BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-209O22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 115,289,517 - 115,422,642
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap4
Upstream geneCfdp1, Tmem170, Chst5, 4932417I16Rik, Gabarapl2, Adat1, Kars, Terf2ip, EG627828, LOC672498, LOC100042040
Downstream geneLOC100042061, Mon1b, 4930481F22Rik, Adamts18
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-209O22.bB6Ng01-209O22.g
ACCGA028411GA028412
length665760
definitionB6Ng01-209O22.b B6Ng01-209O22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(115,421,978 - 115,422,642)(115,289,517 - 115,290,275)
sequence
gaattctgtaggttggtaagcattgctcgtttcctggctttcataaccga
tatggttgtgtccagtgtgaacattaaacaaactgagtgtgaggtaaatg
cacactctgtctgggctctgcagcttctctgtacattgtcaagtagctcg
tgactgcagtataatttcatactggtaacaggacagaacccggagcaaga
tgaatacatatgcagcactaatctagattcctgtctataaatctaaaatt
agtgcaagtctagtgcatttaaaaaccatttctcacagggacccatcttt
tttgtatttgccaattaaatataaactcctctgagaccctgcattgctct
tctggaaggtagttgattttgttctagaagttgctactggtatgtatatg
aatgagtacacactctcctgtggcctctcaggtctcttgatgagggaaat
tgcatgctaattaccaataaaatggatttattgtatatgtgtttatactc
tttagccatcaaagtaagtgaaagaaaattactgatgaacatagcatgca
tcatgaattgtttattgcctgtgttattgtggttaaattgatgatgcctg
agaacattttagcatatacatatgtatgtatatatgtttatatatgtata
tttatatttatatat
gaattctttaatgtcattagaggagttgggagatggtgctgtgagtaaga
gtgcttatacaacaatgaggaggtaagtttgagtccccagcagccaaata
aaaagctagggtagcagtgcacatccctttgaccaagttctaggaaatgt
agagctaggagcttcacctgagcttgctggccgacaaccagaaattggtc
taaatgtaagtatccagcctgccttctttcctcctgtgtccaagttgaaa
aaaaggattcttttcttggatggtagaatagtattctaactcctgagtaa
gatttgtgtcccttttaatataaccatgacaaaacaatgtgaacaattta
agagcgtttggggggcattttaaaactgtaattgtgagggaaccacactc
agtgtaagaaagcaatttaaatgtctccttgggttttgtagggtggtagg
acttttgtttactggctgagatgttctctggctgtaagagtgactggcac
acccaccacagagagctcagcttccctgtcccccatttggccttggctgt
ggccattgtagttataattgcctttgagaggaagagcaaggacatgagtg
ttgccgtaggaagaactggagaatgtgttttagtggaaactccttggttt
ttattacagcaacatttactttatataaaagtatgagtctaattagaatt
gtgtctcttacgcataaagagtagagtgagtgagataaagtaagagggga
gggagagcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_115421978_115422642
seq2: B6Ng01-209O22.b_48_712 (reverse)

seq1  ATATATAAATATAAATATACATATATAAACATATATACATACATATGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAAATATAAATATACATATATAAACATATATACATACATATGTAT  50

seq1  ATGCTAAAATGTTCTCAGGCATCATCAATTTAACCACAATAACACAGGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAAATGTTCTCAGGCATCATCAATTTAACCACAATAACACAGGCA  100

seq1  ATAAACAATTCATGATGCATGCTATGTTCATCAGTAATTTTCTTTCACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAATTCATGATGCATGCTATGTTCATCAGTAATTTTCTTTCACTT  150

seq1  ACTTTGATGGCTAAAGAGTATAAACACATATACAATAAATCCATTTTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTGATGGCTAAAGAGTATAAACACATATACAATAAATCCATTTTATT  200

seq1  GGTAATTAGCATGCAATTTCCCTCATCAAGAGACCTGAGAGGCCACAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTAGCATGCAATTTCCCTCATCAAGAGACCTGAGAGGCCACAGGA  250

seq1  GAGTGTGTACTCATTCATATACATACCAGTAGCAACTTCTAGAACAAAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTGTACTCATTCATATACATACCAGTAGCAACTTCTAGAACAAAAT  300

seq1  CAACTACCTTCCAGAAGAGCAATGCAGGGTCTCAGAGGAGTTTATATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTACCTTCCAGAAGAGCAATGCAGGGTCTCAGAGGAGTTTATATTTA  350

seq1  ATTGGCAAATACAAAAAAGATGGGTCCCTGTGAGAAATGGTTTTTAAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGCAAATACAAAAAAGATGGGTCCCTGTGAGAAATGGTTTTTAAATG  400

seq1  CACTAGACTTGCACTAATTTTAGATTTATAGACAGGAATCTAGATTAGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGACTTGCACTAATTTTAGATTTATAGACAGGAATCTAGATTAGTG  450

seq1  CTGCATATGTATTCATCTTGCTCCGGGTTCTGTCCTGTTACCAGTATGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATATGTATTCATCTTGCTCCGGGTTCTGTCCTGTTACCAGTATGAA  500

seq1  ATTATACTGCAGTCACGAGCTACTTGACAATGTACAGAGAAGCTGCAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATACTGCAGTCACGAGCTACTTGACAATGTACAGAGAAGCTGCAGAG  550

seq1  CCCAGACAGAGTGTGCATTTACCTCACACTCAGTTTGTTTAATGTTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGACAGAGTGTGCATTTACCTCACACTCAGTTTGTTTAATGTTCACA  600

seq1  CTGGACACAACCATATCGGTTATGAAAGCCAGGAAACGAGCAATGCTTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGACACAACCATATCGGTTATGAAAGCCAGGAAACGAGCAATGCTTAC  650

seq1  CAACCTACAGAATTC  665
      |||||||||||||||
seq2  CAACCTACAGAATTC  665

seq1: chr8_115289517_115290275
seq2: B6Ng01-209O22.g_64_823

seq1  GAATTCTTTAATGTCATTAGAGGAGTTGGGAGATGGTGCTGTGAGTAAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAATGTCATTAGAGGAGTTGGGAGATGGTGCTGTGAGTAAGA  50

seq1  GTGCTTATACAACAATGAGGAGGTAAGTTTGAGTCCCCAGCAGCCAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTATACAACAATGAGGAGGTAAGTTTGAGTCCCCAGCAGCCAAATA  100

seq1  AAAAGCTAGGGTAGCAGTGCACATCCCTTTGACCAAGTTCTAGGAAATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTAGGGTAGCAGTGCACATCCCTTTGACCAAGTTCTAGGAAATGT  150

seq1  AGAGCTAGGAGCTTCACCTGAGCTTGCTGGCCGACAACCAGAAATTGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTAGGAGCTTCACCTGAGCTTGCTGGCCGACAACCAGAAATTGGTC  200

seq1  TAAATGTAAGTATCCAGCCTGCCTTCTTTCCTCCTGTGTCCAAGTTGAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTAAGTATCCAGCCTGCCTTCTTTCCTCCTGTGTCCAAGTTGAAA  250

seq1  AAAAGGATTCTTTTCTTGGATGGTAGAATAGTATTCTAACTCCTGAGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGGATTCTTTTCTTGGATGGTAGAATAGTATTCTAACTCCTGAGTAA  300

seq1  GATTTGTGTCCCTTTTAATATAACCATGACAAAACAATGTGAACAATTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTGTCCCTTTTAATATAACCATGACAAAACAATGTGAACAATTTA  350

seq1  AGAGCGTTTGGGGGGCATTTTAAAACTGTAATTGTGAGGGAACCACACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGTTTGGGGGGCATTTTAAAACTGTAATTGTGAGGGAACCACACTC  400

seq1  AGTGTAAGAAAGCAATTTAAATGTCTCCTTGGGTTTTGTAGGGTGGTAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAAGAAAGCAATTTAAATGTCTCCTTGGGTTTTGTAGGGTGGTAGG  450

seq1  ACTTTTGTTTACTGGCTGAGATGTTCTCTGGCTGTAAGAGTGACTGGCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTGTTTACTGGCTGAGATGTTCTCTGGCTGTAAGAGTGACTGGCAC  500

seq1  ACCCACCACAGAGAGCTCAGCTTCCCTGTCCCCCATTTGGCCTTGGCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCACAGAGAGCTCAGCTTCCCTGTCCCCCATTTGGCCTTGGCTGT  550

seq1  GGCCATTGTAGTTATAATTGCCTTTGAGAGGAAGAGCAAGGACATGAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATTGTAGTTATAATTGCCTTTGAGAGGAAGAGCAAGGACATGAGTG  600

seq1  TTGCCGTAGGAAGAACTGGAGAATGTGTTTTAGTGGAAACTCCTTGGTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCGTAGGAAGAACTGGAGAATGTGTTTTAGTGGAAACTCCTTGGTTT  650

seq1  TTATTACAGCAACATTTACTTTATATAAAAGTATGAGTCTAATTAGAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACAGCAACATTTACTTTATATAAAAGTATGAGTCTAATTAGAATT  700

seq1  GTGTCTCTTACGCATAAAGAGTAGAGTGAGTGAGATAAAGTAAGA-GGGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGTCTCTTACGCATAAAGAGTAGAGTGAGTGAGATAAAGTAAGAGGGGA  750

seq1  GGGAGAGCAA  759
      ||||||||||
seq2  GGGAGAGCAA  760