BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280B05
Chromosome8 (Build37)
Map Location 119,032,275 - 119,243,224
singlet/doubletdoublet
Overlap geneDynlrb2, Cdyl2
Upstream geneMaf, LOC384868, LOC668233
Downstream geneLOC100043053, 2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2, Bcmo1, Gan, 4933407C03Rik, Plcg2, 4632417N05Rik, Hsd17b2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280B05.bB6Ng01-280B05.g
ACCGA079895GA079896
length1,1251,100
definitionB6Ng01-280B05.b B6Ng01-280B05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(119,242,112 - 119,243,224)(119,032,275 - 119,033,370)
sequence
gaattctcttagtgatgataaataaggcaagatccgtctgttcctttggt
gacattacagccctggacattatgtagagacctgacacccaagatcttcc
tgaaattgaaacacatattgaaagtgtaaccatgtattaaaacttagagc
tttatgcctcctctttgggttcctacagaattcattcttttggtattcta
gaacttgtttgcttatattataaaatgtctctacttaaatgctaatagtc
tacttattctcattatttggcatgagacaagactcaaaaaaaatccactc
aatggaaaaattagcatgcacgtgtctgtcatgtgtgtgagagttgagct
tgtctcagatgtctctgtagccttcttggcatgaggctgatgagaatgcc
caagcttttagaattccttaaccttattgcatctcttctgcgtctttgtt
ggtcagttagtggccacatcattttcctgtgagtcaaactcaactggagt
gttgtactctcagtaagacaatagagtcctgatttcagaggatcactaag
ttttggagctgggcaggagtttcaaagtcaagttcagtctttggtggaca
tctttagcaggtgataaaaggtgagagcccctttggctgtcgaaggagat
gcaacccctcgctgtttgccttgttggtttctgcatgtgatgtgcacgag
gtagaagcagattctttccatgttctttctggaaagtgtccttgaaagtg
ttgacgtcactgcgttctcatgcaagatttaatgaaggagtccagggcag
cgtagcatgagcttgtgtcttgggaaagtctcttagtgatgatgattgag
tttggaacctgtcctcctgactgggtgtcataggcccttgacatttggga
aaccctgatagctgaattttccctagaaatcccaattcatgtgttagttg
ttagaatgtgaagtccaagcaacattcaccaaattccatgcctgttataa
ggagacaagggggaggatttggaatattaccatcacttctggtcattttg
tggtgtctagaactccaggctgctacttttgaaagaagagagatcaacat
ggtagactgtgatccagattgtggc
gaattcacttcatagagtttcaggaatagtcttgtaactaatgggcagga
aggaacaatacattgccagctctgaactgtggatactggcccggggctcg
cactgtctctggaccgttcacatctgcgtagtgagcccacaaggcagatc
agtaggtaaaggtgtttgctgataggaccaaagacctgagttgtatcacc
agcagccaagtgctagaaagagatcactggataactgactccaacaactt
gtcctgacttccgcatatgaatatgcacaggtgtggatgcacacaggcac
tcaagcatctctctcctccctgtctccctctctccctcccacctcccctc
ctactcaaaatagaagactgcacagcattcacttggccaacttgttgctc
catgctctgcagtggtaacctcttaaaggctcctgctcatccccttgcta
attcgggcatttataagagcgagaggtgccaaaaattcccgggcatcctt
tgaagtaagagtagccatttggcatagttcacggtgcaaccacagaactg
gctgatccccagctctgtagtgtggtgcaatcagtcagtaaacactcctc
gtgcaactaccagctaagagactgctggaattctgcactccttccttatc
actaaggatggaaaaataaccccagttcctagtggctgtggcagttagat
gaggagactgtcaagtgcccagtttaatagccaatgcttaataggactct
agttaaagaatttctgagagcgttgatgtatttagttggaatttgcagag
aaaacatttgacttgttttataaaataaaaaaagaaccctgccaaatgca
agtattcgatgggggtccacacacctgaggaacgagggagaaagggttag
gattgtctgtacaggaaatgaaaagctggaccacatattaccaagaagtg
gtcaacccttagtgtagccctggttaaacagtttctgcttccaagtactt
gtccaatggttctcacacttgttaagtgaggccgccttgtgtgatttagc
agagtccttgtaagtttccttaagtcatgacaactaatagaggagtggcc

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_119242112_119243224
seq2: B6Ng01-280B05.b_43_1167 (reverse)

seq1  GCCACAATCTGGATCACAGTCT-CCATGTGTATCT-TCTTC-TTCAAAAG  47
      |||||||||||||||||||||| ||||||  |||| ||||| ||||||||
seq2  GCCACAATCTGGATCACAGTCTACCATGTTGATCTCTCTTCTTTCAAAAG  50

seq1  TGGCCAGGCTTGGGGTTTCTAGACA-CAC-AAATGACCAG-AGTGATGTT  94
      | | ||| ||  ||  ||||||||| ||| |||||||||| ||||||| |
seq2  TAG-CAGCCT--GGAGTTCTAGACACCACAAAATGACCAGAAGTGATGGT  97

seq1  AATAT--CAAATCCTCCCCCTTTTCTCCTTATAACA-GCATGGATTTTGG  141
      |||||  ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AATATTCCAAATCCTCCCCCTTGTCTCCTTATAACAGGCATGGAATTTGG  147

seq1  TG-ATGTTGCTTGGAC-TCACA-TCTAACAACTAACACATGAATTGGGAT  188
      || ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTGCTTGGACTTCACATTCTAACAACTAACACATGAATTGGGAT  197

seq1  TTCTA-GGAAAATTCAGCTATCAGGGTTTCCCAAAATGTCAA-GGCCTAT  236
      ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TTCTAGGGAAAATTCAGCTATCAGGGTTTCCC-AAATGTCAAGGGCCTAT  246

seq1  GACA-CCAGTCAGGAGGACAGGTTCCAAACTCAATCATCATCACTAAGAG  285
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACCCAGTCAGGAGGACAGGTTCCAAACTCAATCATCATCACTAAGAG  296

seq1  ACTTTCCCAAGACACAAGCTCATGCTACGCTGCCCTGGACTCCTTCATTA  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCCAAGACACAAGCTCATGCTACGCTGCCCTGGACTCCTTCATTA  346

seq1  AATCTTGCATGAGAACGCAGTGACGTCAACACTTTCAAGGACACTTTCCA  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGCATGAGAACGCAGTGACGTCAACACTTTCAAGGACACTTTCCA  396

seq1  G-AAGAACATGGAAAGAATCTGCTTCTACCTCGTGCACATCACATGCAGA  434
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAACATGGAAAGAATCTGCTTCTACCTCGTGCACATCACATGCAGA  446

seq1  AACCAACAAGGCAAACAGCGAGGGGTTGCATCTCCTTCGACAGCCAAAGG  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAACAAGGCAAACAGCGAGGGGTTGCATCTCCTTCGACAGCCAAAGG  496

seq1  GGCTCTCACCTTTTATCACCTGCTAAAGATGTCCACCAAAGACTGAACTT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTCTCACCTTTTATCACCTGCTAAAGATGTCCACCAAAGACTGAACTT  546

seq1  GACTTTGAAACTCCTGCCCAGCTCCAAAACTTAGTGATCCTCTGAAATCA  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTTGAAACTCCTGCCCAGCTCCAAAACTTAGTGATCCTCTGAAATCA  596

seq1  GGACTCTATTGTCTTACTGAGAGTACAACACTCCAGTTGAGTTTGACTCA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTCTATTGTCTTACTGAGAGTACAACACTCCAGTTGAGTTTGACTCA  646

seq1  CAGGAAAATGATGTGGCCACTAACTGACCAACAAAGACGCAGAAGAGATG  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAAATGATGTGGCCACTAACTGACCAACAAAGACGCAGAAGAGATG  696

seq1  CAATAAGGTTAAGGAATTCTAAAAGCTTGGGCATTCTCATCAGCCTCATG  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGGTTAAGGAATTCTAAAAGCTTGGGCATTCTCATCAGCCTCATG  746

seq1  CCAAGAAGGCTACAGAGACATCTGAGACAAGCTCAACTCTCACACACATG  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGAAGGCTACAGAGACATCTGAGACAAGCTCAACTCTCACACACATG  796

seq1  ACAGACACGTGCATGCTAATTTTTCCATTGAGTGGATTTTTTTTGAGTCT  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACACGTGCATGCTAATTTTTCCATTGAGTGGATTTTTTTTGAGTCT  846

seq1  TGTCTCATGCCAAATAATGAGAATAAGTAGACTATTAGCATTTAAGTAGA  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCATGCCAAATAATGAGAATAAGTAGACTATTAGCATTTAAGTAGA  896

seq1  GACATTTTATAATATAAGCAAACAAGTTCTAGAATACCAAAAGAATGAAT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATTTTATAATATAAGCAAACAAGTTCTAGAATACCAAAAGAATGAAT  946

seq1  TCTGTAGGAACCCAAAGAGGAGGCATAAAGCTCTAAGTTTTAATACATGG  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGAACCCAAAGAGGAGGCATAAAGCTCTAAGTTTTAATACATGG  996

seq1  TTACACTTTCAATATGTGTTTCAATTTCAGGAAGATCTTGGGTGTCAGGT  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACTTTCAATATGTGTTTCAATTTCAGGAAGATCTTGGGTGTCAGGT  1046

seq1  CTCTACATAATGTCCAGGGCTGTAATGTCACCAAAGGAACAGACGGATCT  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACATAATGTCCAGGGCTGTAATGTCACCAAAGGAACAGACGGATCT  1096

seq1  TGCCTTATTTATCATCACTAAGAGAATTC  1113
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTATTTATCATCACTAAGAGAATTC  1125

seq1: chr8_119032275_119033370
seq2: B6Ng01-280B05.g_69_1168

seq1  GAATTCACTTCATAGAGTTTCAGGAATAGTCTTGTAACTAATGGGCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTTCATAGAGTTTCAGGAATAGTCTTGTAACTAATGGGCAGGA  50

seq1  AGGAACAATACATTGCCAGCTCTGAACTGTGGATACTGGCCCGGGGCTCG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACAATACATTGCCAGCTCTGAACTGTGGATACTGGCCCGGGGCTCG  100

seq1  CACTGTCTCTGGACCGTTCACATCTGCGTAGTGAGCCCACAAGGCAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTCTCTGGACCGTTCACATCTGCGTAGTGAGCCCACAAGGCAGATC  150

seq1  AGTAGGTAAAGGTGTTTGCTGATAGGACCAAAGACCTGAGTTGTATCACC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGGTAAAGGTGTTTGCTGATAGGACCAAAGACCTGAGTTGTATCACC  200

seq1  AGCAGCCAAGTGCTAGAAAGAGATCACTGGATAACTGACTCCAACAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCAAGTGCTAGAAAGAGATCACTGGATAACTGACTCCAACAACTT  250

seq1  GTCCTGACTTCCGCATATGAATATGCACAGGTGTGGATGCACACAGGCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTGACTTCCGCATATGAATATGCACAGGTGTGGATGCACACAGGCAC  300

seq1  TCAAGCATCTCTCTCCTCCCTGTCTCCCTCTCTCCCTCCCACCTCCCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGCATCTCTCTCCTCCCTGTCTCCCTCTCTCCCTCCCACCTCCCCTC  350

seq1  CTACTCAAAATAGAAGACTGCACAGCATTCACTTGGCCAACTTGTTGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTCAAAATAGAAGACTGCACAGCATTCACTTGGCCAACTTGTTGCTC  400

seq1  CATGCTCTGCAGTGGTAACCTCTTAAAGGCTCCTGCTCATCCCCTTGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTCTGCAGTGGTAACCTCTTAAAGGCTCCTGCTCATCCCCTTGCTA  450

seq1  ATTCGGGCATTTATAAGAGCGAGAGGTGCCAAAAATTCCCGGGCATCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCGGGCATTTATAAGAGCGAGAGGTGCCAAAAATTCCCGGGCATCCTT  500

seq1  TGAAGTAAGAGTAGCCATTTGGCATAGTTCACGGTGCAACCACAGAACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTAAGAGTAGCCATTTGGCATAGTTCACGGTGCAACCACAGAACTG  550

seq1  GCTGATCCCCAGCTCTGTAGTGTGGTGCAATCAGTCAGTAAACACTCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGATCCCCAGCTCTGTAGTGTGGTGCAATCAGTCAGTAAACACTCCTC  600

seq1  GTGCAACTACCAGCTAAGAGACTGCTGGAATTCTGCACTCCTTCCTTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAACTACCAGCTAAGAGACTGCTGGAATTCTGCACTCCTTCCTTATC  650

seq1  ACTAAGGATGGAAAAATAACCCCAGTTCCTAGTGGCTGTGGCAGTTAGAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAGGATGGAAAAATAACCCCAGTTCCTAGTGGCTGTGGCAGTTAGAT  700

seq1  GAGGAGACTGTCAAGTGCCCAGTTTAATAGCCAATGCTTAATAGGACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGACTGTCAAGTGCCCAGTTTAATAGCCAATGCTTAATAGGACTCT  750

seq1  AGTTAAAGAATTTCTGAGAGCGTTGATGTATTTAGTTGGAATTTGCAGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAAAGAATTTCTGAGAGCGTTGATGTATTTAGTTGGAATTTGCAGAG  800

seq1  AAAACATTTGACTTGTTTTATAAAATAAAAAAAGAACCCTGCCAAATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACATTTGACTTGTTTTATAAAATAAAAAAAGAACCCTGCCAAATGCA  850

seq1  AGTA-TCGAT-GGGGTCCACACACCTGAGGAACGAGGGAGAAAGGGTTAG  898
      |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCGATGGGGGTCCACACACCTGAGGAACGAGGGAGAAAGGGTTAG  900

seq1  GATTGTCTGTACAGGAAATGAAAAGCTGGACCACATATTACCAAGAAGTG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGTCTGTACAGGAAATGAAAAGCTGGACCACATATTACCAAGAAGTG  950

seq1  GTCAACCCTTAGTGTAGCCCTGGTTAAACAGTTTCTGCTTCCAAGTACTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAACCCTTAGTGTAGCCCTGGTTAAACAGTTTCTGCTTCCAAGTACTT  1000

seq1  GTCCCATGG-TCTCACAC-TGTTAAGTGAGG-CGCC-TGTGTGATTTAGC  1044
      |||| |||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||||||||||
seq2  GTCCAATGGTTCTCACACTTGTTAAGTGAGGCCGCCTTGTGTGATTTAGC  1050

seq1  AGAGGTCCTTGTAAGTTTCCTTTAGTCATGACAACTAATAGGAGGAGTGG  1094
      ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  AGA-GTCCTTGTAAGTTTCCTTAAGTCATGACAACTAATA-GAGGAGTGG  1098

seq1  CC  1096
      ||
seq2  CC  1100