BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-175N08
Chromosome8 (Build37)
Map Location 131,035,180 - 131,157,652
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC668494
Upstream genePard3, EG628847, Nrp1
Downstream geneItgb1, LOC100042659, LOC100042667, Ccdc7, 1700008F21Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-175N08.bB6Ng01-175N08.g
ACCGA003534GA003535
length960934
definitionB6Ng01-175N08.b B6Ng01-175N08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(131,156,705 - 131,157,652)(131,035,180 - 131,036,110)
sequence
gaattctgtgattataaatgagccctaccacatgtggcttttatgtggat
tccagagatggcatttgggttgccaggcttgtgtggctggcatcttcatc
tgctgggtcatcttcctagtcagacacaagcaacttaaaagagaaagaat
ttatgttggctcacagttcaaggccacagtcagtcatggtgacagaagca
cccacagtcaggatgcaaacagtgatgaatgctcatgctgtttttaaata
aagctcaagacacaagctcaggcaacagtccttcccaactaataggtggg
ttttcctacacctttaatccctcatagacatgtccagagcctaaataatc
cccgtgtgcctggtggtttgtccagatacttgattccatattctgtaaat
tgacatcaatagtaactgtcaccactagtaagtaggaaaaaggcaggcag
ttatttgaatttaacaattccttcccttttagtactttatagtttttcac
taccataaagatcactggaaaaatgttccaagtatctataacaaaaagat
ttcgagggctctgaacactaaacacaccaggagactcattgtagtactca
attgatcttgaaatcttgaaaagctttttccccccagaggaaggggtgat
gtgctgtgtaacatggtcttgcaagcatgacatggtgattacacagttga
actcacagaagctgatatgacatgcatagggtctgcagaatattgggctc
accaaacatcctattatctctaaggatctacaggcagataaatagtggct
agcagagagagagagacatttttcttcggtgtgtagacactgtcaaggtg
ctcatgctttgttcaaataaccctttcactcatggtctattaagcaagta
gtcattttaattcattataaacacacacacacaccattagaagcggggtt
agttgcgaaa

gaattcccaaatgtcacctaaaaacatgactacccagaatactgagtaca
tttttcaacatgcacacatacatatgcacatgtgcccttgcatacacaga
cccttcagaaagtggatgcagcactgtgttctaggtatttgacaaggtca
tatttgaaatagggtcatggagatcatagctgtttatgagagactatgtc
tcaaaaaaccaagtggatggtgtctgaaaacaccagctgaaattggcctc
tgtcatactgtctctactttcccacttgttctgactggtatggctatgca
atcagagctgagaatagtatagtgctgagaaagctggacaggtccttaga
taagaacatgggaacctcagcactgcaaagcaaccaacaggttggagctc
ccacagggctgtagccaccaaaccacaccattcatgttcaaacaatcaac
caaggaaaaagataaacttctgtgccatctaagtcactgtacttgtgtct
ctgggcccaactcaaaatcacgtctgatacctaaatggctaccaaatgaa
agaccttctataaaatcttagaagagagaactgagcccaggcaatctaac
aaaagctacctacctctgatactgctgcacttcctgcctttcttattttc
tctcacattgactgaaatgagtgggaagagggtgacaaacagtccccatg
tatgttcaggcagaaagtatcagcaagcacagatacacataatacaaaaa
caaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaacaaaaaacagcatgg
tcaagaagaaggcatagggcttgatgcttgtggtggtttgattaaaatgg
ccccataggctcatatatttgaattgctttagtcatggaggagtagcact
atttgagaaaaaataggagttgtccactttgttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_131156705_131157652
seq2: B6Ng01-175N08.b_47_1006 (reverse)

seq1  TTTC-CAACTAACCCC-CTTCTA--TGTGTGTGTGTGTGTTTAT-ATGAA  45
      |||| ||||||||||| ||||||   |||||||||||||||||| |||||
seq2  TTTCGCAACTAACCCCGCTTCTAATGGTGTGTGTGTGTGTTTATAATGAA  50

seq1  TT-AAATGACTAC-TGCTTATAGGACCATGAGTG-AAGGGTTATTTGAAC  92
      || |||||||||| ||||||   ||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTAAAATGACTACTTGCTTAATAGACCATGAGTGAAAGGGTTATTTGAAC  100

seq1  -AAGCATGAGCACCTTGACAGTGTCTACACACCGAAG-AAAATGTCTCTC  140
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AAAGCATGAGCACCTTGACAGTGTCTACACACCGAAGAAAAATGTCTCTC  150

seq1  TCTCTCTGCTAGCCACTA-TTATCTGCCTGTAGATCCTTAGAGATAATAG  189
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTGCTAGCCACTATTTATCTGCCTGTAGATCCTTAGAGATAATAG  200

seq1  GATG-TTGGTGAGCCCAATATTCTGCAGACCCTATGCATGTCATATCAGC  238
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTTGGTGAGCCCAATATTCTGCAGACCCTATGCATGTCATATCAGC  250

seq1  TTCTGTGAGTTCAACTGTGTAATCACCATGTCATGCTTGCAAGACCATGT  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGAGTTCAACTGTGTAATCACCATGTCATGCTTGCAAGACCATGT  300

seq1  TACACAGCACATCACCCCTTCCTCTGGGGGGAAAAAGCTTTTCAAGATTT  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGCACATCACCCCTTCCTCTGGGGGGAAAAAGCTTTTCAAGATTT  350

seq1  CAAGATCAATTGAGTACTACAATGAGTCTCCTGGTGTGTTTAGTGTTCAG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGATCAATTGAGTACTACAATGAGTCTCCTGGTGTGTTTAGTGTTCAG  400

seq1  AGCCCTCGAAATCTTTTTGTTATAGATACTTGGAACATTTTTCCAGTGAT  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCGAAATCTTTTTGTTATAGATACTTGGAACATTTTTCCAGTGAT  450

seq1  CTTTATGGTAGTGAAAAACTATAAAGTACTAAAAGGGAAGGAATTGTTAA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGGTAGTGAAAAACTATAAAGTACTAAAAGGGAAGGAATTGTTAA  500

seq1  ATTCAAATAACTGCCTGCCTTTTTCCTACTTACTAGTGGTGACAGTTACT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAATAACTGCCTGCCTTTTTCCTACTTACTAGTGGTGACAGTTACT  550

seq1  ATTGATGTCAATTTACAGAATATGGAATCAAGTATCTGGACAAACCACCA  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGTCAATTTACAGAATATGGAATCAAGTATCTGGACAAACCACCA  600

seq1  GGCACACGGGGATTATTTAGGCTCTGGACATGTCTATGAGGGATTAAAGG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACACGGGGATTATTTAGGCTCTGGACATGTCTATGAGGGATTAAAGG  650

seq1  TGTAGGAAAACCCACCTATTAGTTGGGAAGGACTGTTGCCTGAGCTTGTG  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGGAAAACCCACCTATTAGTTGGGAAGGACTGTTGCCTGAGCTTGTG  700

seq1  TCTTGAGCTTTATTTAAAAACAGCATGAGCATTCATCACTGTTTGCATCC  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAGCTTTATTTAAAAACAGCATGAGCATTCATCACTGTTTGCATCC  750

seq1  TGACTGTGGGTGCTTCTGTCACCATGACTGACTGTGGCCTTGAACTGTGA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTGGGTGCTTCTGTCACCATGACTGACTGTGGCCTTGAACTGTGA  800

seq1  GCCAACATAAATTCTTTCTCTTTTAAGTTGCTTGTGTCTGACTAGGAAGA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACATAAATTCTTTCTCTTTTAAGTTGCTTGTGTCTGACTAGGAAGA  850

seq1  TGACCCAGCAGATGAAGATGCCAGCCACACAAGCCTGGCAACCCAAATGC  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGCAGATGAAGATGCCAGCCACACAAGCCTGGCAACCCAAATGC  900

seq1  CATCTCTGGAATCCACATAAAAGCCACATGTGGTAGGGCTCATTTATAAT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGGAATCCACATAAAAGCCACATGTGGTAGGGCTCATTTATAAT  950

seq1  CACAGAATTC  948
      ||||||||||
seq2  CACAGAATTC  960


seq1: chr8_131035180_131036110
seq2: B6Ng01-175N08.g_66_999

seq1  GAATTCCCAAATGTCACCTAAAAACATGACTACCCAGAATACTGAGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAATGTCACCTAAAAACATGACTACCCAGAATACTGAGTACA  50

seq1  TTTTTCAACATGCACACATACATATGCACATGTGCCCTTGCATACACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCAACATGCACACATACATATGCACATGTGCCCTTGCATACACAGA  100

seq1  CCCTTCAGAAAGTGGATGCAGCACTGTGTTCTAGGTATTTGACAAGGTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCAGAAAGTGGATGCAGCACTGTGTTCTAGGTATTTGACAAGGTCA  150

seq1  TATTTGAAATAGGGTCATGGAGATCATAGCTGTTTATGAGAGACTATGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAAATAGGGTCATGGAGATCATAGCTGTTTATGAGAGACTATGTC  200

seq1  TCAAAAAACCAAGTGGATGGTGTCTGAAAACACCAGCTGAAATTGGCCTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAAAACCAAGTGGATGGTGTCTGAAAACACCAGCTGAAATTGGCCTC  250

seq1  TGTCATACTGTCTCTACTTTCCCACTTGTTCTGACTGGTATGGCTATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATACTGTCTCTACTTTCCCACTTGTTCTGACTGGTATGGCTATGCA  300

seq1  ATCAGAGCTGAGAATAGTATAGTGCTGAGAAAGCTGGACAGGTCCTTAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAGCTGAGAATAGTATAGTGCTGAGAAAGCTGGACAGGTCCTTAGA  350

seq1  TAAGAACATGGGAACCTCAGCACTGCAAAGCAACCAACAGGTTGGAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAACATGGGAACCTCAGCACTGCAAAGCAACCAACAGGTTGGAGCTC  400

seq1  CCACAGGGCTGTAGCCACCAAACCACACCATTCATGTTCAAACAATCAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGGGCTGTAGCCACCAAACCACACCATTCATGTTCAAACAATCAAC  450

seq1  CAAGGAAAAAGATAAACTTCTGTGCCATCTAAGTCACTGTACTTGTGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGAAAAAGATAAACTTCTGTGCCATCTAAGTCACTGTACTTGTGTCT  500

seq1  CTGGGCCCAACTCAAAATCACGTCTGATACCTAAATGGCTACCAAATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCCCAACTCAAAATCACGTCTGATACCTAAATGGCTACCAAATGAA  550

seq1  AGACCTTCTATAAAATCTTAGAAGAGAGAACTGAGCCCAGGCAATCTAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTTCTATAAAATCTTAGAAGAGAGAACTGAGCCCAGGCAATCTAAC  600

seq1  AAAAGCTACCTACCTCTGATACTGCTGCACTTCCTGCCTTTCTTATTTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTACCTACCTCTGATACTGCTGCACTTCCTGCCTTTCTTATTTTC  650

seq1  TCTCACATTGACTGAAATGAGTGGGAAGAGGGTGACAAACAGT-CCCATG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCTCACATTGACTGAAATGAGTGGGAAGAGGGTGACAAACAGTCCCCATG  700

seq1  TATGTTCAGGCAGAAAGTATCAGCAAGCACAGAGACACAAAAAACAAAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||
seq2  TATGTTCAGGCAGAAAGTATCAGCAAGCACAGATACACATAATACAAAAA  750

seq1  CAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAACAGCATGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAAAACAGCATGG  800

seq1  TCAAGAAGAAGGCATAGGGCTTGATGCTTGTGGTGGTTTGATTAAAAATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TCAAGAAGAAGGCATAGGGCTTGATGCTTGTGGTGGTTTGATT-AAAATG  849

seq1  GCCCCATAGGCTCATATATTTGAA-TGC-TTAGTCATGGAGGAGTAGCAC  897
      |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCATAGGCTCATATATTTGAATTGCTTTAGTCATGGAGGAGTAGCAC  899

seq1  TATTTGAGAAGAAATAGGAGGTGTCCAC-TTGTTG  931
      |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TATTTGAGAAAAAATAGGAGTTGTCCACTTTGTTG  934


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |