BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-114N16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 129,906,503 - 130,048,560
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3
Upstream geneSlc35f3, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1
Downstream geneEG628847, Nrp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-114N16.bB6Ng01-114N16.g
ACCDH920270DH920271
length1,1451,118
definitionDH920270|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N16, 5' end.DH920271|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-114N16, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,906,503 - 129,907,644)(130,047,433 - 130,048,560)
sequence
gaattccttatggtacctttaccaggataacaactgcttaatgtttctga
catatttacctcaaaatgttttcatcatttgttctcagctgtctttgtag
catagcgataaactttgtacattttttttaacttaaaaactttattatct
tcaaggctattctggattaattacctttaggtaatttttttttcttgttg
tgaaaatctaagaaagttctcttcatccacctcttctgtaatgaattttt
ttcaaaacctaattttagtaatggttcttaaaacactttaacctcccttt
catccctccagaggtagtgggaaagaaaggatatgggggaagtggacctg
tttaggaacattcttggaagcaactcctgtctgtggtgtctggaaatcaa
cagttcagttcagttaccagtggcagctcgatccacttgtaaacacttca
tgaatatattagcagtccagcttggtagagtagggatatcaaacaagaat
ccacaacagtggcactacctaacagagacagccaggcctcagcctcagca
cgagtcagcagaaaggaccaggaggaataccaggagaagttctctgctgt
gcctctctaagcaaagcaaagatcagtgaagactcgagacccacaagaga
ggcacaactagctctgtaagcaatctagttcaactgccatcattgtccat
tgagtcctatttataccctacaaacatcccatgtcctccatgagtcttgc
ctcagttgacatcagtctgccaatcaacccaagtccactgaagtggcaag
aaactgcagcacaccaccagaagtctgtgtttctctttatggagtcccga
caaatgcagcttaactactcaatgtaaggcagaccaatacatgcatgtca
tcagtgaagaattcttcatcacgtgtcctttcacatgcttgtttgaacag
aatatcctttcacctatgtctgcttcagcgaaatgttccttcatgtgttt
gccgcagcaaacacatgcaactgactttccagggaaccctgaagttttta
ctcattcttccatttgttagcccctcttgaacattggacttcagtttcag
gccttttctttgcattgcgggcttcaacctgtttctcactgtata
cagagcctgagctctttcacgcttgcgggatgaacctatctgatgatctc
tttatatttagtatcttatattgataatctggatactggaaaaactattc
ctgcagtgacctagattgccctagtgtgctacctggagtgggaggaaata
ttttaatccagttgaaaacaaatctgtaaagtactcatatgtctctgtgg
aagtttaaaaaataatatttaagagctagaatgtagcttaggtagtagag
aatttatgcatcatgtgcaaaagccccaaccctgcataaggcttacactg
tgtttacactaggcttacacttcaaacacttgagacatggaaacagaagg
atggaaaattacaaggccatctttagctatataacagacttaaggccagg
ttagaccacattagaccctctctcaaaaacccaaacctaaaccaaggata
tttataaaggaaacactccccaagcctcttcacgtgctttgtgaggactc
ttccagctgcactgtgcaggaagggtcagatgcagaggctcccctggcca
aattctgaagggtgccaactccagaaaggtgatggaggtcaagaacagca
aggggtgaggcaggtgggagtcaagaccttaggtgctaagaaaagaagcg
tgagagcaccctggtctctagaaagtggagcaccctgtcccctgggaccc
atgtgggctaggagggcaggcagccactttgtaccaggacactaagagag
agagatctttcatagacccattcaatatatataatgcagtagtcagtcat
acatcatctcatggaacaagcacaaaggtaccggagcagaggaaaggtaa
ctctgggagaggaagagtgagacctttgccagtccgtgccaagactgtaa
gtgaagctatagtgtactgaccactgtgtcagcacctggtaacccacagc
tctgcagttggggtttgaaaccacactggaggtatgggggtgtcagtgct
tgtgagctgacctagccaacaggagttagtgacaccttgcctgctgctgg
gttctgcttagatcttcatatctcttaagctggccttcctcccacatcag
taacagatcaacctccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_129906503_129907644
seq2: B6Ng01-114N16.b_45_1189

seq1  GAATTCCTTATGGTACCTTTACCAGGATAACAACTGCTTAATGTTTCTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTATGGTACCTTTACCAGGATAACAACTGCTTAATGTTTCTGA  50

seq1  CATATTTACCTCAAAATGTTTTCATCATTTGTTCTCAGCTGTCTTTGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTACCTCAAAATGTTTTCATCATTTGTTCTCAGCTGTCTTTGTAG  100

seq1  CATAGCGATAAACTTTGTACATTTTTTTTAACTTAAAAACTTTATTATCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCGATAAACTTTGTACATTTTTTTTAACTTAAAAACTTTATTATCT  150

seq1  TCAAGGCTATTCTGGATTAATTACCTTTAGGTAATTTTTTTTTCTTGTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCTATTCTGGATTAATTACCTTTAGGTAATTTTTTTTTCTTGTTG  200

seq1  TGAAAATCTAAGAAAGTTCTCTTCATCCACCTCTTCTGTAATGAATTTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAATCTAAGAAAGTTCTCTTCATCCACCTCTTCTGTAATGAATTTTT  250

seq1  TTCAAAACCTAATTTTAGTAATGGTTCTTAAAACACTTTAACCTCCCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAACCTAATTTTAGTAATGGTTCTTAAAACACTTTAACCTCCCTTT  300

seq1  CATCCCTCCAGAGGTAGTGGGAAAGAAAGGATATGGGGGAAGTGGACCTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCCTCCAGAGGTAGTGGGAAAGAAAGGATATGGGGGAAGTGGACCTG  350

seq1  TTTAGGAACATTCTTGGAAGCAACTCCTGTCTGTGGTGTCTGGAAATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGAACATTCTTGGAAGCAACTCCTGTCTGTGGTGTCTGGAAATCAA  400

seq1  CAGTTCAGTTCAGTTACCAGTGGCAGCTCGATCCACTTGTAAACACTTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCAGTTCAGTTACCAGTGGCAGCTCGATCCACTTGTAAACACTTCA  450

seq1  TGAATATATTAGCAGTCCAGCTTGGTAGAGTAGGGATATCAAACAAGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATATTAGCAGTCCAGCTTGGTAGAGTAGGGATATCAAACAAGAAT  500

seq1  CCACAACAGTGGCACTACCTAACAGAGACAGCCAGGCCTCAGCCTCAGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAACAGTGGCACTACCTAACAGAGACAGCCAGGCCTCAGCCTCAGCA  550

seq1  CGAGTCAGCAGAAAGGACCAGGAGGAATACCAGGAGAAGTTCTCTGCTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGTCAGCAGAAAGGACCAGGAGGAATACCAGGAGAAGTTCTCTGCTGT  600

seq1  GCCTCTCTAAGCAAAGCAAAGATCAGTGAAGACTCGAGACCCACAAGAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTCTAAGCAAAGCAAAGATCAGTGAAGACTCGAGACCCACAAGAGA  650

seq1  GGCACAACTAGCTCTGTAAGCAATCTAGTTCAACTGCCATCATTGTCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACAACTAGCTCTGTAAGCAATCTAGTTCAACTGCCATCATTGTCCAT  700

seq1  TGAGTCCTATTTATACCCTACAAACATCCCATGTCCTCCATGAGTCTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCCTATTTATACCCTACAAACATCCCATGTCCTCCATGAGTCTTGC  750

seq1  CTCAGTTGACATCAGTCTGCCAATCAACCCAAGTCCACTGAAGTGGCAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGTTGACATCAGTCTGCCAATCAACCCAAGTCCACTGAAGTGGCAAG  800

seq1  AAACTGCAGCACACCACCAGAAGTCTGTGTTTCTCTTTATGGAGTCCCGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCAGCACACCACCAGAAGTCTGTGTTTCTCTTTATGGAGTCCCGA  850

seq1  CAAATGCAGCTTAACTACTCAATGTAAGGCAGACCAATACATGCATGTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCAGCTTAACTACTCAATGTAAGGCAGACCAATACATGCATGTCA  900

seq1  TCAGTGAAGAATTCTTCATCACGTGTCCTTTCACATGCTTGTTTGAACAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTGAAGAATTCTTCATCACGTGTCCTTTCACATGCTTGTTTGAACAG  950

seq1  AATATCCTTTCACCTATGTCTGCTTCAGCGAAATGTTCCTTCATGTG-TT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATATCCTTTCACCTATGTCTGCTTCAGCGAAATGTTCCTTCATGTGTTT  1000

seq1  GCCGCAGCAAAACACCATGCAACTGACTTTCCAAGGAACCCTGAAGTTTT  1049
      |||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCCGCAGC-AAACA-CATGCAACTGACTTTCCAGGGAACCCTGAAGTTTT  1048

seq1  TACTTCATCTTCCA-TTGTTAG-CACTCTGGAACATTTGAACTTCAGTTT  1097
      ||||   ||||||| ||||||| | |||| ||||| ||| ||||||||||
seq2  TACTCATTCTTCCATTTGTTAGCCCCTCTTGAACA-TTGGACTTCAGTTT  1097

seq1  CA-GCCTTTTCCTTCCA-TGCGGGCTTCACACTG-TTCTCACTGTATA  1142
      || |||||||| || || |||||||||||  ||| |||||||||||||
seq2  CAGGCCTTTTCTTTGCATTGCGGGCTTCAACCTGTTTCTCACTGTATA  1145

seq1: chr8_130047433_130048560
seq2: B6Ng01-114N16.g_78_1195 (reverse)

seq1  CTGGAGTGTTGATCCTTGTTACTGATGGTGGGAAGAAAGCCAGCTTAAGG  50
      |||||| |||||||  |||||||||| |||||| ||| ||||||||||| 
seq2  CTGGAG-GTTGATC--TGTTACTGAT-GTGGGAGGAAGGCCAGCTTAAGA  46

seq1  AGTATGAAAGATCCTAAGCAGAACCAGGCAGGCAGGCAAGGTGTCACCTA  100
        |||| ||||| ||||||||||||  ||| ||||||||||||||| |||
seq2  GATATG-AAGAT-CTAAGCAGAACCCAGCA-GCAGGCAAGGTGTCA-CTA  92

seq1  ACTCCTGTTGGCTAGGTCCAGCCTCCACAAGCACTGACA-CCCCATACCT  149
      ||||||||||||||||| ||||   |||||||||||||| ||||||||||
seq2  ACTCCTGTTGGCTAGGT-CAGC--TCACAAGCACTGACACCCCCATACCT  139

seq1  CCAGTGTGGTTTCAAACCCCAACTGCAGAGCTGTGGGTTACCAGGTGCTG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTGGTTTCAAACCCCAACTGCAGAGCTGTGGGTTACCAGGTGCTG  189

seq1  ACACAGTGGTCAGTACACTATAGCTTCACTTACAGTCTTGGCACGGACTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGGTCAGTACACTATAGCTTCACTTACAGTCTTGGCACGGACTG  239

seq1  GCAAAGGTCTCACTCTTCCTCTCCCAGAGTTACCTTTCCTCTGCTCCGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAGGTCTCACTCTTCCTCTCCCAGAGTTACCTTTCCTCTGCTCCGGT  289

seq1  ACCTTTGTGCTTGTTCCATGAGATGATGTATGACTGACTACTGCATTATA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTGTGCTTGTTCCATGAGATGATGTATGACTGACTACTGCATTATA  339

seq1  TATATTGAATGGGTCTATGAAAGATCTCTCTCTCTTAGTGTCCTGGTACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTGAATGGGTCTATGAAAGATCTCTCTCTCTTAGTGTCCTGGTACA  389

seq1  AAGTGGCTGCCTGCCCTCCTAGCCCACATGGGTCCCAGGGGACAGGGTGC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGGCTGCCTGCCCTCCTAGCCCACATGGGTCCCAGGGGACAGGGTGC  439

seq1  TCCACTTTCTAGAGACCAGGGTGCTCTCACGCTTCTTTTCTTAGCACCTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTTTCTAGAGACCAGGGTGCTCTCACGCTTCTTTTCTTAGCACCTA  489

seq1  AGGTCTTGACTCCCACCTGCCTCACCCCTTGCTGTTCTTGACCTCCATCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCTTGACTCCCACCTGCCTCACCCCTTGCTGTTCTTGACCTCCATCA  539

seq1  CCTTTCTGGAGTTGGCACCCTTCAGAATTTGGCCAGGGGAGCCTCTGCAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCTGGAGTTGGCACCCTTCAGAATTTGGCCAGGGGAGCCTCTGCAT  589

seq1  CTGACCCTTCCTGCACAGTGCAGCTGGAAGAGTCCTCACAAAGCACGTGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACCCTTCCTGCACAGTGCAGCTGGAAGAGTCCTCACAAAGCACGTGA  639

seq1  AGAGGCTTGGGGAGTGTTTCCTTTATAAATATCCTTGGTTTAGGTTTGGG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCTTGGGGAGTGTTTCCTTTATAAATATCCTTGGTTTAGGTTTGGG  689

seq1  TTTTTGAGAGAGGGTCTAATGTGGTCTAACCTGGCCTTAAGTCTGTTATA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGAGAGAGGGTCTAATGTGGTCTAACCTGGCCTTAAGTCTGTTATA  739

seq1  TAGCTAAAGATGGCCTTGTAATTTTCCATCCTTCTGTTTCCATGTCTCAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTAAAGATGGCCTTGTAATTTTCCATCCTTCTGTTTCCATGTCTCAA  789

seq1  GTGTTTGAAGTGTAAGCCTAGTGTAAACACAGTGTAAGCCTTATGCAGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGAAGTGTAAGCCTAGTGTAAACACAGTGTAAGCCTTATGCAGGG  839

seq1  TTGGGGCTTTTGCACATGATGCATAAATTCTCTACTACCTAAGCTACATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGCTTTTGCACATGATGCATAAATTCTCTACTACCTAAGCTACATT  889

seq1  CTAGCTCTTAAATATTATTTTTTAAACTTCCACAGAGACATATGAGTACT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCTCTTAAATATTATTTTTTAAACTTCCACAGAGACATATGAGTACT  939

seq1  TTACAGATTTGTTTTCAACTGGATTAAAATATTTCCTCCCACTCCAGGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACAGATTTGTTTTCAACTGGATTAAAATATTTCCTCCCACTCCAGGTA  989

seq1  GCACACTAGGGCAATCTAGGTCACTGCAGGAATAGTTTTTCCAGTATCCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTAGGGCAATCTAGGTCACTGCAGGAATAGTTTTTCCAGTATCCA  1039

seq1  GATTATCAATATAAGATACTAAATATAAAGAGATCATCAGATAGGTTCAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATCAATATAAGATACTAAATATAAAGAGATCATCAGATAGGTTCAT  1089

seq1  CCCGCAAGCGTGAAAGAGCTCAGGCTCTG  1128
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCAAGCGTGAAAGAGCTCAGGCTCTG  1118