BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240L13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 92,431,285 - 92,624,056
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSall1, LOC100041089, EG625801, EG384862
Downstream geneTox3, LOC100041133, Chd9, LOC100041156, EG626231, Rbl2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240L13.bB6Ng01-240L13.g
ACCGA050816GA050817
length1,103647
definitionB6Ng01-240L13.b B6Ng01-240L13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(92,622,947 - 92,624,056)(92,431,285 - 92,431,715)
sequence
gaattctcctgatttcacgttctatctttcggtaaggggtgccagggtta
cagaggctcacaccacatcaagctttctgtatgggctctgggatcaagat
cccgttgtcgggtttatgtggcttcctgtctccacctcccatctctgggg
ttcagactgtcatatctagctttttatgcagattctggggattgaactac
tgttgctggtttacagagataacactttaatctggggagacattgaccag
cctaaggtgcacacatttaatgtattcaagctggctgagtttggaggcag
gtgtataaccatgaaatcatcaccaccctcaaggccataaccgtatcttc
tatctcctccagcattttgccacctcagagagggtgtggtactctttgtg
acccccacatgggccataaaagaaaagcctcaaaattgtttaaacatact
agtgcactttcacccccgccccccaacttgctctatatgttataggaatc
tcaggactctcaaccaaagttcctagctcctattctctgaaattctcatc
agctttgtgcaccaaggtctttgttgccctttcagaacagtgatggccca
gggatgagtgtcagtgatgaagttttgttttaagctgaaacacgatctta
gacacaggacctctctttattttcatctccatcactttctctaagacact
tcccttcttctctgttcctactaaacatcagattgcttgacacaaactcc
aatccattcatagcagcgttcaaggcagtggcagcttaaagagctcccct
ggtgtctcccacactcttgcttctcacattgtttttgatgccctggaatt
gagaaagatgacccattcattttcttctcttcctttcaaaggtctttccc
tacacaaggctcatttgagctatccatttccatgttgttaccctaggcat
tcaaagttgctccattctcctgtattcatcagtgttggtttctgggccca
ggacaagggactgaggtgcatattttacatacagagcagatctgggcttc
aggctctccagccatcctcagtccctacctagcatacctacccaacctct
gaa
gaattcctccttatgcaaatgaggcatccagagcaccctagctggggtca
atgttgtacactcaccccattgtccctattcacccccaaaggttgttttc
cctatctcccatttgaacaagctgctcaatgaagcctgtctcctaagagt
ctgttcttctggcattcacaacaacctgagttttccatcaccatgggctg
atccagccaaccttgttttccctctcaggccactggtctgattgcagtcg
atcatgcctctaagggaaggagagcagagtgggaatgagccttcaccata
tacatgactgatcacccactctaggggtttagtcttccctctctttgtag
accactgtccaaccttctattgacaagaagggcaaaaggtggatggaggg
aggaaactgggtgggagagggaatggggaggcccgcttacagtgtatgag
ttagggactacttataaaatgtgggtgctcccaaagcagcttcacctcca
gaaagtcttaccccagtatggatgacaacttccccatagcttcataaata
gagttgtgctccttccccaccaatacacacacacacacacacacacacac
acacacacagctacttttctacccctctgtttatctgataccatgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_92622947_92624056
seq2: B6Ng01-240L13.b_42_1144 (reverse)

seq1  TTCAGAGGTGGGGGTAGGGAATGCTAGGCAGGGACTGAGGGATGCTGGGA  50
      |||||||||  ||||| || |||||||| ||||||||| |||||   |||
seq2  TTCAGAGGT-TGGGTA-GGTATGCTAGGTAGGGACTGA-GGATGGCTGGA  47

seq1  GAGCCTGGAGGCCAGGTCTGCTCTGGTATGTAAAATATGCACCTCAGTCC  100
      ||||||| || |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTGAAGCCCAGATCTGCTCT-GTATGTAAAATATGCACCTCAGTCC  96

seq1  CTTGTCCTGGGGCCCAGAAACCAAACACTGATGAATACAGGAGAATGGGA  150
      |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CTTGTCCT-GGGCCCAGAAACC-AACACTGATGAATACAGGAGAAT-GGA  143

seq1  GCAACTTTGAATGCCTAGGGTAACAACATGGAAATGGATAGCTCAAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACTTTGAATGCCTAGGGTAACAACATGGAAATGGATAGCTCAAATGA  193

seq1  GCCTTGTGTAGGGAAAGACCTTTGGAAGGAAGAGAAGGAAATGAATGGGT  250
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCTTGTGTAGGGAAAGACCTTTGAAAGGAAGAGAAGAAAATGAATGGGT  243

seq1  CATCTTTCTCAATTCCAGGGCATCAAAAACAATGTGAGAAGCAAGAGTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTTCTCAATTCCAGGGCATCAAAAACAATGTGAGAAGCAAGAGTGT  293

seq1  GGGAGACACCAGGGGAGCTCTTTAAGCTGCCACTGCCTTGAACGCTGCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACACCAGGGGAGCTCTTTAAGCTGCCACTGCCTTGAACGCTGCTA  343

seq1  TGAATGGATTGGAGTTTGTGTCAAGCAATCTGATGTTTAGTAGGAACAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGGATTGGAGTTTGTGTCAAGCAATCTGATGTTTAGTAGGAACAGA  393

seq1  GAAGAAGGGAAGTGTCTTAGAGAAAGTGATGGAGATGAAAATAAAGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAAGGGAAGTGTCTTAGAGAAAGTGATGGAGATGAAAATAAAGAGAG  443

seq1  GTCCTGTGTCTAAGATCGTGTTTCAGCTTAAAACAAAACTTCATCACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGTGTCTAAGATCGTGTTTCAGCTTAAAACAAAACTTCATCACTGA  493

seq1  CACTCATCCCTGGGCCATCACTGTTCTGAAAGGGCAACAAAGACCTTGGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCATCCCTGGGCCATCACTGTTCTGAAAGGGCAACAAAGACCTTGGT  543

seq1  GCACAAAGCTGATGAGAATTTCAGAGAATAGGAGCTAGGAACTTTGGTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAAAGCTGATGAGAATTTCAGAGAATAGGAGCTAGGAACTTTGGTTG  593

seq1  AGAGTCCTGAGATTCCTATAACATATAGAGCAAGTTGGGGGGCGGGGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCCTGAGATTCCTATAACATATAGAGCAAGTTGGGGGGCGGGGGTG  643

seq1  AAAGTGCACTAGTATGTTTAAACAATTTTGAGGCTTTTCTTTTATGGCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTGCACTAGTATGTTTAAACAATTTTGAGGCTTTTCTTTTATGGCCC  693

seq1  ATGTGGGGGTCACAAAGAGTACCACACCCTCTCTGAGGTGGCAAAATGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGGGGTCACAAAGAGTACCACACCCTCTCTGAGGTGGCAAAATGCT  743

seq1  GGAGGAGATAGAAGATACGGTTATGGCCTTGAGGGTGGTGATGATTTCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGAGATAGAAGATACGGTTATGGCCTTGAGGGTGGTGATGATTTCAT  793

seq1  GGTTATACACCTGCCTCCAAACTCAGCCAGCTTGAATACATTAAATGTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATACACCTGCCTCCAAACTCAGCCAGCTTGAATACATTAAATGTGT  843

seq1  GCACCTTAGGCTGGTCAATGTCTCCCCAGATTAAAGTGTTATCTCTGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACCTTAGGCTGGTCAATGTCTCCCCAGATTAAAGTGTTATCTCTGTAA  893

seq1  ACCAGCAACAGTAGTTCAATCCCCAGAATCTGCATAAAAAGCTAGATATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAACAGTAGTTCAATCCCCAGAATCTGCATAAAAAGCTAGATATG  943

seq1  ACAGTCTGAACCCCAGAGATGGGAGGTGGAGACAGGAAGCCACATAAACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTGAACCCCAGAGATGGGAGGTGGAGACAGGAAGCCACATAAACC  993

seq1  CGACAACGGGATCTTGATCCCAGAGCCCATACAGAAAGCTTGATGTGGTG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACAACGGGATCTTGATCCCAGAGCCCATACAGAAAGCTTGATGTGGTG  1043

seq1  TGAGCCTCTGTAACCCTGGCACCCCTTACCGAAAGATAGAACGTGAAATC  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCCTCTGTAACCCTGGCACCCCTTACCGAAAGATAGAACGTGAAATC  1093

seq1  AGGAGAATTC  1110
      ||||||||||
seq2  AGGAGAATTC  1103

seq1: chr8_92431285_92431715
seq2: B6Ng01-240L13.g_69_499

seq1  GAATTCCTCCTTATGCAAATGAGGCATCCAGAGCACCCTAGCTGGGGTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCCTTATGCAAATGAGGCATCCAGAGCACCCTAGCTGGGGTCA  50

seq1  ATGTTGTACACTCACCCCATTGTCCCTATTCACCCCCAAAGGTTGTTTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTACACTCACCCCATTGTCCCTATTCACCCCCAAAGGTTGTTTTC  100

seq1  CCTATCTCCCATTTGAACAAGCTGCTCAATGAAGCCTGTCTCCTAAGAGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTCCCATTTGAACAAGCTGCTCAATGAAGCCTGTCTCCTAAGAGT  150

seq1  CTGTTCTTCTGGCATTCACAACAACCTGAGTTTTCCATCACCATGGGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTCTTCTGGCATTCACAACAACCTGAGTTTTCCATCACCATGGGCTG  200

seq1  ATCCAGCCAACCTTGTTTTCCCTCTCAGGCCACTGGTCTGATTGCAGTCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAGCCAACCTTGTTTTCCCTCTCAGGCCACTGGTCTGATTGCAGTCG  250

seq1  ATCATGCCTCTAAGGGAAGGAGAGCAGAGTGGGAATGAGCCTTCACCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATGCCTCTAAGGGAAGGAGAGCAGAGTGGGAATGAGCCTTCACCATA  300

seq1  TACATGACTGATCACCCACTCTAGGGGTTTAGTCTTCCCTCTCTTTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGACTGATCACCCACTCTAGGGGTTTAGTCTTCCCTCTCTTTGTAG  350

seq1  ACCACTGTCCAACCTTCTATTGACAAGAAGGGCAAAAGGTGGATGGAGGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGTCCAACCTTCTATTGACAAGAAGGGCAAAAGGTGGATGGAGGG  400

seq1  AGGAAACTGGGTGGGAGAGGGAATGGGGAGG  431
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAACTGGGTGGGAGAGGGAATGGGGAGG  431