BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-173J24
Chromosome8 (Build37)
Map Location 128,687,988 - 128,842,998
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35f3
Upstream geneDisc1, Sipa1l2, 4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik, BC021891, Kcnk1
Downstream geneLOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-173J24.bB6Ng01-173J24.g
ACCGA001921GA001922
length669880
definitionB6Ng01-173J24.b B6Ng01-173J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,842,330 - 128,842,998)(128,687,988 - 128,688,861)
sequence
gaattcacttccagcaggagtgtgacagatttaatttccaccggctacct
acctgtcagacttgcccagcctctgcagccctgcgctgtctgggtgctca
gagtatctctatctctgctatgagctcatattttaaaaagtaatagaaat
aaaaacaacacctgtttaggaataaaacacaggttcacggtgagactctg
gggattcactgaggatcctagggtccttcttcagctagggtttttttatt
aatgaaagtgcagaggtcatgtttgattggatccggataaacccagggca
cagcagaggcacaccatgggtgtcctctgtgaggaagttttcatggaggg
ttaagtgaagaaggaaacccaccctgagtgggtggcaccgcttcataggt
tagggtcttgggctgagtgaaagaggtaacaaaggaaagctggttgcaag
ctgtgtcatacctctgccaccatacctttcctactgtggtggcctgtgtc
cccaaactgagagctaaaatagatcctccttccttaagttgcttcctgac
agtgtccagcaacaatgagaaaggtagtcaatatggtatggtgagcttgc
caaggggactagacagtgacactgagaagctctgtgaacagacagaatga
caccaaatcacacgacttt
gaattccaccctcaaactctgaacccgaaataaatccttcctcttttaag
tagcttcctgtcatgtattctgtcacagcagtaagaaaagtaacaaagcc
agaccagtgaagagcctcactcagtgtccctcaggagaagtggcaaatga
tgtgcctctgaggcaggctgtgccgcgcattctaagcatcaccttctgtt
tccaagcaaggatcccttgactagagagaccaccaagtctctctgtcacc
aaccaggtagatgtgtgcgctgagcccggtaaagcttaaggaggtgagtg
agcctgctggtccacagtggtgctgggtctgacaggggattcaaaattta
gctttctgaaaaccatcggctccccagtgctgcttctgaagtgaagatgc
tgcctagacctccagaggctgccttcaaggtgtctgatgccgcctcagct
ctgggtgaggctgcagagagaaaacgaaggctgcccacagggacccctca
aatgcttgcacgagtgtgagaacgtgagggaaagagcgctcggctcctca
aaccctttccttccatttgccagactccacactgggctggatggtgggcg
gctgccatactgatggactttgttctcgagccctttacactagagtttcc
ccatatccacatcattctgagatccagcatcctggacgtcgctgggaaga
ctgtatctcctcactgagacctaccacacatcagtcctcatcctaacaga
ctctcagggaactctgtcaaaagtgcctctgaagatgctacaaagcccct
gccccaacacatcccacatcagaattgccctgtcccgtctctgtgtgaca
gaacctgtgtgacagttttctccaatcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_128842330_128842998
seq2: B6Ng01-173J24.b_48_716 (reverse)

seq1  AAAGTCGTGTGATTTGGTGTCATTCTGTCTGTTCACAGAGCTTCTCAGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCGTGTGATTTGGTGTCATTCTGTCTGTTCACAGAGCTTCTCAGTG  50

seq1  TCACTGTCTAGTCCCCTTGGCAAGCTCACCATACCATATTGACTACCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGTCTAGTCCCCTTGGCAAGCTCACCATACCATATTGACTACCTTT  100

seq1  CTCATTGTTGCTGGACACTGTCAGGAAGCAACTTAAGGAAGGAGGATCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATTGTTGCTGGACACTGTCAGGAAGCAACTTAAGGAAGGAGGATCTA  150

seq1  TTTTAGCTCTCAGTTTGGGGACACAGGCCACCACAGTAGGAAAGGTATGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCTCTCAGTTTGGGGACACAGGCCACCACAGTAGGAAAGGTATGG  200

seq1  TGGCAGAGGTATGACACAGCTTGCAACCAGCTTTCCTTTGTTACCTCTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGAGGTATGACACAGCTTGCAACCAGCTTTCCTTTGTTACCTCTTT  250

seq1  CACTCAGCCCAAGACCCTAACCTATGAAGCGGTGCCACCCACTCAGGGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAGCCCAAGACCCTAACCTATGAAGCGGTGCCACCCACTCAGGGTG  300

seq1  GGTTTCCTTCTTCACTTAACCCTCCATGAAAACTTCCTCACAGAGGACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCCTTCTTCACTTAACCCTCCATGAAAACTTCCTCACAGAGGACAC  350

seq1  CCATGGTGTGCCTCTGCTGTGCCCTGGGTTTATCCGGATCCAATCAAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTGTGCCTCTGCTGTGCCCTGGGTTTATCCGGATCCAATCAAACA  400

seq1  TGACCTCTGCACTTTCATTAATAAAAAAACCCTAGCTGAAGAAGGACCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCTGCACTTTCATTAATAAAAAAACCCTAGCTGAAGAAGGACCCT  450

seq1  AGGATCCTCAGTGAATCCCCAGAGTCTCACCGTGAACCTGTGTTTTATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATCCTCAGTGAATCCCCAGAGTCTCACCGTGAACCTGTGTTTTATTC  500

seq1  CTAAACAGGTGTTGTTTTTATTTCTATTACTTTTTAAAATATGAGCTCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAACAGGTGTTGTTTTTATTTCTATTACTTTTTAAAATATGAGCTCAT  550

seq1  AGCAGAGATAGAGATACTCTGAGCACCCAGACAGCGCAGGGCTGCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGATAGAGATACTCTGAGCACCCAGACAGCGCAGGGCTGCAGAGG  600

seq1  CTGGGCAAGTCTGACAGGTAGGTAGCCGGTGGAAATTAAATCTGTCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCAAGTCTGACAGGTAGGTAGCCGGTGGAAATTAAATCTGTCACAC  650

seq1  TCCTGCTGGAAGTGAATTC  669
      |||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTGGAAGTGAATTC  669

seq1: chr8_128687988_128688861
seq2: B6Ng01-173J24.g_68_947

seq1  GAATTCCACCCTCAAACTCTGAACCCGAAATAAATCCTTCCTCTTTTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACCCTCAAACTCTGAACCCGAAATAAATCCTTCCTCTTTTAAG  50

seq1  TAGCTTCCTGTCATGTATTCTGTCACAGCAGTAAGAAAAGTAACAAAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTCCTGTCATGTATTCTGTCACAGCAGTAAGAAAAGTAACAAAGCC  100

seq1  AGACCAGTGAAGAGCCTCACTCAGTGTCCCTCAGGAGAAGTGGCAAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGTGAAGAGCCTCACTCAGTGTCCCTCAGGAGAAGTGGCAAATGA  150

seq1  TGTGCCTCTGAGGCAGGCTGTGCCGCGCATTCTAAGCATCACCTTCTGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTCTGAGGCAGGCTGTGCCGCGCATTCTAAGCATCACCTTCTGTT  200

seq1  TCCAAGCAAGGATCCCTTGACTAGAGAGACCACCAAGTCTCTCTGTCACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCAAGGATCCCTTGACTAGAGAGACCACCAAGTCTCTCTGTCACC  250

seq1  AACCAGGTAGATGTGTGCGCTGAGCCCGGTAAAGCTTAAGGAGGTGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGGTAGATGTGTGCGCTGAGCCCGGTAAAGCTTAAGGAGGTGAGTG  300

seq1  AGCCTGCTGGTCCACAGTGGTGCTGGGTCTGACAGGGGATTCAAAATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTGGTCCACAGTGGTGCTGGGTCTGACAGGGGATTCAAAATTTA  350

seq1  GCTTTCTGAAAACCATCGGCTCCCCAGTGCTGCTTCTGAAGTGAAGATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCTGAAAACCATCGGCTCCCCAGTGCTGCTTCTGAAGTGAAGATGC  400

seq1  TGCCTAGACCTCCAGAGGCTGCCTTCAAGGTGTCTGATGCCGCCTCAGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTAGACCTCCAGAGGCTGCCTTCAAGGTGTCTGATGCCGCCTCAGCT  450

seq1  CTGGGTGAGGCTGCAGAGAGAAAACGAAGGCTGCCCACAGGGACCCCTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTGAGGCTGCAGAGAGAAAACGAAGGCTGCCCACAGGGACCCCTCA  500

seq1  AATGCTTGCACGAGTGTGAGAACGTGAGGGAAAGAGCGCTCGGCTCCTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTGCACGAGTGTGAGAACGTGAGGGAAAGAGCGCTCGGCTCCTCA  550

seq1  AACCCTTTCCTTCCATTTGCCAGACTCCACACTGGGCTGGATGGTGGGCG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTTCCTTCCATTTGCCAGACTCCACACTGGGCTGGATGGTGGGCG  600

seq1  GCTGCCATACTGATGGACTTTGTTCTCGAGCCCTTTACACTAGAGTTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCATACTGATGGACTTTGTTCTCGAGCCCTTTACACTAGAGTTTCC  650

seq1  CCATATCCACATCATTCTGAGATCCAGCATCCTGGACGTCGCTGGGAAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATATCCACATCATTCTGAGATCCAGCATCCTGGACGTCGCTGGGAAGA  700

seq1  CTGTATCT-CTCACTGAGACCTACCACACATCAGTCCTCATCCTAACAGA  749
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCTCCTCACTGAGACCTACCACACATCAGTCCTCATCCTAACAGA  750

seq1  CTCTCAGGGAACTCTGTCAAAGGTGCCTCTGAAGATGCTACAAAG-CCCT  798
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTCTCAGGGAACTCTGTCAAAAGTGCCTCTGAAGATGCTACAAAGCCCCT  800

seq1  GCCCCAACACATCCCACATCAG-ATTGCCCTGTCCCGTCTCTGTGTGACA  847
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAACACATCCCACATCAGAATTGCCCTGTCCCGTCTCTGTGTGACA  850

seq1  GAA-CTGTGTGACAG-TTTCTCC-ATCTTG  874
      ||| ||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  GAACCTGTGTGACAGTTTTCTCCAATCTTG  880