BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-132F04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 64,285,558 - 64,466,716
singlet/doubletdoublet
Overlap genePalld, BC013672
Upstream gene2700029M09Rik, Clcn3, B230317F23Rik, Nek1, Sh3rf1, EG664975, Cbr4, LOC100040872
Downstream geneAnxa10, LOC100040775, LOC384830, LOC100040804, LOC665267, Spock3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-132F04.bB6Ng01-132F04.g
ACCDH933154DH933155
length1,1421,073
definitionDH933154|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F04, 5' end.DH933155|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-132F04, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,285,558 - 64,286,706)(64,465,635 - 64,466,716)
sequence
gaattcaagactatgattttaattatataccatggatagcatgcaccatg
tttcctacatatttaagaggcttctcaatacattgtggatgtattgccaa
atggaaacatgttttgaaagaccatatctatcttcttgtcaattagaata
ttgttcacattagctaagttgaatacttatagtcatattggaactagtat
aaaatagcttatggtgggagagtgttccagtggacacagcaaatcaacat
gttcttagtttgtacatttctgtgggtactttgtattttcctcaccactg
tactctgatagcctgacctagaatagatgtttgttaagtgagtaaatgaa
agtatatcacataacaactttccatcaaatgatccttctcaagtttctcc
acgttctcagccaccagaggattttctctcacacatggtccacatttgaa
tgctcatattcagaaacacagctgggtgaagtttgaagtcccctcatttt
tggatggcagacacaaaccacagattgcaattgaggacgttgaaacaatg
cttttgacatgcttggtgatgaagacagcaaacagttctttagatggttt
aaaagcgacacgtactgtatgggtcccatttttcattaagcaaatcatac
aaactaagagtgttaacacacattataatgaaggattaagtaaataaatt
caaattaagaacttctcttttgtttaattccaataaaattgattcaggaa
agtgttcccttaagattctatgtgtttatcgagagacaccgtaaaggtag
tccctctctcatgtgaaactggtcctgtgtctcttggtgtgtcccacgca
gtcttccctacaagaataaaggggctcaccatgaggaggagaggatgctc
tgcaattgatttgaattgctttaattaattaaacttgatcaggggggcag
aaaagttgatggtcttttagaactgtgcagttacagcaagatgttatgtg
agttctacatgtaacgggtttgggattctgaaaaaacaaaacaaaacaaa
caaacccagtggtggagcagattagggagatgagcatgaatctgatattt
tttgtagtacatggtggcagaacctttgtggagacatgctac
gaattctcattcttccccatgccttttggtatttaaaatcatataggaac
agatagagcaggcaggcctctgaagaaagcaaataatgcttaggacacag
aacaatggagaggaaacaaatctgagagccaggagcccagtgtgggaaag
gagacctagaaaccacagtgtctacagaaagaagggacattttcaggcat
tgacataaaacaccatttctagatcattaaagtgagaagatagttctttt
tgggaaatatctgctagtcttttactattggttattttatttgtttacat
ttgaaatgttgtcccccttcccactctctcccctgaaacccccatcccat
gtgccctcccctttgcctctaagagggtgcccccgccaaatgcaagtggt
gacactgtgtttcagaacagcaatggtgggttctaccacagcaccactat
gacgattctctacctgggcctggggccaactcttccagacctggcacata
gtgtcatacagctgtatgctttctcggggtgaaagggcaagatcagaagg
aaatccatacttttcaatctacgattaaaataaaatcaaacttattaata
ttttattttatctataggatataaacattggctagaaatggttagtttgc
atattaaaatgtggaaaattgaagactgcttgcacatattattttttaaa
ggaatttttttttaattacgtgtatgtgtgggagattctgtcccacacag
atcccctgtttaagctcttgtgagtcacccaatgtgggtgctgggaaatg
atgtcagatcgtctgtgaggtcttcttcagtgcagaaacacatctctgcc
ccatttcccatcattagccttgtgttcactttttaattctcacttgagat
tttttttttcagccaaactataatgaaacaaaacaagtccaagaatcccc
acaaattctatagcataatcttctgtttggtcacgggcttgggattgcta
agttttgcccctttaaacacaatcagtttcttgtttctaaaaataaatgg
ataatcgtctgtgtggcaaaata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_64285558_64286706
seq2: B6Ng01-132F04.b_49_1190

seq1  GAATTCAAGACTATGATTTTAATTATATACCATGGATAGCATGCACCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGACTATGATTTTAATTATATACCATGGATAGCATGCACCATG  50

seq1  TTTCCTACATATTTAAGAGGCTTCTCAATACATTGTGGATGTATTGCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTACATATTTAAGAGGCTTCTCAATACATTGTGGATGTATTGCCAA  100

seq1  ATGGAAACATGTTTTGAAAGACCATATCTATCTTCTTGTCAATTAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAACATGTTTTGAAAGACCATATCTATCTTCTTGTCAATTAGAATA  150

seq1  TTGTTCACATTAGCTAAGTTGAATACTTATAGTCATATTGGAACTAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCACATTAGCTAAGTTGAATACTTATAGTCATATTGGAACTAGTAT  200

seq1  AAAATAGCTTATGGTGGGAGAGTGTTCCAGTGGACACAGCAAATCAACAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCTTATGGTGGGAGAGTGTTCCAGTGGACACAGCAAATCAACAT  250

seq1  GTTCTTAGTTTGTACATTTCTGTGGGTACTTTGTATTTTCCTCACCACTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCTTAGTTTGTACATTTCTGTGGGTACTTTGTATTTTCCTCACCACTG  300

seq1  TACTCTGATAGCCTGACCTAGAATAGATGTTTGTTAAGTGAGTAAATGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCTGATAGCCTGACCTAGAATAGATGTTTGTTAAGTGAGTAAATGAA  350

seq1  AGTATATCACATAACAACTTTCCATCAAATGATCCTTCTCAAGTTTCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATATCACATAACAACTTTCCATCAAATGATCCTTCTCAAGTTTCTCC  400

seq1  ACGTTCTCAGCCACCAGAGGATTTTCTCTCACACATGGTCCACATTTGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCTCAGCCACCAGAGGATTTTCTCTCACACATGGTCCACATTTGAA  450

seq1  TGCTCATATTCAGAAACACAGCTGGGTGAAGTTTGAAGTCCCCTCATTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCATATTCAGAAACACAGCTGGGTGAAGTTTGAAGTCCCCTCATTTT  500

seq1  TGGATGGCAGACACAAACCACAGATTGCAATTGAGGACGTTGAAACAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGGCAGACACAAACCACAGATTGCAATTGAGGACGTTGAAACAATG  550

seq1  CTTTTGACATGCTTGGTGATGAAGACAGCAAACAGTTCTTTAGATGGTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGACATGCTTGGTGATGAAGACAGCAAACAGTTCTTTAGATGGTTT  600

seq1  AAAAGCGACACGTACTGTATGGGTCCCATTTTTCATTAAGCAAATCATAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCGACACGTACTGTATGGGTCCCATTTTTCATTAAGCAAATCATAC  650

seq1  AAACTAAGAGTGTTAACACACATTATAATGAAGGATTAAGTAAATAAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAGAGTGTTAACACACATTATAATGAAGGATTAAGTAAATAAATT  700

seq1  CAAATTAAGAACTTCTCTTTTGTTTAATTCCAATAAAATTGATTCAGGAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTAAGAACTTCTCTTTTGTTTAATTCCAATAAAATTGATTCAGGAA  750

seq1  AGTGTTCCCTTAAGATTCTATGTGTTTATCGAGAGACACCGTAAAGGTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTCCCTTAAGATTCTATGTGTTTATCGAGAGACACCGTAAAGGTAG  800

seq1  TCCCTCTCTCATGTGAAACTGGTCCTGTGTCTCTTGGTGTGTCCCACGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCTCATGTGAAACTGGTCCTGTGTCTCTTGGTGTGTCCCACGCA  850

seq1  GTCTTCCCTACAAGAAT-AAGGGGCTCACCATGAGGAGGAGAGGATGCTC  899
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTCCCTACAAGAATAAAGGGGCTCACCATGAGGAGGAGAGGATGCTC  900

seq1  TGCAATTGATTTGAATTGCTTTAATTAATTAAACTTGATCAAGGGGGGCA  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGCAATTGATTTGAATTGCTTTAATTAATTAAACTTGATC-AGGGGGGCA  949

seq1  GAAAAGTTGATGGTCTTTTAGAACTGTGCAAGTTACAGCAAGATGTTATG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGTTGATGGTCTTTTAGAACTGTGC-AGTTACAGCAAGATGTTATG  998

seq1  TGAGTTCTACATGTAAC-GGTTTGGGATTCTGAAAAAAACAAAACAAAAC  1048
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGAGTTCTACATGTAACGGGTTTGGGATTCTG-AAAAAACAAAACAAAAC  1047

seq1  AAAACAAAACCCAGTGGTTGGAGCAAGATAAGTGAGATGAGCATGAAATC  1098
      |||   ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||| ||||
seq2  AAA--CAAACCCAGTGG-TGGAGC-AGATTAGGGAGATGAGCATG-AATC  1092

seq1  TGATATTTATTGGTAGTAACATGGTGCCAGACACTTTGT-GAGCCATGCT  1147
      |||||||| || ||||| |||||||| ||||  |||||| ||| ||||||
seq2  TGATATTT-TTTGTAGT-ACATGGTGGCAGAACCTTTGTGGAGACATGCT  1140

seq1  AC  1149
      ||
seq2  AC  1142

seq1: chr8_64465635_64466716
seq2: B6Ng01-132F04.g_69_1141 (reverse)

seq1  TATTTTG-CACACAGACAGAATTAATCATTATATTTTAGAAACAAGGAAA  49
      ||||||| |||||||||   ||||  ||||   |||||||||||| ||||
seq2  TATTTTGCCACACAGAC--GATTATCCATTTATTTTTAGAAACAA-GAAA  47

seq1  CTGAATGTGTTTAAAGGGGGCAAAGACTTAAGCAATCCCAAGCCCGTGAC  99
      |||| |||||||||| |||||||| |||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTGATTGTGTTTAAA-GGGGCAAA-ACTT-AGCAATCCCAAGCCCGTGAC  94

seq1  CAAACAGAAGATTTATGCTATAGAATTTGTGGGGATTCTTGGACTTGTTT  149
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CAAACAGAAGA-TTATGCTATAGAATTTGTGGGGATTCTTGGACTTG-TT  142

seq1  TTGTTTCATTATAGTTTGGCTGGAAAAAAAATACTCTCAAGTGAGAATTA  199
      ||||||||||||||||||||||  ||||||| | ||||||||||||||||
seq2  TTGTTTCATTATAGTTTGGCTG--AAAAAAAAAATCTCAAGTGAGAATTA  190

seq1  AAAAGTGAACACAAGGCTAATGATGGGAAATGGGGCAGAGATGTGTTTCT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTGAACACAAGGCTAATGATGGGAAATGGGGCAGAGATGTGTTTCT  240

seq1  GCACTGAAGAAGACCTCACAGACGATCTGACATCATTTCCCAGCACCCAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGAAGAAGACCTCACAGACGATCTGACATCATTTCCCAGCACCCAC  290

seq1  ATTGGGTGACTCACAAGAGCTTAAACAGGGGATCTGTGTGGGACAGAATC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGGTGACTCACAAGAGCTTAAACAGGGGATCTGTGTGGGACAGAATC  340

seq1  TCCCACACATACACGTAATTAAAAAAAAATTCCTTTAAAAAATAATATGT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACACATACACGTAATTAAAAAAAAATTCCTTTAAAAAATAATATGT  390

seq1  GCAAGCAGTCTTCAATTTTCCACATTTTAATATGCAAACTAACCATTTCT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCAGTCTTCAATTTTCCACATTTTAATATGCAAACTAACCATTTCT  440

seq1  AGCCAATGTTTATATCCTATAGATAAAATAAAATATTAATAAGTTTGATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATGTTTATATCCTATAGATAAAATAAAATATTAATAAGTTTGATT  490

seq1  TTATTTTAATCGTAGATTGAAAAGTATGGATTTCCTTCTGATCTTGCCCT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAATCGTAGATTGAAAAGTATGGATTTCCTTCTGATCTTGCCCT  540

seq1  TTCACCCCGAGAAAGCATACAGCTGTATGACACTATGTGCCAGGTCTGGA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCCCGAGAAAGCATACAGCTGTATGACACTATGTGCCAGGTCTGGA  590

seq1  AGAGTTGGCCCCAGGCCCAGGTAGAGAATCGTCATAGTGGTGCTGTGGTA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGCCCCAGGCCCAGGTAGAGAATCGTCATAGTGGTGCTGTGGTA  640

seq1  GAACCCACCATTGCTGTTCTGAAACACAGTGTCACCACTTGCATTTGGCG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCCACCATTGCTGTTCTGAAACACAGTGTCACCACTTGCATTTGGCG  690

seq1  GGGGCACCCTCTTAGAGGCAAAGGGGAGGGCACATGGGATGGGGGTTTCA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCACCCTCTTAGAGGCAAAGGGGAGGGCACATGGGATGGGGGTTTCA  740

seq1  GGGGAGAGAGTGGGAAGGGGGACAACATTTCAAATGTAAACAAATAAAAT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGAGTGGGAAGGGGGACAACATTTCAAATGTAAACAAATAAAAT  790

seq1  AACCAATAGTAAAAGACTAGCAGATATTTCCCAAAAAGAACTATCTTCTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAATAGTAAAAGACTAGCAGATATTTCCCAAAAAGAACTATCTTCTC  840

seq1  ACTTTAATGATCTAGAAATGGTGTTTTATGTCAATGCCTGAAAATGTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTAATGATCTAGAAATGGTGTTTTATGTCAATGCCTGAAAATGTCCC  890

seq1  TTCTTTCTGTAGACACTGTGGTTTCTAGGTCTCCTTTCCCACACTGGGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTCTGTAGACACTGTGGTTTCTAGGTCTCCTTTCCCACACTGGGCT  940

seq1  CCTGGCTCTCAGATTTGTTTCCTCTCCATTGTTCTGTGTCCTAAGCATTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTCTCAGATTTGTTTCCTCTCCATTGTTCTGTGTCCTAAGCATTA  990

seq1  TTTGCTTTCTTCAGAGGCCTGCCTGCTCTATCTGTTCCTATATGATTTTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTTTCTTCAGAGGCCTGCCTGCTCTATCTGTTCCTATATGATTTTA  1040

seq1  AATACCAAAAGGCATGGGGAAGAATGAGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACCAAAAGGCATGGGGAAGAATGAGAATTC  1073