BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228P17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 116,934,655 - 117,096,262
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClec3a, Wwox
Upstream geneMon1b, 4930481F22Rik, Adamts18, Nudt7, AI427515
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228P17.bB6Ng01-228P17.g
ACCGA042252GA042253
length1,0561,047
definitionB6Ng01-228P17.b B6Ng01-228P17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(116,934,655 - 116,935,708)(117,095,228 - 117,096,262)
sequence
gaattccccgcacccacaaaggtgcttacaaagctctgaatctgtaattc
cagttccaggccatctgactttttttctgctctcctcagaactaggcatg
cagtagtacacacacatacatggcctggatcatgtcatgtcaacttgaca
tgagctgaagtcttatgagaggagggagtcacccttaagaaaatgccttc
ataagatcaggccataggcaagactgtagggcattttgtttaattagtga
ttgatggttgaaggacccagcccactgtgggaagtgccaaccctgggagg
acgattctgagttctataagaaagtaagctgaacaagccaggggaagcaa
gccagtaagccgtaccccctccatgccttcctcagcaactccttcctcca
ggttcctgtcctgtcctgacttcctttgatgatgaactgtgagttggaag
tgtgcaccccataaaccctttcctagggtcactagagcaaacatactata
cacataaagtaagataaatacatttcaaaagaaagctttctaaagctaaa
gcagagtttccaactgtccctggccccagggctgagcaccttccagataa
ttaatagctttccctggggctcagagttgtgactacttagcaggattcca
agttcagacagacctgtgagtctcagagtacttctgtgggttgaggtgct
gtaatcttctgctcacaggcctcaccagctagaaaggagggagaattgga
aagcaaacagaatcacagctgtcttctacacgttcttaagtatttattaa
gcaaatgctatgtagcaaggattgtactgggtgtgtaaccatgcttcact
gacccaggatctagcttatagctatccaggaagtggtttgatgaaaacag
gccaagtcctgggtgactctcaaactgtcatgggaagtagcagagtagag
acctcttagacttcacatagaaaaccaggagcagagtgacgttgaattca
gaccgaaaggggagaaatcaggcagagtccacactatagttcaaggtgtg
tggggg

gaattctttctgggactccttcctctctgaacgacatagtatatgcacct
attataaaaggaagatgtccctatactggaatccaaggtgatgggtcaag
gcagagctattgacaaaataaaaggtggataggctacaattcaatcaaaa
cactatggatacattcgcacaggctctggaatgattgacaggcctcttct
gtttcctagtgattgttcatagataatgtactaagatttttccatttatt
ttggaaggcatgatctgtcagatggacctctcatgacaatttaataaaat
gcgtatactgtggtcactttgatcctcatggaactaaaatacaaatctga
cagaaagaagtctcaccagcctcaagttaaagtgggcaaatcccagttcc
aaacacagatgatattcagagcgaacctctgcctatggtagagaataaac
gcccaagtatttgtgggaatgatttgtgtgagtgaaatatgccctaaaca
tctgacgtggatatgaacacgctggtaaggtatcaggtggcaaccactat
gaacagtatgtcttccctcccccctttttagtttcttgttagctctttta
ctttttatttaattttttttttacatacaatatatttcatgttttctgct
gccctaacttcctccaagatcctccccacctgcctactcatccggcttca
tcttcatgtttcttctcctttacacctccctgtatctcagcaaaacaaca
aaaacaaatgaaggtcaaaataataaaacacaaccacacaaaaaggcaca
cacacacacacatacacatacacacacacacacacacacacacacacaca
cacacacacactttgttttgtggatgactaactactcctagacatgaagc
ctaccttggagtttagttgatataccccagtgacacctcattgaagcctt
gttttccctttttccagcatggtatacaaatctgccttcctgaatagagg
tgggacccattgtctactctccttcatctcttgtgctaagacccctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_116934655_116935708
seq2: B6Ng01-228P17.b_48_1102

seq1  GAATTCCCCGCACCCACAAAGGTGCTTACAAAGCTCTGAATCTGTAATTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCGCACCCACAAAGGTGCTTACAAAGCTCTGAATCTGTAATTC  50

seq1  CAGTTCCAGGCCATCTGACTTTTTTTCTGCTCTCCTCAGAACTAGGCATG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCCAGGCCATCTGACTTTTTTTCTGCTCTCCTCAGAACTAGGCATG  100

seq1  CAGTAGTACACACACATACATGGCCTGGATCATGTCATGTCAACTTGACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGTACACACACATACATGGCCTGGATCATGTCATGTCAACTTGACA  150

seq1  TGAGCTGAAGTCTTATGAGAGGAGGGAGTCACCCTTAAGAAAATGCCTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCTGAAGTCTTATGAGAGGAGGGAGTCACCCTTAAGAAAATGCCTTC  200

seq1  ATAAGATCAGGCCATAGGCAAGACTGTAGGGCATTTTGTTTAATTAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGATCAGGCCATAGGCAAGACTGTAGGGCATTTTGTTTAATTAGTGA  250

seq1  TTGATGGTTGAAGGACCCAGCCCACTGTGGGAAGTGCCAACCCTGGGAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATGGTTGAAGGACCCAGCCCACTGTGGGAAGTGCCAACCCTGGGAGG  300

seq1  ACGATTCTGAGTTCTATAAGAAAGTAAGCTGAACAAGCCAGGGGAAGCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGATTCTGAGTTCTATAAGAAAGTAAGCTGAACAAGCCAGGGGAAGCAA  350

seq1  GCCAGTAAGCCGTACCCCCTCCATGCCTTCCTCAGCAACTCCTTCCTCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTAAGCCGTACCCCCTCCATGCCTTCCTCAGCAACTCCTTCCTCCA  400

seq1  GGTTCCTGTCCTGTCCTGACTTCCTTTGATGATGAACTGTGAGTTGGAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCTGTCCTGTCCTGACTTCCTTTGATGATGAACTGTGAGTTGGAAG  450

seq1  TGTGCACCCCATAAACCCTTTCCTAGGGTCACTAGAGCAAACATACTATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCACCCCATAAACCCTTTCCTAGGGTCACTAGAGCAAACATACTATA  500

seq1  CACATAAAGTAAGATAAATACATTTCAAAAGAAAGCTTTCTAAAGCTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAAGTAAGATAAATACATTTCAAAAGAAAGCTTTCTAAAGCTAAA  550

seq1  GCAGAGTTTCCAACTGTCCCTGGCCCCAGGGCTGAGCACCTTCCAGATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGTTTCCAACTGTCCCTGGCCCCAGGGCTGAGCACCTTCCAGATAA  600

seq1  TTAATAGCTTTCCCTGGGGCTCAGAGTTGTGACTACTTAGCAGGATTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATAGCTTTCCCTGGGGCTCAGAGTTGTGACTACTTAGCAGGATTCCA  650

seq1  AGTTCAGACAGACCTGTGAGTCTCAGAGTACTTCTGTGGGTTGAGGTGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAGACAGACCTGTGAGTCTCAGAGTACTTCTGTGGGTTGAGGTGCT  700

seq1  GTAATCTTCTGCTCACAGGCCTCACCAGCTAGAAAGGAGGGAGAATTGG-  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTAATCTTCTGCTCACAGGCCTCACCAGCTAGAAAGGAGGGAGAATTGGA  750

seq1  AAGCAAACAGAATCACAGCTGTCTTCTACACGTTCTTAAGTATTTATTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAACAGAATCACAGCTGTCTTCTACACGTTCTTAAGTATTTATTAA  800

seq1  GCAAATGCTATGTAGCAAGGATTGTACTGGGTGTGTAACCATGC-TCACT  848
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GCAAATGCTATGTAGCAAGGATTGTACTGGGTGTGTAACCATGCTTCACT  850

seq1  GACCCAGGATCTAGCTTATAGCTATCCAGGAAGTGGTTTGATG-AAACAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GACCCAGGATCTAGCTTATAGCTATCCAGGAAGTGGTTTGATGAAAACAG  900

seq1  GCCAAGTCCTGGGTGACTCTCAAACTGTCATGGGAAGTAGCAGAGTAGAG  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTCCTGGGTGACTCTCAAACTGTCATGGGAAGTAGCAGAGTAGAG  950

seq1  ACCTCTTAGACTTCACATAGAAAACCCAGGAGCAGAGGTGACGTTGAATT  997
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACCTCTTAGACTTCACATAGAAAA-CCAGGAGCAGA-GTGACGTTGAATT  998

seq1  CAGACCCGAAAGGGGAGAAACCAGCCAGAGT-CACACTATAGTTCAA-GT  1045
      |||| ||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||| ||
seq2  CAGA-CCGAAAGGGGAGAAATCAGGCAGAGTCCACACTATAGTTCAAGGT  1047

seq1  GTGTGGGGG  1054
      |||||||| 
seq2  GTGTGGGG-  1055


seq1: chr8_117095228_117096262
seq2: B6Ng01-228P17.g_69_1115 (reverse)

seq1  AAGGGGTCCTAGCAC-AGAGATGA--GGGAGTAGACATTGGGTCCCACCT  47
      |||||||| |||||| ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||
seq2  AAGGGGTCTTAGCACAAGAGATGAAGGAGAGTAGACAATGGGTCCCACCT  50

seq1  CTAATCAAGAAG--CTATTTGTATACC-TGCTGGAAAA--GGGAAACAAA  92
      ||| ||| ||||    ||||||||||| ||||||||||  || |||||| 
seq2  CTATTCAGGAAGGCAGATTTGTATACCATGCTGGAAAAAGGGAAAACAAG  100

seq1  GCTTCAATGA-GTGTCACT-GGGTATATCAACTAAACTCCAAGGTAGGCT  140
      |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTCAATGAGGTGTCACTGGGGTATATCAACTAAACTCCAAGGTAGGCT  150

seq1  TCATGTCTAGGAGTAGTTAGTCAT-CACAAAACAAAGTGTGTGTGTGTGT  189
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTCTAGGAGTAGTTAGTCATCCACAAAACAAAGTGTGTGTGTGTGT  200

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGT  239
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGT  250

seq1  GCCTTTTTGTGTGGTTGTGTTTTATTATTTTGACCTTCATTTGTTTTTGT  289
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTTTGTGTGGTTGTGTTTTATTATTTTGACCTTCATTTGTTTTTGT  300

seq1  TGTTTTGCTGAGATACAGGGAGGTGTAAAGGAGAAGAAACATGAAGATGA  339
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGCTGAGATACAGGGAGGTGTAAAGGAGAAGAAACATGAAGATGA  350

seq1  AGCCGGATGAGTAGGCAGGTGGGGAGGATCTTGGAGG-AGTTAGGGCAGC  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGCCGGATGAGTAGGCAGGTGGGGAGGATCTTGGAGGAAGTTAGGGCAGC  400

seq1  AGAAAACATGAAATATATTGTATGTAAAAAAAAAATTAAATAAAAAGTAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACATGAAATATATTGTATGTAAAAAAAAAATTAAATAAAAAGTAA  450

seq1  AAGAGCTAACAAGAAACTAAAAAGGGGGGAGGGAAGACATACTGTTCATA  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCTAACAAGAAACTAAAAAGGGGGGAGGGAAGACATACTGTTCATA  500

seq1  GTGGTTGCCACCTGATACCTTACCAGCGTGTTCATATCCACGTCAGATGT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTGCCACCTGATACCTTACCAGCGTGTTCATATCCACGTCAGATGT  550

seq1  TTAGGGCATATTTCACTCACACAAATCATTCCCACAAATACTTGGGCGTT  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGCATATTTCACTCACACAAATCATTCCCACAAATACTTGGGCGTT  600

seq1  TATTCTCTACCATAGGCAGAGGTTCGCTCTGAATATCATCTGTGTTTGGA  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTACCATAGGCAGAGGTTCGCTCTGAATATCATCTGTGTTTGGA  650

seq1  ACTGGGATTTGCCCACTTTAACTTGAGGCTGGTGAGACTTCTTTCTGTCA  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGATTTGCCCACTTTAACTTGAGGCTGGTGAGACTTCTTTCTGTCA  700

seq1  GATTTGTATTTTAGTTCCATGAGGATCAAAGTGACCACAGTATACGCATT  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTGTATTTTAGTTCCATGAGGATCAAAGTGACCACAGTATACGCATT  750

seq1  TTATTAAATTGTCATGAGAGGTCCATCTGACAGATCATGCCTTCCAAAAT  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTAAATTGTCATGAGAGGTCCATCTGACAGATCATGCCTTCCAAAAT  800

seq1  AAATGGAAAAATCTTAGTACATTATCTATGAACAATCACTAGGAAACAGA  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAAAATCTTAGTACATTATCTATGAACAATCACTAGGAAACAGA  850

seq1  AGAGGCCTGTCAATCATTCCAGAGCCTGTGCGAATGTATCCATAGTGTTT  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCTGTCAATCATTCCAGAGCCTGTGCGAATGTATCCATAGTGTTT  900

seq1  TGATTGAATTGTAGCCTATCCACCTTTTATTTTGTCAATAGCTCTGCCTT  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGAATTGTAGCCTATCCACCTTTTATTTTGTCAATAGCTCTGCCTT  950

seq1  GACCCATCACCTTGGATTCCAGTATAGGGACATCTTCCTTTTATAATAGG  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCATCACCTTGGATTCCAGTATAGGGACATCTTCCTTTTATAATAGG  1000

seq1  TGCATATACTATGTCGTTCAGAGAGGAAGGAGTCCCAGAAAGAATTC  1035
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATATACTATGTCGTTCAGAGAGGAAGGAGTCCCAGAAAGAATTC  1047


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |