ATGTGGTAGCCCGAGACCATCCCTGGGTTTGATTCCTTTAGTGCTG-CAA  998

seq1  TCTCGGTCTGGAACACTACAAGTCGTCTAGGCTTCCTGGCAATCAGGCCA  1050
      ||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||||
seq2  TCTCGGTTTGGAACACTACAGGTCGTCTAGGCTTTCTGGCAA-CAGGCCA  1047

seq1  CCGGGATCTACCTGTCTCTTC-TTCTTAGCACCAAGGTTTCAAGCATATG  1099
      || ||| |||||||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||||
seq2  CC-GGAACTACCTGTTTCTTCTTTTTTAGCACC-AGGTTTCAAGCATATG  1095

seq1  TGACCAACATT  1110
      |||||||||||
seq2  TGACCAACATT  1106