BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-215C20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 23,784,177 - 23,932,880
singlet/doubletdoublet
Overlap geneIkbkb, Plat, Ap3m2
Upstream geneDefcr-ps1, AY761184, LOC100040729, Defcr24, LOC100040739, Defb1, Defb50, Defb2, Defb10, Defb9, Defb11, Defb15, Defb35, Defb13, C86695, Ccdc70, Atp7b, Alg11, Nek5, Nek3, Ckap2, Vps36, Rpl30-ps2, Thsd1, Tpte, Slc25a15, LOC547006, Mrps31, AI316807, Slc20a2, LOC100040803, Vdac3, Dkk4, Polb
Downstream geneMyst3, LOC100042253, Ank1, Nkx6-3, Agpat6, Gins4, Golga7, Sfrp1, LOC100040931, Zmat4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-215C20.bB6Ng01-215C20.g
ACCGA032223GA032224
length1,1711,137
definitionB6Ng01-215C20.b B6Ng01-215C20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(23,784,177 - 23,785,355)(23,931,742 - 23,932,880)
sequence
gaattccagacctgagagagagactctgccttgaaaaggagaaggtgtgg
agcgacggaagagagccaaggttgtcttccatagcacacatacacctgca
cacactgaaagtgaccctgacactttgataaggcttgtgagagctgggtg
gggtgcttgcctggttccgtggtttcctgatcagcaccatgtctctgtgt
gtacatatgtgtaaacacacatatgaagaaaatatgaaaaaattaggcca
agatttctttgtgtaaacgaatcacatacatttcattaatctcattagta
tgtaagtttaatatatgaatattttaacttaatatttgtctttaataaaa
tttaatatttgcctttaaacagtatgattaaaccaaatgattcttttaaa
atatatgatttattatcagtagatgcttgacttatatactttatgtatct
acatatctggggtattataaacatttcttgggcacaaagggatcccagct
gctggctgtcctggaattcactctgtagactaggctggcctcgaactcac
agagatccacctgcctctgcctccccagtgcctccccaagttccagggta
tcctggtctacagagtgaattccaggccattcagggctacacagagaaac
tttgtctcaaaaaatcaaatccaaaccaaagaaaacaaaacaaaaaaaca
aaacaaaaaagccaccaatcaaaaccaaagccagggacttcatctccacc
atagaaaaaaaccaaccaatcaaccaactacccaatcaaccacccaccta
accacccacccgcccactcatccacctgaccaactacctacccaagcaag
caagcaagcaagctagcaaccaaccaaccaatcaaacaaacaaataaaca
atttttaaaagactcctaggaagatgagatatggaaacccatcctatgtc
taatgttgagatagactggtccaaattctcaatcaccaggatggtgttct
gatatctattccaaagttatgcatgggccctgagaatggctcagtgctaa
gagctagggtggttcccaacactccacacgcagtcacagtcattcctcta
actccagtcagagatctgactattctctgctccacaagcaccagtcactc
aaacgataaattaagtaaaaa
gaattcatgagagctttactcatgtgaccgttcttaaccctcagagtgtg
aactgcctgaggccccttgttgatccttatgcttacattttttaaaaagt
ccttcagatgttttccgtattggattcatctcctttcaatgccgcatgta
agctctcacctagtgcctctcactgtacaacagctccattcattcctgat
acaccgacaagaagacctctgagaagctctggctgcaaggggccttcatc
ctttcaccccagaccagatacagttctttacatccatcctccattgtctc
ctgcccacttcctgcagttactgcagatcctgtacattgaccctggtaac
tcactttggtgggactggtcactatgaatccacatccctcccaagttcca
tcttcatagaaccactgagcccttccactccctctaccttcctgggcact
ctgcaaccagatcatctgttttttggctcccctaacacttatttttcaaa
agtttctctaggtcttagaatccaggagctcagggcagtgactgcaggat
ggactgcggttgagttaaaaacactcctccaaagcatcctatgtcctctt
tgatcctggggacagaacccaaccatccctcctccacaggatgtaggcaa
ttaaagaacaccttgccctttctttcttatctgtctctggtctctggaat
ggagggttaatgatctgaaagcctcaggtgtctgaggtgctctgagcagg
aaaggtgacttgaccgataagatcagatgcaagcttctgatgaggagacc
cacattccaaccctgctgctgtttccagacttgcaggggaattggcttgc
agactgaatttcccattcccagagttctccctcttccatcctataaaatc
tcactcccctccccctccacgggtgcatggtctcacttcagggagacgcg
gcaatgtctatcatttccaattaaggaacaattctgcgtctagaggtgcc
tgactttatttaattccattgcctatgtcaatctctaacaaaaaaatacc
ttgctcacaaaaacacattctaaatctgagcatagtccttacatctgtag
aattactacgactgaagttaccagatgcattaaaaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_23784177_23785355
seq2: B6Ng01-215C20.b_45_1215

seq1  GAATTCCAGACCTGAGAGAGAGACTCTGCCTTGAAAAGGAGAAGGTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGACCTGAGAGAGAGACTCTGCCTTGAAAAGGAGAAGGTGTGG  50

seq1  AGCGACGGAAGAGAGCCAAGGTTGTCTTCCATAGCACACATACACCTGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGACGGAAGAGAGCCAAGGTTGTCTTCCATAGCACACATACACCTGCA  100

seq1  CACACTGAAAGTGACCCTGACACTTTGATAAGGCTTGTGAGAGCTGGGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAAAGTGACCCTGACACTTTGATAAGGCTTGTGAGAGCTGGGTG  150

seq1  GGGTGCTTGCCTGGTTCCGTGGTTTCCTGATCAGCACCATGTCTCTGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCTTGCCTGGTTCCGTGGTTTCCTGATCAGCACCATGTCTCTGTGT  200

seq1  GTACATATGTGTAAACACACATATGAAGAAAATATGAAAAAATTAGGCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACATATGTGTAAACACACATATGAAGAAAATATGAAAAAATTAGGCCA  250

seq1  AGATTTCTTTGTGTAAACGAATCACATACATTTCATTAATCTCATTAGTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTCTTTGTGTAAACGAATCACATACATTTCATTAATCTCATTAGTA  300

seq1  TGTAAGTTTAATATATGAATATTTTAACTTAATATTTGTCTTTAATAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTTTAATATATGAATATTTTAACTTAATATTTGTCTTTAATAAAA  350

seq1  TTTAATATTTGCCTTTAAACAGTATGATTAAACCAAATGATTCTTTTAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATATTTGCCTTTAAACAGTATGATTAAACCAAATGATTCTTTTAAA  400

seq1  ATATATGATTTATTATCAGTAGATGCTTGACTTATATACTTTATGTATCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATGATTTATTATCAGTAGATGCTTGACTTATATACTTTATGTATCT  450

seq1  ACATATCTGGGGTATTATAAACATTTCTTGGGCACAAAGGGATCCCAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATCTGGGGTATTATAAACATTTCTTGGGCACAAAGGGATCCCAGCT  500

seq1  GCTGGCTGTCCTGGAATTCACTCTGTAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCTGTCCTGGAATTCACTCTGTAGACTAGGCTGGCCTCGAACTCAC  550

seq1  AGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGCCTCCCCAAGTTCCAGGGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATCCACCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGCCTCCCCAAGTTCCAGGGTA  600

seq1  TCCTGGTCTACAGAGTGAATTCCAGGCCATTCAGGGCTACACAGAGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGTCTACAGAGTGAATTCCAGGCCATTCAGGGCTACACAGAGAAAC  650

seq1  TTTGTCTCAAAAAATCAAATCCAAACCAAAGAAAACAAAACAAAAAAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTCAAAAAATCAAATCCAAACCAAAGAAAACAAAACAAAAAAACA  700

seq1  AAACAAAAAAGCCACCAATCAAAACCAAAGCCAGGGACTTCATCTCCACC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAAAAAGCCACCAATCAAAACCAAAGCCAGGGACTTCATCTCCACC  750

seq1  ATAGAAAAAAACCAACCAATCAACCAACTACCCAATCAACCACCCACCTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAAAAACCAACCAATCAACCAACTACCCAATCAACCACCCACCTA  800

seq1  ACCACCCACCCGCCCACTCATCCACCTGACCAACTACCTACCCAAGCAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCACCCGCCCACTCATCCACCTGACCAACTACCTACCCAAGCAAG  850

seq1  CAAGCAAGCAAGCTAGCAACCAACCAACCAATCAAACAAACAAATAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGCAAGCTAGCAACCAACCAACCAATCAAACAAACAAATAAACA  900

seq1  ATTTTTAAAAAGACTCCTAGGAAGATGAGATATGGAAACCCATCCTATGT  950
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTT-AAAAGACTCCTAGGAAGATGAGATATGGAAACCCATCCTATGT  949

seq1  CTAATGTTGAGATAGACTGGTCCAAATTCTCAATCA-CAGGATGGTGTTC  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  CTAATGTTGAGATAGACTGGTCCAAATTCTCAATCACCAGGATGGTGTTC  999

seq1  TGATATCTATTCAAAAGTTATGCATGGGCCTGGAG-ATGGCTCAGTGCTT  1048
      |||||||||||| |||||||||||||||||  ||| |||||||||||| |
seq2  TGATATCTATTCCAAAGTTATGCATGGGCCCTGAGAATGGCTCAGTGC-T  1048

seq1  AAGAGCTAGGGTTGGTTCCCAACAC-CCACACGGCAGTTCACAGTCAT--  1095
      ||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||| ||||||||||  
seq2  AAGAGCTAGGG-TGGTTCCCAACACTCCACAC-GCAG-TCACAGTCATTC  1095

seq1  CTCTAACTCCAGTTCCAGAGATCTGACTATTCCTCTGGCTTCCACAGGCA  1145
      |||||||||||||  |||||||||||||||| |||||   |||||| |||
seq2  CTCTAACTCCAGT--CAGAGATCTGACTATT-CTCTG--CTCCACAAGCA  1140

seq1  CCAGTCACTCAAACGTATAAAATTAAAGTAAAAA  1179
      ||||||||||||||| |||||  | |||||||||
seq2  CCAGTCACTCAAACG-ATAAA--TTAAGTAAAAA  1171

seq1: chr8_23931742_23932880
seq2: B6Ng01-215C20.g_67_1203 (reverse)

seq1  TTTTTAAATGCATCTGGT-ACTCCATGTCGTATGTAATTCTACAGATGTA  49
      ||||| |||||||||||| ||| || |||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAATGCATCTGGTAACTTCA-GTCGTA-GTAATTCTACAGATGTA  48

seq1  GGGCTTATGCTTCAGATTTAG-ATGTGTTTTTGTGAGCAAGGTA-TTTTT  97
       ||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AGGACTATGC-TCAGATTTAGAATGTGTTTTTGTGAGCAAGGTATTTTTT  97

seq1  TGTTAGAGATTGACATAGGCAAATTGGGAATTAAATAAAGTCAGGCACCT  147
      ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGAGATTGACATAGGCAA---TGGAATTAAATAAAGTCAGGCACCT  144

seq1  CTAGACGCAGAATTGTTCCTTAATTGG-AATGATAGACATTGCCGCGTCT  196
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGACGCAGAATTGTTCCTTAATTGGAAATGATAGACATTGCCGCGTCT  194

seq1  CCCTGAAGTGAGACCATGCACCCGTGGAGGGGGAGGGGAGTGAGATTTTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGAAGTGAGACCATGCACCCGTGGAGGGGGAGGGGAGTGAGATTTTA  244

seq1  TAGGATGGAAGAGGGAGAACTCTGGGAATGGGAAATTCAGTCTGCAAGCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGGAAGAGGGAGAACTCTGGGAATGGGAAATTCAGTCTGCAAGCC  294

seq1  AATTCCCCTGCAAGTCTGGAAACAGCAGCAGGGTTGGAATGTGGGTCTCC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCCCCTGCAAGTCTGGAAACAGCAGCAGGGTTGGAATGTGGGTCTCC  344

seq1  TCATCAGAAGCTTGCATCTGATCTTATCGGTCAAGTCACCTTTCCTGCTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCAGAAGCTTGCATCTGATCTTATCGGTCAAGTCACCTTTCCTGCTC  394

seq1  AGAGCACCTCAGACACCTGAGGCTTTCAGATCATTAACCCTCCATTCCAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCACCTCAGACACCTGAGGCTTTCAGATCATTAACCCTCCATTCCAG  444

seq1  AGACCAGAGACAGATAAGAAAGAAAGGGCAAGGTGTTCTTTAATTGCCTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGAGACAGATAAGAAAGAAAGGGCAAGGTGTTCTTTAATTGCCTA  494

seq1  CATCCTGTGGAGGAGGGATGGTTGGGTTCTGTCCCCAGGATCAAAGAGGA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTGTGGAGGAGGGATGGTTGGGTTCTGTCCCCAGGATCAAAGAGGA  544

seq1  CATAGGATGCTTTGGAGGAGTGTTTTTAACTCAACCGCAGTCCATCCTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGATGCTTTGGAGGAGTGTTTTTAACTCAACCGCAGTCCATCCTGC  594

seq1  AGTCACTGCCCTGAGCTCCTGGATTCTAAGACCTAGAGAAACTTTTGAAA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCACTGCCCTGAGCTCCTGGATTCTAAGACCTAGAGAAACTTTTGAAA  644

seq1  AATAAGTGTTAGGGGAGCCAAAAAACAGATGATCTGGTTGCAGAGTGCCC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTGTTAGGGGAGCCAAAAAACAGATGATCTGGTTGCAGAGTGCCC  694

seq1  AGGAAGGTAGAGGGAGTGGAAGGGCTCAGTGGTTCTATGAAGATGGAACT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGTAGAGGGAGTGGAAGGGCTCAGTGGTTCTATGAAGATGGAACT  744

seq1  TGGGAGGGATGTGGATTCATAGTGACCAGTCCCACCAAAGTGAGTTACCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGGGATGTGGATTCATAGTGACCAGTCCCACCAAAGTGAGTTACCA  794

seq1  GGGTCAATGTACAGGATCTGCAGTAACTGCAGGAAGTGGGCAGGAGACAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCAATGTACAGGATCTGCAGTAACTGCAGGAAGTGGGCAGGAGACAA  844

seq1  TGGAGGATGGATGTAAAGAACTGTATCTGGTCTGGGGTGAAAGGATGAAG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGATGGATGTAAAGAACTGTATCTGGTCTGGGGTGAAAGGATGAAG  894

seq1  GCCCCTTGCAGCCAGAGCTTCTCAGAGGTCTTCTTGTCGGTGTATCAGGA  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCTTGCAGCCAGAGCTTCTCAGAGGTCTTCTTGTCGGTGTATCAGGA  944

seq1  ATGAATGGAGCTGTTGTACAGTGAGAGGCACTAGGTGAGAGCTTACATGC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGGAGCTGTTGTACAGTGAGAGGCACTAGGTGAGAGCTTACATGC  994

seq1  GGCATTGAAAGGAGATGAATCCAATACGGAAAACATCTGAAGGACTTTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTGAAAGGAGATGAATCCAATACGGAAAACATCTGAAGGACTTTTT  1044

seq1  AAAAAATGTAAGCATAAGGATCAACAAGGGGCCTCAGGCAGTTCACACTC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATGTAAGCATAAGGATCAACAAGGGGCCTCAGGCAGTTCACACTC  1094

seq1  TGAGGGTTAAGAACGGTCACATGAGTAAAGCTCTCATGAATTC  1139
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTTAAGAACGGTCACATGAGTAAAGCTCTCATGAATTC  1137