BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-108C24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 7,463,673 - 7,635,141
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG665127, EG546032
Downstream geneLOC100039836, Efnb2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-108C24.bB6Ng01-108C24.g
ACCDH915436DH915437
length9851,121
definitionDH915436|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108C24, 5' end.DH915437|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-108C24, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,463,673 - 7,464,506)(7,634,019 - 7,635,141)
sequence
gaattcctcaatttgtctcctcccaggagacttctaggttgtgttaagtt
acagttaaatctatggaggcattgcacaatgacacaaaagagtactaagc
aatataacagagaagcagaatcagatgatccagccctgcttgctgtggaa
gagaagcataaacgacaagaatacatgtgcattgtactattatccatatt
tttagtgttgtattgtggaattatcctcgcacaccctcacagaaagtaca
gatgaaaataaatggcagttcctctactctacaacaggcctggtggtatt
tacatattttagatattttatcatcacaattatgactgaggccagagaag
gcagtccatttaggagatcaggcatgccataggcccagggatagtccctg
ttccatttgtagggggacctgcatgaagaccaaggtgctcatctgctaca
ttatgtgtaggaggcctagatccagcctgtacttgctcttcggttggtga
tttagtctccgagagacccaaagtgtccttgttagttgactctgttgatc
atcctgtggagtctctgtccccatcaggtcctttggtctatttcccaact
cttccataaaactcccagagctccatctaatgtttgggtgtgagtctctg
catctctttctattgcctgtgtgtgaagcctcttagagaacagttatact
aggtccctttcagcaagcataacagagtatcattaatagtgtgaaggatt
ggttctcacacatgggatgagtctcatgggtcagtcattagttggtcatt
ctctcagtctctgctctttgtccctacacactagttggcagggcacattt
tgtgttgatggttttttgggtgggttgcttttcttatccctccactggga
atcctccctggctacaggaaatggacactgtgggatcccccactgctaag
agtcttagctagggtagcccccatagaccctcttg

gaattcaagaggcttactgagcacatacatcacgcatatacaaatataaa
cacaaggcctgttgaagtctcaagctacagaatcaaaggacgagggtacc
atctgagaaagacctggcaacaactgacaaaggtacagaaaaagatcaag
aattattggttgatacaggacaggtgcaatttgtcagtctgctccagatg
catgtagactggtataacctcattttcttcattcacaatgtgtaagtaaa
ttttactaatattgttagccttctgtttgaagggacacaggagaattaaa
ggtctctttccctgtagacccagacataattctgctggacatgcagtcat
gtactatgaaacagggacagaatcaattgtactgagcttaatgaagtcct
ggctctctgccttttatatcctctaattgcacatggcataacatatttac
tccagccagaggacaaaatagtctaaggacagaagtcagctaaatgtatg
gccagataattgtactgaaattatcgagtcagcgtttggatccaaagcta
tttcagaattgagtgttggaccacatcacaaagaatccaggcttgtaagc
attctatctattataatgaatgttctcagtggtataatcccatatgcaat
aggtttggcaattctgagatctaagcattagtgtttcttcattcaaaata
atttcacgtttaatgtctgtttcttaagctacatatctgacttagtcaga
gataaatataggacgttctgtttgtcagtgcatttatatattgggataga
aatctctgttagtcgtccaattatatgtgctcctgattactgtaatacta
cagtatatatcaagatccatgttgggccagaattctaaaatacctataca
aaggacactcacaaagacatttcctcaaattaagtcatttctcctaatgg
tggcacttcttcactccagtaaggatgcatttttgagtctggcaggcatt
agagtggaatttcaggaccaattgtttgtacaagtagccattttctaata
attcattttttttctacatttgcctctggtgtgtatggagaatcagaaga
catgagagtctgttatctact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_7463673_7464506
seq2: B6Ng01-108C24.b_40_873

seq1  GAATTCCTCAATTTGTCTCCTCCCAGGAGACTTCTAGGTTGTGTTAAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAATTTGTCTCCTCCCAGGAGACTTCTAGGTTGTGTTAAGTT  50

seq1  ACAGTTAAATCTATGGAGGCATTGCACAATGACACAAAAGAGTACTAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTAAATCTATGGAGGCATTGCACAATGACACAAAAGAGTACTAAGC  100

seq1  AATATAACAGAGAAGCAGAATCAGATGATCCAGCCCTGCTTGCTGTGGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAACAGAGAAGCAGAATCAGATGATCCAGCCCTGCTTGCTGTGGAA  150

seq1  GAGAAGCATAAACGACAAGAATACATGTGCATTGTACTATTATCCATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCATAAACGACAAGAATACATGTGCATTGTACTATTATCCATATT  200

seq1  TTTAGTGTTGTATTGTGGAATTATCCTCGCACACCCTCACAGAAAGTACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTTGTATTGTGGAATTATCCTCGCACACCCTCACAGAAAGTACA  250

seq1  GATGAAAATAAATGGCAGTTCCTCTACTCTACAACAGGCCTGGTGGTATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAATAAATGGCAGTTCCTCTACTCTACAACAGGCCTGGTGGTATT  300

seq1  TACATATTTTAGATATTTTATCATCACAATTATGACTGAGGCCAGAGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATATTTTAGATATTTTATCATCACAATTATGACTGAGGCCAGAGAAG  350

seq1  GCAGTCCATTTAGGAGATCAGGCATGCCATAGGCCCAGGGATAGTCCCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCCATTTAGGAGATCAGGCATGCCATAGGCCCAGGGATAGTCCCTG  400

seq1  TTCCATTTGTAGGGGGACCTGCATGAAGACCAAGGTGCTCATCTGCTACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTTGTAGGGGGACCTGCATGAAGACCAAGGTGCTCATCTGCTACA  450

seq1  TTATGTGTAGGAGGCCTAGATCCAGCCTGTACTTGCTCTTCGGTTGGTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGTGTAGGAGGCCTAGATCCAGCCTGTACTTGCTCTTCGGTTGGTGA  500

seq1  TTTAGTCTCCGAGAGACCCAAAGTGTCCTTGTTAGTTGACTCTGTTGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTCTCCGAGAGACCCAAAGTGTCCTTGTTAGTTGACTCTGTTGATC  550

seq1  ATCCTGTGGAGTCTCTGTCCCCATCAGGTCCTTTGGTCTATTTCCCAACT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGTGGAGTCTCTGTCCCCATCAGGTCCTTTGGTCTATTTCCCAACT  600

seq1  CTTCCATAAAACTCCCAGAGCTCCATCTAATGTTTGGGTGTGAGTCTCTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCATAAAACTCCCAGAGCTCCATCTAATGTTTGGGTGTGAGTCTCTG  650

seq1  CATCTCTTTCTATTGCCTGTGTGTGAAGCCTCTTAGAGAACAGTTATACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTTTCTATTGCCTGTGTGTGAAGCCTCTTAGAGAACAGTTATACT  700

seq1  AGGTCCCTTTCAGCAAGCATAACAGAGTATCATTAATAGTGTGAAGGATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCTTTCAGCAAGCATAACAGAGTATCATTAATAGTGTGAAGGATT  750

seq1  GGTTCTCACACATGGGATGAGTCTCATGGGTCAGTCATTAGTTGGTCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCACACATGGGATGAGTCTCATGGGTCAGTCATTAGTTGGTCATT  800

seq1  CTCTCAGTCTCTGCTCTTTGTCCCTACACACTAG  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGTCTCTGCTCTTTGTCCCTACACACTAG  834


seq1: chr8_7634019_7635141
seq2: B6Ng01-108C24.g_65_1185 (reverse)

seq1  AGTAGATAACAGACTCTCAATTGTCTTCTGA-TCT-CATACACA-CAGA-  46
      |||||||||||||||||||  |||||||||| ||| |||||||| |||| 
seq2  AGTAGATAACAGACTCTCA--TGTCTTCTGATTCTCCATACACACCAGAG  48

seq1  GCAAATTTTTAGAAAAAAAATTGAATTATTAG-AAATGGCTACTTGTACA  95
      |||||  | ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAAA--TGTAGAAAAAAAA-TGAATTATTAGAAAATGGCTACTTGTACA  95

seq1  TACAATTTGGTTCTGAAATTCCACTCTAATGCCTTGCCAGACTCAAAAAT  145
       |||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AACAA-TTGGTCCTGAAATTCCACTCTAATGCC-TGCCAGACTCAAAAAT  143

seq1  GCATCCTTACTGGAGTGGAGAAGTGCCACCATTAGGAGAAATGACTTAAT  195
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCTTACTGGAGTGAAGAAGTGCCACCATTAGGAGAAATGACTTAAT  193

seq1  TTGAGGAAATGTCTTTGTGAGTGTCCTTTGTATAGGTATTTTAGAATTCT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGGAAATGTCTTTGTGAGTGTCCTTTGTATAGGTATTTTAGAATTCT  243

seq1  GGCCCAACATGGATCTTGATATATACTGTAGTATTACAGTAATCAGGAGC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAACATGGATCTTGATATATACTGTAGTATTACAGTAATCAGGAGC  293

seq1  ACATATAATTGGACGACTAACAGAGATTTCTATCCCAATATATAAATGCA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAATTGGACGACTAACAGAGATTTCTATCCCAATATATAAATGCA  343

seq1  CTGACAAACAGAACGTCCTATATTTATCTCTGACTAAGTCAGATATGTAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAAACAGAACGTCCTATATTTATCTCTGACTAAGTCAGATATGTAG  393

seq1  CTTAAGAAACAGACATTAAACGTGAAATTATTTTGAATGAAGAAACACTA  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGAAACAGACATTAAACGTGAAATTATTTTGAATGAAGAAACACTA  443

seq1  ATGCTTAGATCTCAGAATTGCCAAACCTATTGCATATGGGATTATACCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTAGATCTCAGAATTGCCAAACCTATTGCATATGGGATTATACCAC  493

seq1  TGAGAACATTCATTATAATAGATAGAATGCTTACAAGCCTGGATTCTTTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAACATTCATTATAATAGATAGAATGCTTACAAGCCTGGATTCTTTG  543

seq1  TGATGTGGTCCAACACTCAATTCTGAAATAGCTTTGGATCCAAACGCTGA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTGGTCCAACACTCAATTCTGAAATAGCTTTGGATCCAAACGCTGA  593

seq1  CTCGATAATTTCAGTACAATTATCTGGCCATACATTTAGCTGACTTCTGT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGATAATTTCAGTACAATTATCTGGCCATACATTTAGCTGACTTCTGT  643

seq1  CCTTAGACTATTTTGTCCTCTGGCTGGAGTAAATATGTTATGCCATGTGC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGACTATTTTGTCCTCTGGCTGGAGTAAATATGTTATGCCATGTGC  693

seq1  AATTAGAGGATATAAAAGGCAGAGAGCCAGGACTTCATTAAGCTCAGTAC  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGAGGATATAAAAGGCAGAGAGCCAGGACTTCATTAAGCTCAGTAC  743

seq1  AATTGATTCTGTCCCTGTTTCATAGTACATGACTGCATGTCCAGCAGAAT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGATTCTGTCCCTGTTTCATAGTACATGACTGCATGTCCAGCAGAAT  793

seq1  TATGTCTGGGTCTACAGGGAAAGAGACCTTTAATTCTCCTGTGTCCCTTC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTGGGTCTACAGGGAAAGAGACCTTTAATTCTCCTGTGTCCCTTC  843

seq1  AAACAGAAGGCTAACAATATTAGTAAAATTTACTTACACATTGTGAATGA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGAAGGCTAACAATATTAGTAAAATTTACTTACACATTGTGAATGA  893

seq1  AGAAAATGAGGTTATACCAGTCTACATGCATCTGGAGCAGACTGACAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGAGGTTATACCAGTCTACATGCATCTGGAGCAGACTGACAAAT  943

seq1  TGCACCTGTCCTGTATCAACCAATAATTCTTGATCTTTTTCTGTACCTTT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTGTCCTGTATCAACCAATAATTCTTGATCTTTTTCTGTACCTTT  993

seq1  GTCAGTTGTTGCCAGGTCTTTCTCAGATGGTACCCTCGTCCTTTGATTCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTTGTTGCCAGGTCTTTCTCAGATGGTACCCTCGTCCTTTGATTCT  1043

seq1  GTAGCTTGAGACTTCAACAGGCCTTGTGTTTATATTTGTATATGCGTGAT  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGCTTGAGACTTCAACAGGCCTTGTGTTTATATTTGTATATGCGTGAT  1093

seq1  GTATGTGCTCAGTAAGCCTCTTGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGCTCAGTAAGCCTCTTGAATTC  1121


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |