BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-112A11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 114,748,786 - 114,880,833
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042040
Upstream geneGlg1, Rfwd3, LOC547023, Mlkl, Fa2h, Wdr59, Znrf1, Ldhd, Zfp1, Ctrb1, Bcar1, Cfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498
Downstream geneCntnap4, LOC100042061
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-112A11.bB6Ng01-112A11.g
ACCDH918209DH918210
length6561,099
definitionDH918209|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112A11, 5' end.DH918210|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-112A11, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(114,880,178 - 114,880,833)(114,748,786 - 114,749,893)
sequence
gaattcaccaataatcaataataatgagttggtcacacttaaagctattt
atcatgtcaattttcaacaacacactaatacagagaaatcagggtgatga
gtttctccagactcagagcacagcttctacagcaagcacctgtctctccc
tgagcatctgcccacccccacctccttctctggctgaagtatgtcaaaat
tgacctccagacattacagcctttacctgaaatatatctgaatttatttt
tcagttaaggaccatactggctcacagtttgggaggcaggtgtctgacat
cacagtctttgctcactgagagctgtcttctccctgaagctggggctttc
tcctacccttcctccctcatcttcagttccttctttccttctttcttttc
ctcctactcctccccatccctcctctctccacacctggaagcttgccaca
ttgttctgaaagccctaccttctcccttttccacctcacatgtctcccac
aacaagctctggacacatctaatctcatcttggcagctgattctccaaca
ccagaagcacactaatagtaaatgtaaaacatttttaaaagaaagagaga
gggagggaagaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaaggaagg
aaggaa
gaattcctcagctctgcaagggagcaggtgcttgggacttagcttgtgtg
atggtctaggcctctctgctgtgaacacaacttagaagagagctgaggtc
tgtttatgatttaagccaccagtgagtgccaccaagggaaggtgtataat
ggaaatacactatgtatatatacacgtacacacacacacacacacacaca
atgtgtacgtatgtatgtttgcatgtgtgagtgccaagacatgtacatgt
atttatttgtgcacatgtgtgtggaggccagatgttgactctgggtgcct
tcttctttaaaaggataaagttgtttccacttcatcctttggggcagtgg
ttctgagccttggaatgggcttccttgtctaaatctgcccagagccagat
agcaactgcttgtatgacttagtgactcctcttcccgctgtctggaggag
agacaacggtccctcatcaaccccatggaattttactagttcccacagca
caaggctggcggcaccttggcagcctcctttgcatcgatgcaatggtggg
aactgcctgctttatgacagcagcttgcagctacttacagcccctgtggg
tgaggtagaaaaatagagccacacgcatgcaggggtcactgtcattcttg
ggagtcttcagacctcagtcatcagatgaacttctaaaaatacctctgtc
tggatgcttcacaggccaattagatcagaatagctggggatgtggctcgg
gcatcagtatatcttaaagtcttcacatgcgactctaatgtaaggctgga
gttgcaaattacttgtttaatatgccccagactacccacacgagtcactg
aaagaggtgataattttgaggcaaaccaataaagagataacatagctcta
actcagaacaaaaacctcctcagttggatggaacagaacaacagcaaaac
aactactttgggggaaaaattggaagattataattgactaaagaatgaaa
aaaaatgagacctcattaattttttctttttagaaaaaatatttctgctt
tgttttactaaggtgttttgttgtgagtgccacctggttggcaggtccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_114880178_114880833
seq2: B6Ng01-112A11.b_49_704 (reverse)

seq1  TTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCTTC  50

seq1  CCTCCCTCTCTCTTTCTTTTAAAAATGTTTTACATTTACTATTAGTGTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTCTCTCTTTCTTTTAAAAATGTTTTACATTTACTATTAGTGTGC  100

seq1  TTCTGGTGTTGGAGAATCAGCTGCCAAGATGAGATTAGATGTGTCCAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGTGTTGGAGAATCAGCTGCCAAGATGAGATTAGATGTGTCCAGAG  150

seq1  CTTGTTGTGGGAGACATGTGAGGTGGAAAAGGGAGAAGGTAGGGCTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTGTGGGAGACATGTGAGGTGGAAAAGGGAGAAGGTAGGGCTTTCA  200

seq1  GAACAATGTGGCAAGCTTCCAGGTGTGGAGAGAGGAGGGATGGGGAGGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGTGGCAAGCTTCCAGGTGTGGAGAGAGGAGGGATGGGGAGGAG  250

seq1  TAGGAGGAAAAGAAAGAAGGAAAGAAGGAACTGAAGATGAGGGAGGAAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGGAAAAGAAAGAAGGAAAGAAGGAACTGAAGATGAGGGAGGAAGG  300

seq1  GTAGGAGAAAGCCCCAGCTTCAGGGAGAAGACAGCTCTCAGTGAGCAAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGAAAGCCCCAGCTTCAGGGAGAAGACAGCTCTCAGTGAGCAAAG  350

seq1  ACTGTGATGTCAGACACCTGCCTCCCAAACTGTGAGCCAGTATGGTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGATGTCAGACACCTGCCTCCCAAACTGTGAGCCAGTATGGTCCTT  400

seq1  AACTGAAAAATAAATTCAGATATATTTCAGGTAAAGGCTGTAATGTCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAAAATAAATTCAGATATATTTCAGGTAAAGGCTGTAATGTCTGG  450

seq1  AGGTCAATTTTGACATACTTCAGCCAGAGAAGGAGGTGGGGGTGGGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAATTTTGACATACTTCAGCCAGAGAAGGAGGTGGGGGTGGGCAGA  500

seq1  TGCTCAGGGAGAGACAGGTGCTTGCTGTAGAAGCTGTGCTCTGAGTCTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCAGGGAGAGACAGGTGCTTGCTGTAGAAGCTGTGCTCTGAGTCTGG  550

seq1  AGAAACTCATCACCCTGATTTCTCTGTATTAGTGTGTTGTTGAAAATTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTCATCACCCTGATTTCTCTGTATTAGTGTGTTGTTGAAAATTGA  600

seq1  CATGATAAATAGCTTTAAGTGTGACCAACTCATTATTATTGATTATTGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAAATAGCTTTAAGTGTGACCAACTCATTATTATTGATTATTGGT  650

seq1  GAATTC  656
      ||||||
seq2  GAATTC  656

seq1: chr8_114748786_114749893
seq2: B6Ng01-112A11.g_69_1167

seq1  GAATTCCTCAGCTCTGCAAGGGAGCAGGTGCTTGGGACTTAGCTTGTGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCAGCTCTGCAAGGGAGCAGGTGCTTGGGACTTAGCTTGTGTG  50

seq1  ATGGTCTAGGCCTCTCTGCTGTGAACACAACTTAGAAGAGAGCTGAGGTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTCTAGGCCTCTCTGCTGTGAACACAACTTAGAAGAGAGCTGAGGTC  100

seq1  TGTTTATGATTTAAGCCACCAGTGAGTGCCACCAAGGGAAGGTGTATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTATGATTTAAGCCACCAGTGAGTGCCACCAAGGGAAGGTGTATAAT  150

seq1  GGGAAATACACTATGTATATATACACGTACACACACACACACACACACAC  200
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GGAAATACACTATGTATATATACACGTACACACACACACACACACACAC  199

seq1  AATGTGTACGTATGTATGTTTGCATGTGTGAGTGCCAAGACATGTACATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGTACGTATGTATGTTTGCATGTGTGAGTGCCAAGACATGTACATG  249

seq1  TATTTATTTGTGCACATGTGTGTGGAGGCCAGATGTTGACTCTGGGTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTGTGCACATGTGTGTGGAGGCCAGATGTTGACTCTGGGTGCC  299

seq1  TTCTTCTTTAAAAGGATAAAGTTGTTTCCACTTCATCCTTTGGGGCAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTTTAAAAGGATAAAGTTGTTTCCACTTCATCCTTTGGGGCAGTG  349

seq1  GTTCTGAGCCTTGGAATGGGCTTCCTTGTCTAAATCTGCCCAGAGCCAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTGAGCCTTGGAATGGGCTTCCTTGTCTAAATCTGCCCAGAGCCAGA  399

seq1  TAGCAACTGCTTGTATGACTTAGTGACTCCTCTTCCCGCTGTCTGGAGGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCAACTGCTTGTATGACTTAGTGACTCCTCTTCCCGCTGTCTGGAGGA  449

seq1  GAGACAACGGTCCCTCATCAACCCCATGGAATTTTACTAGTTCCCACAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACAACGGTCCCTCATCAACCCCATGGAATTTTACTAGTTCCCACAGC  499

seq1  ACAAGGCTGGCGGCACCTTGGCAGCCTCCTTTGCATCGATGCAATGGTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGGCTGGCGGCACCTTGGCAGCCTCCTTTGCATCGATGCAATGGTGG  549

seq1  GAACTGCCTGCTTTATGACAGCAGCTTGCAGCTACTTACAGCCCCTGTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCCTGCTTTATGACAGCAGCTTGCAGCTACTTACAGCCCCTGTGG  599

seq1  GTGAGGTAGAAAAATAGAGCCACACGCATGCAGGGGTCACTGTCATTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGTAGAAAAATAGAGCCACACGCATGCAGGGGTCACTGTCATTCTT  649

seq1  GGGAGTCTTCAGACCTCAGTCATCAGATGAACTTCTAAAAATACCTCTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTCTTCAGACCTCAGTCATCAGATGAACTTCTAAAAATACCTCTGT  699

seq1  CTGGATGCTTCACAGGCCAATTAGATCAGAATAGCTGGGGATGTGGCTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATGCTTCACAGGCCAATTAGATCAGAATAGCTGGGGATGTGGCTCG  749

seq1  GGCATCAGTATATCTTAAAGTCTTCACATGCGACTCTAATGTAAGGCTGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCAGTATATCTTAAAGTCTTCACATGCGACTCTAATGTAAGGCTGG  799

seq1  AGTTGCAAATTACTTGTTTAATATGCCCCAGACTACCCACACGAGTCACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGCAAATTACTTGTTTAATATGCCCCAGACTACCCACACGAGTCACT  849

seq1  GAAAGAGGTGATTAATTTTGAGGCAAACCAATAAAGAGATAACATAGCTC  900
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGTGA-TAATTTTGAGGCAAACCAATAAAGAGATAACATAGCTC  898

seq1  TAACTCAGAACAAAAACCTCCTCAGTTGGATGGAACAGAACAACAGCAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTCAGAACAAAAACCTCCTCAGTTGGATGGAACAGAACAACAGCAAA  948

seq1  ACAACTACTTTGGGGGAAAAAATTGGAAGATTATAATTGACTAAAGAATG  1000
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTACTTTGGGGG-AAAAATTGGAAGATTATAATTGACTAAAGAATG  997

seq1  AAAAAAAAATTGAGGACCTCATTAATATTTTTCTTTTTAGAAAAAATATT  1050
      ||||||||  ||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAA--TGA-GACCTCATTAAT-TTTTTCTTTTTAGAAAAAATATT  1043

seq1  TCTGCTTTTGTTTTTACTTATGTGTATGTGTGTGAGTGCACACAT-GTGT  1099
      ||||||||   ||||||| | |||| |   ||||||||| ||| | ||  
seq2  TCTGCTTT--GTTTTACTAAGGTGTTTTGTTGTGAGTGC-CACCTGGTTG  1090

seq1  GCAGGTCCC  1108
      |||||||||
seq2  GCAGGTCCC  1099