BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279H18
Chromosome8 (Build37)
Map Location 33,036,214 - 33,126,720
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC547008, Dusp26, Rnf122, BC019943, Rbm13, Fut10, LOC666330, LOC666568, 7420700N18Rik, LOC100041329, EG330731, LOC100041340, Nrg1
Downstream gene2010007E15Rik, EG666589, EG546052, LOC100042715, LOC628408
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279H18.bB6Ng01-279H18.g
ACCGA079455GA079456
length1,066384
definitionB6Ng01-279H18.b B6Ng01-279H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(33,125,645 - 33,126,720)(33,036,214 - 33,036,601)
sequence
gaattccctatgtacagagtgttgaaagttggtctgttgtagagtacgct
gacttccaggcctagattcaggctggagatgactggaatattccactgag
aacttcactcttggcttagctgggaactaaacatccctcagcatgtcaga
tgtttgaagcattgggcccaggagacactgaaatgcagaatggtcatttt
catagattttagtaagaaacctcaaattatgtgtgaaagatgtaaaaata
cttgtggtattattccttgcctggtccagaagttggaagagtgtgagcca
gctccttattccatgtagcccagctatcctaataacattttcaagtaatt
tcctataatctgttttagaatgcttcctaccaggtgtcttttatggaacc
tacagaaaggaattgacctgctaaattgctcttgctgttcaaatatttga
catactaattcatcactcacagcgtttaatttatattttagcatcattat
aaatttaatagggaggactcttttcccaggcacgggaaagtgtatttcaa
aggaaagaaatgttaaccttggagaggatcttgtgggctgatgtttaaaa
gccatcaagccatgtgatttctctcttggatatttgttaaatgcacacag
agtctgagctataagaatgcacagagaagcccatttttatctgctgtgtg
cataaggacagtgggtaagagcagaatgtaaagaggacttccagctgaac
tccaaggtgtttccaaggcagccagggagagtcacttgattcagtgatta
gatggaggcagaccactgttgtgtggagtgagaagtaagctggtggaaag
agaagctgtacatcccaggcttggagcaaggagaggtcattaagcctgct
cacgaggctgtgtttgtagatttagaccaagggaatggacagagccagga
atcatagcacacaggtgaaactcacaaaggcgattaagaaaacaccttga
cattctgtcattctgtgcagcgcttctcactgttgagagatgggagagat
agtgagatttatcttt
tctaagagctaggtgctccctggctttacctgggtgagtaaatcaaatga
tgttaaatggaattgatgggaggaaggagcctgtttatgatggaaaaaaa
aagaaaatgtaaagaaatatctctatataaatcccctgtagtcttgtggc
tggatggtcatttatatacagtggcttaatcatcttaaatgcaaatcttg
ctctttggatttgtccctagcttctatgaagttacaggcatgaggcagct
tagctaataaaaattttctgtctgattttcccccttgagtcttaggacaa
atgtaacgaaagcatccagagggagtttatcttttaagaatgtgtgtgtg
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgcgcgcg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_33125645_33126720
seq2: B6Ng01-279H18.b_52_1117 (reverse)

seq1  AAAGATTAAAATCTTCACTTATCTCTCCCATCTCTCAACAGGTGAGAAGG  50
      ||||||  ||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |
seq2  AAAGAT--AAATC-TCAC-TATCTCTCCCATCTCTCAACA-GTGAGAA-G  44

seq1  CGGCTTGCACAGAATGACAGAATGTCAAGGTGTTTTCTTTAAATCGCCTT  100
      ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||
seq2  CG--CTGCACAGAATGACAGAATGTCAAGGTGTTTTCTT--AATCGCCTT  90

seq1  TGTGAGTTTCACCTGTGTGCTATGATTCCTGGCTCTGTCCATTCCCTTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAGTTTCACCTGTGTGCTATGATTCCTGGCTCTGTCCATTCCCTTGG  140

seq1  TCTAAATCTACAAACACAGCCTCGTGAGCAGGCTTAATGACCTCTCCTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATCTACAAACACAGCCTCGTGAGCAGGCTTAATGACCTCTCCTTG  190

seq1  CTCCAAGCCTGGGATGTACAGCTTCTCTTTCCACCAGCTTACTTCTCACT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAGCCTGGGATGTACAGCTTCTCTTTCCACCAGCTTACTTCTCACT  240

seq1  CCACACAACAGTGGTCTGCCTCCATCTAATCACTGAATCAAGTGACTCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACAACAGTGGTCTGCCTCCATCTAATCACTGAATCAAGTGACTCTC  290

seq1  CCTGGCTGCCTTGGAAACACCTTGGAGTTCAGCTGGAAGTCCTCTTTACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCTGCCTTGGAAACACCTTGGAGTTCAGCTGGAAGTCCTCTTTACA  340

seq1  TTCTGCTCTTACCCACTGTCCTTATGCACACAGCAGATAAAAATGGGCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTCTTACCCACTGTCCTTATGCACACAGCAGATAAAAATGGGCTT  390

seq1  CTCTGTGCATTCTTATAGCTCAGACTCTGTGTGCATTTAACAAATATCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTGCATTCTTATAGCTCAGACTCTGTGTGCATTTAACAAATATCCA  440

seq1  AGAGAGAAATCACATGGCTTGATGGCTTTTAAACATCAGCCCACAAGATC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAAATCACATGGCTTGATGGCTTTTAAACATCAGCCCACAAGATC  490

seq1  CTCTCCAAGGTTAACATTTCTTTCCTTTGAAATACACTTTCCCGTGCCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCAAGGTTAACATTTCTTTCCTTTGAAATACACTTTCCCGTGCCTG  540

seq1  GGAAAAGAGTCCTCCCTATTAAATTTATAATGATGCTAAAATATAAATTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAGAGTCCTCCCTATTAAATTTATAATGATGCTAAAATATAAATTA  590

seq1  AACGCTGTGAGTGATGAATTAGTATGTCAAATATTTGAACAGCAAGAGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGCTGTGAGTGATGAATTAGTATGTCAAATATTTGAACAGCAAGAGCA  640

seq1  ATTTAGCAGGTCAATTCCTTTCTGTAGGTTCCATAAAAGACACCTGGTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGCAGGTCAATTCCTTTCTGTAGGTTCCATAAAAGACACCTGGTAG  690

seq1  GAAGCATTCTAAAACAGATTATAGGAAATTACTTGAAAATGTTATTAGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCATTCTAAAACAGATTATAGGAAATTACTTGAAAATGTTATTAGGA  740

seq1  TAGCTGGGCTACATGGAATAAGGAGCTGGCTCACACTCTTCCAACTTCTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGGCTACATGGAATAAGGAGCTGGCTCACACTCTTCCAACTTCTG  790

seq1  GACCAGGCAAGGAATAATACCACAAGTATTTTTACATCTTTCACACATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAGGCAAGGAATAATACCACAAGTATTTTTACATCTTTCACACATAA  840

seq1  TTTGAGGTTTCTTACTAAAATCTATGAAAATGACCATTCTGCATTTCAGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGGTTTCTTACTAAAATCTATGAAAATGACCATTCTGCATTTCAGT  890

seq1  GTCTCCTGGGCCCAATGCTTCAAACATCTGACATGCTGAGGGATGTTTAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCTGGGCCCAATGCTTCAAACATCTGACATGCTGAGGGATGTTTAG  940

seq1  TTCCCAGCTAAGCCAAGAGTGAAGTTCTCAGTGGAATATTCCAGTCATCT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGCTAAGCCAAGAGTGAAGTTCTCAGTGGAATATTCCAGTCATCT  990

seq1  CCAGCCTGAATCTAGGCCTGGAAGTCAGCGTACTCTACAACAGACCAACT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCCTGAATCTAGGCCTGGAAGTCAGCGTACTCTACAACAGACCAACT  1040

seq1  TTCAACACTCTGTACATAGGGAATTC  1076
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAACACTCTGTACATAGGGAATTC  1066

seq1: chr8_33036214_33036601
seq2: B6Ng01-279H18.g_66_455

seq1  GAATTCTCTAAGAGCTAGGTGCTCCCTGGCTTTACCTGGGTGAGTAAATC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTAAGAGCTAGGTGCTCCCTGGCTTTACCTGGGTGAGTAAATC  50

seq1  AAATGATGTTAAATGGAATTGATGGGAGGAAGGAGCCTGTTTATGATGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGATGTTAAATGGAATTGATGGGAGGAAGGAGCCTGTTTATGATGGA  100

seq1  AAAAAAAAGAAAATGTAAAGAAATATCTCTATATAAATCCCCTGTAGTCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAGAAAATGTAAAGAAATATCTCTATATAAATCCCCTGTAGTCT  150

seq1  TGTGGCTGGATGGTCATTTATATACAGTGGCTTAATCATCTTAAATGCAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGCTGGATGGTCATTTATATACAGTGGCTTAATCATCTTAAATGCAA  200

seq1  ATCTTGCTCTTTGGATTTGTCCCTAGCTTCTATGAAGTTACAGGCATGAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTGCTCTTTGGATTTGTCCCTAGCTTCTATGAAGTTACAGGCATGAG  250

seq1  GCAGCTTAGCTAATAAAAATTTTCTGTCTGATTTTCCCCCTTGAGTCTTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGCTTAGCTAATAAAAATTTTCTGTCTGATTTTCCCCCTTGAGTCTTA  300

seq1  GGACAAATGTAACGAAAGCATCCAGAGGGAGTTTATCTTTTAAGAATGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAAATGTAACGAAAGCATCCAGAGGGAGTTTATCTTTTAAGAATGTG  350

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCG--  388
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCG  390