BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-095E03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 13,273,798 - 13,461,485
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687
Upstream geneLOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1, 1700094C09Rik, Tubgcp3, Atp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1
Downstream geneGas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, Dlgap2, LOC100041140
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-095E03.bB6Ng01-095E03.g
ACCDH906247DH906248
length1,1061,126
definitionDH906247|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095E03, 5' end.DH906248|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-095E03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(13,273,798 - 13,274,914)(13,460,351 - 13,461,485)
sequence
gaattcatgctattttgtgcctggtctttagacctacattatgtgtgtga
ggttcatcctgtggtgtgtgcagatacaagccagtcagtgcttttgttac
aggaacctttcacacacacacacacacacatatataattcataaatactt
tataggacatactgatggcaagtatgttgactgtatgtagttttctcatc
acaattaacaccgttagcatttctacacacatggcctaagcacgcatgaa
cataaggcaggaatgtgttgctgggagcagcagctcttgggtgggtgcca
gtgcaggtaaaatgtggtaactgtgtgactacacaccatggcttccaggc
ctatcccattgcttgctgctctgatttattacatcctcaagactctgact
cacagcacatctcacccaagcttctgtgaagaacgagcccacctcttgtt
tactttccaatgaggttttcatcatttgtcaagtcctttaagaggtaagg
tataagcccctgtcagtggtattttcactctatgctcacctagaatgtac
cctgcctttctactttctttatgttttgtatgtcaacttgacacaagctg
gagttatcacagagaaaggagcctcagttgaggaaatgcctccgtgagat
ccagctgtaaggcattttctcaattagtgatcaagggtgggagggcccat
tgtgggtggtaccatccctggcttgtagtcctgggttctataagaaaaca
agctgagcaagccaggggaagcaagccagtaagtcacatccctccatggc
tctgcatcagctcctgcttcctgacctgcttgggttccagtcctgacttc
cttggtgatgaacagcagtatggaagtataagctgaataaaccttttcct
ccccaacttgcttcttggtcatgtttgtgcaggatagaaacctgactaga
catgatgaagagttaggtttgttgtgtggtttgttctgtttgttttcttt
gcataacactctaaaaaattcttcctttaacatactgattttggtagccg
gcatggtggctcacactttttatcccagcacctgggaaggcaaaggcagg
cgattt
gaattctctatgaggctggctgcagaagcgggctttctatatgcggcttt
attttgttgttatattttgggaaaaacccaaaccacattactttttagtc
tacgacctcctctgtgtcagggtgcgtaggggggtggcttctcccctggg
aggaagtaggctggtgtgcagggtgaaggagcatgggaacacccacggct
gggctggcactgggagggagactctgtgtcctcaggcagagagaggtcag
cagaggccgaggctggcggggcactggagggctgcaattaaacagagagg
cgtcctcgatcagcaggtggggggactcagctacgctgtccagcatatac
accagcaccaccttgacccagcagcttaccagaccaggaggcaccggctc
atcgggcctctcagaaggcctctccagtctagaacagccaagagacgtca
gatgtcagcctggacagcatctgattgacacagacctggcttctaaagct
gttggggacacaggaaggtctccaaactcctggcttggttggcctgctta
gcccagtcagctttcactagcactaactagaagatccagggacaactaca
gccaggacttgacactcactaaagacagcaagaccattaacattcccaac
acagcatggtgattattgtggtagcagccaaatgtggtcagccatagtct
agaagtttaaggaagttatttttcagatgtaattaatcagtgactttgag
taagctggtaccctactgtcagggcttctagtccaatcagttgcagacct
taagaaaaaaggcagagaccctcaaggaaaaagaaactcttgcccaagtg
tgaccatgagttacagtcccaacagtacttccttgggtcctgaggtcagt
gtaccattggactggagagatggctcagcagttaagagcactggctgctc
ttcaggggtctgattcaattcccagcaaccacatgtggctcacaacatct
gtattgagatcttgaatcttctttctcatgcaggtttacatgcagcagat
gctgatacatgataaataaaccttaaaacatataagacaaatctctcctc
cacattgcttggggttgatactctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_13273798_13274914
seq2: B6Ng01-095E03.b_48_1153

seq1  GAATTCATGCTATTTTGTGCCTGGTCTTTAGACCTACATTATGTGTGTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCTATTTTGTGCCTGGTCTTTAGACCTACATTATGTGTGTGA  50

seq1  GGTTCATCCTGTGGTGTGTGCAGATACAAGCCAGTCAGTGCTTTTGTTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCATCCTGTGGTGTGTGCAGATACAAGCCAGTCAGTGCTTTTGTTAC  100

seq1  AGGAACCTTTCACACACACACACACACACATATATAATTCATAAATACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACCTTTCACACACACACACACACACATATATAATTCATAAATACTT  150

seq1  TATAGGACATACTGATGGCAAGTATGTTGACTGTATGTAGTTTTCTCATC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGACATACTGATGGCAAGTATGTTGACTGTATGTAGTTTTCTCATC  200

seq1  ACAATTAACACCGTTAGCATTTCTACACACATGGCCTAAGCACGCATGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAACACCGTTAGCATTTCTACACACATGGCCTAAGCACGCATGAA  250

seq1  CATAAGGCAGGAATGTGTTGCTGGGAGCAGCAGCTCTTGGGTGGGTGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGGCAGGAATGTGTTGCTGGGAGCAGCAGCTCTTGGGTGGGTGCCA  300

seq1  GTGCAGGTAAAATGTGGTAACTGTGTGACTACACACCATGGCTTCCAGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGTAAAATGTGGTAACTGTGTGACTACACACCATGGCTTCCAGGC  350

seq1  CTATCCCATTGCTTGCTGCTCTGATTTATTACATCCTCAAGACTCTGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCCATTGCTTGCTGCTCTGATTTATTACATCCTCAAGACTCTGACT  400

seq1  CACAGCACATCTCACCCAAGCTTCTGTGAAGAACGAGCCCACCTCTTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCACATCTCACCCAAGCTTCTGTGAAGAACGAGCCCACCTCTTGTT  450

seq1  TACTTTCCAATGAGGTTTTCATCATTTGTCAAGTCCTTTAAGAGGTAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCCAATGAGGTTTTCATCATTTGTCAAGTCCTTTAAGAGGTAAGG  500

seq1  TATAAGCCCCTGTCAGTGGTATTTTCACTCTATGCTCACCTAGAATGTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGCCCCTGTCAGTGGTATTTTCACTCTATGCTCACCTAGAATGTAC  550

seq1  CCTGCCTTTCTACTTTCTTTATGTTTTGTATGTCAACTTGACACAAGCTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTTTCTACTTTCTTTATGTTTTGTATGTCAACTTGACACAAGCTG  600

seq1  GAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCAGTTGAGGAAATGCCTCCGTGAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTATCACAGAGAAAGGAGCCTCAGTTGAGGAAATGCCTCCGTGAGAT  650

seq1  CCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGTGGGAGGGCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTAAGGCATTTTCTCAATTAGTGATCAAGGGTGGGAGGGCCCAT  700

seq1  TGTGGGTGGTACCATCCCTGGCTTGTAGTCCTGGGTTCTATAAGAAAACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGGTGGTACCATCCCTGGCTTGTAGTCCTGGGTTCTATAAGAAAACA  750

seq1  AGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTCACATCCCTCCATGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGTCACATCCCTCCATGGC  800

seq1  TCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGGGTTCCAGTCCTGACTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGGGTTCCAGTCCTGACTTC  850

seq1  CTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTATAAGCTGAATAAACCTTTTCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTGATGAACAGCAGTATGGAAGTATAAGCTGAATAAACCTTTTCCT  900

seq1  CCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGTTTGTGCAGGAATAGAAACCTGACTAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
seq2  CCCCAACTTGCTTCTTGGTCATGTTTGTGCAGG-ATAGAAACCTGACT-A  948

seq1  GACAATGATGAAGAGTTAGGTTTTGTTGTTGTGGTTTTGTTCTGTTTGTT  1000
      ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||||||||||||
seq2  GAC-ATGATGAAGAGTTAGG-TTTGTTG-TGTGG-TTTGTTCTGTTTGTT  994

seq1  TTTCTTTTGCATAAACACTCTAAAAAAATTCCTTCCTTTAACATACTGA-  1049
      ||   ||||||| ||||||||||||||  | |||||||||||||||||| 
seq2  TT--CTTTGCAT-AACACTCTAAAAAA--TTCTTCCTTTAACATACTGAT  1039

seq1  TTTGGTAGCCGGGCATGGTGGCTCACACCTTTAATCCCAGCACTTGGG-A  1098
      |||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||||| |||| |
seq2  TTTGGTAGCC-GGCATGGTGGCTCACACTTTTTATCCCAGCACCTGGGAA  1088

seq1  GGCAGAGGCAGGCGGATTT  1117
      |||| |||||||| |||||
seq2  GGCAAAGGCAGGC-GATTT  1106

seq1: chr8_13460351_13461485
seq2: B6Ng01-095E03.g_69_1194 (reverse)

seq1  TCAGAGATACAACCCCAGCAAATGTGGA-GAGAGATTTGTCTTTATTGTT  49
      ||||||   ||||||||   |||||||| ||||||||||||||   ||||
seq2  TCAGAGTATCAACCCCAAGCAATGTGGAGGAGAGATTTGTCTTATATGTT  50

seq1  TTTAAAGGTTTATTTATCATGTATACAGCATTCTGCCTGCATGTACACCT  99
      ||  |||||||||||||||||||| ||||| |||| ||||||||| ||||
seq2  TT--AAGGTTTATTTATCATGTAT-CAGCA-TCTG-CTGCATGTAAACCT  95

seq1  GCATGAGAAAAGAAGGTTTCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACC  149
      ||||||| ||||||| ||  |||||||| ||||||| ||||||||||| |
seq2  GCATGAG-AAAGAAGATTCAAGATCTCAATACAGAT-GTTGTGAGCCA-C  142

seq1  ATGTGGTTGCTGGGAATTGAATTCAGGACCCCTGGAAGAGCAGCCAGTGC  199
      ||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTTGCTGGGAATTGAA-TCA-GACCCCT-GAAGAGCAGCCAGTGC  189

seq1  TCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGTCCAATGGTACACTGACCTCAGGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACTGCTGAGCCATCTCTCCAGTCCAATGGTACACTGACCTCAGGA  239

seq1  -CCAAGGAAGTACTGTTGGGACTGTAACTCATGGTCACACTTGGGCAAGA  298
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGAAGTACTGTTGGGACTGTAACTCATGGTCACACTTGGGCAAGA  289

seq1  GTTTCTTTTTCCTTGAGGGTCTCTGCCTTTTTTCTTAAGGTCTGCAACTG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTTTTTCCTTGAGGGTCTCTGCCTTTTTTCTTAAGGTCTGCAACTG  339

seq1  ATTGGACTAGAAGCCCTGACAGTAGGGTACCAGCTTACTCAAAGTCACTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGACTAGAAGCCCTGACAGTAGGGTACCAGCTTACTCAAAGTCACTG  389

seq1  ATTAATTACATCTGAAAAATAACTTCCTTAAACTTCTAGACTATGGCTGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATTACATCTGAAAAATAACTTCCTTAAACTTCTAGACTATGGCTGA  439

seq1  CCACATTTGGCTGCTACCACAATAATCACCATGCTGTGTTGGGAATGTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATTTGGCTGCTACCACAATAATCACCATGCTGTGTTGGGAATGTTA  489

seq1  ATGGTCTTGCTGTCTTTAGTGAGTGTCAAGTCCTGGCTGTAGTTGTCCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTTGCTGTCTTTAGTGAGTGTCAAGTCCTGGCTGTAGTTGTCCCT  539

seq1  GGATCTTCTAGTTAGTGCTAGTGAAAGCTGACTGGGCTAAGCAGGCCAAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTTCTAGTTAGTGCTAGTGAAAGCTGACTGGGCTAAGCAGGCCAAC  589

seq1  CAAGCCAGGAGTTTGGAGACCTTCCTGTGTCCCCAACAGCTTTAGAAGCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCAGGAGTTTGGAGACCTTCCTGTGTCCCCAACAGCTTTAGAAGCC  639

seq1  AGGTCTGTGTCAATCAGATGCTGTCCAGGCTGACATCTGACGTCTCTTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTGTGTCAATCAGATGCTGTCCAGGCTGACATCTGACGTCTCTTGG  689

seq1  CTGTTCTAGACTGGAGAGGCCTTCTGAGAGGCCCGATGAGCCGGTGCCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTAGACTGGAGAGGCCTTCTGAGAGGCCCGATGAGCCGGTGCCTC  739

seq1  CTGGTCTGGTAAGCTGCTGGGTCAAGGTGGTGCTGGTGTATATGCTGGAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTGGTAAGCTGCTGGGTCAAGGTGGTGCTGGTGTATATGCTGGAC  789

seq1  AGCGTAGCTGAGTCCCCCCACCTGCTGATCGAGGACGCCTCTCTGTTTAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGTAGCTGAGTCCCCCCACCTGCTGATCGAGGACGCCTCTCTGTTTAA  839

seq1  TTGCAGCCCTCCAGTGCCCCGCCAGCCTCGGCCTCTGCTGACCTCTCTCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGCCCTCCAGTGCCCCGCCAGCCTCGGCCTCTGCTGACCTCTCTCT  889

seq1  GCCTGAGGACACAGAGTCTCCCTCCCAGTGCCAGCCCAGCCGTGGGTGTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGGACACAGAGTCTCCCTCCCAGTGCCAGCCCAGCCGTGGGTGTT  939

seq1  CCCATGCTCCTTCACCCTGCACACCAGCCTACTTCCTCCCAGGGGAGAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCTCCTTCACCCTGCACACCAGCCTACTTCCTCCCAGGGGAGAAG  989

seq1  CCACCCCCCTACGCACCCTGACACAGAGGAGGTCGTAGACTAAAAAGTAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCCCCCTACGCACCCTGACACAGAGGAGGTCGTAGACTAAAAAGTAA  1039

seq1  TGTGGTTTGGGTTTTTCCCAAAATATAACAACAAAATAAAGCCGCATATA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTTTGGGTTTTTCCCAAAATATAACAACAAAATAAAGCCGCATATA  1089

seq1  GAAAGCCCGCTTCTGCAGCCAGCCTCATAGAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCCCGCTTCTGCAGCCAGCCTCATAGAGAATTC  1126