BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-093F01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 107,016,353 - 107,150,191
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCcdc79, Appbp1, Car7, LOC628007, 4833426J09Rik, Cdh16
Upstream geneLOC100041397, LOC667656, Cdh5, Bean, Tk2, Cklf, Cmtm2a, Cmtm2b, Cmtm3, Cmtm4, Dync1li2
Downstream geneRrad, 1110019N10Rik, EG637550, LOC382052, LOC100041473, Ces6, LOC628050, 4932416K20Rik, BC015286, Matr3-ps2, Ces2, LOC667754, LOC667760, Ces5, 2310038E17Rik, 2210023G05Rik, LOC436058, EG436059, Es31, EG13909, LOC667774, BC026374, LOC100042408, Cbfb, D230025D16Rik, C76566, Tradd, Fbxl8, Hsf4, Nol3, 4931428F04Rik, Exoc3l, E2f4, Elmo3, Lrrc29, Hspc171, Fhod1, Slc9a5, Plekhg4, Kctd19, Lrrc36, 2700055K07Rik, Zdhhc1, LOC667837, Hsd11b2, Atp6v0d1, Agrp, EG667846, 2310066E14Rik, LOC546100
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-093F01.bB6Ng01-093F01.g
ACCDH904837DH904838
length1,012677
definitionDH904837|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093F01, 5' end.DH904838|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-093F01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,016,353 - 107,017,368)(107,149,627 - 107,150,191)
sequence
gaattctgcttgattcagaactgtggaatcagatgtaatggaatacacct
gtaatctcagcactttggaggtggaggggaaagaaccagctcaaagccag
cttcagctacccaacaagttcaaggccagactgaactacacaataccctg
tcttgaagaaattaacttgggactggagagatggctctttggttaagacc
actgtctcttcttggaggaaggggaccttggttaagtttcaaaacccaca
cggtgggtcacaaccacctgtaactctaattccaaaggcatttatatgct
ctggtctccaaaggcactgcacacataaacatacaggcaaatactcatat
tttaaaaatccttcaaaaataaatttaaaaaagaacaaataaatagacat
tccagatagaggaatattcaaattatctatcttttttgagtaagttctag
tcatttctatattttaaagaatttgtccaagttattagaattttctaatt
gtatgatataaaactgtttctactattactttactttaagctatggtaag
gaggctggagagatggctcagcagataagggcactagctgctcttctaga
gctcctcagttcactttccagcacccacctggtggccatgaccacccatc
cataaaggcaactgatgccctcttctggcatgcagatgtacacgcagcag
agcatgcatacacattatacaaacaaacagctctgataagatcatgagtg
aggaatggaaagatggcttagcagttaagagaactggttgccctgcagac
ctgagtttgattcccagcactcaaaaggcagctcataactcaaactccaa
tcccatggaatccatgcctcttttgactccactggcacacatgtagacaa
acactcatatacagcaaataaaaactaggaaacaaatctagagtgatttc
ccttcttatggtaattcagtgggtaatttaaatctttgaaggggatgtgt
ggggaagatgaa
gaattcctaacttttaaatcggatgatgatctgagtaacatgatttaatc
ctgagccatccagttctgtctcacccaggatatgaatcagcccttgtcaa
gagtgtccacggtgtatatgctacccacctgttagtcacctagaagacat
ctcagctatcagatcagctctgtagtatcgcagtgctagtcatctgacaa
cctttacagggtagtggcatgggtaatttatatatgccaaagagaggcta
taaagggcttcatttaagtgaaaaggcatatattggaagaaatagcatat
atagacagtttagtattatccctccactgggggtcttagagtgtattctc
catgaataaggaaggctcctgaacatgttttcagaagctaacatggccac
ttgctgatgagaggaagtggcagagtggggactgatatatataggtctgt
tcatttccaaagccaagaggtagcctgaggcaagggcccacgtgtttctt
cattccacaaactcttgggagcccttgagacctagttagaaccctgttac
acctcactcaatatcaaaaagatgtttgaagatcgtagttcctcaatgtg
tgttcaagggaacctcggagacccccccacatcctcccccaggaagtaac
tgctcaaagctttctactgtgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_107016353_107017368
seq2: B6Ng01-093F01.b_47_1058

seq1  GAATTCTGCTTGATTCAGAACTGTGGAATCAGATGTAATGGAATACACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCTTGATTCAGAACTGTGGAATCAGATGTAATGGAATACACCT  50

seq1  GTAATCTCAGCACTTTGGAGGTGGAGGGGAAAGAACCAGCTCAAAGCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCTCAGCACTTTGGAGGTGGAGGGGAAAGAACCAGCTCAAAGCCAG  100

seq1  CTTCAGCTACCCAACAAGTTCAAGGCCAGACTGAACTACACAATACCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGCTACCCAACAAGTTCAAGGCCAGACTGAACTACACAATACCCTG  150

seq1  TCTTGAAGAAATTAACTTGGGACTGGAGAGATGGCTCTTTGGTTAAGACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAAGAAATTAACTTGGGACTGGAGAGATGGCTCTTTGGTTAAGACC  200

seq1  ACTGTCTCTTCTTGGAGGAAGGGGACCTTGGTTAAGTTTCAAAACCCACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTCTTCTTGGAGGAAGGGGACCTTGGTTAAGTTTCAAAACCCACA  250

seq1  CGGTGGGTCACAACCACCTGTAACTCTAATTCCAAAGGCATTTATATGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGTGGGTCACAACCACCTGTAACTCTAATTCCAAAGGCATTTATATGCT  300

seq1  CTGGTCTCCAAAGGCACTGCACACATAAACATACAGGCAAATACTCATAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTCCAAAGGCACTGCACACATAAACATACAGGCAAATACTCATAT  350

seq1  TTTAAAAATCCTTCAAAAATAAATTTAAAAAAGAACAAATAAATAGACAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAATCCTTCAAAAATAAATTTAAAAAAGAACAAATAAATAGACAT  400

seq1  TCCAGATAGAGGAATATTCAAATTATCTATCTTTTTTGAGTAAGTTCTAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGATAGAGGAATATTCAAATTATCTATCTTTTTTGAGTAAGTTCTAG  450

seq1  TCATTTCTATATTTTAAAGAATTTGTCCAAGTTATTAGAATTTTCTAATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTCTATATTTTAAAGAATTTGTCCAAGTTATTAGAATTTTCTAATT  500

seq1  GTATGATATAAAACTGTTTCTACTATTACTTTACTTTAAGCTATGGTAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGATATAAAACTGTTTCTACTATTACTTTACTTTAAGCTATGGTAAG  550

seq1  GAGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGATAAGGGCACTAGCTGCTCTTCTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGATAAGGGCACTAGCTGCTCTTCTAGA  600

seq1  GCTCCTCAGTTCACTTTCCAGCACCCACCTGGTGGCCATGACCACCCATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCAGTTCACTTTCCAGCACCCACCTGGTGGCCATGACCACCCATC  650

seq1  CATAAAGGCAACTGATGCCCTCTTCTGGCATGCAGATGTACACGCAGCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAGGCAACTGATGCCCTCTTCTGGCATGCAGATGTACACGCAGCAG  700

seq1  AGCATGCATACACATTATACAAACAAACAGCTCTGATAAGATCATGAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATGCATACACATTATACAAACAAACAGCTCTGATAAGATCATGAGTG  750

seq1  AGGAATGGAAAGATGGCTTAGCAGTTAAGAGAACTGGTTGCCCTGCAGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGGAAAGATGGCTTAGCAGTTAAGAGAACTGGTTGCCCTGCAGAC  800

seq1  CTGAGTTTGATTCCCAGCACTCAAAAGGCAGCTCATAACTCAAACTCCAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTTTGATTCCCAGCACTCAAAAGGCAGCTCATAACTCAAACTCCAA  850

seq1  TCCCATGGAATCCATGCCTCTTTTGACTCCACTGGCACACATGTAGACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCATGGAATCCATGCCTCTTTTGACTCCACTGGCACACATGTAGACAA  900

seq1  ACACTCATATACAGCAAATAAAAACTAGGAAACAAAATCTAGAGTGATGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  ACACTCATATACAGCAAATAAAAACTAGGAAAC-AAATCTAGAGTGATTT  949

seq1  CCCTTCTTATGGTAATTCAGGTTGGTAATTTAAATCTTTGAAGGGGGATG  1000
      ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CCCTTCTTATGGTAATTCA-GTGGGTAATTTAAATCTTTGAA-GGGGATG  997

seq1  TGTTGGGGAAGAGGAA  1016
      || ||||||||| |||
seq2  TG-TGGGGAAGATGAA  1012

seq1: chr8_107149627_107150191
seq2: B6Ng01-093F01.g_180_745 (reverse)

seq1  CACACACACAGTAG-AAGCTTTGAGCAGTTACTTCCTGGGGGAGGATGTG  49
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACAGTAGAAAGCTTTGAGCAGTTACTTCCTGGGGGAGGATGTG  50

seq1  GGGGGGTCTCCGAGGTTCCCTTGAACACACATTGAGGAACTACGATCTTC  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGTCTCCGAGGTTCCCTTGAACACACATTGAGGAACTACGATCTTC  100

seq1  AAACATCTTTTTGATATTGAGTGAGGTGTAACAGGGTTCTAACTAGGTCT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATCTTTTTGATATTGAGTGAGGTGTAACAGGGTTCTAACTAGGTCT  150

seq1  CAAGGGCTCCCAAGAGTTTGTGGAATGAAGAAACACGTGGGCCCTTGCCT  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGGCTCCCAAGAGTTTGTGGAATGAAGAAACACGTGGGCCCTTGCCT  200

seq1  CAGGCTACCTCTTGGCTTTGGAAATGAACAGACCTATATATATCAGTCCC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTACCTCTTGGCTTTGGAAATGAACAGACCTATATATATCAGTCCC  250

seq1  CACTCTGCCACTTCCTCTCATCAGCAAGTGGCCATGTTAGCTTCTGAAAA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCTGCCACTTCCTCTCATCAGCAAGTGGCCATGTTAGCTTCTGAAAA  300

seq1  CATGTTCAGGAGCCTTCCTTATTCATGGAGAATACACTCTAAGACCCCCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTTCAGGAGCCTTCCTTATTCATGGAGAATACACTCTAAGACCCCCA  350

seq1  GTGGAGGGATAATACTAAACTGTCTATATATGCTATTTCTTCCAATATAT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGGATAATACTAAACTGTCTATATATGCTATTTCTTCCAATATAT  400

seq1  GCCTTTTCACTTAAATGAAGCCCTTTATAGCCTCTCTTTGGCATATATAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTCACTTAAATGAAGCCCTTTATAGCCTCTCTTTGGCATATATAA  450

seq1  ATTACCCATGCCACTACCCTGTAAAGGTTGTCAGATGACTAGCACTGCGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCCATGCCACTACCCTGTAAAGGTTGTCAGATGACTAGCACTGCGA  500

seq1  TACTACAGAGCTGATCTGATAGCTGAGATGTCTTCTAGGTGACTAACAGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACAGAGCTGATCTGATAGCTGAGATGTCTTCTAGGTGACTAACAGG  550

seq1  TGGGTAGCATATACAC  565
      ||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGCATATACAC  566