BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291A12
Chromosome8 (Build37)
Map Location 17,263,642 - 17,395,044
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCsmd1
Upstream genenone
Downstream geneLOC665638, LOC100040466
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291A12.bB6Ng01-291A12.g
ACCGA088025GA088026
length1,1551,142
definitionB6Ng01-291A12.b B6Ng01-291A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(17,393,888 - 17,395,044)(17,263,642 - 17,264,785)
sequence
gaattcatccaccctgagctctgtattggctcccctcataccctgtcctc
accagcatggagccccagctgtgtcctctccacttccacagccaggtctg
taccttcccacaccatctctcctctagtaacacagcatagcttgcttgct
gtcctgggtttgtcctctcttgttcatcttccctgtgagatgaacttagt
ttcttaaacacacaaggctcttaggttgctgctattggtaggaccaggaa
agatgttttcatttgacagagaaaatattacataacttgtttttgataac
tcatctccccttggccccctctcactttttagccgattctgacatgatcc
tctaccctgagtgcattggatttagtgtgtttaaaatcattccgtgttgc
tctttctaaaagactatccattccctttcataacgttcatcctgatcctg
tttactgaaatgtccttagaacctatctcaagtgtctcttctttggtgac
cacggatccacagatatttggatgattccacttctcagacttgcatgcct
gcttctttctgaacttttcttgtagatgacacattctaaccatcggaaag
atcctctgcttttgttctcccagaaaccgatcccaagtactcggtagtac
tcaacttcctgctttctaatcccgtctacctttgtaacccttcaaatatt
tattatcctctaatgatatagactggaatcaaacataaggatgtatactt
gttttagatgtatgaattatatgcttataaaaataatttatttatgacat
ttgactaaatgtgaaatgagagaattcacttcaacatttttttacaaatt
tcacatcaaattttaaatcagatggttgatggtggcaccttctggccaat
tgtgatattgcatctggatccattgttttgagattggaagacactcttct
gggacctgaagtcctggagattagtcataagtccataaggacctacgcca
tggtaggcacatggtagtcttttagttcttgaacaccaccacactcttac
tactgttcgtaaatacagcttcattaggtagagctcatcaacacgtcact
tatggatatccagtttctatgcctgagttctcagcatatctagccttgag
gatca

gaattcataattattggatatatatctgctattgaaaaattttccacatt
tttgtcagaaacagaaatggattgcagtcccaaaataaggatacattttt
agtgataaggctatatttcagttatttcagattttcacaaatttaaaaaa
taattaaaataagtggtgttgatatgcacaagacctctgcaagctcaaga
caggcaaattcccttccccaaaggggaggtgggctcaaagtcctgcccca
atctgaggggccaatgataattggtaactgcagagatagagagagtgagc
cagttttccttaagtgtgtggcccctggtcaattggctgaggtcgaatag
aaagccacagtcccaaaagtacatgggcaacattaagtggacttggtggt
ccacaagtaaggtaggtaaggaaagagtagacagatctgagaggagctaa
gggtgcaggtgagtaagatcaaaatatgttacatgaaattctcaaagaac
taatataaaggaaaagaataaagtgatagagaagacaatgaactacctaa
catctcccctaccaacttaaaagatgtggggtaaaaagtaaaaaaaactt
taccaaagctcaagcagtgcagatggaatagagtcctatggctaagaaga
gatccgaagagcagctgagtattcaagtccaggtttcaggaatgatcttc
ttccagaacacaggcaagctcagcatcttttcactgacctccacatcggc
attgcctcccaccatcactcatcacaccacacagcctctgctcctcaggg
acttggggaagacatgagtgttctatttctttatgccccatccccagtcc
acagtgttttcctgtgtcggccggtggcccatatgacctcctgagatcct
tatcccttgctgaatgccagttcttcacgcaagcatctgacaacagcact
taccatgttggaaccgggatcgcggttcataagtctacccatgagaattc
acatctgattacttatgacacagtctatcagaagaagatcactttaataa
atagtagttgaaatgaaaatttgatatcagagattgaactcagcactgtt
ttctccctatcgaatcgatgttctggggggtataatatgaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_17393888_17395044
seq2: B6Ng01-291A12.b_50_1204 (reverse)

seq1  TGAT-CTCAAGGCTAGATATGCTGAGAACTCA-GCATAGAAACTGGATAT  48
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  TGATCCTCAAGGCTAGATATGCTGAGAACTCAGGCATAGAAACTGGATAT  50

seq1  TCATAAGTTGGCCGTGTTGATGAGCTCTACCCTAATGAAGCTTGTATTTA  98
       |||||||  | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||
seq2  CCATAAGT--GACGTGTTGATGAGCTCTA-CCTAATGAAGC-TGTATTTA  96

seq1  CGAACAGTAAGTAAGAGTTGTGTGGTGTTC-AGAACTTAAAAGACTACCA  147
      |||||||| |||||||||   ||||||||| ||||| |||||||||||||
seq2  CGAACAGT-AGTAAGAGTGTGGTGGTGTTCAAGAAC-TAAAAGACTACCA  144

seq1  TGTGCCTACCATGGCGTAGGTCCTTATGGAC-TATGACTAATCTCCAGGA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTACCATGGCGTAGGTCCTTATGGACTTATGACTAATCTCCAGGA  194

seq1  CTTCAGGTCCCAGAAGAGTGTCTTCCAATCTCAAAACAATGGATCCAGAT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGTCCCAGAAGAGTGTCTTCCAATCTCAAAACAATGGATCCAGAT  244

seq1  GCAATATCACAATTGGCCAGAAGGTGCCACCATCAACCATCTGATTTAAA  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATCACAATTGGCCAGAAGGTGCCACCATCAACCATCTGATTTAAA  294

seq1  ATTTGATGTGAAATTTGTAAAAAAATGTTGAAGTGAATTCTCTCATTTCA  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGTGAAATTTGTAAAAAAATGTTGAAGTGAATTCTCTCATTTCA  344

seq1  CATTTAGTCAAATGTCATAAATAAATTATTTTTATAAGCATATAATTCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTAGTCAAATGTCATAAATAAATTATTTTTATAAGCATATAATTCAT  394

seq1  ACATCTAAAACAAGTATACATCCTTATGTTTGATTCCAGTCTATATCATT  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCTAAAACAAGTATACATCCTTATGTTTGATTCCAGTCTATATCATT  444

seq1  AGAGGATAATAAATATTTGAAGGGTTACAAAGGTAGACGGGATTAGAAAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATAATAAATATTTGAAGGGTTACAAAGGTAGACGGGATTAGAAAG  494

seq1  CAGGAAGTTGAGTACTACCGAGTACTTGGGATCGGTTTCTGGGAGAACAA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGTTGAGTACTACCGAGTACTTGGGATCGGTTTCTGGGAGAACAA  544

seq1  AAGCAGAGGATCTTTCCGATGGTTAGAATGTGTCATCTACAAGAAAAGTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGGATCTTTCCGATGGTTAGAATGTGTCATCTACAAGAAAAGTT  594

seq1  CAGAAAGAAGCAGGCATGCAAGTCTGAGAAGTGGAATCATCCAAATATCT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAGAAGCAGGCATGCAAGTCTGAGAAGTGGAATCATCCAAATATCT  644

seq1  GTGGATCCGTGGTCACCAAAGAAGAGACACTTGAGATAGGTTCTAAGGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGATCCGTGGTCACCAAAGAAGAGACACTTGAGATAGGTTCTAAGGAC  694

seq1  ATTTCAGTAAACAGGATCAGGATGAACGTTATGAAAGGGAATGGATAGTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTAAACAGGATCAGGATGAACGTTATGAAAGGGAATGGATAGTC  744

seq1  TTTTAGAAAGAGCAACACGGAATGATTTTAAACACACTAAATCCAATGCA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGAAAGAGCAACACGGAATGATTTTAAACACACTAAATCCAATGCA  794

seq1  CTCAGGGTAGAGGATCATGTCAGAATCGGCTAAAAAGTGAGAGGGGGCCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGGGTAGAGGATCATGTCAGAATCGGCTAAAAAGTGAGAGGGGGCCA  844

seq1  AGGGGAGATGAGTTATCAAAAACAAGTTATGTAATATTTTCTCTGTCAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGAGATGAGTTATCAAAAACAAGTTATGTAATATTTTCTCTGTCAAA  894

seq1  TGAAAACATCTTTCCTGGTCCTACCAATAGCAGCAACCTAAGAGCCTTGT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACATCTTTCCTGGTCCTACCAATAGCAGCAACCTAAGAGCCTTGT  944

seq1  GTGTTTAAGAAACTAAGTTCATCTCACAGGGAAGATGAACAAGAGAGGAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAAGAAACTAAGTTCATCTCACAGGGAAGATGAACAAGAGAGGAC  994

seq1  AAACCCAGGACAGCAAGCAAGCTATGCTGTGTTACTAGAGGAGAGATGGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCCAGGACAGCAAGCAAGCTATGCTGTGTTACTAGAGGAGAGATGGT  1044

seq1  GTGGGAAGGTACAGACCTGGCTGTGGAAGTGGAGAGGACACAGCTGGGGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGAAGGTACAGACCTGGCTGTGGAAGTGGAGAGGACACAGCTGGGGC  1094

seq1  TCCATGCTGGTGAGGACAGGGTATGAGGGGAGCCAATACAGAGCTCAGGG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGCTGGTGAGGACAGGGTATGAGGGGAGCCAATACAGAGCTCAGGG  1144

seq1  TGGATGAATTC  1157
      |||||||||||
seq2  TGGATGAATTC  1155


seq1: chr8_17263642_17264785
seq2: B6Ng01-291A12.g_67_1208

seq1  GAATTCATAATTATTGGATATATATCTGCTATTGAAAAATTTTCCACATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAATTATTGGATATATATCTGCTATTGAAAAATTTTCCACATT  50

seq1  TTTGTCAGAAACAGAAATGGATTGCAGTCCCAAAATAAGGATACATTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCAGAAACAGAAATGGATTGCAGTCCCAAAATAAGGATACATTTTT  100

seq1  AGTGATAAGGCTATATTTCAGTTATTTCAGATTTTCACAAATTTAAAAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATAAGGCTATATTTCAGTTATTTCAGATTTTCACAAATTTAAAAAA  150

seq1  TAATTAAAATAAGTGGTGTTGATATGCACAAGACCTCTGCAAGCTCAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAAATAAGTGGTGTTGATATGCACAAGACCTCTGCAAGCTCAAGA  200

seq1  CAGGCAAATTCCCTTCCCCAAAGGGGAGGTGGGCTCAAAGTCCTGCCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCAAATTCCCTTCCCCAAAGGGGAGGTGGGCTCAAAGTCCTGCCCCA  250

seq1  ATCTGAGGGGCCAATGATAATTGGTAACTGCAGAGATAGAGAGAGTGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGGGGCCAATGATAATTGGTAACTGCAGAGATAGAGAGAGTGAGC  300

seq1  CAGTTTTCCTTAAGTGTGTGGCCCCTGGTCAATTGGCTGAGGTCGAATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTTTCCTTAAGTGTGTGGCCCCTGGTCAATTGGCTGAGGTCGAATAG  350

seq1  AAAGCCACAGTCCCAAAAGTACATGGGCAACATTAAGTGGACTTGGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCACAGTCCCAAAAGTACATGGGCAACATTAAGTGGACTTGGTGGT  400

seq1  CCACAAGTAAGGTAGGTAAGGAAAGAGTAGACAGATCTGAGAGGAGCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAAGTAAGGTAGGTAAGGAAAGAGTAGACAGATCTGAGAGGAGCTAA  450

seq1  GGGTGCAGGTGAGTAAGATCAAAATATGTTACATGAAATTCTCAAAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCAGGTGAGTAAGATCAAAATATGTTACATGAAATTCTCAAAGAAC  500

seq1  TAATATAAAGGAAAAGAATAAAGTGATAGAGAAGACAATGAACTACCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATAAAGGAAAAGAATAAAGTGATAGAGAAGACAATGAACTACCTAA  550

seq1  CATCTCCCCTACCAACTTAAAAGATGTGGGGTAAAAAGTAAAAAAAACTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCCCTACCAACTTAAAAGATGTGGGGTAAAAAGTAAAAAAAACTT  600

seq1  TACCAAAGCTCAAGCAGTGCAGATGGAATAGAGTCCTATGGCTAAGAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAAAGCTCAAGCAGTGCAGATGGAATAGAGTCCTATGGCTAAGAAGA  650

seq1  GATCCGAAGAGCAGCTGAGTATTCAAGTCCAGGTTTCAGGAATGATCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCGAAGAGCAGCTGAGTATTCAAGTCCAGGTTTCAGGAATGATCTTC  700

seq1  TTCCAGAACACAGGCAAGCTCAGCATCTTTTCACTGACCTCCACATCGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGAACACAGGCAAGCTCAGCATCTTTTCACTGACCTCCACATCGGC  750

seq1  ATTGCCTCCCACCATCACTCATCACACCACACAGCCTCTGCTCCTCAGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCCTCCCACCATCACTCATCACACCACACAGCCTCTGCTCCTCAGGG  800

seq1  ACTTGGGGAAGACATGAGTGTTCTATTTCTTTATGCCCCATCCCCAGTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGGGGAAGACATGAGTGTTCTATTTCTTTATGCCCCATCCCCAGTCC  850

seq1  ACAGTGTTTTCCTGTGTCGGCCGGTGGCCCATATGACCTCCTGAGATCCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGTTTTCCTGTGTCGGCCGGTGGCCCATATGACCTCCTGAGATCCT  900

seq1  TATCCCTTGCTGAATGCCCAGTTCTCCACGCAAGCATCTGAC-ACAGCAC  949
      |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||
seq2  TATCCCTTGCTGAATG-CCAGTTCTTCACGCAAGCATCTGACAACAGCAC  949

seq1  TTACCATGTTGGAACC-GGATCGCGGTTCATAAGTCTACCCATGAGAA-T  997
      |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTACCATGTTGGAACCGGGATCGCGGTTCATAAGTCTACCCATGAGAATT  999

seq1  CACATCTGATTACTTATGACACAGTCTATCAG-AGAAGATCACTTTAATA  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CACATCTGATTACTTATGACACAGTCTATCAGAAGAAGATCACTTTAATA  1049

seq1  AATAGTAGTATGAATG-AAATTTGATATCAGAAGATTGGACTTCAGCACT  1095
      |||||||||   |||| |||||||||||||| |||||| || ||||||||
seq2  AATAGTAGTTGAAATGAAAATTTGATATCAG-AGATTGAAC-TCAGCACT  1097

seq1  GTATTTTCTCCTCTTCGAATCTGATGTTCTGGGGGTGATAATATAGAGA  1144
      |  ||||||||   ||||||| |||||||||||||  ||||||| ||||
seq2  G--TTTTCTCCCTATCGAATC-GATGTTCTGGGGGGTATAATAT-GAGA  1142


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |