BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263C23
Chromosome8 (Build37)
Map Location 56,204,067 - 56,207,385
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG546212
Upstream geneVegfc, Spcs3, Asb5, Spata4, Wdr17, Gpm6a, LOC667624, LOC100040156, LOC100040382, LOC100040392
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263C23.bB6Ng01-263C23.g
ACCGA067416GA067417
length1,108695
definitionB6Ng01-263C23.b B6Ng01-263C23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,206,235 - 56,207,385)(56,204,067 - 56,204,760)
sequence
gaattctttctcattggacctttgcctgcttctctggctcatgcctgtct
cactttttctcactatcaatgttttatctctcttttctgtctctccttta
cacactatgtgtgattacccaatactcactttacaattagtgggtatact
gctggttttctccttggcttttgctgacaccaacatgtgaccttgcttgc
atccctaggaccctctaaagcatactttaattttaagtgccaatccatct
gagctcttaccctaatgagagacaatgtctgggaactttggatcagtttt
gttctcaatcctataggcaagttatttctctctctctctctctctctctc
tctctctgcctctctgtactcgtgtaactttccttttcttcatcacacac
atacaaatagttgtaccacacacacacatgaacacactcacagacacata
cccataaaaaatacacacacatgagggcatgcatgcacacacatatacat
gtacactcccccccccacacacacacacaggcacaaacacacacaaaccg
ccttgattcctactggtttgtgggcactgatatcaagtctactgccagac
ttccacaaacatattgatgtgcctacttctctttgtgactctaggtatct
cttctaccatctacaatcctacatgcatctttgcaaaaccgtcagcaggc
aggctgttagtctctttgtccaactgctaaactgtatctaggtccatgga
tatcaatccttcacaagtaatgtagagacaaacccacaaagttgattggg
ggagagatattgatttatttttgaagatgttttgagaattgacatgggac
aaaagttaaggtgtggaaaactgtgtaaagaagtccagtgagaatgccaa
gattagctgctgggagtctgcccggagccctaaaccaaggtgtaccatgt
ggcagtccctgaggaagcgctgtgtgtccagtaagtctaatctcagactg
caagtttttctgtgatgaaatcatctggggtcacctttttatagagccat
ttctgtattcttcagctgcatgagaagagccaggtcttagcagctttagg
tccttttt

gaattcaaggcaaggtacagataaccctagacacagagacacagaatccc
ttctacaaccctgaaatgcaaaggtgtggctgtgcacctggttctatgca
cctgtgtggacttccattggctacaaggttgtgggaagaagcagcaagag
gctttcagcaaacaggtgcctccaataagttttcctacaaaggaaaggac
tttgccctaaggaggttcagtgggtggaggtcacatggctgggtggccat
tttgcagtatgaggaaatgtatgaggagaacagattccatcctgttttgt
ttgttggtttacttagttggttttggtgttggtgttggtgttggttgtgg
ttttgcttttggttgtttgattgattgatttcatttacatagatagatag
attgatagatagagagatatgtaaattttttccatcaggtctttgtttgg
aggcctacaggaaatcttgagatttggcgactgggcgtggcttccatgcc
tgtgtgtggcagccatcttgagactgggcgtggctgaggtcccacctgtc
aggggcagttataaaagggcatgcctgacagaggcaagggcttctaagct
tgtgagcttctgtctgtaggtgttctctctctgctcaagagagcacacac
tcgactagatgcaggtcacaaggtgagtctggcgtgcagatcgaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_56206235_56207385
seq2: B6Ng01-263C23.b_45_1152 (reverse)

seq1  AAAAAGGGCC-----CTGCTAAAAGACCT-GCTCCTCTCATGGCCAAGGC  44
      ||||||| ||     |||||  ||||||| |||| |||||||  ||    
seq2  AAAAAGGACCTAAAGCTGCT--AAGACCTGGCTCTTCTCATG--CA----  42

seq1  CCTGAAGGACTACAGAAAGTGCTTCTAT-AAAAGGTGAACCCCAGATGAT  93
       ||||| || |||||||| ||  ||||| |||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGAA-GAATACAGAAA-TGGCTCTATAAAAAGGTG-ACCCCAGATGAT  89

seq1  TTCCATCACCAGAAAACCTGCAACTCCTGAGATTGGACTGACTGGACACA  143
      || ||||||   ||||| ||||    |||||||| |||| ||||||||||
seq2  TT-CATCACAGAAAAACTTGCA--GTCTGAGATTAGACTTACTGGACACA  136

seq1  CAGGCGCTTCCCTCCAGGGACTGCCACATGGTACACCCTGGGTTTAGGGC  193
      || ||||||||   ||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  CA-GCGCTTCC--TCAGGGACTGCCACATGGTACA-CCTTGGTTTAGGGC  182

seq1  TCCGGGCAGACTTCCCAGCAGCTAATCTTGGCATTCTCACTGGACTTCTT  243
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGGGCAGAC-TCCCAGCAGCTAATCTTGGCATTCTCACTGGACTTCTT  231

seq1  TACACAGTTTTCCACACCTTAACTTTTGTCCCATGTCAATTCTCAAAACA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGTTTTCCACACCTTAACTTTTGTCCCATGTCAATTCTCAAAACA  281

seq1  TCTTCAAAAATAAATCAATATCTCTCCCACAATCAACTTTGTGGGTTTGT  343
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAAAAATAAATCAATATCTCTCCCCCAATCAACTTTGTGGGTTTGT  331

seq1  CTCTACATTACTTGTGAAGGATTGATACCCATGGACCTAGATACAGTTTA  393
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATTACTTGTGAAGGATTGATATCCATGGACCTAGATACAGTTTA  381

seq1  GCAGTTGGACAAAGAGACTAACAGTCTGCCTGCTGACAGTTTTGCAAAGA  443
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  GCAGTTGGACAAAGAGACTAACAGCCTGCCTGCTGACGGTTTTGCAAAGA  431

seq1  CGCATGTAGGATCGTAGATGGTAGAAGAGATACCTAGAGTCACAAAGAGA  493
       ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATGTAGGATTGTAGATGGTAGAAGAGATACCTAGAGTCACAAAGAGA  481

seq1  AGTAGGCACATCAATATGTTTGTGGAAGTCTGGCAGTAGACTTGATATCA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGCACATCAATATGTTTGTGGAAGTCTGGCAGTAGACTTGATATCA  531

seq1  GTGCCCACAAACCAGTAGGAATCAAGGCAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGCC  593
      |||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||| ||||||
seq2  GTGCCCACAAACCAGTAGGAATCAAGGCGGTT--TGTGTGTGTTTGTGCC  579

seq1  TGTGTGTGTGT---GGGGGGGGAGTGTACATGTATATGTGTGTGCATGCA  640
      |||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGGGGGGGGGAGTGTACATGTATATGTGTGTGCATGCA  629

seq1  TGCCCTCATGTGTGTGTATTTTTTATGGGTATGTGTCTGTGAGTGTGTTC  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCTCATGTGTGTGTATTTTTTATGGGTATGTGTCTGTGAGTGTGTTC  679

seq1  ATGTGTGTGTGTGGTACAACTATTTGTATGTGTGTGATGAAGAAAAGGAA  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGTGTGTGTGGTACAACTATTTGTATGTGTGTGATGAAGAAAAGGAA  729

seq1  AGTTACACGAGTACAGAGAGGCAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  790
      ||||||||||||||||||||||                            
seq2  AGTTACACGAGTACAGAGAGGC----------------------------  751

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATAACTTGCCTATA  840
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ----AGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAATAACTTGCCTATA  797

seq1  GGATTGAGAACAAAACTGATCCAAAGTTCCCAGACATTGTCTCTCATTAG  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGAGAACAAAACTGATCCAAAGTTCCCAGACATTGTCTCTCATTAG  847

seq1  CGTAAGAGCTCAGATGGATTGGCACTTAAAATTAAAGTATGCTTTAGAGG  940
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGAGCTCAGATGGATTGGCACTTAAAATTAAAGTATGCTTTAGAGG  897

seq1  GTCCTAGGGATGCAAGCAAGGTCACATGTTGGTGTCAGCAAAAGCCAAGG  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTAGGGATGCAAGCAAGGTCACATGTTGGTGTCAGCAAAAGCCAAGG  947

seq1  AGAAAACCAGCAGTATACCCACTAATTGTAAAGTGAGTATTGGGTAATCA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAACCAGCAGTATACCCACTAATTGTAAAGTGAGTATTGGGTAATCA  997

seq1  CACATAGTGTGTAAAGGAGAGACAGAAAAGAGAGATAAAACATTGATAGT  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGTGTGTAAAGGAGAGACAGAAAAGAGAGATAAAACATTGATAGT  1047

seq1  GAGAAAAAGTGAGACAGGCATGAGCCAGAGAAGCAGGCAAAGGTCCAATG  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAAGTGAGACAGGCATGAGCCAGAGAAGCAGGCAAAGGTCCAATG  1097

seq1  AGAATGAATTC  1151
      |||| ||||||
seq2  AGAAAGAATTC  1108


seq1: chr8_56204067_56204760
seq2: B6Ng01-263C23.g_65_759

seq1  GAATTCAAGGCAAGGTACAGATAACCCTAGACACAGAGACACAGAATCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCAAGGTACAGATAACCCTAGACACAGAGACACAGAATCCC  50

seq1  TTCTACAACCCTGAAATGCAAAGGTGTGGCTGTGCACCTGGTTCTATGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTACAACCCTGAAATGCAAAGGTGTGGCTGTGCACCTGGTTCTATGCA  100

seq1  CCTGTGTGGACTTCCATTGGCTACAAGGTTGTGGGAAGAAGCAGCAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGTGGACTTCCATTGGCTACAAGGTTGTGGGAAGAAGCAGCAAGAG  150

seq1  GCTTTCAGCAAACAGGTGCCTCCAATAAGTTTTCCTACAAAGGAAAGGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAGCAAACAGGTGCCTCCAATAAGTTTTCCTACAAAGGAAAGGAC  200

seq1  TTTGCCCTAAGGAGGTTCAGTGGGTGGAGGTCACATGGCTGGGTGGCCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCCTAAGGAGGTTCAGTGGGTGGAGGTCACATGGCTGGGTGGCCAT  250

seq1  TTTGCAGTATGAGGAAATGTATGAGGAGAACAGATTCCATCCTGTTTTGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCAGTATGAGGAAATGTATGAGGAGAACAGATTCCATCCTGTTTTGT  300

seq1  TTGTTGGTTTACTTAGTTGGTTTTGGTGTTGGTGTTGGTGTTGGTTGTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTGGTTTACTTAGTTGGTTTTGGTGTTGGTGTTGGTGTTGGTTGTGG  350

seq1  TTTTGCTTTTGGTTGTTTGATTGATTGATTTCATTTACATAGATAGATAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTTTTGGTTGTTTGATTGATTGATTTCATTTACATAGATAGATAG  400

seq1  ATTGATAGATAGAGAGATATGTAAATTTTTTCCATCAGGTCTTTGTTTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATAGATAGAGAGATATGTAAATTTTTTCCATCAGGTCTTTGTTTGG  450

seq1  AGGCCTACAGGAAATCTTGAGATTTGGCGACTGGGCGTGGCTTCCATGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTACAGGAAATCTTGAGATTTGGCGACTGGGCGTGGCTTCCATGCC  500

seq1  TGTGTGTGGCAGCCATCTTGAGACTGGGCGTGGCTGAGGTCCCACCTGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGGCAGCCATCTTGAGACTGGGCGTGGCTGAGGTCCCACCTGTC  550

seq1  AGGGGCAGTTATAAAAGGGCATGCCTGACAGAGGCAAGGGCTTCTAAGC-  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGGGGCAGTTATAAAAGGGCATGCCTGACAGAGGCAAGGGCTTCTAAGCT  600

seq1  TGTGAGCTTCTGTCTGTAGGTGTTCTCTCTCTGCTCAGGAGAGCACACAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGTGAGCTTCTGTCTGTAGGTGTTCTCTCTCTGCTCAAGAGAGCACACAC  650

seq1  CCGACTAGAGGCAGGTCACAAGGTGAGTCTGGCGTGCAGATCGAA  694
       |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACTAGATGCAGGTCACAAGGTGAGTCTGGCGTGCAGATCGAA  695


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |