BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261N19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 86,439,522 - 86,561,637
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLphn1, Asf1b, Prkaca, Samd1, 1700067K01Rik, 2210011C24Rik, 4432412L15Rik, Il27ra
Upstream geneRnf150, LOC100039688, Tbc1d9, Ucp1, Elmod2, 4933434I20Rik, Clgn, Scoc, LOC546077, LOC675854, Olfr370, Ndufb7, Gpsn2, Dnajb1, Gipc1, Ptger1, Pkn1, Ddx39, Cd97, EG384857
Downstream geneRln3, C330011M18Rik, Rfx1, BC057552, LOC100039920, Podnl1, Cc2d1a, 4930432K21Rik, Nanos3, Zswim4, D8Ertd738e, 2410018C20Rik, Ccdc130, Cacna1a, Ier2, LOC100039975, Btbd14b, Trmt1, LOC100039997, Lyl1, Nfix, Dand5, Gadd45gip1, Rad23a, Calr, LOC546080, Farsa, Syce2, Gcdh, Klf1, Dnase2a, Mast1, Rtbdn, Rnaseh2a, LOC666841, Prdx2, Junb, Hook2, Best2, Asna1, 2310036O22Rik, Tnpo2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261N19.bB6Ng01-261N19.g
ACCGA066427GA066428
length1,1801,092
definitionB6Ng01-261N19.b B6Ng01-261N19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(86,560,474 - 86,561,637)(86,439,522 - 86,440,612)
sequence
gaattcacctgctgggattaaaggtgtgtgtcaccatgcctggctaatga
atcttgaagtcgtcgtcatcatcatcatcatctgggtgttgtggtgtact
cacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacact
aagataaatgtatgtggggctggaaagatggctctgtgattaggagagag
tacattaagagaatgtgagtttaatccaagcatccacatcagcttcctac
tgcttgtaactctacttccagggaatcctctggcttcttggaaaatgaag
tcatgttctcaggcacacacacgtgcacgcacacacacacacacacacac
acacacacacacacacgtaaaatcttgaaaaagatcaatgtttgtgtatg
tgcatgtgtgtattcacatatgtttaggtgtgtgtacatgaggaagccag
aggccctgaccacatgtttcttgagacatgctttctcactttccctggag
ctttcctaccaaggtaggcttgctggccagtgagtcacagagatccacct
atctccacttctactgcactgaggttccaagtatgccatcgtgtctggca
tttaacacgtgtgccgtggattgaacgcaggtccttaggcttgcttacac
agcaaacatttccaatcgagccacctccccagctctagaatcaagcctgc
aaactcaagtgccaagaccaggttgtttggtttggtttggtttggttgtt
atttaaatctggtctgactaccactcaagccaggaacagggcaaaacaag
acacggccaatagggtgcaggatcaaagctgcctttttatgtaaagtttg
gtatcttgcttgctatagatctacttttgttcccttaagacagggttaca
cgtagcccaaggctagtttcaaatttgtgtccaccttatcctgcctctgc
ctgctggatactgagatttatagatatggggctagccacaccaagcttcc
tcttaaaacttcacaccctactgggccaccttcttttcccttcccagccc
tacctttataaggcctgggtaacttcctccaggactcagtgttctacatc
caatagcatgcctgccggctgccctgacctacaggtgctcttgcatcaat
ttaatagttagcaatcacaattgggggttc
gaattctttatgggttgcagcctccaccccagatgaagttggaccaggcc
agagggaacctggtgatgccactcttagcaggcaccactgggggatgttg
accacccagcaggccagggtaccatgtgctgtcttgcttggggaccctga
ggaccaagacatgccttctggggggccacccatttctctgtctttccctc
ccctcattcatcacatctctgagtctcactgggaccaaggcttaattaaa
gcatgcctgctgacgtttatttaaaaacaagtaattacccagctctggcc
tgggatcctgcacacgccacaattagtgccctgagcacgctgcccactgt
cgattacttagttaccatcgcaagtcgggtaccagctgggtgcagagcaa
cagaagctaagatgggggtctgttatccttgccctctccagagaaggtcc
ccctccccatacgtccagtcctgtcctctggaaagtcacagggatgaagg
gacactgtcagccttgttctgaagccttggcaggatcctgctggtcactg
acccagtctccccagtacccaggttccgggagcagcccctgccaggccag
aaggggctgtctccacccccagccccatgtgagccagccttccacccccg
gcctccctccctgactagggaagctaaaattagaggaagcagatggcacg
gcaagcacgcatgggaaactttctctcaactgggggctctgctcatcccc
aaaacccaagggtcctctgctctaaccctggggactgtcaacatttagtg
gaccctgtgtctaaagagggcggcttggcccggctgccccagtacagaca
cctttcatagcacttggcttgccccagctgttacacatacacacacacat
acacacacacacacacacacacacacatctgtagcttcccacccctcctg
tacccctttgtggctgggtgtaaagtgaccaaggtgcttgccagggcaac
tatggatctgagaaaataccataacaaaccaaaccaaaaacatgagcatc
tgtctgcccttaacagtagaataaccctctggaggagaagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_86560474_86561637
seq2: B6Ng01-261N19.b_49_1228 (reverse)

seq1  GAACCCCCATTTTGTGGATTGCCTACTATTAA--TGATGGCAAGA-CACC  47
      |||||||||  |||| ||||||  ||||||||  |||| |||||| ||||
seq2  GAACCCCCA-ATTGT-GATTGCTAACTATTAAATTGAT-GCAAGAGCACC  47

seq1  TGTTAAGTCA-GGCAGCCCGGCA-GCATGCTA-TGGATGTAG-ACACTGA  93
      || || |||| ||||| |||||| |||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TG-TAGGTCAGGGCAG-CCGGCAGGCATGCTATTGGATGTAGAACACTGA  95

seq1  GTCTTGGA-GAAGTTTACCGGGCTTTATAAA-GTAGGGCTGGGAAGGG-A  140
      ||| |||| ||||||  || ||| ||||||| |||||||||||||||| |
seq2  GTCCTGGAGGAAGTTACCCAGGCCTTATAAAGGTAGGGCTGGGAAGGGAA  145

seq1  AAGGAGGTGGCCCAGT-GGGTGTGAAG-TTTAAGGAGAAGCCTGGTGT-G  187
      ||| |||||||||||| |||||||||| ||||||  ||||| |||||| |
seq2  AAGAAGGTGGCCCAGTAGGGTGTGAAGTTTTAAGAGGAAGCTTGGTGTGG  195

seq1  CTAG-CCCATATCTAT-AATCTCAGTATCCAGCAGGCAGAGGCAGGATAA  235
      |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCCATATCTATAAATCTCAGTATCCAGCAGGCAGAGGCAGGATAA  245

seq1  -GTTGACACAAATTTGAAACTAGCC-TGGGCTACGTGTAACCCTGTCTTA  283
       || ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGACACAAATTTGAAACTAGCCTTGGGCTACGTGTAACCCTGTCTTA  295

seq1  A-GGAACAAAAGTAGATCTATAGCAAGCAAGATACC-AACTTTACAT-AA  330
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AGGGAACAAAAGTAGATCTATAGCAAGCAAGATACCAAACTTTACATAAA  345

seq1  AAGGCAGCTTTGATCCTGCA-CCTATTGGCCGTGTCTTGTTTTGCCCTGT  379
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCAGCTTTGATCCTGCACCCTATTGGCCGTGTCTTGTTTTGCCCTGT  395

seq1  TCCTGGCTTGAGTGGTAGTCAGACCAGATTTAAATAACAACCAAACCAAA  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGCTTGAGTGGTAGTCAGACCAGATTTAAATAACAACCAAACCAAA  445

seq1  CCAAACCAAACAACCTGGTCTTGGCACTTGAGTTTGCAGGCTTGATTCTA  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCAAACAACCTGGTCTTGGCACTTGAGTTTGCAGGCTTGATTCTA  495

seq1  GAGCTGGGGAGGTGGCTCGATTGGAAATGTTTGCTGTGTAAGCAAGCCTA  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGGGGAGGTGGCTCGATTGGAAATGTTTGCTGTGTAAGCAAGCCTA  545

seq1  AGGACCTGCGTTCAATCCACGGCACACGTGTTAAATGCCAGACACGATGG  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACCTGCGTTCAATCCACGGCACACGTGTTAAATGCCAGACACGATGG  595

seq1  CATACTTGGAACCTCAGTGCAGTAGAAGTGGAGATAGGTGGATCTCTGTG  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACTTGGAACCTCAGTGCAGTAGAAGTGGAGATAGGTGGATCTCTGTG  645

seq1  ACTCACTGGCCAGCAAGCCTACCTTGGTAGGAAAGCTCCAGGGAAAGTGA  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTGGCCAGCAAGCCTACCTTGGTAGGAAAGCTCCAGGGAAAGTGA  695

seq1  GAAAGCATGTCTCAAGAAACATGTGGTCAGGGCCTCTGGCTTCCTCATGT  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCATGTCTCAAGAAACATGTGGTCAGGGCCTCTGGCTTCCTCATGT  745

seq1  ACACACACCTAAACATATGTGAATACACACATGCACATACACAAACATTG  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACCTAAACATATGTGAATACACACATGCACATACACAAACATTG  795

seq1  ATCTTTTTCAAGATTTTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTTTTCAAGATTTTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  845

seq1  TGTGTGCGTGCACGTGTGTGTGCCTGAGAACATGACTTCATTTTCCAAGA  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCGTGCACGTGTGTGTGCCTGAGAACATGACTTCATTTTCCAAGA  895

seq1  AGCCAGAGGATTCCCTGGAAGTAGAGTTACAAGCAGTAGGAAGCTGATGT  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGAGGATTCCCTGGAAGTAGAGTTACAAGCAGTAGGAAGCTGATGT  945

seq1  GGATGCTTGGATTAAACTCACATTCTCTTAATGTACTCTCTCCTAATCAC  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGCTTGGATTAAACTCACATTCTCTTAATGTACTCTCTCCTAATCAC  995

seq1  AGAGCCATCTTTCCAGCCCCACATACATTTATCTTAGTGTGTGTGTGTGT  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCATCTTTCCAGCCCCACATACATTTATCTTAGTGTGTGTGTGTGT  1045

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTACACCACAACAC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTACACCACAACAC  1095

seq1  CCAGATGATGATGATGATGACGACGACTTCAAGATTCATTAGCCAGGCAT  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATGATGATGATGATGACGACGACTTCAAGATTCATTAGCCAGGCAT  1145

seq1  GGTGACACACACCTTTAATCCCAGCAGGTGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACACACACCTTTAATCCCAGCAGGTGAATTC  1180

seq1: chr8_86439522_86440612
seq2: B6Ng01-261N19.g_72_1163

seq1  GAATTCTTTATGGGTTGCAGCCTCCACCCCAGATGAAGTTGGACCAGGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATGGGTTGCAGCCTCCACCCCAGATGAAGTTGGACCAGGCC  50

seq1  AGAGGGAACCTGGTGATGCCACTCTTAGCAGGCACCACTGGGGGATGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAACCTGGTGATGCCACTCTTAGCAGGCACCACTGGGGGATGTTG  100

seq1  ACCACCCAGCAGGCCAGGGTACCATGTGCTGTCTTGCTTGGGGACCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACCCAGCAGGCCAGGGTACCATGTGCTGTCTTGCTTGGGGACCCTGA  150

seq1  GGACCAAGACATGCCTTCTGGGGGGCCACCCATTTCTCTGTCTTTCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCAAGACATGCCTTCTGGGGGGCCACCCATTTCTCTGTCTTTCCCTC  200

seq1  CCCTCATTCATCACATCTCTGAGTCTCACTGGGACCAAGGCTTAATTAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCATTCATCACATCTCTGAGTCTCACTGGGACCAAGGCTTAATTAAA  250

seq1  GCATGCCTGCTGACGTTTATTTAAAAACAAGTAATTACCCAGCTCTGGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGCCTGCTGACGTTTATTTAAAAACAAGTAATTACCCAGCTCTGGCC  300

seq1  TGGGATCCTGCACACGCCACAATTAGTGCCCTGAGCACGCTGCCCACTGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCCTGCACACGCCACAATTAGTGCCCTGAGCACGCTGCCCACTGT  350

seq1  CGATTACTTAGTTACCATCGCAAGTCGGGTACCAGCTGGGTGCAGAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGATTACTTAGTTACCATCGCAAGTCGGGTACCAGCTGGGTGCAGAGCAA  400

seq1  CAGAAGCTAAGATGGGGGTCTGTTATCCTTGCCCTCTCCAGAGAAGGTCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTAAGATGGGGGTCTGTTATCCTTGCCCTCTCCAGAGAAGGTCC  450

seq1  CCCTCCCCATACGTCCAGTCCTGTCCTCTGGAAAGTCACAGGGATGAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCCCCATACGTCCAGTCCTGTCCTCTGGAAAGTCACAGGGATGAAGG  500

seq1  GACACTGTCAGCCTTGTTCTGAAGCCTTGGCAGGATCCTGCTGGTCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTGTCAGCCTTGTTCTGAAGCCTTGGCAGGATCCTGCTGGTCACTG  550

seq1  ACCCAGTCTCCCCAGTACCCAGGTTCCGGGAGCAGCCCCTGCCAGGCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGTCTCCCCAGTACCCAGGTTCCGGGAGCAGCCCCTGCCAGGCCAG  600

seq1  AAGGGGCTGTCTCCACCCCCAGCCCCATGTGAGCCAGCCTTCCACCCCCG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGGCTGTCTCCACCCCCAGCCCCATGTGAGCCAGCCTTCCACCCCCG  650

seq1  GCCTCCCTCCCTGACTAGGGAAGCTAAAATTAGAGGAAGCAGATGGCACG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCCCTCCCTGACTAGGGAAGCTAAAATTAGAGGAAGCAGATGGCACG  700

seq1  GCAAGCACGCATGGGAAACTTTCTCTCAACT-GGGGCTCTGCTCATCCCC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCACGCATGGGAAACTTTCTCTCAACTGGGGGCTCTGCTCATCCCC  750

seq1  AAAACCCAAGGGTCCTCTGCTCTAACCCTGGGGACTGTCAACATTTAGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCCAAGGGTCCTCTGCTCTAACCCTGGGGACTGTCAACATTTAGTG  800

seq1  GACCCTGTGTCTAAAGAGGGCGGCTTGGCCCGGCTGCCCCAGTACAGACA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCCTGTGTCTAAAGAGGGCGGCTTGGCCCGGCTGCCCCAGTACAGACA  850

seq1  CCTTTCATAGCACTTGGCTTGCCCCAGCTGTTACACATACACACACACAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCATAGCACTTGGCTTGCCCCAGCTGTTACACATACACACACACAT  900

seq1  ACACACACACACACACACACACACACATCTGTAGCTTCC--ACCCTCCTG  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACATCTGTAGCTTCCCACCCCTCCTG  950

seq1  TACCCC-TTGTGGCTGGGTGTAAAGTGACCAAGGTGCTTGCCAGGGCAAC  996
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCCCTTTGTGGCTGGGTGTAAAGTGACCAAGGTGCTTGCCAGGGCAAC  1000

seq1  TATGGATCTTGAGAAATACCCATAACAAACCAAACCAAAACAATGAGCAT  1046
      |||||||| |||||||   |||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  TATGGATC-TGAGAAAATACCATAACAAACCAAACCAAAAACATGAGCAT  1049

seq1  CTTGTCTGCCCTTTAACAGTAGATTAA-CCTCTGGGAGGAGGAGGA  1091
      | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||| ||||||| ||||
seq2  C-TGTCTGCCC-TTAACAGTAGAATAACCCTCT-GGAGGAGAAGGA  1092