BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253A22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 64,736,012 - 64,840,220
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneSh3rf1, EG664975, Cbr4, Palld, LOC100040872, BC013672, Anxa10, LOC100040775
Downstream geneLOC384830, LOC100040804, LOC665267, Spock3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253A22.bB6Ng01-253A22.g
ACCGA059892GA059893
length1,139826
definitionB6Ng01-253A22.b B6Ng01-253A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(64,839,080 - 64,840,220)(64,736,012 - 64,736,836)
sequence
gaattctctttcgatttcgcagtgatgagagaaatcttcattcctttatt
ggcatctctaaaggagcttttattctcactggtaatttacattttattct
gatgtagctatgttctttagtctctttgtaagagcaaaatcattgtatat
atttttctcctgcatgtcataatttcaaatacattcactgcatcttacaa
ggaacaatatatacaaaaacaacccaaacaatatgaaaaagatgcttttg
agattaaaagcaaaatcatggaagtctcgaaaataataacaaaataatgc
tatttgtttaaagatgccaggaaattgagaattcggggtaataaatttta
gaaaacaaattattataaatcaagggtttgtaagtgatcagaaaggtgtt
ttgatccaatacaaatgtgattcaatacaaatttaaatgaatcttaagtg
atttttaaatgagggaccttgttaatattttcaatagccatgattatatt
ttaacttcccaatcttgagaacaaaataagactttgcaaaacccaacaat
tctcaaagtcttattgtacattaccacttttggatgaataagacaaagtt
ctacattctaaccagtccttggataaaacaaacttctacatattaaccag
tcctaggtttctgtagtgcctttttttcccttaaaatattctgtgactac
tctgtctctctttccttagtaaggctaagtctgtgtattataacataaat
tcttatagttcagtgccttagtaccactatatatttccagtttctataac
tagaaaattgtggtaataaaaatctttgtctgttcaggagcagacaaata
ggatgaagacattgcacagttctggtgatgcctctaagttgagtctaaaa
gtactcctcacattcaccatatccttatatccagaactcagctgtaggca
tcccaacatacatagattagtaatcaatgaaagaaggagaaagaaacagt
tcaaaaagcagctagtaatttgggctaaacatcacatgtgatataatgat
atcataccccagactgggctacacatgtatcactgacgaaaaaaacacct
ttagttcttgctgtagaagcagaatttgcttgagatctg

gaattctcatgtttgatccctcacctgtgagagcctcttgactatttaag
cctatgtgatttctcagtactttctcatttaagaagtttctcattcttgc
agctattaaaactatttactttttggaaagtgctggtaggttttgtttgt
ttgtttgtttaacaaaactcaggtcttttttgctctgagtcccattagaa
gagaagaaaagaaaaagagccagcagcttaaattctttctctctactgtt
ccagcttcaggattcagtcaaggactgacaagtctcagtagccttttctg
ctcagctattacctggtgacaggcactgcattaagaaatattaccctcta
aaggagattgttcagtgtgtaaaggggtcctgaccatttgttgagtatga
acatgcacatacactcacacatgtgcatgtatgtgcatatatatgtatat
gcatacacatgagcatgtgcacacacatacacatattattacaatacgtc
ttagtcatgaaaatgaacaatcaggctactgggagtaaaaaaatacttta
catctatcctcctactaaacgttctgtatttgagttcttttagaccagat
aaagggaaaagaagtgaaggggtaaagttgaagcagtatgcccaacataa
aaggagtcagccgcccaggtatggtagatggcacacacctttaagccctc
caccagagacaaaggcaaatggtctctattggttcagtcagcatgttcta
catagcaacttagcaacttcccagtcagttatagctacaccatgaaacct
tttctggagagagagggggggagggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_64839080_64840220
seq2: B6Ng01-253A22.b_45_1183 (reverse)

seq1  CAGATCTCAAGGCAATTCTTGCTTCTACAGCAAAGAACCTAAAGGTGTTT  50
      |||||||||||  ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||
seq2  CAGATCTCAAGCAAATTC-TGCTTCTACAGC-AAGAA-CTAAAGGTGTTT  47

seq1  TTTCCGTCAGTGATACATGTGTAG-CCAGTCTTGGGTATGATATCATTAT  99
      ||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  TTTTCGTCAGTGATACATGTGTAGCCCAGTCTGGGGTATGATATCATTAT  97

seq1  ATCACATGTGATGTTTAGCCCAAATTACTAGCTGCTTTTTGAACTGTTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCACATGTGATGTTTAGCCCAAATTACTAGCTGCTTTTTGAACTGTTTC  147

seq1  TTTCTCCTTCTTTCATTTGATTACTAATCTATGTATGTT-GGATGCCTAC  198
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTTCTCCTTCTTTCA-TTGATTACTAATCTATGTATGTTGGGATGCCTAC  196

seq1  AGCTGAGTTCTGGATATAAGGATATGGTGAATGTGAGGAGTACTTTTAGA  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGAGTTCTGGATATAAGGATATGGTGAATGTGAGGAGTACTTTTAGA  246

seq1  CTCAACTTAGAGGCATCACCAGAACTGTGCAATGTCTTCATCCTATTTGT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTTAGAGGCATCACCAGAACTGTGCAATGTCTTCATCCTATTTGT  296

seq1  CTGCTCCTGAACAGACAAAGATTTTTATTACCACAATTTTCTAGTTATAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTCCTGAACAGACAAAGATTTTTATTACCACAATTTTCTAGTTATAG  346

seq1  AAACTGGAAATATATAGTGGTACTAAGGCACTGAACTATAAGAATTTATG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGGAAATATATAGTGGTACTAAGGCACTGAACTATAAGAATTTATG  396

seq1  TTATAATACACAGACTTAGCCTTACTAAGGAAAGAGAGACAGAGTAGTCA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAATACACAGACTTAGCCTTACTAAGGAAAGAGAGACAGAGTAGTCA  446

seq1  CAGAATATTTTAAGGGAAAAAAAGGCACTACAGAAACCTAGGACTGGTTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATATTTTAAGGGAAAAAAAGGCACTACAGAAACCTAGGACTGGTTA  496

seq1  ATATGTAGAAGTTTGTTTTATCCAAGGACTGGTTAGAATGTAGAACTTTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAGAAGTTTGTTTTATCCAAGGACTGGTTAGAATGTAGAACTTTG  546

seq1  TCTTATTCATCCAAAAGTGGTAATGTACAATAAGACTTTGAGAATTGTTG  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTCATCCAAAAGTGGTAATGTACAATAAGACTTTGAGAATTGTTG  596

seq1  GGTTTTGCAAAGTCTTATTTTGTTCTCAAGATTGGGAAGTTAAAATATAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTGCAAAGTCTTATTTTGTTCTCAAGATTGGGAAGTTAAAATATAA  646

seq1  TCATGGCTATTGAAAATATTAACAAGGTCCCTCATTTAAAAATCACTTAA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGGCTATTGAAAATATTAACAAGGTCCCTCATTTAAAAATCACTTAA  696

seq1  GATTCATTTAAATTTGTATTGAATCACATTTGTATTGGATCAAAACACCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTCATTTAAATTTGTATTGAATCACATTTGTATTGGATCAAAACACCT  746

seq1  TTCTGATCACTTACAAACCCTTGATTTATAATAATTTGTTTTCTAAAATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATCACTTACAAACCCTTGATTTATAATAATTTGTTTTCTAAAATT  796

seq1  TATTACCCCGAATTCTCAATTTCCTGGCATCTTTAAACAAATAGCATTAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACCCCGAATTCTCAATTTCCTGGCATCTTTAAACAAATAGCATTAT  846

seq1  TTTGTTATTATTTTCGAGACTTCCATGATTTTGCTTTTAATCTCAAAAGC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTATTATTTTCGAGACTTCCATGATTTTGCTTTTAATCTCAAAAGC  896

seq1  ATCTTTTTCATATTGTTTGGGTTGTTTTTGTATATATTGTTCCTTGTAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTCATATTGTTTGGGTTGTTTTTGTATATATTGTTCCTTGTAAG  946

seq1  ATGCAGTGAATGTATTTGAAATTATGACATGCAGGAGAAAAATATATACA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCAGTGAATGTATTTGAAATTATGACATGCAGGAGAAAAATATATACA  996

seq1  ATGATTTTGCTCTTACAAAGAGACTAAAGAACATAGCTACATCAGAATAA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTGCTCTTACAAAGAGACTAAAGAACATAGCTACATCAGAATAA  1046

seq1  AATGTAAATTACCAGTGAGAATAAAAGCTCCTTTAGAGATGCCAATAAAG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATTACCAGTGAGAATAAAAGCTCCTTTAGAGATGCCAATAAAG  1096

seq1  GAATGAAGATTTCTCTCATCACTGCGAAATCGAAAGAGAATTC  1141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGAAGATTTCTCTCATCACTGCGAAATCGAAAGAGAATTC  1139


seq1: chr8_64736012_64736836
seq2: B6Ng01-253A22.g_64_889

seq1  GAATTCTCATGTTTGATCCCTCACCTGTGAGAGCCTCTTGACTATTTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGTTTGATCCCTCACCTGTGAGAGCCTCTTGACTATTTAAG  50

seq1  CCTATGTGATTTCTCAGTACTTTCTCATTTAAGAAGTTTCTCATTCTTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGATTTCTCAGTACTTTCTCATTTAAGAAGTTTCTCATTCTTGC  100

seq1  AGCTATTAAAACTATTTACTTTTTGGAAAGTGCTGGTAGGTTTTGTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTAAAACTATTTACTTTTTGGAAAGTGCTGGTAGGTTTTGTTTGT  150

seq1  TTGTTTGTTTAACAAAACTCAGGTCTTTTTTGCTCTGAGTCCCATTAGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGTTTAACAAAACTCAGGTCTTTTTTGCTCTGAGTCCCATTAGAA  200

seq1  GAGAAGAAAAGAAAAAGAGCCAGCAGCTTAAATTCTTTCTCTCTACTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGAAAAGAAAAAGAGCCAGCAGCTTAAATTCTTTCTCTCTACTGTT  250

seq1  CCAGCTTCAGGATTCAGTCAAGGACTGACAAGTCTCAGTAGCCTTTTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTTCAGGATTCAGTCAAGGACTGACAAGTCTCAGTAGCCTTTTCTG  300

seq1  CTCAGCTATTACCTGGTGACAGGCACTGCATTAAGAAATATTACCCTCTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGCTATTACCTGGTGACAGGCACTGCATTAAGAAATATTACCCTCTA  350

seq1  AAGGAGATTGTTCAGTGTGTAAAGGGGTCCTGACCATTTGTTGAGTATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGATTGTTCAGTGTGTAAAGGGGTCCTGACCATTTGTTGAGTATGA  400

seq1  ACATGCACATACACTCACACATGTGCATGTATGTGCATATATATGTATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCACATACACTCACACATGTGCATGTATGTGCATATATATGTATAT  450

seq1  GCATACACATGAGCATGTGCACACACATACACATATTATTACAATACGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATACACATGAGCATGTGCACACACATACACATATTATTACAATACGTC  500

seq1  TTAGTCATGAAAATGAACAATCAGGCTACTGGGAGTAAAAAAATACTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTCATGAAAATGAACAATCAGGCTACTGGGAGTAAAAAAATACTTTA  550

seq1  CATCTATCCTCCTACTAAACGTTCTGTATTTGAGTTCTTTTAGACCAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTATCCTCCTACTAAACGTTCTGTATTTGAGTTCTTTTAGACCAGAT  600

seq1  AAAGGGAAAAGAAGTGAAGGGGTAAAGTTGAAGCAGTATGCCCAACATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGAAAAGAAGTGAAGGGGTAAAGTTGAAGCAGTATGCCCAACATAA  650

seq1  AAGGAGTCAGCCGCCCAGGTATGGTAGATGGCACACACCTTTAAGCCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAGTCAGCCGCCCAGGTATGGTAGATGGCACACACCTTTAAGCCCTC  700

seq1  CACCAGAGACAAAGGCAAATGGTCTCTATTGGTTCAGTCAGCATGTTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCAGAGACAAAGGCAAATGGTCTCTATTGGTTCAGTCAGCATGTTCTA  750

seq1  CATAGCAACTTAGCAACTTCCCAGTCAGTTATAGCTACACCATGAAACCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGCAACTTAGCAACTTCCCAGTCAGTTATAGCTACACCATGAAACCT  800

seq1  TTTCTGGAGAGAGA-GGGGGGAGGGG  825
      |||||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTCTGGAGAGAGAGGGGGGGAGGGG  826


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |