BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260M02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 84,121,325 - 84,241,756
singlet/doubletdoublet
Overlap geneInpp4b
Upstream geneFrem3, Smarca5, Gab1, LOC666237, LOC100039496, LOC234501, LOC100039518, Usp38, EG70793, LOC236010, LOC384852
Downstream geneLOC671182, Il15, EG666564
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260M02.bB6Ng01-260M02.g
ACCGA065599GA065600
length9951,056
definitionB6Ng01-260M02.b B6Ng01-260M02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(84,240,767 - 84,241,756)(84,121,325 - 84,122,409)
sequence
gaattcatctataaaaacccatggcctttcatacagaagtgataaacttt
ctcttggtaaagtgtgaatgagctatagatctccgagtccttgggacttt
tgtcaccttgtgtaggcaatcccagcatatatattctttaacatatggac
ctaagcctcagctctactcactagccccgctgcaagaagtttgcttgatc
tggggattaagggtaggcttaagttatgagaattttaaaattaagactaa
gcattttgggtggaaagaaatgagtcaggttagttaagatgcaaacagta
atttggtggttttcctgtgttgatttgactttaaaaaccaacattgctaa
tgctgttattaaacattatttattaagctcttatttcagagatccttatt
gtcacctaacactagctcttcacttccaaatatactgagtacttgaagca
actagccatataatctaggcaagaacactctgtgctaggtgaagctaaac
cgcccatgtgaggagattccctggcttcagttgtctgggttttgggaaac
tacctgtgctggtttagtatccataaacataaaatgggcctccattccta
aaagcatgcttggctcagctgtaaaggaatatgttaaaacagatcccaag
aaaatctaatgaaactactctcactacaatcctataaatagatttgggaa
atattaagataagtagaacataaacgtacaatattaaacattaagttcgt
gtctgcacatacatatctgccaatgtgtgtgtgtgtgtagtgtgtgtgta
gtgtgttcgagtgatgtgttcttaaaaattaatttgtttatttttattgt
atgtacattggtgatttgattgcatgtatgtctgtgtgagggtaccagat
ccctctgggaacggaagttacaggctacagacagttatgggctgccatgt
gttagctggaaattgaactcaggtctctcctgaagagcagccaga

gaattctaggtcttttagggtgaatgcattgagctaggaagaagagcact
tcttaagcccaaggtaaagagcaactacaggttaagtcatgagggtaaag
gtctgatgagggacttgtttgaggaagctggggtccaaggtgtgaggagg
tgatgagatgtaatacacagaatgtcagcctgaaatgaaagggcagggga
ggaaaagtcattacaactaggccgtgcatgatgaaatcattctttggatg
gtaaaactgatgattagtttgtctgaggtccacagagtcatttggttagc
atgcatatgtgctgagatgagttagattgtttgcacttgttaatgccttt
gtttccttcatcttttaattgctgtttgaaattgctagctcacatggagc
cttctggttgatagaattgctatgaagttccaaactagctcgaaggctga
ctcacagagcttgaagtttcctgaaccctcaccctactcagaagaactga
attttcttcatttccactgtgtgttttaactttctctttcaaattaaatt
cttttgagatatgttattcctactactttccaatgaaaaacagcaataat
atatcacttgattattccttataatgtgttaaaaattttcagtggctaca
aaaacaagtctaatgagaggtccgagttggttttcaaatgaatgtttgtg
gaataaaagggggaaatgaggacgttcctgggaagtggtggctcagcagg
agaatgtattaataacactgttcaaagtcagttcattatgtgataggaaa
caaaacacataagcagcaaaattggatttcttcattgtttcacagacact
gaaaaatgatgtggcttttaaaatacatattttgattttctctaggaaga
aacaagctggttagctttcttaattttttttttctaaaattctgtgggtc
tctctctctctttctttctcgtctctctttcctctctcctctttctctct
ccctctcttctcctcccccttctcatcgtcttccttcccctccctcctcc
ctccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_84240767_84241756
seq2: B6Ng01-260M02.b_45_1038 (reverse)

seq1  CTGGCTGCTCTTCCAGAG-GACCTGAGTTCAATTTCCAGCAAACACATGG  49
      |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTGGCTGCTCTTCAGGAGAGACCTGAGTTCAATTTCCAGCTAACACATGG  50

seq1  CAGCCCATAACTGTCTGTAGCCTGTAACTACCGTT-CCAGA-GGATCTGG  97
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||
seq2  CAGCCCATAACTGTCTGTAGCCTGTAACTTCCGTTCCCAGAGGGATCTGG  100

seq1  TACCCTCACACAGACATACATGCAATCAAATCACCAATGTACATACAATA  147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCTCACACAGACATACATGCAATCAAATCACCAATGTACATACAATA  150

seq1  AAAATAAACAAATT-ATTTTTAAGAACACATCACTCGAACACACTACACA  196
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAAACAAATTAATTTTTAAGAACACATCACTCGAACACACTACACA  200

seq1  CACACTACACACACACACACATTGGCAGATATGTATGTGCAGACACGAAC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTACACACACACACACATTGGCAGATATGTATGTGCAGACACGAAC  250

seq1  TTAATGTTTAATATTGTACGTTTATGTTCTACTTATCTTAATATTTCCCA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTTTAATATTGTACGTTTATGTTCTACTTATCTTAATATTTCCCA  300

seq1  AATCTATTTATAGGATTGTAGTGAGAGTAGTTTCATTAGATTTTCTTGGG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTATTTATAGGATTGTAGTGAGAGTAGTTTCATTAGATTTTCTTGGG  350

seq1  ATCTGTTTTAACATATTCCTTTACAGCTGAGCCAAGCATGCTTTTAGGAA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTTTTAACATATTCCTTTACAGCTGAGCCAAGCATGCTTTTAGGAA  400

seq1  TGGAGGCCCATTTTATGTTTATGGATACTAAACCAGCACAGGTAGTTTCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGGCCCATTTTATGTTTATGGATACTAAACCAGCACAGGTAGTTTCC  450

seq1  CAAAACCCAGACAACTGAAGCCAGGGAATCTCCTCACATGGGCGGTTTAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCCAGACAACTGAAGCCAGGGAATCTCCTCACATGGGCGGTTTAG  500

seq1  CTTCACCTAGCACAGAGTGTTCTTGCCTAGATTATATGGCTAGTTGCTTC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCTAGCACAGAGTGTTCTTGCCTAGATTATATGGCTAGTTGCTTC  550

seq1  AAGTACTCAGTATATTTGGAAGTGAAGAGCTAGTGTTAGGTGACAATAAG  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACTCAGTATATTTGGAAGTGAAGAGCTAGTGTTAGGTGACAATAAG  600

seq1  GATCTCTGAAATAAGAGCTTAATAAATAATGTTTAATAACAGCATTAGCA  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCTGAAATAAGAGCTTAATAAATAATGTTTAATAACAGCATTAGCA  650

seq1  ATGTTGGTTTTTAAAGTCAAATCAACACAGGAAAACCACCAAATTACTGT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGTTTTTAAAGTCAAATCAACACAGGAAAACCACCAAATTACTGT  700

seq1  TTGCATCTTAACTAACCTGACTCATTTCTTTCCACCCAAAATGCTTAGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATCTTAACTAACCTGACTCATTTCTTTCCACCCAAAATGCTTAGTC  750

seq1  TTAATTTTAAAATTCTCATAACTTAAGCCTACCCTTAATCCCCAGATCAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTTAAAATTCTCATAACTTAAGCCTACCCTTAATCCCCAGATCAA  800

seq1  GCAAACTTCTTGCAGCGGGGCTAGTGAGTAGAGCTGAGGCTTAGGTCCAT  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTCTTGCAGCGGGGCTAGTGAGTAGAGCTGAGGCTTAGGTCCAT  850

seq1  ATGTTAAAGAATATATATGCTGGGATTGCCTACACAAGGTGACAAAAGTC  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAAAGAATATATATGCTGGGATTGCCTACACAAGGTGACAAAAGTC  900

seq1  CCAAGGACTCGGAGATCTATAGCTCATTCACACTTTACCAAGAGAAAGTT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGGACTCGGAGATCTATAGCTCATTCACACTTTACCAAGAGAAAGTT  950

seq1  TATCACTTCTGTATGAAAGGCCATGGGTTTTTATAGATGAATTC  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACTTCTGTATGAAAGGCCATGGGTTTTTATAGATGAATTC  994


seq1: chr8_84121325_84122409
seq2: B6Ng01-260M02.g_65_1120

seq1  GAATTCTAGGTCTTTTAGGGTGAATGCATTGAGCTAGGAAGAAGAGCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAGGTCTTTTAGGGTGAATGCATTGAGCTAGGAAGAAGAGCACT  50

seq1  TCTTAAGCCCAAGGTAAAGAGCAACTACAGGTTAAGTCATGAGGGTAAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAAGCCCAAGGTAAAGAGCAACTACAGGTTAAGTCATGAGGGTAAAG  100

seq1  GTCTGATGAGGGACTTGTTTGAGGAAGCTGGGGTCCAAGGTGTGAGGAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGATGAGGGACTTGTTTGAGGAAGCTGGGGTCCAAGGTGTGAGGAGG  150

seq1  TGATGAGATGTAATACACAGAATGTCAGCCTGAAATGAAAGGGCAGGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGATGTAATACACAGAATGTCAGCCTGAAATGAAAGGGCAGGGGA  200

seq1  GGAAAAGTCATTACAACTAGGCCGTGCATGATGAAATCATTCTTTGGATG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGTCATTACAACTAGGCCGTGCATGATGAAATCATTCTTTGGATG  250

seq1  GTAAAACTGATGATTAGTTTGTCTGAGGTCCACAGAGTCATTTGGTTAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAACTGATGATTAGTTTGTCTGAGGTCCACAGAGTCATTTGGTTAGC  300

seq1  ATGCATATGTGCTGAGATGAGTTAGATTGTTTGCACTTGTTAATGCCTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATATGTGCTGAGATGAGTTAGATTGTTTGCACTTGTTAATGCCTTT  350

seq1  GTTTCCTTCATCTTTTAATTGCTGTTTGAAATTGCTAGCTCACATGGAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCCTTCATCTTTTAATTGCTGTTTGAAATTGCTAGCTCACATGGAGC  400

seq1  CTTCTGGTTGATAGAATTGCTATGAAGTTCCAAACTAGCTCGAAGGCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGGTTGATAGAATTGCTATGAAGTTCCAAACTAGCTCGAAGGCTGA  450

seq1  CTCACAGAGCTTGAAGTTTCCTGAACCCTCACCCTACTCAGAAGAACTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAGAGCTTGAAGTTTCCTGAACCCTCACCCTACTCAGAAGAACTGA  500

seq1  ATTTTCTTCATTTCCACTGTGTGTTTTAACTTTCTCTTTCAAATTAAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTCATTTCCACTGTGTGTTTTAACTTTCTCTTTCAAATTAAATT  550

seq1  CTTTTGAGATATGTTATTCCTACTACTTTCCAATGAAAAACAGCAATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGAGATATGTTATTCCTACTACTTTCCAATGAAAAACAGCAATAAT  600

seq1  ATATCACTTGATTATTCCTTATAATGTGTTAAAAATTTTCAGTGGCTACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCACTTGATTATTCCTTATAATGTGTTAAAAATTTTCAGTGGCTACA  650

seq1  AAAACAAGTCTAATGAGAGGTCCGAGTTGGTTTTCAAATGAATGTTTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAGTCTAATGAGAGGTCCGAGTTGGTTTTCAAATGAATGTTTGTG  700

seq1  GAATAAAAGGGGGAAATGAGGACGTTCCTGGGAAGTGGTGGCTCAGCAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAAAGGGGGAAATGAGGACGTTCCTGGGAAGTGGTGGCTCAGCAGG  750

seq1  AGAATGTATTAATAACACTGTTCAAAGTCAGTTCATTATGTGATAGGAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTATTAATAACACTGTTCAAAGTCAGTTCATTATGTGATAGGAAA  800

seq1  CAAAACACATAAGCAGCAAAATTGGATTTCTTCATTGTTTCACAGACACT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACACATAAGCAGCAAAATTGGATTTCTTCATTGTTTCACAGACACT  850

seq1  GAAAAATGATGTGGCTTTTAAAATACATATTTTGATTTTCTCTAGGAAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAATGATGTGGCTTTTAAAATACATATTTTGATTTTCTCTAGGAAGA  900

seq1  AACAAGCTGGTTAGCTTTCTTAATTTTTTTTTTCTAAAATTCTTGTGGGT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  AACAAGCTGGTTAGCTTTCTTAATTTTTTTTTTCTAAAATTC-TGTGGGT  949

seq1  CTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTCCTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTCTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||          | ||| || |||   ||| |
seq2  CTCTCTCTCTCTTTCTTTCT----------CGTCTCTCTTTC---CTCTC  986

seq1  TCCTTTCCTTCCTCCTTCCCTCCTCCTTTCCTCCCTCCCCCCTTTCCTCA  1050
      ||||   ||| |||  ||||| ||| | ||||     |||||||  ||||
seq2  TCCT---CTTTCTCTCTCCCT-CTCTTCTCCT-----CCCCCTT--CTCA  1025

seq1  TTCCTTCCTTCCTTCCCCTCCCTCCTTCCCTCCCT  1085
      |  | | |||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  T--CGT-CTTCCTTCCCCTCCCTCC-TCCCTCCAT  1056


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |