BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-136O03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 129,307,897 - 129,404,639
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneE330039K12Rik, BC021891, Kcnk1, Slc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2
Downstream geneTomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3, EG628847
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-136O03.bB6Ng01-136O03.g
ACCDH936539DH936540
length1,0891,082
definitionDH936539|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O03, 5' end.DH936540|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-136O03, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,403,534 - 129,404,639)(129,307,897 - 129,308,991)
sequence
gaattccattcccagcgcccacattgggaagcttagcccaggacacctga
cacccccttttgcatctgtgggctctgcatttacacatatgagagagaga
gagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagtgcaaatat
gtgggctctgcattcacacatatgagagagagagagagagagagagcgca
aatatgtgggctctgcattcacacatgtgagagcgcgcgcgcacacacac
acacacacacacacacacacacacaaacaccaaatatgtgagcacacaca
cacacagagcacaaatattgtctttaaaatttgaggtgccaagcagttga
ggaacacatatttgttctctggcttccatatacatgtgatcacatgtaca
cagatacctgcatgcatgtatccacacacccacatcaacataagcctccc
tccaaacacacacatgagattaggccaagacatatacagggatgatcatg
taaagacgtgaggagaagacctccgtctgtaagcaagagcgagaggcttc
tggagaaaggaaccttgcagaaacattggccccagccttccagcccccag
agcttcgagcaagtacatctctgctggctaagtatgggagcatgggcaga
cagacacctcatacataaaccaactccttcttttcctgatggtgggagtc
ttggtcttgccccagagtctgcttcacacagaggtgacatttggaaaaag
ggcaagccttcagaaaccatacaggaccaagataatagaaagacactgta
acgaaaacacaggagactgtagataaagcaccgaagaaatcacctaaaac
tagatgccttcagagaaatgagaggagtcatgttcatttccttgggtttt
tctagagtcccaaccaactctttcaccatgactcttagtacctcagtact
tcctggctgttccaactctgctcagactgcaggttattggaaaataatcc
aaagttctgcaacgtgagtcttctaatgcagctcctgaatcgcctccttt
aattggtcctttaagtccttccacacgggtaccctaccc
gaattcagtctcactgcaaaggtcgatgtcaccccacaccctggcttctc
cactgaaaggctttctcagctgtgggtttcagagaatagaccctgagggt
gaggctcctgggcatctggttctccttattcaccaagaaccctgaggtca
ctggaagatcacggggacatgttcctttttgtttggatgctgcgttccag
gcgctgggaaccaaatgacatcatgtgaggataggatccaagcccttctt
acccactggccactgtctccaggcagatgttaggcgggtgaagtcatcca
ggggagagttatggagaaggctatcgtctcttgtaaccgtgtgggacaat
ctgtcccaagggggcacacacagcaagtgcaaatgaagagccgggtgaca
tttcgatttaaagctccagtaatttgcaggtgatgtttgaaggatgtttg
gcacactgtagaggccaaggagaagataggatggggattaaccccttagt
ctcctcgcttgtttagccatgacattctctattacaattggcagcagaag
gcacctagaaggggggttagggccttccttgctctgtgatcaaagaagag
gctcggtcttgaatcacatacacttaagaacaccttgcaccgtgtgcctc
ttcttttgctcttctaagtaattgtcgtgatgttaatttggaaacataac
caaacacaaacatggggttgctgtcagcccatgtctatgtccagcttatt
cgagatcctcagggagatttctggtggagcaagacaaaagcagatggatt
tgggatggaggccagaggaaatgacaatagcatctctcccctggggagct
tggagtggttgcactagtctggactagttttcttagcctcagttgttcct
ccttcattaaagtcacatctagccacatcatgcttctgacagacctaaaa
tgctcatgtgcacaaggtagcgagcctcagcacactgtgcatcagggaca
gccaccggtactgaactggaatgttatagaagaccttctcccacaggacc
cttaatggactggataggagagccagtgtaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_129403534_129404639
seq2: B6Ng01-136O03.b_51_1139 (reverse)

seq1  GGGTAAGGGGTACCC-TGTTGAAGGACTTTAAAGGACCAAATTATAGGA-  48
      |||||  |||||||| ||| ||||||| |||||||||| ||||| |||| 
seq2  GGGTA--GGGTACCCGTGTGGAAGGAC-TTAAAGGACC-AATTAAAGGAG  46

seq1  GCGATGTCAGGAGCCTGCATTAGAAGACTCAACGTTGCAGAACTTTGGAT  98
      ||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCGAT-TCAGGAG-CTGCATTAGAAGACTC-ACGTTGCAGAACTTTGGAT  93

seq1  TATCTCCAAATAAACCTGCAGGTCTTGAGCAGGAGTTTGGAACAGCCAGG  148
      ||| | | ||| |||||||| ||| |||||| ||| ||||||||||||||
seq2  TATTTTCCAAT-AACCTGCA-GTC-TGAGCA-GAG-TTGGAACAGCCAGG  138

seq1  AAGTACTGAGGTACTAAGGAGTCATGGGTGAAGGAGTTGGTTGGGGACTC  198
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||||||||| |||||||
seq2  AAGTACTGAGGTACTAA-GAGTCAT-GGTGAAAGAGTTGGTT-GGGACTC  185

seq1  TTAGAAAAACCCAAGGAAATGAACATGACTCCTCTCATTTTCTCTGAAGG  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  -TAGAAAAACCCAAGGAAATGAACATGACTCCTCTCA-TTTCTCTGAAGG  233

seq1  CATCTAGTTTTAGGTGATTTCTTCGGTGCTTTTATCTACAGTCTCCTGTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAGTTTTAGGTGATTTCTTCGGTGC-TTTATCTACAGTCTCCTGTG  282

seq1  TTTTCGTTACAGTGTCTTTCTATTATCTTGGTCCTGTATGGTTTCCTGAA  348
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTTCGTTACAGTGTCTTTCTATTATCTTGGTCCTGTATGGTTT-CTGAA  331

seq1  GGCTTGCCCTTTTTCCAAATGTCACCTCTGTGTGAAGCAGACTCTGGGGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCCTTTTTCCAAATGTCACCTCTGTGTGAAGCAGACTCTGGGGC  381

seq1  AAGACCAAGACTCCCACCATCAGGAAAAGAAGGAGTTGGTTTATGTATGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAAGACTCCCACCATCAGGAAAAGAAGGAGTTGGTTTATGTATGA  431

seq1  GGTGTCTGTCTGCCCATGCTCCCATACTTAGCCAGCAGAGATGTACTTGC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTCTGTCTGCCCATGCTCCCATACTTAGCCAGCAGAGATGTACTTGC  481

seq1  TCGAAGCTCTGGGGGCTGGAAGGCTGGGGCCAATGTTTCTGCAAGGTTCC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAGCTCTGGGGGCTGGAAGGCTGGGGCCAATGTTTCTGCAAGGTTCC  531

seq1  TTTCTCCAGAAGCCTCTCGCTCTTGCTTACAGACGGAGGTCTTCTCCTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCCAGAAGCCTCTCGCTCTTGCTTACAGACGGAGGTCTTCTCCTCA  581

seq1  CGTCTTTACATGATCATCCCTGTATATGTCTTGGCCTAATCTCATGTGTG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTCTTTACATGATCATCCCTGTATATGTCTTGGCCTAATCTCATGTGTG  631

seq1  TGTTTGGAGGGAGGCTTATGTTGATGTGGGTGTGTGGATACATGCATGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGGAGGGAGGCTTATGTTGATGTGGGTGTGTGGATACATGCATGCA  681

seq1  GGTATCTGTGTACATGTGATCACATGTATATGGAAGCCAGAGAACAAATA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATCTGTGTACATGTGATCACATGTATATGGAAGCCAGAGAACAAATA  731

seq1  TGTGTTCCTCAACTGCTTGGCACCTCAAATTTTAAAGACAATATTTGTGC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCCTCAACTGCTTGGCACCTCAAATTTTAAAGACAATATTTGTGC  781

seq1  TCTGTGTGTGTGTGTGCTCACATATTTGGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGTGTGTGTGTGCTCACATATTTGGTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGT  831

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCTCTCACATGTGTGAATGCAGAGCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCTCTCACATGTGTGAATGCAGAGCC  881

seq1  CACATATTTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATATGTGTGAATGCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATATTTGCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATATGTGTGAATGCA  931

seq1  GAGCCCACATATTTGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCACATATTTGCACTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  981

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCATATGTGTAAATGCAGAGCCCACAGATGCAAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCATATGTGTAAATGCAGAGCCCACAGATGCAAA  1031

seq1  AGGGGGTGTCAGGTGTCCTGGGCTAAGCTTCCCAATGTGGGCGCTGGGAA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGGTGTCAGGTGTCCTGGGCTAAGCTTCCCAATGTGGGCGCTGGGAA  1081

seq1  TGGAATTC  1106
      ||||||||
seq2  TGGAATTC  1089

seq1: chr8_129307897_129308991
seq2: B6Ng01-136O03.g_70_1151

seq1  GAATTCAGTCTCACTGCAAAGGTCGATGTCACCCCACACCCTGGCTTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCTCACTGCAAAGGTCGATGTCACCCCACACCCTGGCTTCTC  50

seq1  CACTGAAAGGCTTTCTCAGCTGTGGGTTTCAGAGAATAGACCCTGAGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAGGCTTTCTCAGCTGTGGGTTTCAGAGAATAGACCCTGAGGGT  100

seq1  GAGGCTCCTGGGCATCTGGTTCTCCTTATTCACCAAGAACCCTGAGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCTCCTGGGCATCTGGTTCTCCTTATTCACCAAGAACCCTGAGGTCA  150

seq1  CTGGAAGATCACGGGGACATGTTCCTTTTTGTTTGGATGCTGCGTTCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGATCACGGGGACATGTTCCTTTTTGTTTGGATGCTGCGTTCCAG  200

seq1  GCGCTGGGAACCAAATGACATCATGTGAGGATAGGATCCAAGCCCTTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGCTGGGAACCAAATGACATCATGTGAGGATAGGATCCAAGCCCTTCTT  250

seq1  ACCCACTGGCCACTGTCTCCAGGCAGATGTTAGGCGGGTGAAGTCATCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACTGGCCACTGTCTCCAGGCAGATGTTAGGCGGGTGAAGTCATCCA  300

seq1  GGGGAGAGTTATGGAGAAGGCTATCGTCTCTTGTAACCGTGTGGGACAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAGAGTTATGGAGAAGGCTATCGTCTCTTGTAACCGTGTGGGACAAT  350

seq1  CTGTCCCAAGGGGGCACACACAGCAAGTGCAAATGAAGAGCCGGGTGACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCCCAAGGGGGCACACACAGCAAGTGCAAATGAAGAGCCGGGTGACA  400

seq1  TTTCGATTTAAAGCTCCAGTAATTTGCAGGTGATGTTTGAAGGATGTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGATTTAAAGCTCCAGTAATTTGCAGGTGATGTTTGAAGGATGTTTG  450

seq1  GCACACTGTAGAGGCCAAGGAGAAGATAGGATGGGGATTAACCCCTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACTGTAGAGGCCAAGGAGAAGATAGGATGGGGATTAACCCCTTAGT  500

seq1  CTCCTCGCTTGTTTAGCCATGACATTCTCTATTACAATTGGCAGCAGAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCGCTTGTTTAGCCATGACATTCTCTATTACAATTGGCAGCAGAAG  550

seq1  GCACCTAGAAGGGGGGTTAGGGCCTTCCTTGCTCTGTGATCAAAGAAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTAGAAGGGGGGTTAGGGCCTTCCTTGCTCTGTGATCAAAGAAGAG  600

seq1  GCTCGGTCTTGAATCACATACACTTAAGAACACCTTGCACCGTGTGCCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCGGTCTTGAATCACATACACTTAAGAACACCTTGCACCGTGTGCCTC  650

seq1  TTCTTTTGCTCTTCTAAGTAATTGTCGTGATGTTAATTTGGAAACATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTGCTCTTCTAAGTAATTGTCGTGATGTTAATTTGGAAACATAAC  700

seq1  CAAACACAAACATGGGGTTGCTGTCAGCCCATGTCTATGTCCAGCTTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACAAACATGGGGTTGCTGTCAGCCCATGTCTATGTCCAGCTTATT  750

seq1  CGAGATCCTCAGGGAGATTTCTGGTGGAGCAAGACAAAAGCAGATGGATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGATCCTCAGGGAGATTTCTGGTGGAGCAAGACAAAAGCAGATGGATT  800

seq1  TGGGATGGAGGCCAGAGGAAATGACAATAGCATCTCTCCCCTGGGGAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATGGAGGCCAGAGGAAATGACAATAGCATCTCTCCCCTGGGGAGCT  850

seq1  TGGAGTGGTTGCAACTAGTCTGGACTAG-TCTCTTAGCCTCAAGTTGTTC  899
      |||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||| ||||||||
seq2  TGGAGTGGTTGC-ACTAGTCTGGACTAGTTTTCTTAGCCTC-AGTTGTTC  898

seq1  CTCCTTCCATTAAAAGTCACATCTAGCCACATCATGCTTCTGACAGACCT  949
      |||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTT-CATT-AAAGTCACATCTAGCCACATCATGCTTCTGACAGACCT  946

seq1  AAAATGCTCATGTGCAC-AGGTAGCGAAGCCTCAGCACACTGTGCCATCC  998
      ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||| |
seq2  AAAATGCTCATGTGCACAAGGTAGCG-AGCCTCAGCACACTGTG-CAT-C  993

seq1  AGGGACAGCCCACCCGGTACTGAACTGGAATGTTATAGAAGACCCTCTCC  1048
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGGACAGCC--ACCGGTACTGAACTGGAATGTTATAGAAGACCTTCTCC  1041

seq1  ACACAGGACCCTAAATGGGAACTGGGATTAGGAGAGCCAAGTGTAAG  1095
       ||||||||||| |||||  |||||   |||||||||| ||||||||
seq2  -CACAGGACCCTTAATGG--ACTGG--ATAGGAGAGCC-AGTGTAAG  1082