BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-133J01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 61,716,590 - 61,858,258
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream gene4930431L04Rik, BC030500, LOC665116, LOC436042
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-133J01.bB6Ng01-133J01.g
ACCDH934078DH934079
length1,2301,117
definitionDH934078|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133J01, 5' end.DH934079|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-133J01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(61,716,590 - 61,717,822)(61,857,136 - 61,858,258)
sequence
gaattcagtttcctaactatataacagtggccaatatttattgacatctt
ataaatttaagtgttattgtgcatgtaaaataaagtaattaaaaatcatg
attgaaactctacatttaatttaattacatttgttatgacagaattgtaa
tttattagtatcacaggccaaattctattgagtaggaggggacttctgta
agtaggtgatatgaatcttctcactgaatcctaacagcagctctaggcaa
tacattatctcttacaactatcatttcttgtgaacaagcatgcatatcct
tgaagatgtttatctgcctgtttctctcagatggtatgaaatcatggcaa
agaagataagaagcataagtgatgtttcaggctcacccttgaggtgctga
ttgtgaaaatacagctaatcgggtcactcctcttacagaaagtacctcac
agaaaaatataaatgtagggacaatgcaaatctagataggtatcatatag
gagaatttcatcatatccaaatactaataaatacagcaccattaatatac
ttttaaacctatttcagaacaagtaaaatgtcaagatccttcccaaatca
gctgttggcacctgatattttataattttttcagtcgtggatactccacc
ccaaacatacaacagccctcttaaaacttcatattcttggtgaatgatcc
actgatatccttgctttggtattgacatcattgagtccccttctatgtgt
actcctatgtgtttgagtatttattaaaaaataataattggatgtagaac
aggagttgcagacagttaaggactgccacatggtagtcccttgggcatga
agtcggcagacacccccaaggtccccagaggactctctatgggatcttag
gacctctggtgagtggaaaacaacttctgttccaatctaattgccctgga
cctgagacagcattaattagggaagcagaaaaccgggcctgacgagggtc
acagtcccttatggtgagcaccagcaccaggtcacttggacacagagtca
gcagaaacccccaaggtcctaggggactcctccatgtgatcttaggactt
ctggtgagtggaacacaccttctgccaagagagcaagtctatggccagat
tctggacactctcctgcaagagagcctggctgcgaagaggtctctggaac
ctactgaaatctcacgagagagctattctc
gaattcatatgcatatattagtgagaaatttcttggcttgtttgtttgtt
ttccttttgagaggactaaactgtgtacttttggatgttctggaatatat
tagctaccagaactagcttcagattcttttctttttttttcttttctttc
ctttcttttttttttttttgagagggaaaacacatgcattttattcatta
tgaaaatatacatatttatatttggcaatgtatatacactaaatatattt
tttctgaattgtgaaatttaaggtgtagttataacttcttcagcttaggt
tttctgtattaatcattttatttgtttacatttcaaatgatatccccctt
tccagttacacttctacaaccccggcaacccatcccattccatttcccct
ttccttttcatctatgagggtgctgctccacctattcacccactcctaca
ctggtacatcaagcctccctgtgctctgctacatatgactctggagccaa
ggctcctgccatgtatactctttagatgatgttttagtctctgagatctc
tgggtggttcagttagttggtattgttcttcctatggggttgcagtcccc
ttcagctccttcagccctttccctagctcttccattggggtcctctggtt
cagtctgttgactggctgtgagtatctgcatctgtattggtcaggtgctg
gtaaaacctctcagggaacagccataccaggctcctcccagcaagcactt
attggaatcagctatagtccccagtttggtgtctacaggtgggatggatt
cccaggtggggcactctctgaattccctttccttcagtccctgctccatg
tttttgtccctgtctttcctttggacagcaacagttctgggttaaaaatt
ttgagatgggtaggttgacctcaaattcttatttctcttgccttagttct
gtgggtgccagtgcagttttacagagatacactaacaccccaagcttacc
cacaatttgagtcagttagaaagaagcattttattgtgaatcttcaattt
atttcttccataaatgataaattaatcttagaataagaatgttattttat
attttaggttccagttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_61716590_61717822
seq2: B6Ng01-133J01.b_46_1275

seq1  GAATTCAGTTTCCTAACTATATAACAGTGGCCAATATTTATTGACATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCCTAACTATATAACAGTGGCCAATATTTATTGACATCTT  50

seq1  ATAAATTTAAGTGTTATTGTGCATGTAAAATAAAGTAATTAAAAATCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATTTAAGTGTTATTGTGCATGTAAAATAAAGTAATTAAAAATCATG  100

seq1  ATTGAAACTCTACATTTAATTTAATTACATTTGTTATGACAGAATTGTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAACTCTACATTTAATTTAATTACATTTGTTATGACAGAATTGTAA  150

seq1  TTTATTAGTATCACAGGCCAAATTCTATTGAGTAGGAGGGGACTTCTGTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTAGTATCACAGGCCAAATTCTATTGAGTAGGAGGGGACTTCTGTA  200

seq1  AGTAGGTGATATGAATCTTCTCACTGAATCCTAACAGCAGCTCTAGGCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTGATATGAATCTTCTCACTGAATCCTAACAGCAGCTCTAGGCAA  250

seq1  TACATTATCTCTTACAACTATCATTTCTTGTGAACAAGCATGCATATCCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTATCTCTTACAACTATCATTTCTTGTGAACAAGCATGCATATCCT  300

seq1  TGAAGATGTTTATCTGCCTGTTTCTCTCAGATGGTATGAAATCATGGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGTTTATCTGCCTGTTTCTCTCAGATGGTATGAAATCATGGCAA  350

seq1  AGAAGATAAGAAGCATAAGTGATGTTTCAGGCTCACCCTTGAGGTGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGATAAGAAGCATAAGTGATGTTTCAGGCTCACCCTTGAGGTGCTGA  400

seq1  TTGTGAAAATACAGCTAATCGGGTCACTCCTCTTACAGAAAGTACCTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAAAATACAGCTAATCGGGTCACTCCTCTTACAGAAAGTACCTCAC  450

seq1  AGAAAAATATAAATGTAGGGACAATGCAAATCTAGATAGGTATCATATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAAATATAAATGTAGGGACAATGCAAATCTAGATAGGTATCATATAG  500

seq1  GAGAATTTCATCATATCCAAATACTAATAAATACAGCACCATTAATATAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTTCATCATATCCAAATACTAATAAATACAGCACCATTAATATAC  550

seq1  TTTTAAACCTATTTCAGAACAAGTAAAATGTCAAGATCCTTCCCAAATCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAAACCTATTTCAGAACAAGTAAAATGTCAAGATCCTTCCCAAATCA  600

seq1  GCTGTTGGCACCTGATATTTTATAATTTTTTCAGTCGTGGATACTCCACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTGGCACCTGATATTTTATAATTTTTTCAGTCGTGGATACTCCACC  650

seq1  CCAAACATACAACAGCCCTCTTAAAACTTCATATTCTTGGTGAATGATCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACATACAACAGCCCTCTTAAAACTTCATATTCTTGGTGAATGATCC  700

seq1  ACTGATATCCTTGCTTTGGTATTGACATCATTGAGTCCCCTTCTATGTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATATCCTTGCTTTGGTATTGACATCATTGAGTCCCCTTCTATGTGT  750

seq1  ACTCCTATGTGTTTGAGTATTTATTAAAAAATAATAATTGGATGTAGAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTATGTGTTTGAGTATTTATTAAAAAATAATAATTGGATGTAGAAC  800

seq1  AGGAGTTGCAGACAGTTAAGGACTGCCACATGGTAGTCCCTTGGGCATGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTTGCAGACAGTTAAGGACTGCCACATGGTAGTCCCTTGGGCATGA  850

seq1  AGTCGGCAGACACCCCCAAGGTCCCCAGAGGACTCTCTATGGGATCTTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCGGCAGACACCCCCAAGGTCCCCAGAGGACTCTCTATGGGATCTTAG  900

seq1  GACCTCTGGTGAGTGGAAAACAACTTCTGTTCCAATCTAATTGCCCTGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCTGGTGAGTGGAAAACAACTTCTGTTCCAATCTAATTGCCCTGGA  950

seq1  CCTGAGACAGCATTAATTAGGGAAGCAGAAAACCGGGCCTGACGAGGGTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGAGACAGCATTAATTAGGGAAGCAGAAAACCGGGCCTGACGAGGGTC  1000

seq1  ACAAGTCCCTTATGGTGAGCACCAGCACCAGGTCACCTTGGACACAGAGT  1050
      || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  AC-AGTCCCTTATGGTGAGCACCAGCACCAGGTCA-CTTGGACACAGAGT  1048

seq1  CAGCAGATACCCCCAAGGTCCCTAGGGGACT-CTCCATGTGATCTTAGGA  1099
      ||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGAAACCCCCAAGGT-CCTAGGGGACTCCTCCATGTGATCTTAGGA  1097

seq1  CTTCTGGTGAGTGGAACACAACTTCTGCCAGGAG-GCAGGTTCTAATGGC  1148
      |||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||| | ||| |||||
seq2  CTTCTGGTGAGTGGAACACACCTTCTGCCAAGAGAGCAAG-TCT-ATGGC  1145

seq1  AGGTATCTGAGCACTTTCCCTGCAAGAGGAAAGCTTGCCTGCAGAGAGTG  1198
        |  ||||  |||| | ||||||||||   ||| || ||||  ||||  
seq2  CAGATTCTGGACACTCT-CCTGCAAGAG---AGCCTGGCTGCGAAGAGGT  1191

seq1  CTCTG---ACTACTGAAA-CTCAGGAGAGAGCTAGTCTC  1233
      |||||    ||||||||| |||| |||||||||| ||||
seq2  CTCTGGAACCTACTGAAATCTCACGAGAGAGCTATTCTC  1230

seq1: chr8_61857136_61858258
seq2: B6Ng01-133J01.g_68_1184 (reverse)

seq1  AAACTGG-ACCT-AAATATGAAATAACATTCTTATTCT-AGATGATATTA  47
      ||||||| |||| |||||| |||||||||||||||||| |||| |  |||
seq2  AAACTGGAACCTAAAATATAAAATAACATTCTTATTCTAAGATTAATTTA  50

seq1  TCATTTATAGAAAAGAAATAAAATTGAGAATTCACATATAAAATGGCTAC  97
      |||||||| |  ||||||| |||||||  ||||||| ||||||| ||| |
seq2  TCATTTATGG--AAGAAAT-AAATTGAAGATTCACA-ATAAAAT-GCTTC  95

seq1  TTTCTAACTGACCTCAAATTTGTGTGTAAGCTTGGGGTGTTAGTGTATCT  147
      ||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTAACTGA-CTCAAA-TTGTGGGTAAGCTTGGGGTGTTAGTGTATCT  143

seq1  CTGTAAATACTGCACTGGGCACCCACAGAACTAAGGCAAGAGAAATAAGA  197
      ||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAA-ACTGCACT-GGCACCCACAGAACTAAGGCAAGAGAAATAAGA  191

seq1  ATTTGAGGTCAACCTACCCATCTCAAAATTTTTAACCCAGAACTGTTGCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGTCAACCTACCCATCTCAAAATTTTTAACCCAGAACTGTTGCT  241

seq1  GTCCAAAGGAAAGACAGGGACAAAAACATGGAGCAGGGACTGAAGGAAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAAGGAAAGACAGGGACAAAAACATGGAGCAGGGACTGAAGGAAAG  291

seq1  GGAATTCAGAGAGTGCCCCACCTGGGAATCCATCCCACCTGTAGACACCA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAGAGAGTGCCCCACCTGGGAATCCATCCCACCTGTAGACACCA  341

seq1  AACTGGGGACTATAGCTGATTCCAATAAGTGCTTGCTGGGAGGAGCCTGG  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGGACTATAGCTGATTCCAATAAGTGCTTGCTGGGAGGAGCCTGG  391

seq1  TATGGCTGTTCCCTGAGAGGTTTTACCAGCACCTGACCAATACAGATGCA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGCTGTTCCCTGAGAGGTTTTACCAGCACCTGACCAATACAGATGCA  441

seq1  GATACTCACAGCCAGTCAACAGACTGAACCAGAGGACCCCAATGGAAGAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTCACAGCCAGTCAACAGACTGAACCAGAGGACCCCAATGGAAGAG  491

seq1  CTAGGGAAAGGGCTGAAGGAGCTGAAGGGGACTGCAACCCCATAGGAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGGAAAGGGCTGAAGGAGCTGAAGGGGACTGCAACCCCATAGGAAGA  541

seq1  ACAATACCAACTAACTGAACCACCCAGAGATCTCAGAGACTAAAACATCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATACCAACTAACTGAACCACCCAGAGATCTCAGAGACTAAAACATCA  591

seq1  TCTAAAGAGTATACATGGCAGGAGCCTTGGCTCCAGAGTCATATGTAGCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGAGTATACATGGCAGGAGCCTTGGCTCCAGAGTCATATGTAGCA  641

seq1  GAGCACAGGGAGGCTTGATGTCCCAGTGTAGGAGTGGGTGAATAGGTGGA  697
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCACAGGGAGGCTTGATGTACCAGTGTAGGAGTGGGTGAATAGGTGGA  691

seq1  GCAGCACCCTCATAGATGAAAAGGAAAGGGGAAATGGAATGGGATGGGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCACCCTCATAGATGAAAAGGAAAGGGGAAATGGAATGGGATGGGTT  741

seq1  GCCGGGGTTGTAGAAGTGTAACTGGAAAGGGGGATATCATTTGAAATGTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCGGGGTTGTAGAAGTGTAACTGGAAAGGGGGATATCATTTGAAATGTA  791

seq1  AACAAATAAAATGATTAATACAGAAAACCTAAGCTGAAGAAGTTATAACT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATAAAATGATTAATACAGAAAACCTAAGCTGAAGAAGTTATAACT  841

seq1  ACACCTTAAATTTCACAATTCAGAAAAAATATATTTAGTGTATATACATT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCTTAAATTTCACAATTCAGAAAAAATATATTTAGTGTATATACATT  891

seq1  GCCAAATATAAATATGTATATTTTCATAATGAATAAAATGCATGTGTTTT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAATATAAATATGTATATTTTCATAATGAATAAAATGCATGTGTTTT  941

seq1  CCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGAAAGAAAAGAAAAAAAAAGAAAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTCAAAAAAAAAAAAAAGAAAGGAAAGAAAAGAAAAAAAAAGAAAA  991

seq1  GAATCTGAAGCTAGTTCTGGTAGCTAATATATTCCAGAACATCCAAAAGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCTGAAGCTAGTTCTGGTAGCTAATATATTCCAGAACATCCAAAAGT  1041

seq1  ACACAGTTTAGTCCTCTCAAAAGGAAAACAAACAAACAAGCCAAGAAATT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTTAGTCCTCTCAAAAGGAAAACAAACAAACAAGCCAAGAAATT  1091

seq1  TCTCACTAATATATGCATATGAATTC  1123
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACTAATATATGCATATGAATTC  1117