BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-205C11
Chromosome8 (Build37)
Map Location 128,892,313 - 129,001,792
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc35f3, 1810063B05Rik, EG619653
Upstream geneSipa1l2, 4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik, BC021891, Kcnk1, LOC668434
Downstream geneIrf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-205C11.bB6Ng01-205C11.g
ACCGA024910GA024911
length1,106994
definitionB6Ng01-205C11.b B6Ng01-205C11.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,892,313 - 128,893,422)(129,000,819 - 129,001,792)
sequence
gaattcagaggtggaaaaggcagcaaaatacagtgacaacccagtggctc
ccatcccgtgcgatcgagactagggtgagtgtcactctgtgtggcagaga
tgggctttgtgaaagcagatggggacgctctcccaagccacctgttttgt
atcagaactaacagctgtcactacggctcaccgccagcctcagcaggaga
caaaacccgccttgcaggaaaggctctgatggtctttctgatttataagg
gcccctgtgcctgatatcactggatcagaggggctatcacaggcaaggct
ccttggaaggagtctatcccagatgctggtattggtccccagaatggaca
aagtgacaccaggcatggagaggctggttctccaccatagcgcagctcct
tctggtcaggctctgaaggtttggctgccagaaatcatgtgcaggttcaa
ttagttcatgggaaaggaagccaagagcaatcacccttcagaaaggagct
ttaatggaagctagctagctactgccttgcagctgtgggaatccatgact
cggccttgatgtaagagaacgctgtgggggatggaatgaatgtcatcatg
tcagagacacagtggggcatgaaatgatagacctcctgttaaagtcggcg
gtggggggggattcaagtgaaagaataagagagatcaattccagatgcaa
taaggtgcggagcctgaagtgggaggggacaagcatacatgtcagctaga
gggtctgtggtctaacactgcatgtggaccccttcagataccacatgggt
gaccatatttatgcaaatggaagttttatgggcaacttttatatttgatg
cattagtcttctctcctgatgtagaacatcattccacctagacctagaaa
aataacctaaagcctgtgccaatgatgctcagagcagggcatctccgggc
cctccagactctcttgctgtctggttgagtctcctcacgtcattctcaca
gccttaggagtaaggctagaacaacctcagtttattaagaatggactcct
ctgtgggctgcaatgtcttgagcttgtgccttatttgtgtaaagggtttg
cctgct
gaattccatgaggagtgagaccagcagagtgcatgccaagatagagtctt
ctttgtctacttctgaatctggcagtggatacgatcagaaatatagaccc
acagggaagcctgattttgaatttgctcctgggaactagaaggcagcact
gtgtggggcgatcaacctatattcttgaactagggccctgggttcagggt
tctgaggagagcttgctttcagctgcagcctgttctgctaagtgtgtgtg
gcctctgatgccccccaccccaagtcatacttaatttattacattgctct
cctacctcccagtttgaactcagaacctcaagcatgccaggaaacatctc
tcccacctgtttccccaacccagactgatcttgagttgtagcccaggcag
gtgaccctcctgcctcagacttctgatatttgcttatagtgacaatcatg
tacacctgacttcatgacttatcagtgtgtggagtagtggagtataggct
tgtattggcctgtgaggttggggctgctcaccgtgtgtgtgcatgcgcgc
gcgtgtgcttggggttgatgtatggtgtcttcctctatcaccctctatct
tgcgtggtttttttttttttgttgttgttgttttgttttgttttgttttc
cagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcccagaactcactctgta
gaccagactgtcccttgaagtcagagattttgccttgtctctgcctcccc
aagtgctgggattaaaggcgtactccaccccctgccccgcccctctgcct
tgtgtttgtttgtttgtttggtttgtttgagacaaggcatccctttgtag
tcctggctggtcttgggaacttacactgtagaccaggctggccttgaatt
cccaatgatcctccttgcctcacctttctcacgagctgggataaaggttt
gtgtcccccattctcttgattttcaccttgttcttagatgtggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_128892313_128893422
seq2: B6Ng01-205C11.b_46_1151

seq1  GAATTCAGAGGTGGAAAAGGCAGCAAAATACAGTGACAACCCAGTGGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGTGGAAAAGGCAGCAAAATACAGTGACAACCCAGTGGCTC  50

seq1  CCATCCCGTGCGATCGAGACTAGGGTGAGTGTCACTCTGTGTGGCAGAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCCGTGCGATCGAGACTAGGGTGAGTGTCACTCTGTGTGGCAGAGA  100

seq1  TGGGCTTTGTGAAAGCAGATGGGGACGCTCTCCCAAGCCACCTGTTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTTTGTGAAAGCAGATGGGGACGCTCTCCCAAGCCACCTGTTTTGT  150

seq1  ATCAGAACTAACAGCTGTCACTACGGCTCACCGCCAGCCTCAGCAGGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAACTAACAGCTGTCACTACGGCTCACCGCCAGCCTCAGCAGGAGA  200

seq1  CAAAACCCGCCTTGCAGGAAAGGCTCTGATGGTCTTTCTGATTTATAAGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCGCCTTGCAGGAAAGGCTCTGATGGTCTTTCTGATTTATAAGG  250

seq1  GCCCCTGTGCCTGATATCACTGGATCAGAGGGGCTATCACAGGCAAGGCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTGTGCCTGATATCACTGGATCAGAGGGGCTATCACAGGCAAGGCT  300

seq1  CCTTGGAAGGAGTCTATCCCAGATGCTGGTATTGGTCCCCAGAATGGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGAAGGAGTCTATCCCAGATGCTGGTATTGGTCCCCAGAATGGACA  350

seq1  AAGTGACACCAGGCATGGAGAGGCTGGTTCTCCACCATAGCGCAGCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTGACACCAGGCATGGAGAGGCTGGTTCTCCACCATAGCGCAGCTCCT  400

seq1  TCTGGTCAGGCTCTGAAGGTTTGGCTGCCAGAAATCATGTGCAGGTTCAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTCAGGCTCTGAAGGTTTGGCTGCCAGAAATCATGTGCAGGTTCAA  450

seq1  TTAGTTCATGGGAAAGGAAGCCAAGAGCAATCACCCTTCAGAAAGGAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTCATGGGAAAGGAAGCCAAGAGCAATCACCCTTCAGAAAGGAGCT  500

seq1  TTAATGGAAGCTAGCTAGCTACTGCCTTGCAGCTGTGGGAATCCATGACT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGGAAGCTAGCTAGCTACTGCCTTGCAGCTGTGGGAATCCATGACT  550

seq1  CGGCCTTGATGTAAGAGAACGCTGTGGGGGATGGAATGAATGTCATCATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTTGATGTAAGAGAACGCTGTGGGGGATGGAATGAATGTCATCATG  600

seq1  TCAGAGACACAGTGGGGCATGAAATGATAGACCTCCTGTTAAAGTCGGCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGACACAGTGGGGCATGAAATGATAGACCTCCTGTTAAAGTCGGCG  650

seq1  GTGGGGGGGGATTCAAGTGAAAGAATAAGAGAGATCAATTCCAGATGCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGGGGGATTCAAGTGAAAGAATAAGAGAGATCAATTCCAGATGCAA  700

seq1  TAAGGTGCGGAGCCTGAAGTGGGGAGGGGACAAGCATACATGTCAGCTAG  750
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGCGGAGCCTGAAGT-GGGAGGGGACAAGCATACATGTCAGCTAG  749

seq1  AGGGTCTGTGGTCTAACACTGCATGTGGACCCCTTCAGATACCACATGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTCTGTGGTCTAACACTGCATGTGGACCCCTTCAGATACCACATGGG  799

seq1  TGACCATATTTATGCAAATGGAAGTTTTATGGGCAACTTTTATATTTGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCATATTTATGCAAATGGAAGTTTTATGGGCAACTTTTATATTTGAT  849

seq1  GCATTAGTCTTCTCTCCTGATGTAGAACATCATTCCACCTAGACCTAGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGTCTTCTCTCCTGATGTAGAACATCATTCCACCTAGACCTAGAA  899

seq1  AAATAACCTAAAGCCTGTGCCAATGATGCTCAAGAGCAGGGCATCCCCGG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  AAATAACCTAAAGCCTGTGCCAATGATGCTC-AGAGCAGGGCATCTCCGG  948

seq1  GCCCTCCCAGACTCTCTTGCTGTCTGGTTGAGTCTCCCACCGTTCATCTC  1000
      ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||   |||   ||||
seq2  GCCCT-CCAGACTCTCTTGCTGTCTGGTTGAGTCTCCTCACGTCATTCTC  997

seq1  AACAGCCTTAGAGTTAAGGCTAGAACAACCTCAGTTTTATTAGAATGGAC  1050
       ||||||||||   |||||||||||||||||||||||  | |||||||||
seq2  -ACAGCCTTAGGAGTAAGGCTAGAACAACCTCAGTTTATTAAGAATGGAC  1046

seq1  TCCT-TGTGGGCTGCAAATGTCCTGAGCTTGTGCCTTTATTTGT-TAAAG  1098
      |||| |||||||||| |||||| |||||||||||| |||||||| |||||
seq2  TCCTCTGTGGGCTGC-AATGTCTTGAGCTTGTGCC-TTATTTGTGTAAAG  1094

seq1  TGTTTGCTTGCT  1110
       |||||| ||||
seq2  GGTTTGCCTGCT  1106

seq1: chr8_129000819_129001792
seq2: B6Ng01-205C11.g_68_1053 (reverse)

seq1  TAAGAACAAGGTGGAAATC-AGGGTATGGGTGACACAAACCTTTAATCCC  49
      ||||||||||||| ||||| || | ||||| ||||||||||||| |||||
seq2  TAAGAACAAGGTGAAAATCAAGAGAATGGGGGACACAAACCTTT-ATCCC  49

seq1  AGCCCTGGAG-AAGCTGAGGC-AGGAGGATCACTGGGAATTCAAGGCCAG  97
      ||| |  ||| ||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AGCTCGTGAGAAAGGTGAGGCAAGGAGGATCATTGGGAATTCAAGGCCAG  99

seq1  CCTGGTCTACAGTGTGAGTT-CCAAGA-CAGCCAGGACTACAAA-GGATG  144
      ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||||||||| |||||
seq2  CCTGGTCTACAGTGTAAGTTCCCAAGACCAGCCAGGACTACAAAGGGATG  149

seq1  CCTTGTCTCAAACAAA-CAAACAAACAAACAAACACAAGGCAGA-GGGCG  192
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CCTTGTCTCAAACAAACCAAACAAACAAACAAACACAAGGCAGAGGGGCG  199

seq1  GGGCA-GGGGTGGAGTACGCCTTTAATCCCAGCACTT-GGGAGGCAGAGA  240
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GGGCAGGGGGTGGAGTACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGGAGGCAGAGA  249

seq1  C-AGGC-AAATCTCTGACTTCAA-GGACAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTT  287
      | |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAAAATCTCTGACTTCAAGGGACAGTCTGGTCTACAGAGTGAGTT  299

seq1  CTGGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAACAAAACAA  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAACAAAACAA  349

seq1  AACAAAACAACAACAACAAAAAAAAAAAAACCACGCAAGATAGAGGGTGA  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAACAACAACAACAAAAAAAAAAAAACCACGCAAGATAGAGGGTGA  399

seq1  TAGAGGAAGACACCATACATCAACCCCAAGCACACGCGCGCGCATGCACA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGAAGACACCATACATCAACCCCAAGCACACGCGCGCGCATGCACA  449

seq1  CACACGGTGAGCAGCCCCAACCTCACAGGCCAATACAAGCCTATACTCCA  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACGGTGAGCAGCCCCAACCTCACAGGCCAATACAAGCCTATACTCCA  499

seq1  CTACTCCACACACTGATAAGTCATGAAGTCAGGTGTACATGATTGTCACT  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCCACACACTGATAAGTCATGAAGTCAGGTGTACATGATTGTCACT  549

seq1  ATAAGCAAATATCAGAAGTCTGAGGCAGGAGGGTCACCTGCCTGGGCTAC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCAAATATCAGAAGTCTGAGGCAGGAGGGTCACCTGCCTGGGCTAC  599

seq1  AACTCAAGATCAGTCTGGGTTGGGGAAACAGGTGGGAGAGATGTTTCCTG  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCAAGATCAGTCTGGGTTGGGGAAACAGGTGGGAGAGATGTTTCCTG  649

seq1  GCATGCTTGAGGTTCTGAGTTCAAACTGGGAGGTAGGAGAGCAATGTAAT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCTTGAGGTTCTGAGTTCAAACTGGGAGGTAGGAGAGCAATGTAAT  699

seq1  AAATTAAGTATGACTTGGGGTGGGGGGCATCAGAGGCCACACACACTTAG  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTAAGTATGACTTGGGGTGGGGGGCATCAGAGGCCACACACACTTAG  749

seq1  CAGAACAGGCTGCAGCTGAAAGCAAGCTCTCCTCAGAACCCTGAACCCAG  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACAGGCTGCAGCTGAAAGCAAGCTCTCCTCAGAACCCTGAACCCAG  799

seq1  GGCCCTAGTTCAAGAATATAGGTTGATCGCCCCACACAGTGCTGCCTTCT  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTAGTTCAAGAATATAGGTTGATCGCCCCACACAGTGCTGCCTTCT  849

seq1  AGTTCCCAGGAGCAAATTCAAAATCAGGCTTCCCTGTGGGTCTATATTTC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCCCAGGAGCAAATTCAAAATCAGGCTTCCCTGTGGGTCTATATTTC  899

seq1  TGATCGTATCCACTGCCAGATTCAGAAGTAGACAAAGAAGACTCTATCTT  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCGTATCCACTGCCAGATTCAGAAGTAGACAAAGAAGACTCTATCTT  949

seq1  GGCATGCACTCTGCTGGTCTCACTCCTCATGGAATTC  974
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATGCACTCTGCTGGTCTCACTCCTCATGGAATTC  986