BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133D09
Chromosome8 (Build37)
Map Location 12,469,736 - 12,636,146
singlet/doubletdoublet
Overlap gene1700094C09Rik, Tubgcp3
Upstream geneRab20, 0710008K08Rik, Cars2, Ing1, Ankrd10, 1700016D06Rik, EG665271, LOC665363, LOC624710, LOC665373, Arhgef7, 1700018L24Rik, LOC100040155, LOC100040175, EG434280, EG434279, Sox1
Downstream geneAtp11a, LOC100040229, Mcf2l, F7, F10, Proz, Pcid2, Cul4a, Lamp1, Grtp1, Adprhl1, Dcun1d2, Tmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133D09.bB6Ng01-133D09.g
ACCDH933816DH933817
length1,1171,023
definitionDH933816|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133D09, 5' end.DH933817|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133D09, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,635,080 - 12,636,146)(12,469,736 - 12,470,762)
sequence
gaattccatatttgactttggtcaggtcagagctgctagtttaactttcc
aatttctcttaagtgtaactactcaccatattcagggtggcctgggctta
ggagttgctgttctgtgtggtggttactgtacacagctgtctggtatttc
agcaaattgtttaggactttatatgtgctttgttagcccatggccgtatg
tattttcatgcataatggatccaataataaggcttagggtacagctcagt
gcgagagcacttgcctagcgtgtatgaatgagtccctaagcacagtccca
ggccacaaagacaaaggtgccatagtacagccaagcacctcgacaaggag
gactgagtgtggtctacagatgtgcttgcttacttatttcatggtgtcac
acacctcactggcatgccagagttacacactgtgtactgtggatagctga
atacaacttcagtaggaatgaagaaaaacagtttttatcacagctttatt
ttaatggcatatatgtgatagcccagtcattcagacgccagctgggttgg
ttgtgtcagcagcctgggctgccagatggagaaaaaaagaaagggactct
gggctcacttggtagctcagtcaggaccagagtgtggggagtgtttccgt
ttgtgggtggtgagttatggccatcatcataggcttattattgcagaggc
acaagtgtttaaaccagcattagaggtggtttgccaggtttaattgtgtg
tagaagctactgagatagaaaaggaggggcaggaagacagcccagtgagt
gctgtaccaagctggtgactgcagttcaggctccagctctcatgaacatg
ctggtgtggcagccctcctgcagcccaatgcccaggaagcagaaatggga
gcccctcccatagagggcttgctggctgagcagaaatagtgagctctggg
cccaaggaagagacttatgtctcaaagagagatggagatgagtgaagaca
tctgcatgcacatgcagcatgtccagctgttcaccatgccatgcagcttg
tcagcatgcacacacaacatgcagcatgtcagcatgctcaccatgcacat
gcagcatggtcaggcat
gaattcactgagctgagccctggttgtagacttccagggtggagagctgt
gaaataaacgcctgtgttctgagccccgagtttcatgctggccatggcaa
ctggctttgaatggctatagctggatgaatccaggtatgatgtcacagga
tcagacgctgacctggaagctaggaacgtcatgctgccttgggacaaact
gaccgctttgtcagcttcacacagagaaggcagaggggatcagacgtgct
ctgactgtacatattccctgcaggagaatattaataggaaggatgaggcg
tgggtgagcatgtgccaacgtgaggttattaataagacaatgctccacag
ctgtgtggcacttttcagtcgagatgagatttacaaaaccagacctgaat
caaacaaatatatgtgacagccacctgcactggaagataaagatgaaatg
ggcatgggggagggcctatcacaaggttaccaggtaatggaagagctgga
aatatctctcaagtgagtgctgccctcccctccacctgcactgcctgacc
atcacactccatggtactgaggcaagaaaactcaaagcccttgggtttag
cactttgccctacgtgccattggtcctagaatttcttggaacaatgtcca
aaagtttctctttctgggcaatgctcattcctatgtccaccaagaacaga
gaatggaagccagatgttctcatctcagcctctggtggtaggaattgtta
ctgactacctccagcaaggcagacagcacatttcaccctcaggattctcc
ctcctggtatagtcactgggattctttatggcaatgccagacccaaagaa
gagggccattgaaatctcagacttccagaatgctaaggtctcaacttctg
tctctaaaacacgtgaagcccagaccttggcatctttatttggaaatggg
ttgtggtaccagggactctagtccaagatggtgtttttataagagaaacc
gacaaaagaaaatgccatgctat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_12635080_12636146
seq2: B6Ng01-133D09.b_50_1166 (reverse)

seq1  --------------------------------------------------  0
                                                        
seq2  ATGCCTGACCATGCTGCATGTGCATGGTGAGCATGCTGACATGCTGCATG  50

seq1  ------ATGCCTG--GACATAGCTGCATGTGCATGTGTGAACATGCCTGG  42
             ||| ||  |||| ||||||||| ||||| |||||||   ||||
seq2  TTGTGTGTGCATGCTGACA-AGCTGCATG-GCATG-GTGAACA--GCTGG  95

seq1  ACATGGCTGCATGTGCATGCAGATGTCTTCACTCATCTCCATCTTCTCTT  92
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||| 
seq2  ACAT-GCTGCATGTGCATGCAGATGTCTTCACTCATCTCCA---TCTCTC  141

seq1  TTTGAGACAT-AGTCTCTTCCTTGGGCCCAGAGCTCACTATTTCTGCTCA  141
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGACATAAGTCTCTTCCTTGGGCCCAGAGCTCACTATTTCTGCTCA  191

seq1  GCCAGCCAGCCCTCTATGGGAGGGGCTCCCATTTCTGCTTCCTGGGCATT  191
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGCAAGCCCTCTATGGGAGGGGCTCCCATTTCTGCTTCCTGGGCATT  241

seq1  GGGCTGCAGGAGGGCTGCCACACCAGCATGTTCATGAGAGCTGGAGCCTG  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGCAGGAGGGCTGCCACACCAGCATGTTCATGAGAGCTGGAGCCTG  291

seq1  AACTGCAGTCACCAGCTTGGTACAGCACTCACTGGGCTGTCTTCCTGCCC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGCAGTCACCAGCTTGGTACAGCACTCACTGGGCTGTCTTCCTGCCC  341

seq1  CTCCTTTTCTATCTCAGTAGCTTCTACACACAATTAAACCTGGCAAACCA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTTTTCTATCTCAGTAGCTTCTACACACAATTAAACCTGGCAAACCA  391

seq1  CCTCTAATGCTGGTTTAAACACTTGTGCCTCTGCAATAATAAGCCTATGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAATGCTGGTTTAAACACTTGTGCCTCTGCAATAATAAGCCTATGA  441

seq1  TGATGGCCATAACTCACCACCCACAAACGGAAACACTCCCCACACTCTGG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGGCCATAACTCACCACCCACAAACGGAAACACTCCCCACACTCTGG  491

seq1  TCCTGACTGAGCTACCAAGTGAGCCCAGAGTCCCTTTCTTTTTTTCTCCA  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTGAGCTACCAAGTGAGCCCAGAGTCCCTTTCTTTTTTTCTCCA  541

seq1  TCTGGCAGCCCAGGCTGCTGACACAACCAACCCAGCTGGCGTCTGAATGA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCAGCCCAGGCTGCTGACACAACCAACCCAGCTGGCGTCTGAATGA  591

seq1  CTGGGCTATCACATATATGCCATTAAAATAAAGCTGTGATAAAAACTGTT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCTATCACATATATGCCATTAAAATAAAGCTGTGATAAAAACTGTT  641

seq1  TTTCTTCATTCCTACTGAAGTTGTATTCAGCTATCCACAGTACACAGTGT  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTCATTCCTACTGAAGTTGTATTCAGCTATCCACAGTACACAGTGT  691

seq1  GTAACTCTGGCATGCCAGTGAGGTGTGTGACACCATGAAATAAGTAAGCA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTCTGGCATGCCAGTGAGGTGTGTGACACCATGAAATAAGTAAGCA  741

seq1  AGCACATCTGTAGACCACACTCAGTCCTCCTTGTCGAGGTGCTTGGCTGT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACATCTGTAGACCACACTCAGTCCTCCTTGTCGAGGTGCTTGGCTGT  791

seq1  ACTATGGCACCTTTGTCTTTGTGGCCTGGGACTGTGCTTAGGGACTCATT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGGCACCTTTGTCTTTGTGGCCTGGGACTGTGCTTAGGGACTCATT  841

seq1  CATACACGCTAGGCAAGTGCTCTCGCACTGAGCTGTACCCTAAGCCTTAT  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACACGCTAGGCAAGTGCTCTCGCACTGAGCTGTACCCTAAGCCTTAT  891

seq1  TATTGGATCCATTATGCATGAAAATACATACGGCCATGGGCTAACAAAGC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGATCCATTATGCATGAAAATACATACGGCCATGGGCTAACAAAGC  941

seq1  ACATATAAAGTCCTAAACAATTTGCTGAAATACCAGACAGCTGTGTACAG  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATAAAGTCCTAAACAATTTGCTGAAATACCAGACAGCTGTGTACAG  991

seq1  TAACCACCACACAGAACAGCAACTCCTAAGCCCAGGCCACCCTGAATATG  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCACCACACAGAACAGCAACTCCTAAGCCCAGGCCACCCTGAATATG  1041

seq1  GTGAGTAGTTACACTTAAGAGAAATTGGAAAGTTAAACTAGCAGCTCTGA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTAGTTACACTTAAGAGAAATTGGAAAGTTAAACTAGCAGCTCTGA  1091

seq1  CCTGACCAAAGTCAAATATGGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCAAAGTCAAATATGGAATTC  1117

seq1: chr8_12469736_12470762
seq2: B6Ng01-133D09.g_71_1093

seq1  GAATTCACTGAGCTGAGCCCTGGTTGTAGACTTCCAGGGTGGAGAGCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGAGCTGAGCCCTGGTTGTAGACTTCCAGGGTGGAGAGCTGT  50

seq1  GAAATAAACGCCTGTGTTCTGAGCCCCGAGTTTCATGCTGGCCATGGCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATAAACGCCTGTGTTCTGAGCCCCGAGTTTCATGCTGGCCATGGCAA  100

seq1  CTGGCTTTGAATGGCTATAGCTGGATGAATCCAGGTATGATGTCACAGGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTTGAATGGCTATAGCTGGATGAATCCAGGTATGATGTCACAGGA  150

seq1  TCAGACGCTGACCTGGAAGCTAGGAACGTCATGCTGCCTTGGGACAAACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACGCTGACCTGGAAGCTAGGAACGTCATGCTGCCTTGGGACAAACT  200

seq1  GACCGCTTTGTCAGCTTCACACAGAGAAGGCAGAGGGGATCAGACGTGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGCTTTGTCAGCTTCACACAGAGAAGGCAGAGGGGATCAGACGTGCT  250

seq1  CTGACTGTACATATTCCCTGCAGGAGAATATTAATAGGAAGGATGAGGCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTGTACATATTCCCTGCAGGAGAATATTAATAGGAAGGATGAGGCG  300

seq1  TGGGTGAGCATGTGCCAACGTGAGGTTATTAATAAGACAATGCTCCACAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGAGCATGTGCCAACGTGAGGTTATTAATAAGACAATGCTCCACAG  350

seq1  CTGTGTGGCACTTTTCAGTCGAGATGAGATTTACAAAACCAGACCTGAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGGCACTTTTCAGTCGAGATGAGATTTACAAAACCAGACCTGAAT  400

seq1  CAAACAAATATATGTGACAGCCACCTGCACTGGAAGATAAAGATGAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAAATATATGTGACAGCCACCTGCACTGGAAGATAAAGATGAAATG  450

seq1  GGCATGGGGGAGGGCCTATCACAAGGTTACCAGGTAATGGAAGAGCTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGGGGGAGGGCCTATCACAAGGTTACCAGGTAATGGAAGAGCTGGA  500

seq1  AATATCTCTCAAGTGAGTGCTGCCCTCCCCTCCACCTGCACTGCCTGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATCTCTCAAGTGAGTGCTGCCCTCCCCTCCACCTGCACTGCCTGACC  550

seq1  ATCACACTCCATGGTACTGAGGCAAGAAAACTCAAAGCCCTTGGGTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACACTCCATGGTACTGAGGCAAGAAAACTCAAAGCCCTTGGGTTTAG  600

seq1  CACTTTGCCCTACGTGCCATTGGTCCTAGAATTTCTTGGAACAATGTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGCCCTACGTGCCATTGGTCCTAGAATTTCTTGGAACAATGTCCA  650

seq1  AAAGTTTCTCTTTCTGGGCAATGCTCATTCCTATGTCCACCAAGAACAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTTCTCTTTCTGGGCAATGCTCATTCCTATGTCCACCAAGAACAGA  700

seq1  GAATGGAAGCCAGATGTTCTCATCTCAGCCTCTGGTGGTAGGAATTGTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGGAAGCCAGATGTTCTCATCTCAGCCTCTGGTGGTAGGAATTGTTA  750

seq1  CTGACTACCTCCAGCAAGGCAGACAGCACATTTCACCCTCAGGATTCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTACCTCCAGCAAGGCAGACAGCACATTTCACCCTCAGGATTCTCC  800

seq1  CTCCTGGTATAGTCACTGGGATTCTTTATGGCAAATGCCAGACCCAAAGA  850
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CTCCTGGTATAGTCACTGGGATTCTTTATGGC-AATGCCAGACCCAAAGA  849

seq1  AGAGGCCCATTGAAATCTCAGACTTCCAGAATGCTAAGGTCTCAAC-TCT  899
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGAGGGCCATTGAAATCTCAGACTTCCAGAATGCTAAGGTCTCAACTTCT  899

seq1  GTCTCTAAAACACGTGAAGCCCAGACCTTGGCAACCTTATTTGGAGATGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||
seq2  GTCTCTAAAACACGTGAAGCCCAGACCTTGGCATCTTTATTTGGAAATGG  949

seq1  GTTTGTGGTACCAAGGGACTCTAGTCCAAGATGGTGTTTTTATAAGAAGA  999
      | |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  G-TTGTGGTACC-AGGGACTCTAGTCCAAGATGGTGTTTTTATAAG-AGA  996

seq1  AACAGACAAAAAGAAAATGCCATGCAAT  1027
      ||| ||| ||||||||||||||||| ||
seq2  AACCGAC-AAAAGAAAATGCCATGCTAT  1023