BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-135F18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 40,687,225 - 40,720,707
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMsr1
Upstream geneTusc3, LOC100038974, LOC632066, EG621335, LOC434304
Downstream geneEG621431, LOC100039072, LOC666959, EG632166, Fgf20, 2900075B16Rik, Zdhhc2, Cnot7, Vps37a, Mtmr7
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-135F18.bB6Ng01-135F18.g
ACCDH935416DH935417
length1,1381,151
definitionDH935416|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F18, 5' end.DH935417|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-135F18, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(40,719,568 - 40,720,707)(40,687,225 - 40,688,389)
sequence
gaattcagttaaaactgcagcaaaacatccctcagcagtggagtagataa
agaaagattagatgatgttgattcttgctaaattagtcaacctgcctgaa
ctgtgacccacaaaacaacgttattccatttatcttcaaggacaatgttc
gtaaaatgcagaccattcagccacaatcagcaccatttcttgaaaattta
ttagaatctttaaaaaaaaatttaaacatttttattagatattttcttca
tttacagttcaaatgctatccccaaagcccctttatatccccccccccgt
tccccaaccgtcccactcctgcttcctggccctggcattcccctgtactg
gggcatatgatctttgcaagactaagggcctctcctcccattgatgtcca
actaggccatcatctactacatatgcagctagagacatagttctgggggt
tactggttaattcatattgttgttccttctatagggttgccgaccccttt
agccccttgggtactttctctagctccttcattgggggcactgtgttcca
tccaagagatgactgttagaacttcaaacattaagatgtagtttaatggt
taaaggacctatgaacttttgagtgatacctccattttaatgtctaatac
cacaagaaaagagtaaaagaacaaaaggagtaagaaactttgtgttttaa
ttaaattcacttgtttcaatgtaaaaattaatttgattttacttagtttt
tttcataattggaattaagcatgggacatgacacaggcttagtaaatgtt
tcaccaatgccctaatcttggtcataattaaatttgtgaaatataaaact
gtaaccattagtgagtgttatatgatatcttgatgtatcatattattgtg
tcatatgaaaataatgtttaacatttctttttgttgaaaatttcaagatt
ctctttactaccttttcaatgtgcaaggtaatgcttgtcatggtgcagtc
tctgactgtgcaatacagacagactctttgcttctatcataaatgaccag
gtacctatagatctaggattgtaaatggttgaccttctcagtcatgtatc
aaggagaactggcattgtagtcaatttagcctcttatt
gaattcacatattttactctgaagtgtattgttcagggcatgaggatttg
tgggaggaataaaataagagtgccctaggcaatgattaagggtaattagc
ttaagctctaatgcaagtgtgcatagatgtcttggacacatcctgtgtag
tcgagctgtttttctagggaactgatcttaagactcagttcctaacagtt
gcatgcttccagacaatgaaggttgaggaaaccaaataataggttgtgag
cctacacttataaggtgctttaatgtgaataagtatgtgatactgtgttc
ctataaagcagaattcctcattgtagcacagaaggaagtggctcataact
agggatgggatgtcgggaaatcctcgtttgctcacaggttaggaaaggat
gtgacatggcattttgggtttcctttctctctccaaacccctgttcatac
tgtataaattttaaatttgttagcacaaatcctgaatagaattatattga
ctttcccctcttctgattggacctggtagagttcaggctctgatagtcag
tgggaagaggaattgaacaggacaagctaagtatgtatcagttgctgatt
caaatccctatttacaagacataacaataaaattattaaggctatattta
ttgtgtcatgagaatgctgtatagttttattaacaattcagggcatccct
ggaagtgatatccaaaaacacaactgttataagttggtagcatttgttta
atttactgagagttgctcctgcttaggtatactggaccatgtttgctagc
tcataactagtgctactgtggaaaagcacactcaaatttagaaaaagaag
acacactaagtgcaaaggaatagtgcataaaagcatctagagaaactaaa
gtgtgaaaactgagtcagttactgaaataaaggtagactattagcaggta
gctcttcgcaggtgcacgtaagtactctcattagtgatatggagtctgag
agcacttccaggaagacgatgtgtctgagtatagactcgaaggtggggaa
cgcagcataacacagtagttacgctggtgaaactaaatacgatggactca
gtagataccttccgggatcgggacctaatctacaattatatctccttgag
a
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_40719568_40720707
seq2: B6Ng01-135F18.b_45_1182 (reverse)

seq1  AATAAGA-GCTAAATGGGCTACAATGCCAG-TCTTCCTGATACATGAACT  48
      ||||||| ||||||| | |||||||||||| ||| | ||||||||| |||
seq2  AATAAGAGGCTAAATTGACTACAATGCCAGTTCTCCTTGATACATG-ACT  49

seq1  GAGAGGGTCAACAATTTACAATTCTAGATCTATAGGTACTGTGTCATTTA  98
      |||| ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||   ||||||||
seq2  GAGAAGGTCAACCATTTACAATCCTAGATCTATAGGTACCTGGTCATTTA  99

seq1  TGATAGAAGCAAAGAGTCTGGTCTGGTATTGCACAGTCAGGAGACTGCA-  147
      ||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TGATAGAAGCAAAGAGTCT-GTCT-GTATTGCACAGTCA-GAGACTGCAC  146

seq1  CATGAC-AGCATTACCTTGCACATTGAAAAGGTAGTAAAGAGAATCTTGA  196
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACAAGCATTACCTTGCACATTGAAAAGGTAGTAAAGAGAATCTTGA  196

seq1  AATTTTTCAACAAAAAGAAATGTTAAACATTATTTTCATATGACACAATA  246
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AA-TTTTCAACAAAAAGAAATGTTAAACATTATTTTCATATGACACAAT-  244

seq1  AATATGATACATCAAGATATCATATAACACTCACTAATGGTTACAGTTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATGATACATCAAGATATCATATAACACTCACTAATGGTTACAGTTTT  294

seq1  ATATTTCACAAATTTAATTATGACCAAGATTAGGGCATTGGTGAAACATT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTCACAAATTTAATTATGACCAAGATTAGGGCATTGGTGAAACATT  344

seq1  TACTAAGCCTGTGTCATGTCCCATGCTTAATTCCAATTATGAAAAAAACT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAAGCCTGTGTCATGTCCCATGCTTAATTCCAATTATGAAAAAAACT  394

seq1  AAGTAAAATCAAATTAATTTTTACATTGAAACAAGTGAATTTAATTAAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAAATCAAATTAATTTTTACATTGAAACAAGTGAATTTAATTAAAA  444

seq1  CACAAAGTTTCTTACTCCTTTTGTTCTTTTACTCTTTTCTTGTGGTATTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAGTTTCTTACTCCTTTTGTTCTTTTACTCTTTTCTTGTGGTATTA  494

seq1  GACATTAAAATGGAGGTATCACTCAAAAGTTCATAGGTCCTTTAACCATT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTAAAATGGAGGTATCACTCAAAAGTTCATAGGTCCTTTAACCATT  544

seq1  AAACTACATCTTAATGTTTGAAGTTCTAACAGTCATCTCTTGGATGGAAC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTACATCTTAATGTTTGAAGTTCTAACAGTCATCTCTTGGATGGAAC  594

seq1  ACAGTGCCCCCAATGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGGGCTAAAGGG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGCCCCCAATGAAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGGGCTAAAGGG  644

seq1  GTCGGCAACCCTATAGAAGGAACAACAATATGAATTAACCAGTAACCCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGGCAACCCTATAGAAGGAACAACAATATGAATTAACCAGTAACCCCC  694

seq1  AGAACTATGTCTCTAGCTGCATATGTAGTAGATGATGGCCTAGTTGGACA  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTATGTCTCTAGCTGCATATGTAGTAGATGATGGCCTAGTTGGACA  744

seq1  TCAATGGGAGGAGAGGCCCTTAGTCTTGCAAAGATCATATGCCCCAGTAC  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGGAGGAGAGGCCCTTAGTCTTGCAAAGATCATATGCCCCAGTAC  794

seq1  AGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGCAGGAGTGGGACGGTTGGGGAACGGGG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAATGCCAGGGCCAGGAAGCAGGAGTGGGACGGTTGGGGAACGGGG  844

seq1  GGGGGGATATAAAGGGGCTTTGGGGATAGCATTTGAACTGTAAATGAAGA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGATATAAAGGGGCTTTGGGGATAGCATTTGAACTGTAAATGAAGA  894

seq1  AAATATCTAATAAAAATGTTTAAATTTTTTTTTAAAGATTCTAATAAATT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATCTAATAAAAATGTTTAAATTTTTTTTTAAAGATTCTAATAAATT  944

seq1  TTCAAGAAATGGTGCTGATTGTGGCTGAATGGTCTGCATTTTACGAACAT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAAATGGTGCTGATTGTGGCTGAATGGTCTGCATTTTACGAACAT  994

seq1  TGTCCTTGAAGATAAATGGAATAACGTTGTTTTGTGGGTCACAGTTCAGG  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCTTGAAGATAAATGGAATAACGTTGTTTTGTGGGTCACAGTTCAGG  1044

seq1  CAGGTTGACTAATTTAGCAAGAATCAACATCATCTAATCTTTCTTTATCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTGACTAATTTAGCAAGAATCAACATCATCTAATCTTTCTTTATCT  1094

seq1  ACTCCACTGCTGAGGGATGTTTTGCTGCAGTTTTAACTGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTGCTGAGGGATGTTTTGCTGCAGTTTTAACTGAATTC  1138

seq1: chr8_40687225_40688389
seq2: B6Ng01-135F18.g_66_1216

seq1  GAATTCACATATTTTACTCTGAAGTGTATTGTTCAGGGCATGAGGATTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACATATTTTACTCTGAAGTGTATTGTTCAGGGCATGAGGATTTG  50

seq1  TGGGAGGAATAAAATAAGAGTGCCCTAGGCAATGATTAAGGGTAATTAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGAATAAAATAAGAGTGCCCTAGGCAATGATTAAGGGTAATTAGC  100

seq1  TTAAGCTCTAATGCAAGTGTGCATAGATGTCTTGGACACATCCTGTGTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCTCTAATGCAAGTGTGCATAGATGTCTTGGACACATCCTGTGTAG  150

seq1  TCGAGCTGTTTTTCTAGGGAACTGATCTTAAGACTCAGTTCCTAACAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAGCTGTTTTTCTAGGGAACTGATCTTAAGACTCAGTTCCTAACAGTT  200

seq1  GCATGCTTCCAGACAATGAAGGTTGAGGAAACCAAATAATAGGTTGTGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTCCAGACAATGAAGGTTGAGGAAACCAAATAATAGGTTGTGAG  250

seq1  CCTACACTTATAAGGTGCTTTAATGTGAATAAGTATGTGATACTGTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACACTTATAAGGTGCTTTAATGTGAATAAGTATGTGATACTGTGTTC  300

seq1  CTATAAAGCAGAATTCCTCATTGTAGCACAGAAGGAAGTGGCTCATAACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATAAAGCAGAATTCCTCATTGTAGCACAGAAGGAAGTGGCTCATAACT  350

seq1  AGGGATGGGATGTCGGGAAATCCTCGTTTGCTCACAGGTTAGGAAAGGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATGGGATGTCGGGAAATCCTCGTTTGCTCACAGGTTAGGAAAGGAT  400

seq1  GTGACATGGCATTTTGGGTTTCCTTTCTCTCTCCAAACCCCTGTTCATAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACATGGCATTTTGGGTTTCCTTTCTCTCTCCAAACCCCTGTTCATAC  450

seq1  TGTATAAATTTTAAATTTGTTAGCACAAATCCTGAATAGAATTATATTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATAAATTTTAAATTTGTTAGCACAAATCCTGAATAGAATTATATTGA  500

seq1  CTTTCCCCTCTTCTGATTGGACCTGGTAGAGTTCAGGCTCTGATAGTCAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCCCTCTTCTGATTGGACCTGGTAGAGTTCAGGCTCTGATAGTCAG  550

seq1  TGGGAAGAGGAATTGAACAGGACAAGCTAAGTATGTATCAGTTGCTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAAGAGGAATTGAACAGGACAAGCTAAGTATGTATCAGTTGCTGATT  600

seq1  CAAATCCCTATTTACAAGACATAACAATAAAATTATTAAGGCTATATTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATCCCTATTTACAAGACATAACAATAAAATTATTAAGGCTATATTTA  650

seq1  TTGTGTCATGAGAATGCTGTATAGTTTTATTAACAATTCAGGGCATCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTCATGAGAATGCTGTATAGTTTTATTAACAATTCAGGGCATCCCT  700

seq1  GGAAGTGATATCCAAAAACACAACTGTTATAAGTTGGTAGCATTTGTTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTGATATCCAAAAACACAACTGTTATAAGTTGGTAGCATTTGTTTA  750

seq1  ATTTACTGAGAGTTGCTCCTGCTTAGGTATACTGGACCATGTTTGCTAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTACTGAGAGTTGCTCCTGCTTAGGTATACTGGACCATGTTTGCTAGC  800

seq1  TCATAACTAGTGCTACTGTGGAAAAAGCACACTCAAATTTAGAAAAAGAA  850
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAACTAGTGCTACTGTGG-AAAAGCACACTCAAATTTAGAAAAAGAA  849

seq1  GACACACTAAGTGCAAAGGAATAGTGCATAAAAGCATCTAGAGAAACTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTAAGTGCAAAGGAATAGTGCATAAAAGCATCTAGAGAAACTAA  899

seq1  AGTGTGAAAACTGAGTCAGTTACTGAAATAAAGGTAGACTATTAGCAGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTGAAAACTGAGTCAGTTACTGAAATAAAGGTAGACTATTAGCAGGT  949

seq1  AGCTCTTCGCAAGGTGCACGTAAGTAACTCTCATTAGTGATAATGGAAGT  1000
      |||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||
seq2  AGCTCTTCGC-AGGTGCACGTAAGT-ACTCTCATTAGTGAT-ATGG-AGT  995

seq1  CTTGAGAGCACTTCCAGGAAGACGATGTGTCTGAGTAATAGACTCG-AGG  1049
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||
seq2  C-TGAGAGCACTTCCAGGAAGACGATGTGTCTGAGT-ATAGACTCGAAGG  1043

seq1  TGGGGAACGCAGGCAATATACACAGTAGTTACGCTGGTGGAAACATAAAT  1099
      ||||||||||||   ||| ||||||||||||||||||| ||||| |||||
seq2  TGGGGAACGCAG--CATA-ACACAGTAGTTACGCTGGT-GAAAC-TAAAT  1088

seq1  ACAGAT-GACTCAGTAGTATA-CTTCTGGAATTCTGGACCTAATCTACAC  1147
      || ||| |||||||||| ||| |||| || | || |||||||||||  ||
seq2  AC-GATGGACTCAGTAG-ATACCTTCCGGGA-TCGGGACCTAATCT--AC  1133

seq1  ATTTTTATCTCCTTGAGA  1165
      | || |||||||||||||
seq2  AATTATATCTCCTTGAGA  1151