BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-092H09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 33,610,810 - 33,777,443
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG330731, LOC100041340, Nrg1, 2010007E15Rik, EG666589, EG546052
Downstream geneLOC100042715, LOC628408, EG628412, Wrn, Purg, LOC666630, Hmgb1-rs17, Tex15, Ppp2cb, Ubxd6, Gsr
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-092H09.bB6Ng01-092H09.g
ACCDH904218DH904219
length1,1371,130
definitionDH904218|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092H09, 5' end.DH904219|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-092H09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,776,289 - 33,777,443)(33,610,810 - 33,611,962)
sequence
gaattcactatcctctctcttctccctcctgagtgctgagattcacaatg
tgtgccatcatagctggttccatattgagctttaacaaagccaaacatta
ttctgagcttcttttacaatatgattcattggatccttggaataaacctg
gtagaatatatcgttattttacaaatgaagttactctgaggttaagagcc
atcttaaggtcctataggtaattggatatcaagggcataagctagtgact
aaggtgtcattctcctgtaatgacatacaggtcttatgaggcaatgctgt
ggtgacacttgttccctgcatcagtgtcctatggaaatggagttccccag
gtgacttctgtagcttcagtttctattaacctcactgtgaggttacagca
tgatatagcaggctctgcttgaaacatttctgctcttaggagagaagaaa
cagtggtcaaaatactgattcctgaagcctccaccaagaagtaatagata
ctacttagtgctcacatttcagcaattcacccaaatcaaacagcagaacc
tgacatcttcaggttgaggaaatggatttctttcctgggtcaggggcagt
gaatgtttgctcgcagtagccccatagcagcttctctacctcaatctccc
ttgagagtttcctgagatgccaagtctgttagttttaagtaataggatga
tattcaatgcagaagctagactctggccccactgaggggaattcatagtt
taacataggagttgcatgtaaacctagggttgtgaattcatttctgtgga
aacctcacctttgattctgtatgctgaggtggtggatgaaaggtgtcttg
tttgcaaatagaagcagtctcgggagacaaatacaatggcatacgggatt
ttatgaagttattttagtagcactttcaggcaggtttaattgtcatattt
tcttggaatccagaaaccaacagaggggattgctattttggaattgatgt
gctattaatattagccctgacatttaagtagagaaaaactgtaggaagat
atgggaccactgaattataagttccgtacacaaaagagatggtctatcct
gaaaatatggaccagtatgtttcaggggctttgctta
gaattctcacctgaggaataccgaatggcagagaagcacctgaaaaaatg
ttcaacatccttaatcatcagggaaatgcaaatcaaaacaacactgagag
tctctggcttcctattctgttagcaaaacaaagatcctagattatttcaa
agaattaaaaccagtgttaattgagtatttttattggaagctaagtatct
taatttatagtcccagagactttctcaactcaacagagtcagaactgatt
cttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgttttgt
tttgttttaaccaagaatgtttgtgaggctgctcatatcctaaattagaa
agttaaagtgatgtgtgaaaggaagagaagagcagagtataatgtcacta
atcatcctgcttatggaggaatcagtgtgatgtcattccaagtcatgcct
actagctataaccacacccttgatatttatggcccttcatcctttcagtg
gatctaatccaaagaggtgactcttctaacagatgctgaaacaaacttaa
agaataagtacatattgtaggctcacatatgataacctcattgtgttaac
tattttattaaatggatattagaatttcctctggcctctctacattaagg
cataatacccactgataattcctttaaagaggtaatggcttctgcaaaat
atgaactactatattcctacttgaatgttgcacaactgaactctgtcttt
atgcctattgcctctacataggagaaagtcataattatacccacagttat
tattaccccatggctacctcttgcttttacttttgaaggcagttagtaga
gcagactgtgggctatggagctctacagaaatgcaattgtatgggtgagt
gaattgcacttacaccatgtaatagaagctaaaggtggtacttggaggca
gagtcttagttcaaacgtctagtgtagacgtcaaaaaggaaatcaacaga
tcagggatgacagaaatgttcctggagccttcctgatcaaagggttctta
ttggctgctgcacactcctgcagaatccgttaccgtctagagagaaaaat
gtgataattgaattgacatctggacttcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33776289_33777443
seq2: B6Ng01-092H09.b_50_1186 (reverse)

seq1  TAAGCAAAGCCACCCTGAAAACATACCTGTTCATAATTCTCAGGGATAGA  50
      ||||||||||  ||||| ||||||||  || ||| ||| ||| |||||| 
seq2  TAAGCAAAGC--CCCTG-AAACATACTGGTCCAT-ATTTTCA-GGATAG-  44

seq1  ACCATCTCTCTTTGCTGTCAGGAACTCTAT-ATTCATTTGTTCCCATATC  99
      ||||||||| |||| |||  |||||| ||| |||||  || |||||||||
seq2  ACCATCTCT-TTTG-TGTACGGAACT-TATAATTCA-GTGGTCCCATATC  90

seq1  TCTCCTACAGTTTTTCTCTACTTTAAAATGTCAGGGCTAATATTAATAGC  149
      | |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  T-TCCTACAGTTTTTCTCTACTT--AAATGTCAGGGCTAATATTAATAGC  137

seq1  ACATCAATTCATAAATAGCAATCCCCTCTGTTGGTTTCTTGGATTCCAAG  199
      ||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| 
seq2  ACATCAATTCCAAAATAGCAATCCCCTCTGTTGGTTTC-TGGATTCCAA-  185

seq1  GAAAATATTGACAATAAAACCTTGCCTGAAAGTGCTACTAAAAATAAACT  249
      ||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||||||||   ||||
seq2  GAAAATA-TGACAATTAAACC-TGCCTGAAAGTGCTACTAAAA--TAACT  231

seq1  TCATAAAAT-CCGTATGCCATTGTTATTTGTCTCCCGAGACTGCTTCTAT  298
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAAATCCCGTATGCCATTG-TATTTGTCTCCCGAGACTGCTTCTAT  280

seq1  TTGCAAAACAAGACACC-TTCATCCACCACCTCAGCATACAGAATCAAAG  347
      |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGC-AAACAAGACACCTTTCATCCACCACCTCAGCATACAGAATCAAAG  329

seq1  GTGAGGTTTCCACAGAAATGAATTCACAACCCTAGGTTTACATGCAACTC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTTTCCACAGAAATGAATTCACAACCCTAGGTTTACATGCAACTC  379

seq1  CTATGTTAAACTATGAATTCCCCTCAGTGGGGCCAGAGTCTAGCTTCTGC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTAAACTATGAATTCCCCTCAGTGGGGCCAGAGTCTAGCTTCTGC  429

seq1  ATTGAATATCATCCTATTACTTAAAACTAACAGACTTGGCATCTCAGGAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATATCATCCTATTACTTAAAACTAACAGACTTGGCATCTCAGGAA  479

seq1  ACTCTCAAGGGAGATTGAGGTAGAGAAGCTGCTATGGGGCTACTGCGAGC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTCAAGGGAGATTGAGGTAGAGAAGCTGCTATGGGGCTACTGCGAGC  529

seq1  AAACATTCACTGCCCCTGACCCAGGAAAGAAATCCATTTCCTCAACCTGA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTCACTGCCCCTGACCCAGGAAAGAAATCCATTTCCTCAACCTGA  579

seq1  AGATGTCAGGTTCTGCTGTTTGATTTGGGTGAATTGCTGAAATGTGAGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGTCAGGTTCTGCTGTTTGATTTGGGTGAATTGCTGAAATGTGAGCA  629

seq1  CTAAGTAGTATCTATTACTTCTTGGTGGAGGCTTCAGGAATCAGTATTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGTAGTATCTATTACTTCTTGGTGGAGGCTTCAGGAATCAGTATTTT  679

seq1  GACCACTGTTTCTTCTCTCCTAAGAGCAGAAATGTTTCAAGCAGAGCCTG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCACTGTTTCTTCTCTCCTAAGAGCAGAAATGTTTCAAGCAGAGCCTG  729

seq1  CTATATCATGCTGTAACCTCACAGTGAGGTTAATAGAAACTGAAGCTACA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATATCATGCTGTAACCTCACAGTGAGGTTAATAGAAACTGAAGCTACA  779

seq1  GAAGTCACCTGGGGAACTCCATTTCCATAGGACACTGATGCAGGGAACAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCACCTGGGGAACTCCATTTCCATAGGACACTGATGCAGGGAACAA  829

seq1  GTGTCACCACAGCATTGCCTCATAAGACCTGTATGTCATTACAGGAGAAT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACCACAGCATTGCCTCATAAGACCTGTATGTCATTACAGGAGAAT  879

seq1  GACACCTTAGTCACTAGCTTATGCCCTTGATATCCAATTACCTATAGGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCTTAGTCACTAGCTTATGCCCTTGATATCCAATTACCTATAGGAC  929

seq1  CTTAAGATGGCTCTTAACCTCAGAGTAACTTCATTTGTAAAATAACGATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGATGGCTCTTAACCTCAGAGTAACTTCATTTGTAAAATAACGATA  979

seq1  TATTCTACCAGGTTTATTCCAAGGATCCAATGAATCATATTGTAAAAGAA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTACCAGGTTTATTCCAAGGATCCAATGAATCATATTGTAAAAGAA  1029

seq1  GCTCAGAATAATGTTTGGCTTTGTTAAAGCTCAATATGGAACCAGCTATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGAATAATGTTTGGCTTTGTTAAAGCTCAATATGGAACCAGCTATG  1079

seq1  ATGGCACACATTGTGAATCTCAGCACTCAGGAGGGAGAAGAGAGAGGATA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCACACATTGTGAATCTCAGCACTCAGGAGGGAGAAGAGAGAGGATA  1129

seq1  GTGAATTC  1155
      ||||||||
seq2  GTGAATTC  1137

seq1: chr8_33610810_33611962
seq2: B6Ng01-092H09.g_70_1199

seq1  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCACCTGAGGAATACCGAATGGCAGAGAAGCACCTGAAAAAATG  50

seq1  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACACTGAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACATCCTTAATCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACACTGAGAG  100

seq1  TCTCTGGCTTCCTATTCTGTTAGCAAAACAAAGATCCTAGATTATTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGGCTTCCTATTCTGTTAGCAAAACAAAGATCCTAGATTATTTCAA  150

seq1  AGAATTAAAACCAGTGTTAATTGAGTATTTTTATTGGAAGCTAAGTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTAAAACCAGTGTTAATTGAGTATTTTTATTGGAAGCTAAGTATCT  200

seq1  TAATTTATAGTCCCAGAGACTTTCTCAACTCAACAGAGTCAGAACTGATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTATAGTCCCAGAGACTTTCTCAACTCAACAGAGTCAGAACTGATT  250

seq1  CTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGT  300

seq1  TTTGTTTTAACCAAGAATGTTTGTGAGGCTGCTCATATCCTAAATTAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTAACCAAGAATGTTTGTGAGGCTGCTCATATCCTAAATTAGAA  350

seq1  AGTTAAAGTGATGTGTGAAAGGAAGAGAAGAGCAGAGTATAATGTCACTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGTGATGTGTGAAAGGAAGAGAAGAGCAGAGTATAATGTCACTA  400

seq1  ATCATCCTGCTTATGGAGGAATCAGTGTGATGTCATTCCAAGTCATGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCCTGCTTATGGAGGAATCAGTGTGATGTCATTCCAAGTCATGCCT  450

seq1  ACTAGCTATAACCACACCCTTGATATTTATGGCCCTTCATCCTTTCAGTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGCTATAACCACACCCTTGATATTTATGGCCCTTCATCCTTTCAGTG  500

seq1  GATCTAATCCAAAGAGGTGACTCTTCTAACAGATGCTGAAACAAACTTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAATCCAAAGAGGTGACTCTTCTAACAGATGCTGAAACAAACTTAA  550

seq1  AGAATAAGTACATATTGTAGGCTCACATATGATAACCTCATTGTGTTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATAAGTACATATTGTAGGCTCACATATGATAACCTCATTGTGTTAAC  600

seq1  TATTTTATTAAATGGATATTAGAATTTCCTCTGGCCTCTCTACATTAAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTAAATGGATATTAGAATTTCCTCTGGCCTCTCTACATTAAGG  650

seq1  CATAATACCCACTGATAATTCCTTTAAAGAGGTAATGGCTTCTGCAAAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATACCCACTGATAATTCCTTTAAAGAGGTAATGGCTTCTGCAAAAT  700

seq1  ATGAACTACTATATTCCTACTTGAATGTTGCACAACTGAACTCTGTCTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTACTATATTCCTACTTGAATGTTGCACAACTGAACTCTGTCTTT  750

seq1  ATGCCTATTGCCTCTACATAGGAGAAAGTCATAATTATACCCACAGTTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTATTGCCTCTACATAGGAGAAAGTCATAATTATACCCACAGTTAT  800

seq1  TATTACCCCATGGCTACCTCTTGCTTTTACTTTTGAAGGCAGTTAGTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCCCATGGCTACCTCTTGCTTTTACTTTTGAAGGCAGTTAGTAGA  850

seq1  GCAGACTGTGGGCTATGGAGCTCTACAGAAATGCAATTGTATGGGTGAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGACTGTGGGCTATGGAGCTCTACAGAAATGCAATTGTATGGGTGAGT  900

seq1  GAATTGCACTTACACCATGTAATAGAAGCTAAAGGGTAGGTACCTAGAGG  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| | ||||
seq2  GAATTGCACTTACACCATGTAATAGAAGCTAAAGG--TGGTACTTGGAGG  948

seq1  CAGAGTCTTTAGTCCAAAGGTCCAGTGTAGACGCCAAAAAGGAAATCAAC  1000
      ||||||| ||||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  CAGAGTC-TTAGTTCAAACGTCTAGTGTAGACGTCAAAAAGGAAATCAA-  996

seq1  CAGAACCAGGGATGACAAGAGATGTTCCCTGGAGCCCATCCTGATCAAAA  1050
      ||| | |||||||||| ||| ||||| ||||||| || ||||||||||| 
seq2  CAG-ATCAGGGATGAC-AGAAATGTT-CCTGGAG-CCTTCCTGATCAAAG  1042

seq1  TGTTCCTTAATTGGCTGCCTGCAACACCTCCTGCCAGACTCCGTTTACCC  1100
       ||||  | |||||||| |||| ||| |||||| |||| |||| ||||| 
seq2  GGTTC--TTATTGGCTG-CTGC-ACA-CTCCTG-CAGAATCCG-TTACC-  1084

seq1  GTTCTAAAGAGAGAAAAAGTGTTGATATGTGAATTGACCATTCTGGACTT  1150
        |||  ||||||||||| || |||||  |||||||||   |||||||||
seq2  -GTCT--AGAGAGAAAAA-TG-TGATAATTGAATTGAC--ATCTGGACTT  1127

seq1  CAA  1153
      |||
seq2  CAA  1130