BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252O13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 58,660,282 - 58,787,412
singlet/doubletdoublet
Overlap geneHpgd
Upstream geneGm392, LOC100040212, Gm1153, EG664808, EG664818, EG664834, EG664859, EG664876, LOC100040356, LOC664916, Adam29, Glra3, LOC664812
Downstream geneLOC664948, BC088983, Fbxo8, LOC100040431, EG624433, LOC654355, LOC100040515
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252O13.bB6Ng01-252O13.g
ACCGA059780GA059781
length1,1831,074
definitionB6Ng01-252O13.b B6Ng01-252O13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,786,213 - 58,787,412)(58,660,282 - 58,661,346)
sequence
gaattctataagaaagcagtctgagcaagcagtgatgatcaagccagtaa
tcagcgcttctctatgatctctgcctcagctccttcttctaagttcctaa
tctttgtgagcttctaccctcactgcttttgatgatgaactgttatatga
aaatgtgagtgtattaaatcactcctctcctaaagaataggcacccaagg
ataaggaacttgcccttgataatatacaggtgttgactaaacttttcata
ttttgaaactagggtgtgtttggatatatttgttttaacactttggcata
taccatctagcacaaatgtcatgtttttaaattacacacccctactaaat
tcacaaggaagtagaggccacttcataacacattactatttttttaccct
gtcaaaagttatctcacatgtattaccatttggaaatgttaaaataacct
ttgaaaagtagaaagtggaaacatatacacacaaatacagacacacacag
agatacacacacaaacacacacacacatatatacagaaacacattcacaa
aaaacatacacacagagagacacacatatatgcacataaacagtcacaca
cagattcatatacacacatacacacacatatatacacaaacacacatata
cacatacaaacccataaagacatatacaaacacacacataggcaaacaaa
cataaacacaaacatactaaagcaatacccagatgagtatcagatgcatt
gttcaaaatgtttgtattatgcatggaaaaatctaaagaatcattaagaa
aataaacagaaattcagattcaattcaatcttgtcttgatgattcataat
atacctcacagatatactcttgtggttcaaattatcaatatgagaagttc
ctgtgcaaataggaattgcccttacctgctaatgaagacatattgatgat
gatgccgccttcacctccgtttgcttactcatgtaatccaaaccaagata
gtcccactgataacagaaacctaatccaggggcagaaatggaaagtgata
cattctttatcatactttatcagatgccacacaccaagacgttgcctaag
gcagccatataggagatctccatgatcaatggacgccttcctcatgctaa
ctttatgaacatgaatgcattgctgcctgacat

gaattcatgcagttgaatccttcttaacagtctgctttacgggaaccttt
attaccgcgacccgcagttctggttctggaatgagggatcttccttgcgc
cagtcccgagttttttctcgtcccggaattcggcaccaattgttattaga
cgcgttctcacgcccggccaggaagaacaccacagaccagaatcttctgc
ggcaaaactttattgcttacatcttcaggagcaagagtgtaagaagcaag
agagagagaaaacgaaaccccgtccctattaagaattatccttcgcctag
gacgtgtcactccctgattggctgcagcccatcggccgagttgacgtcac
ggggaaggcagagcacatggagtggagaaccaccctcggcacatgcgcag
attatttgtttaccacttagaacacagctgtcagcgccatcttgtaacgg
cgaatgtgggcgcggctcccaacaacacaccaagtcataacatttttagt
atatatttagtcggtgtatgtatgtgccccacagtcaaaggatacttgcc
tctttctcccatatggattcagaagtcaaactcaggtggttggaattggt
gaaaagctctttacataccagtaacaaatagtagcatctttacaccaaca
ttaatcctaatgtgcacatgtgtgtgtagtctacacatggagtggttgtt
cacacttatttatgcctataatcctggcactgggaaagctgaggtagaga
attgctacaagttcaaggccaggctaggcagttttgagagagacagagat
gagtcagagacacagagagagacagagacagagacagagacacatacaca
gacagacacagacacagacacacagacacacacacatacagagaaagaga
cagaaaatttagctaagttagtagagttttagtctagcatgcaaaaaaac
actagaatttaatgccagtactacaaaaaattctatggtggtaaatcccg
ctaataatcaacttgtaatgctaaatctccagaatgtaagaagaacaaga
aggaagagaattcaaggtcatcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_58786213_58787412
seq2: B6Ng01-252O13.b_47_1229 (reverse)

seq1  ATGTCAGGCAGGCAAAAAGCAAATCATGCTCAATTAAAAGTTTTAAAGCA  50
      |||||||||||    || || | ||||| |||    ||||||    ||||
seq2  ATGTCAGGCAG---CAATGC-ATTCATGTTCA---TAAAGTT----AGCA  39

seq1  TGAGGAA-GCGCTCATTGATCATTGAAGATCTCCCTATATGCCTGGCTTA  99
      ||||||| |||  ||||||||| || |||||| |||||||| ||| ||||
seq2  TGAGGAAGGCGTCCATTGATCA-TGGAGATCT-CCTATATGGCTGCCTTA  87

seq1  -GCAACGTCTTTGGTGTGTGGGCATCTGATAAAGGTATGATAAAG-ATGT  147
       |||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  GGCAACGTC-TTGGTGTGT-GGCATCTGATAAA-GTATGATAAAGAATGT  134

seq1  ATCACCTTTCCCATTTCTGCCCCTGGATTAGGTTTCTGTTATCAGTGGGA  197
      |||||  || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAC--TTTCCATTTCTGCCCCTGGATTAGGTTTCTGTTATCAGTGGGA  182

seq1  CCTATCTTGGTTTGGATTACATGAGTAAGCAAAACGGAGGTGAAGGCGGC  247
       ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  -CTATCTTGGTTTGGATTACATGAGTAAGC-AAACGGAGGTGAAGGCGGC  230

seq1  ATCATCATCAATATGTCTTCATTAGCAGGTAAGGGCAATTCCTATTTGCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCATCAATATGTCTTCATTAGCAGGTAAGGGCAATTCCTATTTGCA  280

seq1  CAGGAACTTCTCATATTGATAATTTGAACCACAAGAGTATATCTGTGAGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACTTCTCATATTGATAATTTGAACCACAAGAGTATATCTGTGAGG  330

seq1  TATATTATGAATCATCAAGACAAGATTGAATTGAATCTGAATTTCTGTTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTATGAATCATCAAGACAAGATTGAATTGAATCTGAATTTCTGTTT  380

seq1  ATTTTCTTAATGATTCTTTAGATTTTTCCATGCATAATACAAACATTTTG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTAATGATTCTTTAGATTTTTCCATGCATAATACAAACATTTTG  430

seq1  AACAATGCATCTGATACTCATCTGGGTATTGCTTTAGTATGTTTGTGTTT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAATGCATCTGATACTCATCTGGGTATTGCTTTAGTATGTTTGTGTTT  480

seq1  ATGTTTGTTTGCCTATGTGTGTGTTTGTATATGTCTTTATGGGTTTGTAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGTTTGCCTATGTGTGTGTTTGTATATGTCTTTATGGGTTTGTAT  530

seq1  GTGTATATGTGTGTTTGTGTATATATGTGTGTGTATGTGTGTATATGAAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTATATGTGTGTTTGTGTATATATGTGTGTGTATGTGTGTATATGAAT  580

seq1  CTGTGTGTGACTGTTTATGTGCATATATGTGTGTCTCTCTGTGTGTATGT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTGTGACTGTTTATGTGCATATATGTGTGTCTCTCTGTGTGTATGT  630

seq1  TTTTTGTGAATGTGTTTCTGTATATATGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGTGAATGTGTTTCTGTATATATGTGTGTGTGTGTTTGTGTGTGTA  680

seq1  TCTCTGTGTGTGTCTGTATTTGTGTGTATATGTTTCCACTTTCTACTTTT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTGTGTGTGTCTGTATTTGTGTGTATATGTTTCCACTTTCTACTTTT  730

seq1  CAAAGGTTATTTTAACATTTCCAAATGGTAATACATGTGAGATAACTTTT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGTTATTTTAACATTTCCAAATGGTAATACATGTGAGATAACTTTT  780

seq1  GACAGGGTAAAAAAATAGTAATGTGTTATGAAGTGGCCTCTACTTCCTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGGGTAAAAAAATAGTAATGTGTTATGAAGTGGCCTCTACTTCCTTG  830

seq1  TGAATTTAGTAGGGGTGTGTAATTTAAAAACATGACATTTGTGCTAGATG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTAGTAGGGGTGTGTAATTTAAAAACATGACATTTGTGCTAGATG  880

seq1  GTATATGCCAAAGTGTTAAAACAAATATATCCAAACACACCCTAGTTTCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGCCAAAGTGTTAAAACAAATATATCCAAACACACCCTAGTTTCA  930

seq1  AAATATGAAAAGTTTAGTCAACACCTGTATATTATCAAGGGCAAGTTCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGAAAAGTTTAGTCAACACCTGTATATTATCAAGGGCAAGTTCCT  980

seq1  TATCCTTGGGTGCCTATTCTTTAGGAGAGGAGTGATTTAATACACTCACA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCTTGGGTGCCTATTCTTTAGGAGAGGAGTGATTTAATACACTCACA  1030

seq1  TTTTCATATAACAGTTCATCATCAAAAGCAGTGAGGGTAGAAGCTCACAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCATATAACAGTTCATCATCAAAAGCAGTGAGGGTAGAAGCTCACAA  1080

seq1  AGATTAGGAACTTAGAAGAAGGAGCTGAGGCAGAGATCATAGAGAAGCGC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTAGGAACTTAGAAGAAGGAGCTGAGGCAGAGATCATAGAGAAGCGC  1130

seq1  TGATTACTGGCTTGATCATCACTGCTTGCTCAGACTGCTTTCTTATAGAA  1197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTACTGGCTTGATCATCACTGCTTGCTCAGACTGCTTTCTTATAGAA  1180

seq1  TTC  1200
      |||
seq2  TTC  1183


seq1: chr8_58660282_58661346
seq2: B6Ng01-252O13.g_69_1142

seq1  GAATTCATGCAGTTGAATCCTTCTTAACAGTCTGCTTTACGGGAACCTTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGCAGTTGAATCCTTCTTAACAGTCTGCTTTACGGGAACCTTT  50

seq1  ATTACCGCGACCCGCAGTTCTGGTTCTGGAATGAGGGATCTTCCTTGCGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACCGCGACCCGCAGTTCTGGTTCTGGAATGAGGGATCTTCCTTGCGC  100

seq1  CAGTCCCGAGTTTTTTCTCGTCCCGGAATTCGGCACCAATTGTTATTAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCCGAGTTTTTTCTCGTCCCGGAATTCGGCACCAATTGTTATTAGA  150

seq1  CGCGTTCTCACGCCCGGCCAGGAAGAACACCACAGACCAGAATCTTCTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCGTTCTCACGCCCGGCCAGGAAGAACACCACAGACCAGAATCTTCTGC  200

seq1  GGCAAAACTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCAAGAGTGTAAGAAGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAAACTTTATTGCTTACATCTTCAGGAGCAAGAGTGTAAGAAGCAAG  250

seq1  AGAGAGAGAAAACGAAACCCCGTCCCTATTAAGAATTATCCTTCGCCTAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAAAACGAAACCCCGTCCCTATTAAGAATTATCCTTCGCCTAG  300

seq1  GACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGACGTCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTGTCACTCCCTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGACGTCAC  350

seq1  GGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTGGAGAACCACCCTCGGCACATGCGCAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGAAGGCAGAGCACATGGAGTGGAGAACCACCCTCGGCACATGCGCAG  400

seq1  ATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTCAGCGCCATCTTGTAACGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGCTGTCAGCGCCATCTTGTAACGG  450

seq1  CGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACAACACACCAAGTCATAACATTTTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAATGTGGGCGCGGCTCCCAACAACACACCAAGTCATAACATTTTTAGT  500

seq1  ATATATTTAGTCGGTGTATGTATGTGCCCCACAGTCAAAGGATACTTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATTTAGTCGGTGTATGTATGTGCCCCACAGTCAAAGGATACTTGCC  550

seq1  TCTTTCTCCCATATGGATTCAGAAGTCAAACTCAGGTGGTTGGAATTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTCCCATATGGATTCAGAAGTCAAACTCAGGTGGTTGGAATTGGT  600

seq1  GAAAAGCTCTTTACATACCAGTAACAAATAGTAGCATCTTTACACCAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAGCTCTTTACATACCAGTAACAAATAGTAGCATCTTTACACCAACA  650

seq1  TTAATCCTAATGTGCACATGTGTGTGTAGTCTACACATGGAGTGGTTGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATCCTAATGTGCACATGTGTGTGTAGTCTACACATGGAGTGGTTGTT  700

seq1  CACACTTATTTATGCCTATAATCCTGGCACTGGGAAAGCTGAGGTAGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTATTTATGCCTATAATCCTGGCACTGGGAAAGCTGAGGTAGAGA  750

seq1  ATTGCTACAAGTTCAAGGCCAGGCTAGGCAGTTTTGAGAGAGACAGAGAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTACAAGTTCAAGGCCAGGCTAGGCAGTTTTGAGAGAGACAGAGAT  800

seq1  GAGTCAGAGACACAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACACATACACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCAGAGACACAGAGAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACACATACACA  850

seq1  GACAGACACAGACACAGACACACAGACACACACACATACAGAGAAAGAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGACACAGACACAGACACACAGACACACACACATACAGAGAAAGAGA  900

seq1  CAGAAAATTTAGCTAAGTTAGTAGAGTTTTAGTCTAGCATGC-AAAAAAC  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CAGAAAATTTAGCTAAGTTAGTAGAGTTTTAGTCTAGCATGCAAAAAAAC  950

seq1  ACTAG-ATTTAATGCCCAGTACTAC-AAAAATTCTAT-GTGGTAAATCCC  996
      ||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTAGAATTTAATG-CCAGTACTACAAAAAATTCTATGGTGGTAAATCCC  999

seq1  GCTTATAATC-ACTTGTAATGCTAAATCTCCAG-ATGT-AGA--GACAGG  1041
      ||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||   ||| |
seq2  GCTAATAATCAACTTGTAATGCTAAATCTCCAGAATGTAAGAAGAACAAG  1049

seq1  AAGG-AGAGAATTCAAGGTCATCCT  1065
      |||| ||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAAGAGAATTCAAGGTCATCCT  1074


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |