BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-159F13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 128,476,944 - 128,598,449
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcnk1
Upstream geneTsnax, Disc1, Sipa1l2, 4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik, BC021891
Downstream geneSlc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-159F13.bB6Ng01-159F13.g
ACCDH953035DH953036
length1,1061,005
definitionDH953035|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159F13, 5' end.DH953036|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-159F13, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,597,334 - 128,598,449)(128,476,944 - 128,477,955)
sequence
gaattcttttctttctggaggatggatgctatgctcaaccacctgggaag
gtaaacccagttacaaaatatgacagagctgttcctcagggaggggtgcc
tactgaggtcactggggagcaagcactgagattgacagatagggactctg
aagaacacggtgtgtgggagaggacccaggagacctcaatctactgtaaa
tcaaggagactagcaaaagtgattcattttccctatgccagcctgtagaa
aggtatgccaacacagaacaaatgtgaaatggctggcttgtcttttctgc
aacagtttttaaagctttgtgttgcaagaaacctctgcttcatttcctca
ggtgaacaggctggttcacctgagaagtacactctttagactcctctagc
ataacccaatatatcacacacatgcacatgcatgtacacacacacacact
tctacatgctatttgttcaggatacaaagtcttgtcctattcatgaacct
tctggggcttaagaccattccatcttctgacatggctcggttgtttaatt
gcctgaggcttccaactctcaaagttatgagacaagcaaacaccagacac
cagctagggaagggagggcctaaggactcctccttatctggactctttga
taagctttagaaagtacacctcataccgaaatggacccctacaacctatt
tcttacagcttggagtcctggagtggagactgtgggacctgggctcagac
ccttcccactcttttgagagaaggaatagtgtaaccagcggacatccatg
gtgcttattaaagttggatttgaggtccctgatgcttcggttctgaccca
atggccaggaagccatgtcctgctaatcctctggacactccagcagaatg
ggcacaggctcctcttagtggcaataagctgggagatgacttcccgtcct
gggtaatcttaccttgaggcaatctactcacttttggcacaagtgtctca
tccttaatggagctcaagtgacctctaaaattgttggggttggctgtttg
cttttttttcaactctttctaactgcccagtccgctgtgcttgctgctgc
tggatt
gaattctattgaccatttcatcgaatcatgattgaccggggacagttccg
gtgggagagagataccttaccattaacatccaaagctgctttgcatgggc
ttgccctggtggctggtttgtgctggggtctggagtagttaataacaggt
tcatggaaaacagattcagtaaaatcccttctctccccttgtgcccagat
gcaactgcaagccaatgttaacaggcatgttacacggaggccacaatggc
tcctgtgccccaaagggcagaagtgtgggggtgggggcttcatccaagga
gaagaaattcccagggttccagggaagcaaggtgtgatggtttgtatatg
cttgggccagggagtgacactgttggaaggtgtggccttgttggagtagg
tgtgtcactgtgggcatgggctttaagaccctcatcctagctacctggaa
gccagtcttctgctagcagccttcagatgaggatgtagaactctcagctc
ctcctgcaccatgtctgcctggatgctgccaggctcccaccttgatgata
atggactgaacctctgaatctataagctagccccaattaaatgttatcct
tataagagttgccatggacatggtgtctgttcaaagcagtaaaaccctaa
gacacaagacttctttttcttttctttttttcttttttggtttttcgaga
cagggtttctctgtatagccctggctgttctggaactcactctgtagacc
aggctggccttgaactcagaaatctgcctgcctcttcctcccaaatgctg
ggattagaggcatgcgccaccactgcttggccgacataagacttcttaaa
ttaaacaaaaacattatatgtagaaatggggacatcagagggagaatcac
ccattacctcatggtcactgaacaaagaaactgtgttcttgggcttcaag
ataaggggtgtcgtgtgcatgcccactggtcctatttagggaccagaagg
ctccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_128597334_128598449
seq2: B6Ng01-159F13.b_46_1151 (reverse)

seq1  AATCCAGCAGCAGCAAGCACAGCCGGACTGGGCAGTTAGAAGAGGTTGAA  50
      |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||   ||||||
seq2  AATCCAGCAGCAGCAAGCACAG-CGGACTGGGCAGTTAGAAAGAGTTGAA  49

seq1  AAAAAAAGGCAGACAGCCAACCCCCAACAATTTTAGAGGTCACCTGAGCC  100
      ||||||  ||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  AAAAAA--GCAAACAGCCAA-CCCCAACAATTTTAGAGGTCACTTGAG-C  95

seq1  TCCATTAAGGATGAGACACTTGTGCCAAAAGTGAGGTAGATTTGCCTCAA  150
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TCCATTAAGGATGAGACACTTGTGCCAAAAGTGA-GTAGA-TTGCCTCAA  143

seq1  GGTAGATTTACCCAGGACGGGAAGTCATCTCCCAGCTTATTGCCACCTAA  200
      ||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GGTAAGATTACCCAGGACGGGAAGTCATCTCCCAGCTTATTGCCA-CTAA  192

seq1  GAGGAGCCTGTGGCCATTCCTGCTGGAGTTGTCCAGAGGATTAGCAGGAC  250
      |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGCCTGTGCCCATT-CTGCTGGAG-TGTCCAGAGGATTAGCAGGAC  240

seq1  ATGGCTTCCTGGCCATTGGGTCAGAACCGAAGCATCAGGGACCTCAAATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTCCTGGCCATTGGGTCAGAACCGAAGCATCAGGGACCTCAAATC  290

seq1  CAACTTTAATAAGCACCATGGATGTCCGCTGGTTACACTATTCCTTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTTAATAAGCACCATGGATGTCCGCTGGTTACACTATTCCTTCTCT  340

seq1  CAAAAGAGTGGGAAGGGTCTGAGCCCAGGTCCCACAGTCTCCACTCCAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAGAGTGGGAAGGGTCTGAGCCCAGGTCCCACAGTCTCCACTCCAGG  390

seq1  ACTCCAAGCTGTAAGAAATAGGTTGTAGGGGTCCATTTCGGTATGAGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCAAGCTGTAAGAAATAGGTTGTAGGGGTCCATTTCGGTATGAGGTG  440

seq1  TACTTTCTAAAGCTTATCAAAGAGTCCAGATAAGGAGGAGTCCTTAGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTCTAAAGCTTATCAAAGAGTCCAGATAAGGAGGAGTCCTTAGGCC  490

seq1  CTCCCTTCCCTAGCTGGTGTCTGGTGTTTGCTTGTCTCATAACTTTGAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTCCCTAGCTGGTGTCTGGTGTTTGCTTGTCTCATAACTTTGAGA  540

seq1  GTTGGAAGCCTCAGGCAATTAAACAACCGAGCCATGTCAGAAGATGGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAAGCCTCAGGCAATTAAACAACCGAGCCATGTCAGAAGATGGAAT  590

seq1  GGTCTTAAGCCCCAGAAGGTTCATGAATAGGACAAGACTTTGTATCCTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTAAGCCCCAGAAGGTTCATGAATAGGACAAGACTTTGTATCCTGA  640

seq1  ACAAATAGCATGTAGAAGTGTGTGTGTGTGTACATGCATGTGCATGTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAATAGCATGTAGAAGTGTGTGTGTGTGTACATGCATGTGCATGTGTG  690

seq1  TGATATATTGGGTTATGCTAGAGGAGTCTAAAGAGTGTACTTCTCAGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATATTGGGTTATGCTAGAGGAGTCTAAAGAGTGTACTTCTCAGGTG  740

seq1  AACCAGCCTGTTCACCTGAGGAAATGAAGCAGAGGTTTCTTGCAACACAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGCCTGTTCACCTGAGGAAATGAAGCAGAGGTTTCTTGCAACACAA  790

seq1  AGCTTTAAAAACTGTTGCAGAAAAGACAAGCCAGCCATTTCACATTTGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTAAAAACTGTTGCAGAAAAGACAAGCCAGCCATTTCACATTTGTT  840

seq1  CTGTGTTGGCATACCTTTCTACAGGCTGGCATAGGGAAAATGAATCACTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTTGGCATACCTTTCTACAGGCTGGCATAGGGAAAATGAATCACTT  890

seq1  TTGCTAGTCTCCTTGATTTACAGTAGATTGAGGTCTCCTGGGTCCTCTCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGTCTCCTTGATTTACAGTAGATTGAGGTCTCCTGGGTCCTCTCC  940

seq1  CACACACCGTGTTCTTCAGAGTCCCTATCTGTCAATCTCAGTGCTTGCTC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACCGTGTTCTTCAGAGTCCCTATCTGTCAATCTCAGTGCTTGCTC  990

seq1  CCCAGTGACCTCAGTAGGCACCCCTCCCTGAGGAACAGCTCTGTCATATT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTGACCTCAGTAGGCACCCCTCCCTGAGGAACAGCTCTGTCATATT  1040

seq1  TTGTAACTGGGTTTACCTTCCCAGGTGGTTGAGCATAGCATCCATCCTCC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAACTGGGTTTACCTTCCCAGGTGGTTGAGCATAGCATCCATCCTCC  1090

seq1  AGAAAGAAAAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAAAGAATTC  1106

seq1: chr8_128476944_128477955
seq2: B6Ng01-159F13.g_68_1072

seq1  GAATTCTATTGACCATTTCATCGAATCATGATTGACCGGGGACAGTTCCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTGACCATTTCATCGAATCATGATTGACCGGGGACAGTTCCG  50

seq1  GTGGGAGAGAGATACCTTACCATTAACATCCAAAGCTGCTTTGCATGGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAGAGAGATACCTTACCATTAACATCCAAAGCTGCTTTGCATGGGC  100

seq1  TTGCCCTGGTGGCTGGTTTGTGCTGGGGTCTGGAGTAGTTAATAACAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTGGTGGCTGGTTTGTGCTGGGGTCTGGAGTAGTTAATAACAGGT  150

seq1  TCATGGAAAACAGATTCAGTAAAATCCCTTCTCTCCCCTTGTGCCCAGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGAAAACAGATTCAGTAAAATCCCTTCTCTCCCCTTGTGCCCAGAT  200

seq1  GCAACTGCAAGCCAATGTTAACAGGCATGTTACACGGAGGCCACAATGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTGCAAGCCAATGTTAACAGGCATGTTACACGGAGGCCACAATGGC  250

seq1  TCCTGTGCCCCAAAGGGCAGAAGTGTGGGGGTGGGGGCTTCATCCAAGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTGCCCCAAAGGGCAGAAGTGTGGGGGTGGGGGCTTCATCCAAGGA  300

seq1  GAAGAAATTCCCAGGGTTCCAGGGAAGCAAGGTGTGATGGTTTGTATATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAATTCCCAGGGTTCCAGGGAAGCAAGGTGTGATGGTTTGTATATG  350

seq1  CTTGGGCCAGGGAGTGACACTGTTGGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGGCCAGGGAGTGACACTGTTGGAAGGTGTGGCCTTGTTGGAGTAGG  400

seq1  TGTGTCACTGTGGGCATGGGCTTTAAGACCCTCATCCTAGCTACCTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTCACTGTGGGCATGGGCTTTAAGACCCTCATCCTAGCTACCTGGAA  450

seq1  GCCAGTCTTCTGCTAGCAGCCTTCAGATGAGGATGTAGAACTCTCAGCTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCTTCTGCTAGCAGCCTTCAGATGAGGATGTAGAACTCTCAGCTC  500

seq1  CTCCTGCACCATGTCTGCCTGGATGCTGCCAGGCTCCCACCTTGATGATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGCACCATGTCTGCCTGGATGCTGCCAGGCTCCCACCTTGATGATA  550

seq1  ATGGACTGAACCTCTGAATCTATAAGCTAGCCCCAATTAAATGTTATCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGACTGAACCTCTGAATCTATAAGCTAGCCCCAATTAAATGTTATCCT  600

seq1  TATAAGAGTTGCCATGGACATGGTGTCTGTTCAAAGCAGTAAAACCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAGAGTTGCCATGGACATGGTGTCTGTTCAAAGCAGTAAAACCCTAA  650

seq1  GACACAAGACTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCGAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAAGACTTCTTTTTCTTTTCTTTTTTTCTTTTTTGGTTTTTCGAGA  700

seq1  CAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACC  750

seq1  AGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTTCCTCCCAAATGCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTTCCTCCCAAATGCTG  800

seq1  GGATTAGAGGCATGCGCCACCACTGCTTGGCCGACATAAGACTTCTTAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTAGAGGCATGCGCCACCACTGCTTGGCCGACATAAGACTTCTTAAA  850

seq1  TTAAAACAAAAACATTATATGTAGAAATGGGGACATCAGAGGGAGAATCA  900
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TT-AAACAAAAACATTATATGTAGAAATGGGGACATCAGAGGGAGAATC-  898

seq1  ACCCATTACCTCCATGGTCACTGAACAAAGAAGCTGGTGTCCTGGGCTTC  950
      ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||   || ||||||||
seq2  ACCCATTACCT-CATGGTCACTGAACAAAGAAACTGTGTTCTTGGGCTTC  947

seq1  AAGATAAGGGGTGTCCGTGTGCATGCCCACT-GTCCTCATCTCAAGGGCA  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| || |  |||| |
seq2  AAGATAAGGGGTGT-CGTGTGCATGCCCACTGGTCCT-ATTT--AGGG-A  992

seq1  CCAGAAGTCTCCC  1012
      ||||||| |||||
seq2  CCAGAAGGCTCCC  1005