BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-224O04
Chromosome8 (Build37)
Map Location 14,311,238 - 14,417,576
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDlgap2
Upstream geneTmco3, Tfdp1, Atp4b, Grk1, Gm687, Gas6, LOC434282, 1700029H14Rik, Rasa3, 4932443I19Rik, LOC665516, Cdc16, Upf3a, AF366264, D8Ertd457e, 2410022L05Rik, EG665536, Fbxo25, LOC100041103, 2610019F03Rik, EG546036, Erich1, LOC100041140
Downstream geneC030037F17Rik, Cln8, Arhgef10, 2900016B01Rik, 5830468F06Rik, Kbtbd11, BB014433, Myom2, EG665599
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-224O04.bB6Ng01-224O04.g
ACCGA039221GA039222
length9731,159
definitionB6Ng01-224O04.b B6Ng01-224O04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(14,311,238 - 14,312,196)(14,416,412 - 14,417,576)
sequence
gaattcagcatggagccaaaaacacatgggcaaacatgaaatgtatactc
tttgtgaaaaaaaaaaaaaaaaacctggctggaaaggcatgtgctacatg
tttccaaatatgtgaccttaaaaggcaaaagtgtagcaacagcggagatc
aggggttgggagaggatggtgtgcaggaacagcccagaaaggacccttct
tctgatgatcagtacattttagtgaatcagtgactgcaaaaacaaaggaa
agtaagggacagggaattaaagtagagccaagctaacattcaggacattg
tcaggttataaaacatatagaactcacacgtgcgtgcacacatattctct
ctctctctctctctctctctctctctctctctctgttgctctccacctcc
cctcacacatacactctacaaaataaggtcctgatataggaagcctagac
cagagcattttgacacggagggagtgtacggcagtgaaagtattttgtag
gacactacaatggtgggtacatgtcattgtactcttttcaaaaaccatca
ggccacgaacataagtgagaaccctaatggccactttgggctggatttaa
caatattataccagcaacaattctattatcccaccctggtacacggtgct
gttacaggattgtggaggacgaggggcccaggagacaaataggagctctg
tatttctcctcaagtttttcatgaccctaaaattattttgcagaaaggtt
ggctgtagtgtgtagtttctgctaccccactttaagttctgggcagactg
cactatcagccccacccaggttccctcagatccacagatgaaacacacac
acatacacacaaacttattttcaacctgctttattggctcaatagttgtg
gtgcttctaatctcccatggctagagtgcccttcttaatactcttagctc
agaaccctaaatctgccccaccc
gaattccttcctttcccaagtctggggtagttcttttacaggatgtttta
aatgagtttggatgacatttatccttctgtggtgctgttgcactttggaa
ttcagagttccttttctactgatcaaacagtccagggcgcagtttccata
gcccggccctgcttcctgtaccaactctactgtgaggtaggatggagccc
ctgatgtacgtcaggctttaaacctgaagaactcttgggtgtttactggc
agccagtgaacatttgcagcctataactgcatggagccaggtagaaggca
acaggtcttaatctgtttgtgctcaagcccatggaaggcactacatcccc
attgttgataaaaccatggttacaacctttccagtctctgagacctagct
ctgctccatcatgactctatagggaggctcctccagaaacagagtactag
gattgctacaaatgtaagacacaacatctggacaaaaggagtagtgccct
tttgaattacagttgaattcccctccttggcccactgaagttgaatgtca
gggagagctgagtgaatccatcaacttcatggtaccaatacagggaagct
gcttggtgacttcactggttgtgttccatctatgaagggtacaaatccat
gagcctccatttgaggcaccctccatgtctgtgtcatcaatacttgttat
tgatagcacccttaagacctgtgctatgtcacaggcctgtttcatgatcc
taggttagacagtaggaactgccttccccaaatgctttcctgttagtgct
gccaggttgaccagatggctgtgttggagaacactcaaacccattacttt
ctgggctctgcaaagaagtgctgggtttatctgaggactgcacaccaaga
ctgtcttttagctttctcttggcaaaagcaatgttgggattccccaacat
gtccagccagatcctcagtactggcagtcccactttggattctgtactca
acagctcaagctagttcacaggcatcttgtggttgtcacttctatactga
gaatgctgtggtggatattccttagccttctccaatttctcaatgtgaag
gaatgtccacccatattttacagatagagcctgagacataacaaatgcca
gtggaactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_14311238_14312196
seq2: B6Ng01-224O04.b_47_1005

seq1  GAATTCAGCATGGAGCCAAAAACACATGGGCAAACATGAAATGTATACTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCATGGAGCCAAAAACACATGGGCAAACATGAAATGTATACTC  50

seq1  TTTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGGCTGGAAAGGCATGTGCTACATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGAAAAAAAAAAAAAAAAACCTGGCTGGAAAGGCATGTGCTACATG  100

seq1  TTTCCAAATATGTGACCTTAAAAGGCAAAAGTGTAGCAACAGCGGAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAAATATGTGACCTTAAAAGGCAAAAGTGTAGCAACAGCGGAGATC  150

seq1  AGGGGTTGGGAGAGGATGGTGTGCAGGAACAGCCCAGAAAGGACCCTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTTGGGAGAGGATGGTGTGCAGGAACAGCCCAGAAAGGACCCTTCT  200

seq1  TCTGATGATCAGTACATTTTAGTGAATCAGTGACTGCAAAAACAAAGGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATGATCAGTACATTTTAGTGAATCAGTGACTGCAAAAACAAAGGAA  250

seq1  AGTAAGGGACAGGGAATTAAAGTAGAGCCAAGCTAACATTCAGGACATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGGGACAGGGAATTAAAGTAGAGCCAAGCTAACATTCAGGACATTG  300

seq1  TCAGGTTATAAAACATATAGAACTCACACGTGCGTGCACACATATTCTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTATAAAACATATAGAACTCACACGTGCGTGCACACATATTCTCT  350

seq1  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTGCTCTCCACCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTTGCTCTCCACCTCC  400

seq1  CCTCACACATACACTCTACAAAATAAGGTCCTGATATAGGAAGCCTAGAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACATACACTCTACAAAATAAGGTCCTGATATAGGAAGCCTAGAC  450

seq1  CAGAGCATTTTGACACGGAGGGAGTGTACGGCAGTGAAAGTATTTTGTAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCATTTTGACACGGAGGGAGTGTACGGCAGTGAAAGTATTTTGTAG  500

seq1  GACACTACAATGGTGGGTACATGTCATTGTACTCTTTTCAAAAACCATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTACAATGGTGGGTACATGTCATTGTACTCTTTTCAAAAACCATCA  550

seq1  GGCCACGAACATAAGTGAGAACCCTAATGGCCACTTTGGGCTGGATTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACGAACATAAGTGAGAACCCTAATGGCCACTTTGGGCTGGATTTAA  600

seq1  CAATATTATACCAGCAACAATTCTATTATCCCACCCTGGTACACGGTGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATATTATACCAGCAACAATTCTATTATCCCACCCTGGTACACGGTGCT  650

seq1  GTTACAGGATTGTGGAGGACGAGGGGCCCAGGAGACAAATAGGAGCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACAGGATTGTGGAGGACGAGGGGCCCAGGAGACAAATAGGAGCTCTG  700

seq1  TATTTCTCCTCAAGTTTTTCATGACCCTAAAATTATTTTGCAGAAAGGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTCTCCTCAAGTTTTTCATGACCCTAAAATTATTTTGCAGAAAGGTT  750

seq1  GGCTGTAGTGTGTAGTTTCTGCTACCCCACTTTAAGTTCTGGGCAGACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTAGTGTGTAGTTTCTGCTACCCCACTTTAAGTTCTGGGCAGACTG  800

seq1  CACTATCAGCCCCACCCAGGTTCCCTCAGATCCACAGATGAAACACACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATCAGCCCCACCCAGGTTCCCTCAGATCCACAGATGAAACACACAC  850

seq1  ACATACACACAAACTTATTTTCAACCTGCTTTATTGGCTCAATAGTTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACACAAACTTATTTTCAACCTGCTTTATTGGCTCAATAGTTGTG  900

seq1  GTGCTTCTAATCTCCCATGGCTAGAGTGCCCTTCCTAATACTCTTAGCTC  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTAATCTCCCATGGCTAGAGTGCCCTTCTTAATACTCTTAGCTC  950

seq1  AGAACCCTA  959
      |||||||||
seq2  AGAACCCTA  959

seq1: chr8_14416412_14417576
seq2: B6Ng01-224O04.g_67_1225 (reverse)

seq1  AAGTT-CACTGGGCATTTGTTATGTCCTCAGCCTCCTCATCTGTAAAATA  49
      ||||| |||| |||||||||||||| ||||| |||   ||||||||||||
seq2  AAGTTCCACT-GGCATTTGTTATGT-CTCAGGCTC--TATCTGTAAAATA  46

seq1  GAGGT-GACATACCCTCACAATGAGAA--TGGAGAAGGCTAAGGAATATC  96
        ||| ||||| || ||||| ||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGGACATTCCTTCACATTGAGAAATTGGAGAAGGCTAAGGAATATC  96

seq1  CCACACAGCA-TCTCAAGTATAGAAGTGACCAAACAACAGATGCCTGTGA  145
      |  ||||||| |||| ||||||||||||| ||| ||  ||||||||||||
seq2  CACCACAGCATTCTC-AGTATAGAAGTGA-CAACCACAAGATGCCTGTGA  144

seq1  ACTAAGCTTGGAGGCTG-TGAGTACAGAATCCAAAGGTGGGACTGCCAGT  194
      ||| ||||||   |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACT-AGCTTG--AGCTGTTGAGTACAGAATCCAAA-GTGGGACTGCCAGT  190

seq1  ACCTGAGGATCCTGGCTGGACATGTTGGGGAATCCCAACATTGCTTTTGC  244
      | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTGAGGAT-CTGGCTGGACATGTTGGGGAATCCCAACATTGCTTTTGC  238

seq1  CAAGAGAAAGCTAAAAGACAGTCTTGGTGTGCAGTCCTCAGATAAACCCA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAGAAAGCTAAAAGACAGTCTTGGTGTGCAGTCCTCAGATAAACCCA  288

seq1  GCACTTCTTTGCAGAGCCCAGAAAGTAATGGGTTTGAGTGTTCTCCAACA  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTTCTTTGCAGAGCCCAGAAAGTAATGGGTTTGAGTGTTCTCCAACA  338

seq1  CAGCCATCTGGTCAACCTGGCAGCACTAACAGGAAAGCATTTGGGGAAGG  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCATCTGGTCAACCTGGCAGCACTAACAGGAAAGCATTTGGGGAAGG  388

seq1  CAGTTCCTACTGTCTAACCTAGGATCATGAAACAGGCCTGTGACATAGCA  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCTACTGTCTAACCTAGGATCATGAAACAGGCCTGTGACATAGCA  438

seq1  CAGGTCTTAAGGGTGCTATCAATAACAAGTATTGATGACACAGACATGGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTCTTAAGGGTGCTATCAATAACAAGTATTGATGACACAGACATGGA  488

seq1  GGGTGCCTCAAATGGAGGCTCATGGATTTGTACCCTTCATAGATGGAACA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCCTCAAATGGAGGCTCATGGATTTGTACCCTTCATAGATGGAACA  538

seq1  CAACCAGTGAAGTCACCAAGCAGCTTCCCTGTATTGGTACCATGAAGTTG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCAGTGAAGTCACCAAGCAGCTTCCCTGTATTGGTACCATGAAGTTG  588

seq1  ATGGATTCACTCAGCTCTCCCTGACATTCAACTTCAGTGGGCCAAGGAGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATTCACTCAGCTCTCCCTGACATTCAACTTCAGTGGGCCAAGGAGG  638

seq1  GGAATTCAACTGTAATTCAAAAGGGCACTACTCCTTTTGTCCAGATGTTG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTCAACTGTAATTCAAAAGGGCACTACTCCTTTTGTCCAGATGTTG  688

seq1  TGTCTTACATTTGTAGCAATCCTAGTACTCTGTTTCTGGAGGAGCCTCCC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTACATTTGTAGCAATCCTAGTACTCTGTTTCTGGAGGAGCCTCCC  738

seq1  TATAGAGTCATGATGGAGCAGAGCTAGGTCTCAGAGACTGGAAAGGTTGT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGTCATGATGGAGCAGAGCTAGGTCTCAGAGACTGGAAAGGTTGT  788

seq1  AACCATGGTTTTATCAACAATGGGGATGTAGTGCCTTCCATGGGCTTGAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATGGTTTTATCAACAATGGGGATGTAGTGCCTTCCATGGGCTTGAG  838

seq1  CACAAACAGATTAAGACCTGTTGCCTTCTACCTGGCTCCATGCAGTTATA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAACAGATTAAGACCTGTTGCCTTCTACCTGGCTCCATGCAGTTATA  888

seq1  GGCTGCAAATGTTCACTGGCTGCCAGTAAACACCCAAGAGTTCTTCAGGT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCAAATGTTCACTGGCTGCCAGTAAACACCCAAGAGTTCTTCAGGT  938

seq1  TTAAAGCCTGACGTACATCAGGGGCTCCATCCTACCTCACAGTAGAGTTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCCTGACGTACATCAGGGGCTCCATCCTACCTCACAGTAGAGTTG  988

seq1  GTACAGGAAGCAGGGCCGGGCTATGGAAACTGCGCCCTGGACTGTTTGAT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAGGAAGCAGGGCCGGGCTATGGAAACTGCGCCCTGGACTGTTTGAT  1038

seq1  CAGTAGAAAAGGAACTCTGAATTCCAAAGTGCAACAGCACCACAGAAGGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAAAAGGAACTCTGAATTCCAAAGTGCAACAGCACCACAGAAGGA  1088

seq1  TAAATGTCATCCAAACTCATTTAAAACATCCTGTAAAAGAACTACCCCAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTCATCCAAACTCATTTAAAACATCCTGTAAAAGAACTACCCCAG  1138

seq1  ACTTGGGAAAGGAAGGAATTC  1165
      |||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGAAAGGAAGGAATTC  1159