BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-154H01
Chromosome8 (Build37)
Map Location 130,009,177 - 130,107,615
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3, EG628847
Upstream geneIrf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1
Downstream geneNrp1, LOC668494
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-154H01.bB6Ng01-154H01.g
ACCDH949483DH949484
length2931,212
definitionDH949483|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H01, 5' end.DH949484|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-154H01, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(130,107,323 - 130,107,615)(130,009,177 - 130,010,395)
sequence
attacacccatctgttagaagggaacaccctcttttgtttttcctcttgg
cattcaagtctggagcattctgtgcaacctgagatacaagcagcaaggca
gaggcgggtgtagtggaagatctgtcctctgaaacatggtggttattctt
agggagatgatgatgataacgttaagggccctactcagtgtgtgtgcatg
tgtgtgtacatgtgtgcatgcatatgtgtgtatgtgtgtatacatgtgtg
tgtttgcatgtgtatgagtgtgtgtgtatgtgtatgtgtgtga
gaattccttttggagagaggggtggctttttagatttaagtacgcataca
aaccgtatgtgtatagggcttacacacaaattctcatttctccatttact
tttgctggcattcgtgaggatctcaccagagaaacctgctagtcttgtgc
agctcaggggcaggtaacctcactaggacatggatcctctctgagcttgg
tgcaaacccaaaggaaaagacaaccacgtgtgactcaaaacaaaactgta
aacagcacaaatgatataaaagtactaggtttctgacagggtaagtttcc
ctgggccattgtgactctaggctcaagtccctgactgctgaagttgagag
gtcgcataagtttaaacattgactttgtagcagaaactgaagctgaccaa
ggacaaacagactggtttccaatgatccttttgtctccttctctccttta
tcctgtacatttaagctctgggatgatttaaaggcttcagtgctttgaac
aagcccgaactctagggcttagctgagaattcctggagatccaggcagct
cctaaaatgctattctgtcatggcctcgtgccaataattacggatagtga
tgtggacagcaatgaataagaaccgaaaaataactacatgattcatgtat
gttgaagataatagaggatgtttttgaggatgcatttgaaatggcatgag
agaaacttgagtgtaaggatgagtagatttgtatccttgcatagaaatgc
atactttgaataagtgtctttcaactgaaccttcagtatttggttttgct
gccctccccatcagccttcccccctaattccttagtatatccagactgcc
ttctaagttctctccccgttaagttggaccacagggttcagtgtgatgat
atgagatgtgatactaaacaagttgacccagtggcagaagcctgcctttc
taagagtgtgatgcctgggctgtgtctcagtggaagagagctgttctgtt
tttgggaattggactgagttttgatggaagttatatattaaaggtggaaa
attcagacttcttggtggtggtgtcagtttccatgtctgtgacgataaac
gaatcgtcagttaaaacgagaagagggttgattggttcagtttttgggag
gctcgaatgtaactgggggaaacatgggcttaggtctttgtgaagagacc
ctccaccctcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_130107323_130107615
seq2: B6Ng01-154H01.b_46_338 (reverse)

seq1  TCACACACATACACATACACACACACTCATACACATGCAAACACACACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACACATACACATACACACACACTCATACACATGCAAACACACACAT  50

seq1  GTATACACACATACACACATATGCATGCACACATGTACACACACATGCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATACACACATACACACATATGCATGCACACATGTACACACACATGCAC  100

seq1  ACACACTGAGTAGGGCCCTTAACGTTATCATCATCATCTCCCTAAGAATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACTGAGTAGGGCCCTTAACGTTATCATCATCATCTCCCTAAGAATA  150

seq1  ACCACCATGTTTCAGAGGACAGATCTTCCACTACACCCGCCTCTGCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCATGTTTCAGAGGACAGATCTTCCACTACACCCGCCTCTGCCTTG  200

seq1  CTGCTTGTATCTCAGGTTGCACAGAATGCTCCAGACTTGAATGCCAAGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGTATCTCAGGTTGCACAGAATGCTCCAGACTTGAATGCCAAGAG  250

seq1  GAAAAACAAAAGAGGGTGTTCCCTTCTAACAGATGGGTGTAAT  293
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAACAAAAGAGGGTGTTCCCTTCTAACAGATGGGTGTAAT  293

seq1: chr8_130009177_130010395
seq2: B6Ng01-154H01.g_65_1276

seq1  GAATTCCTTTTGGAGAGAGGGGTGGCTTTTTAGATTTAAGTACGCATACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTGGAGAGAGGGGTGGCTTTTTAGATTTAAGTACGCATACA  50

seq1  AACCGTATGTGTATAGGGCTTACACACAAATTCTCATTTCTCCATTTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCGTATGTGTATAGGGCTTACACACAAATTCTCATTTCTCCATTTACT  100

seq1  TTTGCTGGCATTCGTGAGGATCTCACCAGAGAAACCTGCTAGTCTTGTGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGGCATTCGTGAGGATCTCACCAGAGAAACCTGCTAGTCTTGTGC  150

seq1  AGCTCAGGGGCAGGTAACCTCACTAGGACATGGATCCTCTCTGAGCTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGGGGCAGGTAACCTCACTAGGACATGGATCCTCTCTGAGCTTGG  200

seq1  TGCAAACCCAAAGGAAAAGACAACCACGTGTGACTCAAAACAAAACTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAACCCAAAGGAAAAGACAACCACGTGTGACTCAAAACAAAACTGTA  250

seq1  AACAGCACAAATGATATAAAAGTACTAGGTTTCTGACAGGGTAAGTTTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCACAAATGATATAAAAGTACTAGGTTTCTGACAGGGTAAGTTTCC  300

seq1  CTGGGCCATTGTGACTCTAGGCTCAAGTCCCTGACTGCTGAAGTTGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCATTGTGACTCTAGGCTCAAGTCCCTGACTGCTGAAGTTGAGAG  350

seq1  GTCGCATAAGTTTAAACATTGACTTTGTAGCAGAAACTGAAGCTGACCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCGCATAAGTTTAAACATTGACTTTGTAGCAGAAACTGAAGCTGACCAA  400

seq1  GGACAAACAGACTGGTTTCCAATGATCCTTTTGTCTCCTTCTCTCCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAACAGACTGGTTTCCAATGATCCTTTTGTCTCCTTCTCTCCTTTA  450

seq1  TCCTGTACATTTAAGCTCTGGGATGATTTAAAGGCTTCAGTGCTTTGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTACATTTAAGCTCTGGGATGATTTAAAGGCTTCAGTGCTTTGAAC  500

seq1  AAGCCCGAACTCTAGGGCTTAGCTGAGAATTCCTGGAGATCCAGGCAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCCGAACTCTAGGGCTTAGCTGAGAATTCCTGGAGATCCAGGCAGCT  550

seq1  CCTAAAATGCTATTCTGTCATGGCCTCGTGCCAATAATTACGGATAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAATGCTATTCTGTCATGGCCTCGTGCCAATAATTACGGATAGTGA  600

seq1  TGTGGACAGCAATGAATAAGAACCGAAAAATAACTACATGATTCATGTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGACAGCAATGAATAAGAACCGAAAAATAACTACATGATTCATGTAT  650

seq1  GTTGAAGATAATAGAGGATGTTTTTGAGGATGCATTTGAAATGGCATGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAAGATAATAGAGGATGTTTTTGAGGATGCATTTGAAATGGCATGAG  700

seq1  AGAAACTTGAGTGTAAGGATGAGTAGATTTGTATCCTTGCATAGAAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACTTGAGTGTAAGGATGAGTAGATTTGTATCCTTGCATAGAAATGC  750

seq1  ATACTTTGAATAAGTGTCTTTCAACTGAACCTTCAGTATTTGGTTTTGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTGAATAAGTGTCTTTCAACTGAACCTTCAGTATTTGGTTTTGCT  800

seq1  GCCCTCCCCATCAGCCTTCCCCCCTAATTCCTTAGTATATCCAGACTGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTCCCCATCAGCCTTCCCCCCTAATTCCTTAGTATATCCAGACTGCC  850

seq1  TTCTAAGTTCTCTCCCCGTTAAGTTGGACCACAGGGTTCAGTGTGATGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAAGTTCTCTCCCCGTTAAGTTGGACCACAGGGTTCAGTGTGATGAT  900

seq1  ATGAGATGTGATACTAAACAAGTTGACCCAGTGGCAGAAGCCTGCCTTTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATGTGATACTAAACAAGTTGACCCAGTGGCAGAAGCCTGCCTTTC  950

seq1  TAAGAGGTTGTGATGCCTGGGCTGTGTCCTCAGTGGAAGAGAGCTGTTCT  1000
      ||||||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAG--TGTGATGCCTGGGCTGTGT-CTCAGTGGAAGAGAGCTGTTCT  997

seq1  GTATATGGGAATTGGACTGAGTTTTGAATGGAAGGTATATAATTAAAGTG  1050
      || | ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| | || |||
seq2  GTTTTTGGGAATTGGACTGAGTTTTG-ATGGAAGTTATATATTAAAGGTG  1046

seq1  GAAAATTCAGACCTTCCTGGTG--TGTGTCAGGTTTCCATGTCTGTGACA  1098
      ||||||||||| |||| |||||   |||||| ||||||||||||||||| 
seq2  GAAAATTCAGA-CTTCTTGGTGGTGGTGTCA-GTTTCCATGTCTGTGAC-  1093

seq1  GATAAACAGATCGTCAGGTTAAAACGAGAAGA-GGTTGATTTGGCTCTCA  1147
      |||||||  ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    |||
seq2  GATAAACGAATCGTCA-GTTAAAACGAGAAGAGGGTTGATTGG---TTCA  1139

seq1  GTTTTT--GAAGCTTCAGATAGTAACTGGGGAGACCTAGTGCTTTTAGGT  1195
      ||||||  || |||   ||  ||||||||||  | |  | ||  ||||||
seq2  GTTTTTGGGAGGCT--CGAATGTAACTGGGGGAAACATGGGC--TTAGGT  1185

seq1  CTTTGTG-AGAGACCCTC--ACCTCCT  1219
      ||||||| ||||||||||   ||||||
seq2  CTTTGTGAAGAGACCCTCCACCCTCCT  1212