BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260B17
Chromosome8 (Build37)
Map Location 127,947,162 - 128,096,696
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSipa1l2
Upstream genePgbd5, Cog2, Agt, Capn9, 2310022B05Rik, Ttc13, Arv1, 2310031A18Rik, LOC668444, Trim67, 2810004N23Rik, Gnpat, Exoc8, Gm505, Egln1, Tsnax, Disc1
Downstream gene4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik, BC021891, Kcnk1, Slc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260B17.bB6Ng01-260B17.g
ACCGA065112GA065113
length1,146959
definitionB6Ng01-260B17.b B6Ng01-260B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,947,162 - 127,948,297)(128,095,741 - 128,096,696)
sequence
gaattctcctgtgaacaggaagatctctctgaccttgaggatctcaggga
cccttctaaggcttgaaatacggggttgtgtgagtacagcatgcatagag
tgctggcatatgtttgaataggtgtgtgttctcttgtctctgaatgtgta
aagacacagccaggtattaaatagtgtcacataccacggtgaggtaacat
ttcatgtgtcctacttagaagtcgggtggtagtgtctgacacaatggatc
aaccacagatgccatcatttcagactgacaggaatgatccatgctttgaa
tttaagaacagtggtggtgacagcagccagctggggcctctcactagaaa
ctgcacgaagctcagaggtcccagcaatgccagcagcaatagccacaagc
aagtaagactcaggacctcctaccacaggcattatgaacttggcattcac
tgtttccaggaagttggattggaaagaaaaggaaaaaggagcagcccagc
cgcttgggactgaactctgacccagaactcaggctggccagcaacgctgc
acagtaggcagaaagcaccttgtggttacagagcatcaccctgcccctgg
actgagtgcgtgcatgaatttgcggctgggaaaggggggatgtgatctgc
cagcgagtactgaggaggccctcccttctcacagggactgattaacgggg
aggagcagtacccaggcgcactgggagctctgtctcctgctggctgctgt
gcaggcctcttaatgaggtgacctgcctgttcggttgatgtagggtcaca
tactaccagttaattaaaaagggtagtggtgctgaggctgccaggagcac
atgatggaaagtcactgcagccacacagcgctaaaggcgcagaagctcat
ggtgccctggcccatccagtgactcgtcacatcaggtttgccaactgcac
agcccccacctaacacctgccacggcatgcagtcctttaactgacctact
ccgacactctgacacatgacagagatcctgtacccacctcagcccaacag
gagcctgcattacccatgttagcactttgaatccctcagctgcaggcaca
tgggtgccagtaacccttgcacactttaatggaggcgatgttactt
gaattcaaggccagtgtggtctacacagcaaggtcaggacagccagaagc
gcatagagatacctagtttcaaaacaacaataacaacaaaaagcaaccaa
ccaaccaatcaaccaaaaaaacccaaatgatgcaggacctggcatttgct
attgtactcacatggccacaccctgttgtgagaggcttctactgtggaag
ataggggaagaagcatagccataggctggacacatgtgcgacaaacccca
accccaagcaaacaggactagcagaagacagtggcatccatgtgtgcatt
gcataagcagagacgccgtgccaggccagagggcatggctgcttcccagg
caggccccgtgccacctcttgttggcactgtctctctatcacctcctgtt
ttaggtggttttttttttttttttcttttttctggagctaaaggtagaac
tctgagctttacacatgtcaggcaagtgcacttcagccaagctacaccac
tggcattccttcctgtcccatctgctctcaaactgccccttgtcctgaag
cctcgtatggtgaccaacgacatcaggccctggactatgtataaaaccaa
cacctgtttgttgcaaattacgactattcatttggtataaaaagaaaggc
tttatcggaaaggctggagtaaaaagggaaaggaggaaataaaggtggca
ccctatatcttcactaagttagccactgaactttaatgctctgtaagtat
cctcgtaggtcaaatcttggggcttgtttaaggaaaccaaactggcttta
ctaagctaaaaggtaaacagatgcaagcagcaggcagattgggctggtac
ctctttgaacgatctctctctctcaagatttatttatttaatgtatgagt
gttctatctgcatgtacaccatcatgccagagagggtattagatccttat
tacagatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_127947162_127948297
seq2: B6Ng01-260B17.b_47_1192

seq1  GAATTCTCCTGTGAACAGGAAGATCTCTCTGACCTTGAGGATCTCAGGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCTGTGAACAGGAAGATCTCTCTGACCTTGAGGATCTCAGGGA  50

seq1  CCCTTCTAAGGCTTGAAATACGGGGTTGTGTGAGTACAGCATGCATAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTAAGGCTTGAAATACGGGGTTGTGTGAGTACAGCATGCATAGAG  100

seq1  TGCTGGCATATGTTTGAATAGGTGTGTGTTCTCTTGTCTCTGAATGTGTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGCATATGTTTGAATAGGTGTGTGTTCTCTTGTCTCTGAATGTGTA  150

seq1  AAGACACAGCCAGGTATTAAATAGTGTCACATACCACGGTGAGGTAACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACACAGCCAGGTATTAAATAGTGTCACATACCACGGTGAGGTAACAT  200

seq1  TTCATGTGTCCTACTTAGAAGTCGGGTGGTAGTGTCTGACACAATGGATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTGTCCTACTTAGAAGTCGGGTGGTAGTGTCTGACACAATGGATC  250

seq1  AACCACAGATGCCATCATTTCAGACTGACAGGAATGATCCATGCTTTGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGATGCCATCATTTCAGACTGACAGGAATGATCCATGCTTTGAA  300

seq1  TTTAAGAACAGTGGTGGTGACAGCAGCCAGCTGGGGCCTCTCACTAGAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAGAACAGTGGTGGTGACAGCAGCCAGCTGGGGCCTCTCACTAGAAA  350

seq1  CTGCACGAAGCTCAGAGGTCCCAGCAATGCCAGCAGCAATAGCCACAAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACGAAGCTCAGAGGTCCCAGCAATGCCAGCAGCAATAGCCACAAGC  400

seq1  AAGTAAGACTCAGGACCTCCTACCACAGGCATTATGAACTTGGCATTCAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGACTCAGGACCTCCTACCACAGGCATTATGAACTTGGCATTCAC  450

seq1  TGTTTCCAGGAAGTTGGATTGGAAAGAAAAGGAAAAAGGAGCAGCCCAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCAGGAAGTTGGATTGGAAAGAAAAGGAAAAAGGAGCAGCCCAGC  500

seq1  CGCTTGGGACTGAACTCTGACCCAGAACTCAGGCTGGCCAGCAACGCTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGCTTGGGACTGAACTCTGACCCAGAACTCAGGCTGGCCAGCAACGCTGC  550

seq1  ACAGTAGGCAGAAAGCACCTTGTGGTTACAGAGCATCACCCTGCCCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAGGCAGAAAGCACCTTGTGGTTACAGAGCATCACCCTGCCCCTGG  600

seq1  ACTGAGTGCGTGCATGAATTTGCGGCTGGGAAAGGGGGGATGTGATCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTGCGTGCATGAATTTGCGGCTGGGAAAGGGGGGATGTGATCTGC  650

seq1  CAGCGAGTACTGAGGAGGCCCTCCCTTCTCACAGGGACTGATTAACGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGAGTACTGAGGAGGCCCTCCCTTCTCACAGGGACTGATTAACGGGG  700

seq1  AGGAGCAGTACCCAGGCGCACTGGGAGCTCTGTCTCCTGCTGGCTGCTGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCAGTACCCAGGCGCACTGGGAGCTCTGTCTCCTGCTGGCTGCTGT  750

seq1  GCAGGCCTCTTAATGAGGTGACCTGCCTGTTCGGTTGATGTAGGGTCACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCCTCTTAATGAGGTGACCTGCCTGTTCGGTTGATGTAGGGTCACA  800

seq1  TACTACCAGTTAATTAAAAAGGGTAGTGGTGCTGAGGCTGCCAGGAGCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTACCAGTTAATTAAAAAGGGTAGTGGTGCTGAGGCTGCCAGGAGCAC  850

seq1  ATGATGGAAAGTCACTGCAGCCACACAGCGCTAAAGGCGCAGAAGCTCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGGAAAGTCACTGCAGCCACACAGCGCTAAAGGCGCAGAAGCTCAT  900

seq1  GGTGCCCTGGGCCCATCCAGTGACTCGTCACATCAGGGTTTGCCAACTGC  950
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GGTGCCCT-GGCCCATCCAGTGACTCGTCACATCA-GGTTTGCCAACTGC  948

seq1  ACAGCCCCCACCTAACACCTGCCACGGGCATGCAGGTCCTTTAACTGACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||
seq2  ACAGCCCCCACCTAACACCTGCCAC-GGCATGCA-GTCCTTTAACTGACC  996

seq1  TACTCCGACACTCTGACACATGACAGAGATCCTGTACCCA-CTCAGCCCA  1049
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TACTCCGACACTCTGACACATGACAGAGATCCTGTACCCACCTCAGCCCA  1046

seq1  ACAGGGAGCTGCATTACCCATG-TAGCAC-TTGA--TCCTCAGCTGCAGG  1095
      |||||   |||||||||||||| |||||| ||||   |||||||||||||
seq2  ACAGGAGCCTGCATTACCCATGTTAGCACTTTGAATCCCTCAGCTGCAGG  1096

seq1  CACAT-GGTG-CAGTAACC--TG--CACCTTAATG--AGCGATG-TACTT  1136
      ||||| |||| ||||||||  ||  ||| ||||||   |||||| |||||
seq2  CACATGGGTGCCAGTAACCCTTGCACACTTTAATGGAGGCGATGTTACTT  1146

seq1: chr8_128095741_128096696
seq2: B6Ng01-260B17.g_65_1023 (reverse)

seq1  CCATCTGTAAT-AGGATCTAATACCCTCTCTGGCATGATGGTGTACATGC  49
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTGTAATAAGGATCTAATACCCTCTCTGGCATGATGGTGTACATGC  50

seq1  AGATAGAACACTCATACATTAAATAAATAAATCTTGAGAGAGAGAGATCG  99
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGAACACTCATACATTAAATAAATAAATCTTGAGAGAGAGAGATCG  100

seq1  TTCAAAGAGGTACCAG-CCAATCTGCCTGCTGCTTGCATCTGTTTACCTT  148
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAGGTACCAGCCCAATCTGCCTGCTGCTTGCATCTGTTTACCTT  150

seq1  TTAGCTTAGTAAAGCCAGTTTGGTTTCCTT-AACAAGCCCCAAGATTTGA  197
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTAGTAAAGCCAGTTTGGTTTCCTTAAACAAGCCCCAAGATTTGA  200

seq1  CCTACGAGGATACTTACAGAGCATTAAAGTTCAGTGGCTAACTTAGTGAA  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACGAGGATACTTACAGAGCATTAAAGTTCAGTGGCTAACTTAGTGAA  250

seq1  GATATAGGGTGCCACCTTTATTTCCTCCTTTCCCTTTTTACTCCAGCCTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATAGGGTGCCACCTTTATTTCCTCCTTTCCCTTTTTACTCCAGCCTT  300

seq1  TCCGATAAAGCCTTTCTTTTTATACCAAATGAATAGTCGTAATTTGCAAC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGATAAAGCCTTTCTTTTTATACCAAATGAATAGTCGTAATTTGCAAC  350

seq1  AAACAGGTGTTGGTTTTATACATAGTCCAGGGCCTGATGTCGTTGGTCAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAGGTGTTGGTTTTATACATAGTCCAGGGCCTGATGTCGTTGGTCAC  400

seq1  CATACGAGGCTTCAGGACAAGGGGCAGTTTGAGAGCAGATGGGACAGGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACGAGGCTTCAGGACAAGGGGCAGTTTGAGAGCAGATGGGACAGGAA  450

seq1  GGAATGCCAGTGGTGTAGCTTGGCTGAAGTGCACTTGCCTGACATGTGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGCCAGTGGTGTAGCTTGGCTGAAGTGCACTTGCCTGACATGTGTA  500

seq1  AAGCTCAGAGTTCTACCTTTAGCTCCAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTCAGAGTTCTACCTTTAGCTCCAGAAAAAAGAAAAAAAAAAAAAAA  550

seq1  ACCACCTAAAACAGGAGGTGATAGAGAGACAGTGCCAACAAGAGGTGGCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCTAAAACAGGAGGTGATAGAGAGACAGTGCCAACAAGAGGTGGCA  600

seq1  CGGGGCCTGCCTGGGAAGCAGCCATGCCCTCTGGCCTGGCACGGCGTCTC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGCCTGCCTGGGAAGCAGCCATGCCCTCTGGCCTGGCACGGCGTCTC  650

seq1  TGCTTATGCAATGCACACATGGATGCCACTGTCTTCTGCTAGTCCTGTTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTATGCAATGCACACATGGATGCCACTGTCTTCTGCTAGTCCTGTTT  700

seq1  GCTTGGGGTTGGGGTTTGTCGCACATGTGTCCAGCCTATGGCTATGCTTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGGGTTGGGGTTTGTCGCACATGTGTCCAGCCTATGGCTATGCTTC  750

seq1  TTCCCCTATCTTCCACAGTAGAAGCCTCTCACAACAGGGTGTGGCCATGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCCTATCTTCCACAGTAGAAGCCTCTCACAACAGGGTGTGGCCATGT  800

seq1  GAGTACAATAGCAAATGCCAGGTCCTGCATCATTTGGGTTTTTTTGGTTG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACAATAGCAAATGCCAGGTCCTGCATCATTTGGGTTTTTTTGGTTG  850

seq1  ATTGGTTGGTTGGTTGCTTTTTGTTGTTATTGTTGTTTTGAAACTAGGTA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGTTGGTTGGTTGCTTTTTGTTGTTATTGTTGTTTTGAAACTAGGTA  900

seq1  TCTCTATGCGCTTCTGGCTGTCCTGACCTTGCTGTGTAGACCACACTGGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATGCGCTTCTGGCTGTCCTGACCTTGCTGTGTAGACCACACTGGC  950

seq1  CTTGAATTC  956
      |||||||||
seq2  CTTGAATTC  959