BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-289C06
Chromosome8 (Build37)
Map Location 65,498,375 - 65,665,996
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSpock3
Upstream geneBC013672, Anxa10, LOC100040775, LOC384830, LOC100040804, LOC665267
Downstream geneLOC384831, EG244495, Tll1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-289C06.bB6Ng01-289C06.g
ACCGA086620GA086621
length1,1111,104
definitionB6Ng01-289C06.b B6Ng01-289C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(65,664,887 - 65,665,996)(65,498,375 - 65,499,481)
sequence
gaattctactaattttacataactgtgtaaataccactttattttaattg
tttaccatttctagaatttcaagaagttttagcccctgtagaagtcactt
tgcattctcttgcaagctctaggctccctgtatctatctactgtgtctac
agacttcttatgcagaatattctatacataaagacttgttcttatgctct
tatctcagccagtttattttgacagcctgacataagcaagtgctatctgg
ggagaggaaaccaaatttggaaaatatctctaccagattgcctgtaggtg
tgtctgtgggacagtttttttcccttatgattgatatgagaaagcctagc
acactgtgagccatgccaccactgggaagttggtcctgggtggtatcaaa
aagcagaatgagcaagctgtggggagcaagcagttttgcttcatgacact
tcaaattcagttcctgcttctaagttcttgtcttgaattcctttcttgac
ttacttctaaatggactagtaaactatcagatgaaatagaccttttctcc
tggttattctatttatcaccaacttgaactaagacagctgttatttatat
gtaatttatttcatgtagcatgaatttgggaaatttagccatgatttaac
ttctttaatgtagttaaatttaatatgtacacaggtgtgtttacagacat
aattactgatatagcattttctgtgaaacactcataattaaatgaccaat
tcatatcattattatgaaattttatttgtttttaaatttttatttgttac
tacctattttggtgctgttttgaagacatattcctgtgtagctcaggcta
gcctcatatccttgcagtcattctcctgtttcagtgttgttacactggga
ctacagctgcgtgcaagtacaactggttcaaatgtttaaactctatcact
ataattgtattttgtaactaaaataaaattctgaatgggttgtcattaca
tgactgttgactgttctccttcatataattcagtgattttggactatgtt
agcattttaccttttcctctgtgtaatttgtacaatatttcatttccagg
tgcccactttc

gaattcctatacattgagatttaattatttgtatttggtagtttcatctt
catggtagtagaaaattcagtgctctctaatttgatgatttaaggcaaat
ttaaagaagtgtcttaatcagaagttaggggttgacatcagaaaattgtg
tgggataacacagcaggtgcagaaagagactttgctttcaaaccttatct
catatttaataattgataacgataggtgttaaaggaagcataataaaatt
caaacagttctcaacagcaagaatatttactgaaatatccactcacccag
ttgtatatttaaaaacattaaatttcaatactgtgactatttgtgaacta
tatatatatatatatatatatatatatgcatctttctatttatatttata
tcaatatagatatagatatttatatctatataaatatagatagatgcata
gatacagttaatagaacatacttgacttaattctttttaattattttagt
aacacaacatttttgtttttaatgaagaaatctacagaaaatattgagat
atcaaaagggattaccttaaggaaagacagcaaagtgacttaacgtattc
atggcttaatatattcaatgtgctccaatataaatataactaaaacaaca
ttgaatatatgagattatttcagacaggcagggatatttacaaactcata
gaaatactacattaagtgaagtaacccacacagagaacaacacatactac
gtgtttacttttgtataaagatgctaggttttaatgcttatgtgggtcaa
gacataggcttaaatgtctatgtggatgctagtgtgggcatatgatctga
gattagagaggtatccaggagagaataccacaggatgtccaaaatggctg
cagggcagcaaggacacatggagcatgagcagcacacagggaattcagag
ggctaagcagaaggcaggatgggagaatcaacaaaaataatgtgctaaaa
taagtcataatgaaagtttattgttctaatataagtgcaaaatactgcaa
ctttatttcttactttatattcaaaaatgtttcagaatacaagggtcgtt
ataa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_65664887_65665996
seq2: B6Ng01-289C06.b_43_1153 (reverse)

seq1  GAAAGTGGGCA-CTGGGAATGAAATATTGTACAAA-TACACAGA-GAAAA  47
      ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GAAAGTGGGCACCTGGAAATGAAATATTGTACAAATTACACAGAGGAAAA  50

seq1  GGTAAAATGCTAACATAGTCCAAAATCACTGAATTATATGAAGGAGAAAC  97
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GGTAAAATGCTAACATAGTCCAAAATCACTGAATTATATGAAGGAG-AAC  99

seq1  AGTCAACAGTCATGTTAATGACAACCCATTCAGAATTTTATTTTAGTTAC  147
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAACAGTCATG-TAATGACAACCCATTCAGAATTTTATTTTAGTTAC  148

seq1  AAAATACAATTATAGTGATAGAGTTTAAACATTTGAACCAGTTGTACTTG  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATACAATTATAGTGATAGAGTTTAAACATTTGAACCAGTTGTACTTG  198

seq1  CACGCAGCTGTAGTCCCAGTGTAACAACACTGAAACAGGAGAATGACTGC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGCAGCTGTAGTCCCAGTGTAACAACACTGAAACAGGAGAATGACTGC  248

seq1  AAGGATATGAGGCTAGCCTGAGCTACACAGGAATATGTCTTCAAAACAGC  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGATATGAGGCTAGCCTGAGCTACACAGGAATATGTCTTCAAAACAGC  298

seq1  ACCAAAATAGGTAGTAACAAATAAAAATTTAAAAACAAATAAAATTTCAT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAATAGGTAGTAACAAATAAAAATTTAAAAACAAATAAAATTTCAT  348

seq1  AATAATGATATGAATTGGTCATTTAATTATGAGTGTTTCACAGAAAATGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATGATATGAATTGGTCATTTAATTATGAGTGTTTCACAGAAAATGC  398

seq1  TATATCAGTAATTATGTCTGTAAACACACCTGTGTACATATTAAATTTAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCAGTAATTATGTCTGTAAACACACCTGTGTACATATTAAATTTAA  448

seq1  CTACATTAAAGAAGTTAAATCATGGCTAAATTTCCCAAATTCATGCTACA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACATTAAAGAAGTTAAATCATGGCTAAATTTCCCAAATTCATGCTACA  498

seq1  TGAAATAAATTACATATAAATAACAGCTGTCTTAGTTCAAGTTGGTGATA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAAATTACATATAAATAACAGCTGTCTTAGTTCAAGTTGGTGATA  548

seq1  AATAGAATAACCAGGAGAAAAGGTCTATTTCATCTGATAGTTTACTAGTC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAATAACCAGGAGAAAAGGTCTATTTCATCTGATAGTTTACTAGTC  598

seq1  CATTTAGAAGTAAGTCAAGAAAGGAATTCAAGACAAGAACTTAGAAGCAG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGAAGTAAGTCAAGAAAGGAATTCAAGACAAGAACTTAGAAGCAG  648

seq1  GAACTGAATTTGAAGTGTCATGAAGCAAAACTGCTTGCTCCCCACAGCTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGAATTTGAAGTGTCATGAAGCAAAACTGCTTGCTCCCCACAGCTT  698

seq1  GCTCATTCTGCTTTTTGATACCACCCAGGACCAACTTCCCAGTGGTGGCA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCATTCTGCTTTTTGATACCACCCAGGACCAACTTCCCAGTGGTGGCA  748

seq1  TGGCTCACAGTGTGCTAGGCTTTCTCATATCAATCATAAGGGAAAAAAAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTCACAGTGTGCTAGGCTTTCTCATATCAATCATAAGGGAAAAAAAC  798

seq1  TGTCCCACAGACACACCTACAGGCAATCTGGTAGAGATATTTTCCAAATT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCACAGACACACCTACAGGCAATCTGGTAGAGATATTTTCCAAATT  848

seq1  TGGTTTCCTCTCCCCAGATAGCACTTGCTTATGTCAGGCTGTCAAAATAA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTCCTCTCCCCAGATAGCACTTGCTTATGTCAGGCTGTCAAAATAA  898

seq1  ACTGGCTGAGATAAGAGCATAAGAACAAGTCTTTATGTATAGAATATTCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGCTGAGATAAGAGCATAAGAACAAGTCTTTATGTATAGAATATTCT  948

seq1  GCATAAGAAGTCTGTAGACACAGTAGATAGATACAGGGAGCCTAGAGCTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAGAAGTCTGTAGACACAGTAGATAGATACAGGGAGCCTAGAGCTT  998

seq1  GCAAGAGAATGCAAAGTGACTTCTACAGGGGCTAAAACTTCTTGAAATTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGAGAATGCAAAGTGACTTCTACAGGGGCTAAAACTTCTTGAAATTC  1048

seq1  TAGAAATGGTAAACAATTAAAATAAAGTGGTATTTACACAGTTATGTAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAATGGTAAACAATTAAAATAAAGTGGTATTTACACAGTTATGTAAA  1098

seq1  ATTAGTAGAATTC  1110
      |||||||||||||
seq2  ATTAGTAGAATTC  1111


seq1: chr8_65498375_65499481
seq2: B6Ng01-289C06.g_69_1172

seq1  GAATTCCTATACATTGAGATTTAATTATTTGTATTTGGTAGTTTCATCTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATACATTGAGATTTAATTATTTGTATTTGGTAGTTTCATCTT  50

seq1  CATGGTAGTAGAAAATTCAGTGCTCTCTAATTTGATGATTTAAGGCAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGTAGAAAATTCAGTGCTCTCTAATTTGATGATTTAAGGCAAAT  100

seq1  TTAAAGAAGTGTCTTAATCAGAAGTTAGGGGTTGACATCAGAAAATTGTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGAAGTGTCTTAATCAGAAGTTAGGGGTTGACATCAGAAAATTGTG  150

seq1  TGGGATAACACAGCAGGTGCAGAAAGAGACTTTGCTTTCAAACCTTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATAACACAGCAGGTGCAGAAAGAGACTTTGCTTTCAAACCTTATCT  200

seq1  CATATTTAATAATTGATAACGATAGGTGTTAAAGGAAGCATAATAAAATT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATTTAATAATTGATAACGATAGGTGTTAAAGGAAGCATAATAAAATT  250

seq1  CAAACAGTTCTCAACAGCAAGAATATTTACTGAAATATCCACTCACCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGTTCTCAACAGCAAGAATATTTACTGAAATATCCACTCACCCAG  300

seq1  TTGTATATTTAAAAACATTAAATTTCAATACTGTGACTATTTGTGAACTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATATTTAAAAACATTAAATTTCAATACTGTGACTATTTGTGAACTA  350

seq1  TATATATATATATATATATATATATATGCATCTTTCTATTTATATTTATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATGCATCTTTCTATTTATATTTATA  400

seq1  TCAATATAGATATAGATATTTATATCTATATAAATATAGATAGATGCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATATAGATATAGATATTTATATCTATATAAATATAGATAGATGCATA  450

seq1  GATACAGTTAATAGAACATACTTGACTTAATTCTTTTTAATTATTTTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACAGTTAATAGAACATACTTGACTTAATTCTTTTTAATTATTTTAGT  500

seq1  AACACAACATTTTTGTTTTTAATGAAGAAATCTACAGAAAATATTGAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACAACATTTTTGTTTTTAATGAAGAAATCTACAGAAAATATTGAGAT  550

seq1  ATCAAAAGGGATTACCTTAAGGAAAGACAGCAAAGTGACTTAACGTATTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAAGGGATTACCTTAAGGAAAGACAGCAAAGTGACTTAACGTATTC  600

seq1  ATGGCTTAATATATTCAATGTGCTCCAATATAAATATAACTAAAACAACA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTTAATATATTCAATGTGCTCCAATATAAATATAACTAAAACAACA  650

seq1  TTGAATATATGAGATTATTTCAGACAGGCAGGGATATTTACAAACTCATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATATGAGATTATTTCAGACAGGCAGGGATATTTACAAACTCATA  700

seq1  GAAATACTACATTAAGTGAAGTAACCCACACAGAGAACAACACATACTAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATACTACATTAAGTGAAGTAACCCACACAGAGAACAACACATACTAC  750

seq1  GTGTTTACTTTTGTATAAAGATGCTAGGTTTTAATGCTTATGTGGGTCAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTACTTTTGTATAAAGATGCTAGGTTTTAATGCTTATGTGGGTCAA  800

seq1  GACATAGGCTTAAATGTCTATGTGGATGCTAGTGTGGGCATATGATCTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGGCTTAAATGTCTATGTGGATGCTAGTGTGGGCATATGATCTGA  850

seq1  GATTAGAGAGGTATCCAGGAGAGAATACCACAGGATGTCCAAAATGGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAGAGAGGTATCCAGGAGAGAATACCACAGGATGTCCAAAATGGCTG  900

seq1  CAGGGCAGC-AGGACACATGGAGCATGAGCAGCACACAGGGAATTCAGAG  949
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCAGCAAGGACACATGGAGCATGAGCAGCACACAGGGAATTCAGAG  950

seq1  GGCTAAGGCAGAAGGCAGGATGGGAGAATCAACAAAAATAAATGTGCTAA  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GGCTAA-GCAGAAGGCAGGATGGGAGAATCAACAAAAAT-AATGTGCTAA  998

seq1  AATAAGTCATAATGAAAGTTTA-TGTTCT-ATATAAGTGCAAAAATTACT  1047
      |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||  ||||
seq2  AATAAGTCATAATGAAAGTTTATTGTTCTAATATAAGTGCAAAA--TACT  1046

seq1  GCAACTTAATTTCTTTAACTTTATATTCAAAAATGTTTCAG-ATACAGGG  1096
      ||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GCAACTTTATTTCTT--ACTTTATATTCAAAAATGTTTCAGAATACAAGG  1094

seq1  GTCCTTTATAA  1107
      || | ||||||
seq2  GT-CGTTATAA  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |