BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-161C02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,394,218 - 17,486,877
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream genenone
Downstream geneLOC665638, LOC100040466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-161C02.bB6Ng01-161C02.g
ACCDH954329DH954330
length1,1371,094
definitionDH954329|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C02, 5' end.DH954330|Mus musculus domesticus DNA, BAC clone: B6Ng01-161C02, 3' end.
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,394,218 - 17,395,384)(17,485,758 - 17,486,877)
sequence
gaattctctcatttcacatttagtcaaatgtcataaataaattattttta
taagcatataattcatacatctaaaacaagtatacatccttatgtttgat
tccagtctatatcattagaggataataaatatttgaagggttacaaaggt
agacgggattagaaagcaggaagttgagtactaccgagtacttgggatcg
gtttctgggagaacaaaagcagaggatctttccgatggttagaatgtgtc
atctacaagaaaagttcagaaagaagcaggcatgcaagtctgagaagtgg
aatcatccaaatatctgtggatccgtggtcaccaaagaagagacacttga
gataggttctaaggacatttcagtaaacaggatcaggatgaacgttatga
aagggaatggatagtcttttagaaagagcaacacggaatgattttaaaca
cactaaatccaatgcactcagggtagaggatcatgtcagaatcggctaaa
aagtgagagggggccaaggggagatgagttatcaaaaacaagttatgtaa
tattttctctgtcaaatgaaaacatctttcctggtcctaccaatagcagc
aacctaagagccttgtgtgtttaagaaactaagttcatctcacagggaag
atgaacaagagaggacaaacccaggacagcaagcaagctatgctgtgtta
ctagaggagagatggtgtgggaaggtacagacctggctgtggaagtggag
aggacacagctggggctccatgctggtgaggacagggtatgagggagcca
atacagagctcagggtggatgaattctctctcagtaatttaggaatctgc
atccatgaaccactcaaaaaagcaaatgaaatccataactgcttattctt
ttggcagaggagagagcgagaagcagtgaattcagtctgatcaatgctgt
gcttgagatcctgacaaacatgtggacatgtagtctaggtaggttaaaca
tcatagtcagtaggttaacaccagagctggtagctgacgaacactgattg
gcatcataatatatccttgctattggacacacacaaaagctgattcagat
gacggaattgactaacctgcatgagttacatgaacag
gaattccatactgtgttgagctgcaagtaaaaccagattcaaaacataga
aaagccaaaaaaaatagtaagcagatgttagattgtaatttgatggggat
aaacagaatatttaggtggcgttatctacaaatataggaagcaaagaaag
attttaaaaaaaactatactatttactctgatcaatttcaaatgtatagt
attttgaattctgttatattttgcttttaaaacaattaactcatataggc
cactcaaataattaggttatatggactgtaaaatttagatgtctctaaca
atgtggtggtatacaacaaagtggagaaaaggaaaagctgacaaaacttc
agaaaatctccacatgtatagacaactgattttgaaaagctaattctttt
ctttctgttatagaaaataatcaagcaattccaacaagatgtctttccct
agcacacacacagaatacacacatacacagaaagacacagacagaagcgt
gcacgcacatgcgcaatcgcgctcgcacactcacacacacacacacacac
acacacacacacacgaatggtttctatcttgaatatctagttaggatagt
ctgtaccttctaaaggcaataccctttgtataaaatgtatagaaacaggg
aaaaaatgtaactaggattcctaatgaatattttgattctgattgtgttc
atactggctgaagtggttgagttgatcataaatctaactgatcataaata
cagcatgaagatacactctggatttcaacatgataatgtctggaagggat
ttatattagattataaaacacaaacaacattgggggtgggggttccaggg
gccagggggatatagctcaagagctaagagcacatacagttcttacagag
gacctgagtggtgtcccagttcccacatggtggcttactccatctataca
gtgtacaggatcccttggtctggcttagagacatcttgcattcagtacac
acccatctcacacacacactgttaaataaagataaatctagagcgtccag
tgaactatgttcttccagatgatagcactactgaatgctttttt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17394218_17395384
seq2: B6Ng01-161C02.b_46_1182

seq1  GAATTCTCTCATTTCACATTTAGTCAAATGTCATAAATAAATTATTTTTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTCATTTCACATTTAGTCAAATGTCATAAATAAATTATTTTTA  50

seq1  TAAGCATATAATTCATACATCTAAAACAAGTATACATCCTTATGTTTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCATATAATTCATACATCTAAAACAAGTATACATCCTTATGTTTGAT  100

seq1  TCCAGTCTATATCATTAGAGGATAATAAATATTTGAAGGGTTACAAAGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTCTATATCATTAGAGGATAATAAATATTTGAAGGGTTACAAAGGT  150

seq1  AGACGGGATTAGAAAGCAGGAAGTTGAGTACTACCGAGTACTTGGGATCG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGGGATTAGAAAGCAGGAAGTTGAGTACTACCGAGTACTTGGGATCG  200

seq1  GTTTCTGGGAGAACAAAAGCAGAGGATCTTTCCGATGGTTAGAATGTGTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTGGGAGAACAAAAGCAGAGGATCTTTCCGATGGTTAGAATGTGTC  250

seq1  ATCTACAAGAAAAGTTCAGAAAGAAGCAGGCATGCAAGTCTGAGAAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTACAAGAAAAGTTCAGAAAGAAGCAGGCATGCAAGTCTGAGAAGTGG  300

seq1  AATCATCCAAATATCTGTGGATCCGTGGTCACCAAAGAAGAGACACTTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCATCCAAATATCTGTGGATCCGTGGTCACCAAAGAAGAGACACTTGA  350

seq1  GATAGGTTCTAAGGACATTTCAGTAAACAGGATCAGGATGAACGTTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTTCTAAGGACATTTCAGTAAACAGGATCAGGATGAACGTTATGA  400

seq1  AAGGGAATGGATAGTCTTTTAGAAAGAGCAACACGGAATGATTTTAAACA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGAATGGATAGTCTTTTAGAAAGAGCAACACGGAATGATTTTAAACA  450

seq1  CACTAAATCCAATGCACTCAGGGTAGAGGATCATGTCAGAATCGGCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAAATCCAATGCACTCAGGGTAGAGGATCATGTCAGAATCGGCTAAA  500

seq1  AAGTGAGAGGGGGCCAAGGGGAGATGAGTTATCAAAAACAAGTTATGTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGAGAGGGGGCCAAGGGGAGATGAGTTATCAAAAACAAGTTATGTAA  550

seq1  TATTTTCTCTGTCAAATGAAAACATCTTTCCTGGTCCTACCAATAGCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTCTCTGTCAAATGAAAACATCTTTCCTGGTCCTACCAATAGCAGC  600

seq1  AACCTAAGAGCCTTGTGTGTTTAAGAAACTAAGTTCATCTCACAGGGAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAGAGCCTTGTGTGTTTAAGAAACTAAGTTCATCTCACAGGGAAG  650

seq1  ATGAACAAGAGAGGACAAACCCAGGACAGCAAGCAAGCTATGCTGTGTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACAAGAGAGGACAAACCCAGGACAGCAAGCAAGCTATGCTGTGTTA  700

seq1  CTAGAGGAGAGATGGTGTGGGAAGGTACAGACCTGGCTGTGGAAGTGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAGGAGAGATGGTGTGGGAAGGTACAGACCTGGCTGTGGAAGTGGAG  750

seq1  AGGACACAGCTGGGGCTCCATGCTGGTGAGGACAGGGTATGAGGGGAGCC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AGGACACAGCTGGGGCTCCATGCTGGTGAGGACAGGGTATGA-GGGAGCC  799

seq1  AATACAGAGCTCAGGGTGGATGAATTCTCTCTCAGTAATTTAGGAATCTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGAGCTCAGGGTGGATGAATTCTCTCTCAGTAATTTAGGAATCTG  849

seq1  CATCCATGAACCACTCAAAAAAGCAAATGAAATCCATAACTGC-TATTCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATCCATGAACCACTCAAAAAAGCAAATGAAATCCATAACTGCTTATTCT  899

seq1  TTTGGCAGAGGAGAGAGCGAGAAGCAGTGAATTCAGTCTGATCAATGCTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGCAGAGGAGAGAGCGAGAAGCAGTGAATTCAGTCTGATCAATGCTG  949

seq1  TGCTTGAGATCCTGACAAAACATGTGGACATGTAGTCTAGGTAAGGGTTA  999
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||
seq2  TGCTTGAGATCCTGAC-AAACATGTGGACATGTAGTCTAGGTA--GGTTA  996

seq1  AACATCATAGTTCAAGTAAGGGTTAAACACCAGAGCCTGGTTAAGCTTGA  1049
      |||||||||||   ||||  |||| |||||||||| |||||  ||| |||
seq2  AACATCATAGT--CAGTA--GGTT-AACACCAGAG-CTGGT--AGC-TGA  1037

seq1  CAGAACCAACTGAATTTGGCATCATAAATTATATCCTTGCTATTTTGGAC  1099
      | ||||  |||||  ||||||||||||  |||||||||||||  ||||||
seq2  C-GAAC--ACTGA--TTGGCATCATAA--TATATCCTTGCTA--TTGGAC  1078

seq1  ACACACAAAAAGCTGATTTTCCAAGATGACAGGATTTGACTAAACTTGCA  1149
      |||||| |||||||||||     ||||||| ||| |||||| ||| ||||
seq2  ACACAC-AAAAGCTGATT----CAGATGAC-GGAATTGACT-AACCTGCA  1121

seq1  TGAGTTTACATAGAACAG  1167
      |||| |||||| ||||||
seq2  TGAG-TTACAT-GAACAG  1137

seq1: chr8_17485758_17486877
seq2: B6Ng01-161C02.g_68_1161 (reverse)

seq1  AAAAAAGCAATATCAGAAAGTGCTATCAATCTTGAGAAAGAAAACCATAG  50
      |||||||||   ||||  ||||||||| ||||   | |||||   |||||
seq2  AAAAAAGCA--TTCAG-TAGTGCTATC-ATCT---GGAAGAA---CATAG  40

seq1  TTTTCACTTGAACGCTCTAAGATTTTATTCTTTTATTTTTAACAGTGTGT  100
        ||||| || ||||||| ||||||   ||||   | |||||||||||||
seq2  --TTCAC-TGGACGCTCT-AGATTT--ATCTT---TATTTAACAGTGTGT  81

seq1  GTTGGTGAGATGGGTGTGTACTTGAATGC-AGATGTCTCCTAAGGCCAGA  149
      ||  ||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| ||||||
seq2  GT--GTGAGATGGGTGTGTAC-TGAATGCAAGATGTCT-CTAA-GCCAGA  126

seq1  CCAAGGGATCCCTGTAACAACTGTTATAGATGGAGTAAGCCACCATGTGG  199
      ||||||||| ||||||   |||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGGAT-CCTGTA--CACTG-TATAGATGGAGTAAGCCACCATGTGG  172

seq1  GAACTGGGACACCAACTCAGGTCCTCTGTAAGAACTGTATGTGCTCTTAG  249
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGGGACACC-ACTCAGGTCCTCTGTAAGAACTGTATGTGCTCTTAG  221

seq1  CTCTTGAGCTATATCCCCCTGGCCCCTGGAACCCC--ACCCCAATGTTGT  297
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||
seq2  CTCTTGAGCTATATCCCCCTGGCCCCTGGAACCCCCACCCCCAATGTTGT  271

seq1  TTGTGTTTTATAATCTAATATAAATCCCTTCCAGACATTATCATGTTGAA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTTTTATAATCTAATATAAATCCCTTCCAGACATTATCATGTTGAA  321

seq1  ATCCAGAGTGTATCTTCATGCTGTATTTATGATCAGTTAGATTTATGATC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGAGTGTATCTTCATGCTGTATTTATGATCAGTTAGATTTATGATC  371

seq1  AACTCAACCACTTCAGCCAGTATGAACACAATCAGAATCAAAATATTCAT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAACCACTTCAGCCAGTATGAACACAATCAGAATCAAAATATTCAT  421

seq1  TAGGAATCCTAGTTACATTTTTTCCCTGTTTCTATACATTTTATACAAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATCCTAGTTACATTTTTTCCCTGTTTCTATACATTTTATACAAAG  471

seq1  GGTATTGCCTTTAGAAGGTACAGACTATCCTAACTAGATATTCAAGATAG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATTGCCTTTAGAAGGTACAGACTATCCTAACTAGATATTCAAGATAG  521

seq1  AAACCATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGCG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCATTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGCG  571

seq1  AGCGCGATTGCGCATGTGCGTGCACGCTTCTGTCTGTGTCTTTCTGTGTA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCGATTGCGCATGTGCGTGCACGCTTCTGTCTGTGTCTTTCTGTGTA  621

seq1  TGTGTGTATTCTGTGTGTGTGCTAGGGAAAGACATCTTGTTGGAATTGCT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATTCTGTGTGTGTGCTAGGGAAAGACATCTTGTTGGAATTGCT  671

seq1  TGATTATTTTCTATAACAGAAAGAAAAGAATTAGCTTTTCAAAATCAGTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATTTTCTATAACAGAAAGAAAAGAATTAGCTTTTCAAAATCAGTT  721

seq1  GTCTATACATGTGGAGATTTTCTGAAGTTTTGTCAGCTTTTCCTTTTCTC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTATACATGTGGAGATTTTCTGAAGTTTTGTCAGCTTTTCCTTTTCTC  771

seq1  CACTTTGTTGTATACCACCACATTGTTAGAGACATCTAAATTTTACAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGTTGTATACCACCACATTGTTAGAGACATCTAAATTTTACAGTC  821

seq1  CATATAACCTAATTATTTGAGTGGCCTATATGAGTTAATTGTTTTAAAAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATAACCTAATTATTTGAGTGGCCTATATGAGTTAATTGTTTTAAAAG  871

seq1  CAAAATATAACAGAATTCAAAATACTATACATTTGAAATTGATCAGAGTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATATAACAGAATTCAAAATACTATACATTTGAAATTGATCAGAGTA  921

seq1  AATAGTATAGTTTTTTTTAAAATCTTTCTTTGCTTCCTATATTTGTAGAT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTATAGTTTTTTTTAAAATCTTTCTTTGCTTCCTATATTTGTAGAT  971

seq1  AACGCCACCTAAATATTCTGTTTATCCCCATCAAATTACAATCTAACATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCCACCTAAATATTCTGTTTATCCCCATCAAATTACAATCTAACATC  1021

seq1  TGCTTACTATTTTTTTTGGCTTTTCTATGTTTTGAATCTGGTTTTACTTG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACTATTTTTTTTGGCTTTTCTATGTTTTGAATCTGGTTTTACTTG  1071

seq1  CAGCTCAACACAGTATGGAATTC  1120
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTCAACACAGTATGGAATTC  1094