BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246P07
Chromosome8 (Build37)
Map Location 129,898,993 - 130,044,978
singlet/doubletdoublet
Overlap genePard3
Upstream geneSlc35f3, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1
Downstream geneEG628847, Nrp1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246P07.bB6Ng01-246P07.g
ACCGA055424GA055425
length1,0911,061
definitionB6Ng01-246P07.b B6Ng01-246P07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(129,898,993 - 129,900,059)(130,043,914 - 130,044,978)
sequence
gaattctgcgattccgtagaaatttgtcaggttccaaacacgctgcacct
tagtgtggttctggtctttacttctgggctctaatgggatgtcacttctt
tccccaacattactggtctaagattgtttgtgaagacaacgtggagtcat
ttaagcaagaaaatagttactgatatcccattaaccttggtacctttaaa
catgagagggtgactttagggtttagtatccttcatcccaggtggattct
ttcctgagtgatctgcccagtgtgggggatgggaccacacatgggagcat
ttcagttacttggaagggaacttgacaaaggtaagcagcatagttcatgt
atctaagttggtggctgtattcggggcatgaggaaggatgctcactaaat
atattactgttctatgtaccatccctgagcacttttttctccctttctcc
tgcttcgtgctctagatctgaataccattatccccaatacttgatttttg
aggtttcatggagtttttccagtttatttttattcagtgtgtatagacat
attacacgttatgtctgtgcaccacatgcatgccatgcttgtggaggcca
aagaggcactagagctgtggtgagccaccatatggtgctgggaatcaaac
ccaagtcttctgaaacaacacagtgctctgaacctcggcgccatctcgcc
aggtcccaaagattttatttattttaacagaaatttttatttctgatttc
ttctttttaaaaaaaaaattggatattttatttattttacatttcaaatg
ttattccctttcccggtttcccctctggaaaccccttatcctcttctccc
tccccctgcttctatgagggtgctcccccacccacccactccagcttccc
tgtcctggtatttcttctacactggggcatagaagccttcactgggacca
agggggtcttcttcctcccaactgatgttccgacaaagggcattcctttg
cctacatatgttgggcctgggagctatgggttccctccaatgtataattt
tttttgggttggtggattagaccttggggagcttctggggg
gaattcacatcaagtgtgcatttgcgtactatggtgtttctgtagtgatt
ctgcagtgcaaggccaggactaaaggtctcaatgcacttacacaaaagta
tgtgctgtggctcctctgccactgccatcataaacagacaagggatcccc
atcggacatggacagcagggaactggggagcatggagagtatgtgagctc
tggtcataaggtcctcgtgtccttccttggtgatgcattagcagaagtca
taatggctgtcctgcacagatgaccccacaaagcttgcatgtggatgaca
ttacagggtgcactgatgggaacagtgttctggaggacacattccctcat
ggcagccaggctcctacagatcaagaacattcctgtttttataacttttc
tgcagtcaaggagggaagggacacccaccagggcaggactctcctgcgtg
acaccacagacattgacgcagctcacgacctgtgaagatgttcaaagggt
gagacaatagagagccagctgtgctcacctgaggactctcaccatatgat
cactgtcagtgtggcctaggctgagatggacacgtcacctccatagatga
tccttcccaaccacataccctgcacggacatacatccttaacaggcatac
ctcatccacagacagacaaccctcctcagctacacaaccatccacaggca
cacacctctgcagacagcatccatctttctgcactccaaaatatagaggg
tttttttttttgttgttgttgctgttgttttgttcttttaaatttctatt
ccacccatccccaggtctactaattgaaatgtgcagaaactgctattact
ctaacttaatttatggagatattgaaagctgctttggcaaaatcaaacat
aattatgatgattcttctccctcctagtactttcattttcttacattcac
aacctacattatctgtagtgtgtgtgtgagagagagacagtgtgcatgcg
tgtttagcctggctatacttttcatgcacaactgtcttgtttttgaggca
tgttctctcac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_129898993_129900059
seq2: B6Ng01-246P07.b_51_1141

seq1  GAATTCTGCGATTCCGTAGAAATTTGTCAGGTTCCAAACACGCTGCACCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCGATTCCGTAGAAATTTGTCAGGTTCCAAACACGCTGCACCT  50

seq1  TAGTGTGGTTCTGGTCTTTACTTCTGGGCTCTAATGGGATGTCACTTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGGTTCTGGTCTTTACTTCTGGGCTCTAATGGGATGTCACTTCTT  100

seq1  TCCCCAACATTACTGGTCTAAGATTGTTTGTGAAGACAACGTGGAGTCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAACATTACTGGTCTAAGATTGTTTGTGAAGACAACGTGGAGTCAT  150

seq1  TTAAGCAAGAAAATAGTTACTGATATCCCATTAACCTTGGTACCTTTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCAAGAAAATAGTTACTGATATCCCATTAACCTTGGTACCTTTAAA  200

seq1  CATGAGAGGGTGACTTTAGGGTTTAGTATCCTTCATCCCAGGTGGATTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGAGGGTGACTTTAGGGTTTAGTATCCTTCATCCCAGGTGGATTCT  250

seq1  TTCCTGAGTGATCTGCCCAGTGTGGGGGATGGGACCACACATGGGAGCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAGTGATCTGCCCAGTGTGGGGGATGGGACCACACATGGGAGCAT  300

seq1  TTCAGTTACTTGGAAGGGAACTTGACAAAGGTAAGCAGCATAGTTCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTTACTTGGAAGGGAACTTGACAAAGGTAAGCAGCATAGTTCATGT  350

seq1  ATCTAAGTTGGTGGCTGTATTCGGGGCATGAGGAAGGATGCTCACTAAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAGTTGGTGGCTGTATTCGGGGCATGAGGAAGGATGCTCACTAAAT  400

seq1  ATATTACTGTTCTATGTACCATCCCTGAGCACTTTTTTCTCCCTTTCTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTACTGTTCTATGTACCATCCCTGAGCACTTTTTTCTCCCTTTCTCC  450

seq1  TGCTTCGTGCTCTAGATCTGAATACCATTATCCCCAATACTTGATTTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCGTGCTCTAGATCTGAATACCATTATCCCCAATACTTGATTTTTG  500

seq1  AGGTTTCATGGAGTTTTTCCAGTTTATTTTTATTCAGTGTGTATAGACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTTCATGGAGTTTTTCCAGTTTATTTTTATTCAGTGTGTATAGACAT  550

seq1  ATTACACGTTATGTCTGTGCACCACATGCATGCCATGCTTGTGGAGGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACACGTTATGTCTGTGCACCACATGCATGCCATGCTTGTGGAGGCCA  600

seq1  AAGAGGCACTAGAGCTGTGGTGAGCCACCATATGGTGCTGGGAATCAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCACTAGAGCTGTGGTGAGCCACCATATGGTGCTGGGAATCAAAC  650

seq1  CCAAGTCTTCTGAAACAACACAGTGCTCTGAACCTCGGCGCCATCTCGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTCTTCTGAAACAACACAGTGCTCTGAACCTCGGCGCCATCTCGCC  700

seq1  AGGTCCCAAAGATTTTATTTATTTTAACAGAAATTTTTATTTCTGATTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCCCAAAGATTTTATTTATTTTAACAGAAATTTTTATTTCTGATTTC  750

seq1  TTCTTTTTAAAAAAAAAATTGGATATTTTATTTA-TTTACATTTCAAATG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TTCTTTTTAAAAAAAAAATTGGATATTTTATTTATTTTACATTTCAAATG  800

seq1  TTATTCCCTTTCCCGGTTTCCCCTCTGGAAACCCCTTATCCTCTTCTCCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCCTTTCCCGGTTTCCCCTCTGGAAACCCCTTATCCTCTTCTCCC  850

seq1  TCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACCCACTCCAGCTTCCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCCTGCTTCTATGAGGGTGCTCCCCCACCCACCCACTCCAGCTTCCC  900

seq1  TGTCCTGGTA-TTCTTCTACACTGGGGCATAG-AGCCTTCACT-GGACCA  946
      |||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||
seq2  TGTCCTGGTATTTCTTCTACACTGGGGCATAGAAGCCTTCACTGGGACCA  950

seq1  AGGGG--CCTC-TCCTCCC-ACTGATG-TCCGACAA--GGCCATCCTCTG  989
      |||||  | || ||||||| ||||||| ||||||||  |||  |||| ||
seq2  AGGGGGTCTTCTTCCTCCCAACTGATGTTCCGACAAAGGGCATTCCTTTG  1000

seq1  -CTACATATGT--GGC--TGGAGCTATGGG-TCCCTCC-ATGTATA----  1028
       ||||||||||  |||   ||||||||||| ||||||| |||||||    
seq2  CCTACATATGTTGGGCCTGGGAGCTATGGGTTCCCTCCAATGTATAATTT  1050

seq1  TTTTTTGGTTGGTGGTTTAGACCTT-GGGAGC-TCTGGGGG  1067
      ||||| ||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||
seq2  TTTTTGGGTTGGTGGATTAGACCTTGGGGAGCTTCTGGGGG  1091

seq1: chr8_130043914_130044978
seq2: B6Ng01-246P07.g_67_1127 (reverse)

seq1  GTGAGAGACAATGCCTCAAAAAACAAGACAGTTGGTGCATGAAAAGTAAT  50
      ||||||||  ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||| ||
seq2  GTGAGAGAACATGCCTC-AAAAACAAGACAGTT-GTGCATGAAAAGT-AT  47

seq1  AGCCAAGGCTAAACACGCATGCACACTGTCTCTCTCTCACACACACACTA  100
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCC-AGGCTAAACACGCATGCACACTGTCTCTCTCTCACACACACACTA  96

seq1  CAGATAATGTAGGTTGTGAAATGTAAGAAAATG-AAGTACTAGGAGGGAG  149
      |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAGATAATGTAGGTTGTG-AATGTAAGAAAATGAAAGTACTAGGAGGGAG  145

seq1  AAGAATCATCATAATTATGTTTGATTTTGCCAAAGCAGCTTTTCAATATC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AAGAATCATCATAATTATGTTTGATTTTGCCAAAGCAGC-TTTCAATATC  194

seq1  TCCATAAATTAAGTTAGAGTAATAGCAGTTTCTGCACATTTCAATTAGTA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAAATTAAGTTAGAGTAATAGCAGTTTCTGCACATTTCAATTAGTA  244

seq1  GACCTGGGGATGGGTGGAATAGAAATTTAAAAGAACAAAACAACAGCAAC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTGGGGATGGGTGGAATAGAAATTTAAAAGAACAAAACAACAGCAAC  294

seq1  AACAAC-AAAAAAAAAACCCTCTATATTTTGGAGTGCAGAAAGATGGATG  348
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAAAAAAAAAAACCCTCTATATTTTGGAGTGCAGAAAGATGGATG  344

seq1  CTGTCTGCAGAGGTGTGTGCCTGTGGATGGTTGTGTAGCTGAGGAGGGTT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGCAGAGGTGTGTGCCTGTGGATGGTTGTGTAGCTGAGGAGGGTT  394

seq1  GTCTGTCTGTGGATGAGGTATGCCTGTTAAGGATGTATGTCCGTGCAGGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTGTGGATGAGGTATGCCTGTTAAGGATGTATGTCCGTGCAGGG  444

seq1  TATGTGGTTGGGAAGGATCATCTATGGAGGTGACGTGTCCATCTCAGCCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTTGGGAAGGATCATCTATGGAGGTGACGTGTCCATCTCAGCCT  494

seq1  AGGCCACACTGACAGTGATCATATGGTGAGAGTCCTCAGGTGAGCACAGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCACACTGACAGTGATCATATGGTGAGAGTCCTCAGGTGAGCACAGC  544

seq1  TGGCTCTCTATTGTCTCACCCTTTGAACATCTTCACAGGTCGTGAGCTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCTCTATTGTCTCACCCTTTGAACATCTTCACAGGTCGTGAGCTGC  594

seq1  GTCAATGTCTGTGGTGTCACGCAGGAGAGTCCTGCCCTGGTGGGTGTCCC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAATGTCTGTGGTGTCACGCAGGAGAGTCCTGCCCTGGTGGGTGTCCC  644

seq1  TTCCCTCCTTGACTGCAGAAAAGTTATAAAAACAGGAATGTTCTTGATCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCCTTGACTGCAGAAAAGTTATAAAAACAGGAATGTTCTTGATCT  694

seq1  GTAGGAGCCTGGCTGCCATGAGGGAATGTGTCCTCCAGAACACTGTTCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGAGCCTGGCTGCCATGAGGGAATGTGTCCTCCAGAACACTGTTCCC  744

seq1  ATCAGTGCACCCTGTAATGTCATCCACATGCAAGCTTTGTGGGGTCATCT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGCACCCTGTAATGTCATCCACATGCAAGCTTTGTGGGGTCATCT  794

seq1  GTGCAGGACAGCCATTATGACTTCTGCTAATGCATCACCAAGGAAGGACA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAGGACAGCCATTATGACTTCTGCTAATGCATCACCAAGGAAGGACA  844

seq1  CGAGGACCTTATGACCAGAGCTCACATACTCTCCATGCTCCCCAGTTCCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGACCTTATGACCAGAGCTCACATACTCTCCATGCTCCCCAGTTCCC  894

seq1  TGCTGTCCATGTCCGATGGGGATCCCTTGTCTGTTTATGATGGCAGTGGC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTCCATGTCCGATGGGGATCCCTTGTCTGTTTATGATGGCAGTGGC  944

seq1  AGAGGAGCCACAGCACATACTTTTGTGTAAGTGCATTGAGACCTTTAGTC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGCCACAGCACATACTTTTGTGTAAGTGCATTGAGACCTTTAGTC  994

seq1  CTGGCCTTGCACTGCAGAATCACTACAGAAACACCATAGTACGCAAATGC  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCTTGCACTGCAGAATCACTACAGAAACACCATAGTACGCAAATGC  1044

seq1  ACACTTGATGTGAATTC  1065
      |||||||||||||||||
seq2  ACACTTGATGTGAATTC  1061