BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233C03
Chromosome8 (Build37)
Map Location 50,030,673 - 50,195,871
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039866
Upstream geneWwc2, LOC100040113, Dctd, Odz3, 2900073C17Rik
Downstream gene4930555F03Rik, LOC100039919, EG667495
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233C03.bB6Ng01-233C03.g
ACCGA045280GA045281
length1,1161,139
definitionB6Ng01-233C03.b B6Ng01-233C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,194,751 - 50,195,871)(50,030,673 - 50,031,817)
sequence
gaattctatccattctccatgtttgataccttgacaatgaatgctgaagt
attcctaataaatttaaagtggctcatcaatagttactacaatccctaaa
ctggcccttctttgatggtttgccaaaatgatgaagttctgtggtcatat
gcttgtctgtagtttgcagacagtttctcttcctggactggcaggtacct
tattgtctgttacattcatcttgagtctagtacctctgctctggacatac
tagaggaagtatactcaagaatggatggcaaatgtggtgtcaatgggacc
atcagcatcttggtaaagtaggaggcaacaccaaattagctacagaaaat
cctgggtttcaggagtaatattggcctttattggctgagtatgtcaagct
aaaacattcatttgacaggtatttaaagacaccctgttttcttagtggag
agacataaacacgaaccaggaataaactaagtaaataagcttatttcaaa
tatcaccaatgcctgttagaaaattgggtaacatagtagagaattgaggg
agagagtaagagtcactgaattaagttcgggaatttagaagaagaagaca
taaccaaagagaaatgtttcaaaatgaacttagggaacagccagaaaaaa
aagcttggaggttggggtaaaataggaaatataaagacagggctgcagga
gaaaggaaaggcagtgtggctggagggttagagggaaagaggtcggagca
gtcacagaaggaatgcacgctttcctcctgtgagacagggcacccattag
caatgctgaaagcagagaaccgtgacatggcggtgcttctatggcagaag
catagctatcggctgagggagaggactacggtaagaactgttgcagaagc
acagattgcccttaggcagctgcagtaggtagagtggggaagccaggact
ttgccgcaagtccagaccaccagggatttgggtacatggtacccagggct
ggtactggctttctcgagtattttttacatggtggggtagcatttgccat
gcacctgatgcttcaattgtcatggatgtactgggatgggaatttaaggt
tccagagatcagccca

gaattcaattcgtgtcctcttcctcatgtccatggtggggtattgatggg
tgtggtcatatgaaagcaactgcatcattgaagagctgatgggtgcgaca
tcgctgtcatgtccagaagataatagtctgtaacaattctgtctggtgtt
ctggctcttacaatctgctgcctgctgcccatatcttcacattcccagag
ccttgggtgtaagagtgtgttatagatgccccaggtggtgatgggcattc
caccgtcccttattgtccacactttgacttagtgtgagtctctgtagtag
cctgtctactgtaaaaggaagcttccgtgacgagctgtagtcatctttgg
gtattaatgcaagtgcttagaaagtcgttggataccgtacagtagtgata
gagtctcttcttgagcccatttacatccctattgccggcacttggtgatg
cttgtagtatcaagcactgagttccctttgctggagtccttagaccgttg
gttatctccaagatattatggctaccatcactctataacacatatcttgc
gtcccagttcttattgtaattctcaggatttagcaccgagtaggactgtt
gataacatttgttcttccagctgtttccactgttccttccactttgatga
gagctaggtatcctgaatcttcatacacaacagggacagagtggttaaca
cgggaagctccattcttgcttttatagcagaaaaaaaaaaaaatctagat
gagttttaagccaagtgtgtttgagttgtctccatgagacacacatttcc
tggaaaggaggctaaggacattttgaacagagctggtcagagatactcag
ctctgtgcatcaatcagcactgctaatttgctggctctccttaggcatct
atgtcttatgcaaccaaccaaagaaacccaagtaaatatttttctactat
aatttttccaagggaaatgagatcagactagagcaaagtgtcctatttga
tattttcaaggcttctctgatctcatctttccttataggacagtatattg
cgagtagatgtgtcctgggaaaacatcatagactgactctgtggccttat
agtctatggaatgaacatagccactataaaactagatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_50194751_50195871
seq2: B6Ng01-233C03.b_44_1159 (reverse)

seq1  TGGGCTGAATCTCTGGAACCTATAAATACCATCACAGTACATTCCATGAC  50
      ||||||| |||||||||||||  || | ||||| ||||||| ||||||| 
seq2  TGGGCTG-ATCTCTGGAACCTTAAATTCCCATCCCAGTACA-TCCATGA-  47

seq1  CAAATGAAGGCCATCA-GTGCAT-GCAAATGCTAACCCCACATGT-AAAA  97
      ||| |||||  ||||| |||||| |||||||||| |||  ||||| ||||
seq2  CAATTGAAG--CATCAGGTGCATGGCAAATGCTACCCCACCATGTAAAAA  95

seq1  ATACTCGAGAAAGCCAGTACCAGCCCTGGGTACCATGTTACCAAATCCCT  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| 
seq2  ATACTCGAGAAAGCCAGTACCAGCCCTGGGTACCATGTACCCAAATCCC-  144

seq1  TGGTGGTTCTGGACTTGCGGCAAAGTCTTGGCTTCCCCACTCTACCTACC  197
      |||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |
seq2  TGGTGG-TCTGGACTTGCGGCAAAGTCCTGGCTTCCCCACTCTACCTA-C  192

seq1  TGCAGCTGCCTAAGGGCAATCTGTGCTTCTGCAACAGTTCTTACCGTAGT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCTGCCTAAGGGCAATCTGTGCTTCTGCAACAGTTCTTACCGTAGT  242

seq1  CCTCTCCCTCAGCCGATAGCTATGCTTCTGCCATAGAAGCACCGCCATGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTCCCTCAGCCGATAGCTATGCTTCTGCCATAGAAGCACCGCCATGT  292

seq1  CACGGTTCTCTGCTTTCAGCATTGCTAATGGGTGCCCTGTCTCACAGGAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGTTCTCTGCTTTCAGCATTGCTAATGGGTGCCCTGTCTCACAGGAG  342

seq1  GAAAGCCTGCATTCCTTCTGTGACTGCTCCGACCTCTTTCCCTCTAACCC  397
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCGTGCATTCCTTCTGTGACTGCTCCGACCTCTTTCCCTCTAACCC  392

seq1  TCCAGCCACACTGCCTTTCCTTTCTCCTGCAGCCCTGTCTTTATATTTCC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCACACTGCCTTTCCTTTCTCCTGCAGCCCTGTCTTTATATTTCC  442

seq1  TATTTTACCCCAACCTCCAAGCTTTTTTTTCTGGCTGTTCCCTAAGTTCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTACCCCAACCTCCAAGCTTTTTTTTCTGGCTGTTCCCTAAGTTCA  492

seq1  TTTTGAAACATTTCTCTTTGGTTATGTCTTCTTCTTCTAAATTCCCGAAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAAACATTTCTCTTTGGTTATGTCTTCTTCTTCTAAATTCCCGAAC  542

seq1  TTAATTCAGTGACTCTTACTCTCTCCCTCAATTCTCTACTATGTTACCCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTCAGTGACTCTTACTCTCTCCCTCAATTCTCTACTATGTTACCCA  592

seq1  ATTTTCTAACAGGCATTGGTGATATTTGAAATAAGCTTATTTACTTAGTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAACAGGCATTGGTGATATTTGAAATAAGCTTATTTACTTAGTT  642

seq1  TATTCCTGGTTCGTGTTTATGTCTCTCCACTAAGAAAACAGGGTGTCTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTGGTTCGTGTTTATGTCTCTCCACTAAGAAAACAGGGTGTCTTT  692

seq1  AAATACCTGTCAAATGAATGTTTTAGCTTGACATACTCAGCCAATAAAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACCTGTCAAATGAATGTTTTAGCTTGACATACTCAGCCAATAAAGG  742

seq1  CCAATATTACTCCTGAAACCCAGGATTTTCTGTAGCTAATTTGGTGTTGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATATTACTCCTGAAACCCAGGATTTTCTGTAGCTAATTTGGTGTTGC  792

seq1  CTCCTACTTTACCAAGATGCTGATGGTCCCATTGACACCACATTTGCCAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTACTTTACCAAGATGCTGATGGTCCCATTGACACCACATTTGCCAT  842

seq1  CCATTCTTGAGTATACTTCCTCTAGTATGTCCAGAGCAGAGGTACTAGAC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTGAGTATACTTCCTCTAGTATGTCCAGAGCAGAGGTACTAGAC  892

seq1  TCAAGATGAATGTAACAGACAATAAGGTACCTGCCAGTCCAGGAAGAGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGATGAATGTAACAGACAATAAGGTACCTGCCAGTCCAGGAAGAGAA  942

seq1  ACTGTCTGCAAACTACAGACAAGCATATGACCACAGAACTTCATCATTTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTCTGCAAACTACAGACAAGCATATGACCACAGAACTTCATCATTTT  992

seq1  GGCAAACCATCAAAGAAGGGCCAGTTTAGGGATTGTAGTAACTATTGATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAACCATCAAAGAAGGGCCAGTTTAGGGATTGTAGTAACTATTGATG  1042

seq1  AGCCACTTTAAATTTATTAGGAATACTTCAGCATTCATTGTCAAGGTATC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTTTAAATTTATTAGGAATACTTCAGCATTCATTGTCAAGGTATC  1092

seq1  AAACATGGAGAATGGATAGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATGGAGAATGGATAGAATTC  1116


seq1: chr8_50030673_50031817
seq2: B6Ng01-233C03.g_67_1205

seq1  GAATTCAATTCGTGTCCTCTTCCTCATGTCCATGGTGGGGTATTGATGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTCGTGTCCTCTTCCTCATGTCCATGGTGGGGTATTGATGGG  50

seq1  TGTGGTCATATGAAAGCAACTGCATCATTGAAGAGCTGATGGGTGCGACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTCATATGAAAGCAACTGCATCATTGAAGAGCTGATGGGTGCGACA  100

seq1  TCGCTGTCATGTCCAGAAGATAATAGTCTGTAACAATTCTGTCTGGTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTGTCATGTCCAGAAGATAATAGTCTGTAACAATTCTGTCTGGTGTT  150

seq1  CTGGCTCTTACAATCTGCTGCCTGCTGCCCATATCTTCACATTCCCAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTCTTACAATCTGCTGCCTGCTGCCCATATCTTCACATTCCCAGAG  200

seq1  CCTTGGGTGTAAGAGTGTGTTATAGATGCCCCAGGTGGTGATGGGCATTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTGTAAGAGTGTGTTATAGATGCCCCAGGTGGTGATGGGCATTC  250

seq1  CACCGTCCCTTATTGTCCACACTTTGACTTAGTGTGAGTCTCTGTAGTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGTCCCTTATTGTCCACACTTTGACTTAGTGTGAGTCTCTGTAGTAG  300

seq1  CCTGTCTACTGTAAAAGGAAGCTTCCGTGACGAGCTGTAGTCATCTTTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTACTGTAAAAGGAAGCTTCCGTGACGAGCTGTAGTCATCTTTGG  350

seq1  GTATTAATGCAAGTGCTTAGAAAGTCGTTGGATACCGTACAGTAGTGATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAATGCAAGTGCTTAGAAAGTCGTTGGATACCGTACAGTAGTGATA  400

seq1  GAGTCTCTTCTTGAGCCCATTTACATCCCTATTGCCGGCACTTGGTGATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTCTTCTTGAGCCCATTTACATCCCTATTGCCGGCACTTGGTGATG  450

seq1  CTTGTAGTATCAAGCACTGAGTTCCCTTTGCTGGAGTCCTTAGACCGTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAGTATCAAGCACTGAGTTCCCTTTGCTGGAGTCCTTAGACCGTTG  500

seq1  GTTATCTCCAAGATATTATGGCTACCATCACTCTATAACACATATCTTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTCCAAGATATTATGGCTACCATCACTCTATAACACATATCTTGC  550

seq1  GTCCCAGTTCTTATTGTAATTCTCAGGATTTAGCACCGAGTAGGACTGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGTTCTTATTGTAATTCTCAGGATTTAGCACCGAGTAGGACTGTT  600

seq1  GATAACATTTGTTCTTCCAGCTGTTTCCACTGTTCCTTCCACTTTGATGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAACATTTGTTCTTCCAGCTGTTTCCACTGTTCCTTCCACTTTGATGA  650

seq1  GAGCTAGGTATCCTGAATCTTCATACACAACAGGGACAGAGTGGTTAACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGGTATCCTGAATCTTCATACACAACAGGGACAGAGTGGTTAACA  700

seq1  CGGGAAGCTCCATTCTTGCTTTTATAGCAGAAAAAAAAAAAAATCTAGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGAAGCTCCATTCTTGCTTTTATAGCAGAAAAAAAAAAAAATCTAGAT  750

seq1  GAGTTTTAAGCCAAGTGTGTTTGAGTTGTCTCCATGAGACACACATTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTTAAGCCAAGTGTGTTTGAGTTGTCTCCATGAGACACACATTTCC  800

seq1  TGGAAAGGAGGCTAAGGACATTTTGAACAGAGCTGGTCAGAGATACTCAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGAGGCTAAGGACATTTTGAACAGAGCTGGTCAGAGATACTCAG  850

seq1  CTCTGTGCATCAATCAGCACTGCTAATTTGCTGGCTCTCCTTAGGCATCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCATCAATCAGCACTGCTAATTTGCTGGCTCTCCTTAGGCATCT  900

seq1  ATGTCTTATGCAACCAACCAAAGAAACCCAAGTAAATATTTTTCTACTAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTTATGCAACCAACCAAAGAAACCCAAGTAAATATTTTTCTACTAT  950

seq1  AATTTTTCCAAGGGAAATGAGATCAGACTAGAGGCAAAGTGT-CTATTTG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  AATTTTTCCAAGGGAAATGAGATCAGACTAGA-GCAAAGTGTCCTATTTG  999

seq1  ATATTTTTCAAGGCTTCTTCTGATCTCATCTTTCCCTAATAGGACCAGTA  1049
      ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||| |||||| |||||
seq2  ATA-TTTTCAAGGCTTC-TCTGATCTCATCTTT-CCTTATAGGA-CAGTA  1045

seq1  TA-TGCGAGTAAGATGTGTCCCTGGAAAACATCATAGGACTTGGTCTCTG  1098
      || ||||||| ||||||||||  ||||||||||||| ||||  | |||||
seq2  TATTGCGAGT-AGATGTGTCCTGGGAAAACATCATA-GACT--GACTCTG  1091

seq1  TGGC--TATAGTC-ATGGGATGGACATAGCATTTATAAAACTAAAGATGC  1145
      ||||  ||||||| |||| ||| |||||||   |||||||||  ||||||
seq2  TGGCCTTATAGTCTATGGAATGAACATAGCCACTATAAAACT--AGATGC  1139


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |