BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-119E08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 129,473,334 - 129,628,193
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
Upstream geneKcnk1, Slc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20
Downstream geneEG628847
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-119E08.bB6Ng01-119E08.g
ACCDH923531DH923532
length1,1691,101
definitionDH923531|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119E08, 5' end.DH923532|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-119E08, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,627,019 - 129,628,193)(129,473,334 - 129,474,443)
sequence
gaattccaggacagccagagctatacagagaaaccctgtctctaaaaaca
aaaataataataataaatagatagataaattttgaggttggagagatagc
atagcaattaatagcacagattgcttctgcagagcagttgagtgtgtggg
tcccagaacacacattaggcagctcacaactgcttttaactccagtccca
gaggaccccatgcctctggcctccaagagcacttgctctcacatgtacac
atgtacatacttacacacacatgcaaacatacacatgcacacacacacac
aaacttacacacacacatacacatgccatgcaaacacatacatgcaaaca
cacacatacatgtgcacatacacatatgcacacacatataattttaaaaa
taagtcttttaaaaatactctttttgactaaatatctggcattgcatggg
ttcagttcccagcacccacacagtggtccacaaccatatatatctctaga
tccaggaaatccaccatcctcttctgagctccacaaacaccaagcatgca
catctatacatgcaggaaaaacaatcatatgcataaaaataaaataaata
aatcttttttttaaaaaacctgttcagaaacagaacacacaaaaaacgga
gaaaggaaaaccacaggggtccgtccaacccacacatttcttgaggccac
ttgctggcttttcttcagtgtgaggctctgaggtcaggcagggaacattt
tccacactgactctttcttgttaattccccagtgttccttatgaagcaat
aggtgcttagtcaaagacacacaagtccgggctggtacacgagaagatct
gatagcaacgaacattcctgtccttttaggtggaaacaatggagttttca
acattgtgtgctcagccccagcttcctgggagctttacaagaacacacca
aaatatactgatgagctgataaagatgatgacctctggaatatcatctca
cactgtggggaaagcaagagcagaggtgctttacagagcagagtaccaag
gagttcagttctagatgcaagactgttcacttcatccctgcgagcagcag
aagcactagactgctcatcataccatggcttctgtaccaactttcacagt
acaaataccggaacagctc
gaattctgttgttttagtttttctttattaacagaacgcatgactctcag
ttttcttcccattagctcagaattatttaacttcaaagcaagatgaacag
catctgtgttctgcaataaggagaaacattaatttccaccagaaagtgat
atgcaatgagactagtaggtcagaattcagtggtctatgtcagtcttcaa
gcttgtacacacaagtccttctagtctatgccctagaggtcagatccaag
ggtttggtcagccttgcttgaaccccttgttgctcatgttccactcacgg
ctacaggtggcgctcaagctgcttcactaaatgctcataatcaccaccac
aggttcactgttcatcatatgatgtctctttaaaacagtaatcagctcaa
aacacaactttcttaaaattcctgttgtaagcagaaggcaggaaagtcct
ctacagtcagagatgtgggactagacactagagggttctacttgagtcca
aaatcctattctattccaacacagaaccattaatactattttcaatgtta
aggagatattgaaagaactctacaagggtctcaaagaggcaagtaacatc
tagacacagtaacaaataagatcagtgtaatagagcaacacaaacctcac
acatttaagagtgttaaaagttccctggcaatacttatcaagagtcaaag
accctgggtgctggacgatgtctcactcagtagttaagagtacatttggt
tctttttggagaattggagttccaggcacctacctcccagctcagggagg
aatcccacaactctggcaggtgcatggacattcacatgcatgtatccaca
cagaccatatgcatccatgttaaaaataataaaaatgaatctcacatgca
tgtatcacacagaccatatgcatccatgttaaaaataataaaaatgaatc
tagtgccattaagtagtatgctatgttctttactgctgttagggaacact
gagtgaacactcaggtgtctgctcatctcacagagtaattcaagatttag
ttcctcctcatacccacacttgggcatgactagtactgtcagcatgtaca
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_129627019_129628193
seq2: B6Ng01-119E08.b_48_1216 (reverse)

seq1  GAGCTGTTCTGTGTATTTGTACTGTG-GAGTTGTTACAGAAGCCATTGGT  49
      ||||||||| | ||||||||||||||  ||||| ||||||||||| ||||
seq2  GAGCTGTTCCG-GTATTTGTACTGTGAAAGTTGGTACAGAAGCCA-TGGT  48

seq1  ATTGATGGAGCAGTCTATGTGC-TCTGCTGGCTCGCAGGGGATGAAGTTG  98
      | |||| |||||||||| |||| |||||| ||||||| ||||||||| ||
seq2  A-TGAT-GAGCAGTCTA-GTGCTTCTGCT-GCTCGCA-GGGATGAAG-TG  92

seq1  GACAGTCTTGCCTTCTAG-ACTGAACTCCTTGGTACTCTGCTCTGTAAAG  147
       ||||||||| | ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTCTTG-CATCTAGAACTGAACTCCTTGGTACTCTGCTCTGTAAAG  141

seq1  CACCTCTGCTCTTGCTTTCCCCACAGTGTGAGATGATATTCCAGAGGTCA  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTGCTCTTGCTTTCCCCACAGTGTGAGATGATATTCCAGAGGTCA  191

seq1  TCATCTTTTATCAGCTCATCAGTATATTTTGGTGTGTTCTTGTAAAGCT-  246
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TCATC-TTTATCAGCTCATCAGTATATTTTGGTGTGTTCTTGTAAAGCTC  240

seq1  CCAGGAAGCTGGGGCTGAGCACACAATGTTGAAAAACTCCATTGTTTCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CCAGGAAGCTGGGGCTGAGCACACAATGTTG-AAAACTCCATTGTTTCCA  289

seq1  CCTAAAAGGACAGG-ATGTTCGTTGCTATCAGATCTTCTCGTGTACCAGC  345
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAAGGACAGGAATGTTCGTTGCTATCAGATCTTCTCGTGTACCAGC  339

seq1  CCGGACTTGTGTGTCTTTGACTAAGCACCTATTGCTTCATAAGGAACACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTTGTGTGTCTTTGACTAAGCACCTATTGCTTCATAAGGAACACT  389

seq1  GGGGAATTAACAAGAAAGAGTCAGTGTGGAAAATGTTCCCTGCCTGACCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAATTAACAAGAAAGAGTCAGTGTGGAAAATGTTCCCTGCCTGACCT  439

seq1  CAGAGCCTCACACTGAAGAAAAGCCAGCAAGTGGCCTCAAGAAATGTGTG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCCTCACACTGAAGAAAAGCCAGCAAGTGGCCTCAAGAAATGTGTG  489

seq1  GGTTGGACGGACCCCTGTGGTTTTCCTTTCTCCGTTTTTTGTGTGTTCTG  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGACGGACCCCTGTGGTTTTCCTTTCTCCGTTTTTTGTGTGTTCTG  539

seq1  TTTCTGAACAGGTTTTTTAAAAAAAAGATTTATTTATTTTATTTTTATGC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAACAGGTTTTTTAAAAAAAAGATTTATTTATTTTATTTTTATGC  589

seq1  ATATGATTGTTTTTCCTGCATGTATAGATGTGCATGCTTGGTGTTTGTGG  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGATTGTTTTTCCTGCATGTATAGATGTGCATGCTTGGTGTTTGTGG  639

seq1  AGCTCAGAAGAGGATGGTGGATTTCCTGGATCTAGAGATATATATGGTTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGAAGAGGATGGTGGATTTCCTGGATCTAGAGATATATATGGTTG  689

seq1  TGGACCACTGTGTGGGTGCTGGGAACTGAACCCATGCAATGCCAGATATT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGACCACTGTGTGGGTGCTGGGAACTGAACCCATGCAATGCCAGATATT  739

seq1  TAGTCAAAAAGAGTATTTTTAAAAGACTTATTTTTAAAATTATATGTGTG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCAAAAAGAGTATTTTTAAAAGACTTATTTTTAAAATTATATGTGTG  789

seq1  TGCATATGTGTATGTGCACATGTATGTGTGTGTTTGCATGTATGTGTTTG  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATGTGTATGTGCACATGTATGTGTGTGTTTGCATGTATGTGTTTG  839

seq1  CATGGCATGTGTATGTGTGTGTGTAAGTTTGTGTGTGTGTGTGCATGTGT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGCATGTGTATGTGTGTGTGTAAGTTTGTGTGTGTGTGTGCATGTGT  889

seq1  ATGTTTGCATGTGTGTGTAAGTATGTACATGTGTACATGTGAGAGCAAGT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGCATGTGTGTGTAAGTATGTACATGTGTACATGTGAGAGCAAGT  939

seq1  GCTCTTGGAGGCCAGAGGCATGGGGTCCTCTGGGACTGGAGTTAAAAGCA  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGGAGGCCAGAGGCATGGGGTCCTCTGGGACTGGAGTTAAAAGCA  989

seq1  GTTGTGAGCTGCCTAATGTGTGTTCTGGGACCCACACACTCAACTGCTCT  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTGAGCTGCCTAATGTGTGTTCTGGGACCCACACACTCAACTGCTCT  1039

seq1  GCAGAAGCAATCTGTGCTATTAATTGCTATGCTATCTCTCCAACCTCAAA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCAATCTGTGCTATTAATTGCTATGCTATCTCTCCAACCTCAAA  1089

seq1  ATTTATCTATCTATTTATTATTATTATTTTTGTTTTTAGAGACAGGGTTT  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATCTATCTATTTATTATTATTATTTTTGTTTTTAGAGACAGGGTTT  1139

seq1  CTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAATTC  1175
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAATTC  1169

seq1: chr8_129473334_129474443
seq2: B6Ng01-119E08.g_68_1168

seq1  GAATTCTGTTGTTTTAGTTTTTCTTTATTAACAGAACGCATGACTCTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTTGTTTTAGTTTTTCTTTATTAACAGAACGCATGACTCTCAG  50

seq1  TTTTCTTCCCATTAGCTCAGAATTATTTAACTTCAAAGCAAGATGAACAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTCCCATTAGCTCAGAATTATTTAACTTCAAAGCAAGATGAACAG  100

seq1  CATCTGTGTTCTGCAATAAGGAGAAACATTAATTTCCACCAGAAAGTGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTGTGTTCTGCAATAAGGAGAAACATTAATTTCCACCAGAAAGTGAT  150

seq1  ATGCAATGAGACTAGTAGGTCAGAATTCAGTGGTCTATGTCAGTCTTCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAATGAGACTAGTAGGTCAGAATTCAGTGGTCTATGTCAGTCTTCAA  200

seq1  GCTTGTACACACAAGTCCTTCTAGTCTATGCCCTAGAGGTCAGATCCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGTACACACAAGTCCTTCTAGTCTATGCCCTAGAGGTCAGATCCAAG  250

seq1  GGTTTGGTCAGCCTTGCTTGAACCCCTTGTTGCTCATGTTCCACTCACGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTGGTCAGCCTTGCTTGAACCCCTTGTTGCTCATGTTCCACTCACGG  300

seq1  CTACAGGTGGCGCTCAAGCTGCTTCACTAAATGCTCATAATCACCACCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGGTGGCGCTCAAGCTGCTTCACTAAATGCTCATAATCACCACCAC  350

seq1  AGGTTCACTGTTCATCATATGATGTCTCTTTAAAACAGTAATCAGCTCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTCACTGTTCATCATATGATGTCTCTTTAAAACAGTAATCAGCTCAA  400

seq1  AACACAACTTTCTTAAAATTCCTGTTGTAAGCAGAAGGCAGGAAAGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAACTTTCTTAAAATTCCTGTTGTAAGCAGAAGGCAGGAAAGTCCT  450

seq1  CTACAGTCAGAGATGTGGGACTAGACACTAGAGGGTTCTACTTGAGTCCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGTCAGAGATGTGGGACTAGACACTAGAGGGTTCTACTTGAGTCCA  500

seq1  AAATCCTATTCTATTCCAACACAGAACCATTAATACTATTTTCAATGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCTATTCTATTCCAACACAGAACCATTAATACTATTTTCAATGTTA  550

seq1  AGGAGATATTGAAAGAACTCTACAAGGGTCTCAAAGAGGCAAGTAACATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGATATTGAAAGAACTCTACAAGGGTCTCAAAGAGGCAAGTAACATC  600

seq1  TAGACACAGTAACAAATAAGATCAGTGTAATAGAGCAACACAAACCTCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACACAGTAACAAATAAGATCAGTGTAATAGAGCAACACAAACCTCAC  650

seq1  ACATTTAAGAGTGTTAAAAGTTCCCTGGCAATACTTATCAAGAGTCAAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAAGAGTGTTAAAAGTTCCCTGGCAATACTTATCAAGAGTCAAAG  700

seq1  ACCCTGGGTGCTGGACGATGTCTCACTCAGTAGTTAAGAGTACATTTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGGGTGCTGGACGATGTCTCACTCAGTAGTTAAGAGTACATTTGGT  750

seq1  TC-TTTTGGAGAATTGGAGTTCCAGGCACCTACC-CCCAGCTCAGGGAGG  798
      || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTTTTTGGAGAATTGGAGTTCCAGGCACCTACCTCCCAGCTCAGGGAGG  800

seq1  AATCCCACAACTCTGGCAGGTGCATGGACATTCACATGCATGTATCCACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCACAACTCTGGCAGGTGCATGGACATTCACATGCATGTATCCACA  850

seq1  CAGACCATATGCATCCATGTTAAAAATAATAAAAATGAATCTCACATGCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCATATGCATCCATGTTAAAAATAATAAAAATGAATCTCACATGCA  900

seq1  TGTATCCACACAGACCATATGCATCCATGTTAAAAATAATAAAAATGAAT  948
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAT-CACACAGACCATATGCATCCATGTTAAAAATAATAAAAATGAAT  949

seq1  CTAAGTGCCATTAAGTAGTATGCTATGTTCTTTACTGCTGTTAGGGAACA  998
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CT-AGTGCCATTAAGTAGTATGCTATGTTCTTTACTGCTGTTAGGGAACA  998

seq1  CTGAGTGAACACTCAGGTGTCTGCTCCATCTCACAGAAGGTAAAATTCCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||  ||  |||||  
seq2  CTGAGTGAACACTCAGGTGTCTGCT-CATCTCACAGA--GT--AATTC--  1041

seq1  AAGATTTAGTTCCT-CTCATACCCAACACCTGGGCTATGACTTAGTACTG  1097
      |||||||||||||| ||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  AAGATTTAGTTCCTCCTCATACCC-ACACTTGGGC-ATGAC-TAGTACTG  1088

seq1  TCAGCATGTACAA  1110
      |||||||||||||
seq2  TCAGCATGTACAA  1101