BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-291E20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 128,438,329 - 128,637,274
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC021891, Kcnk1
Upstream geneEgln1, Tsnax, Disc1, Sipa1l2, 4933403G14Rik, 2310079N02Rik, E330039K12Rik
Downstream geneSlc35f3, LOC668434, 1810063B05Rik, EG619653, Irf2bp2, Tomm20, Rbm34, LOC100043368, Gabarapl2-ps8_1688.1, Pard3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-291E20.bB6Ng01-291E20.g
ACCGA088225GA088226
length1,169455
definitionB6Ng01-291E20.b B6Ng01-291E20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(128,636,124 - 128,637,274)(128,438,329 - 128,438,789)
sequence
gaattcagcacatcacacgcaagaactccaggggcttctgctctcccatg
attctccggagcctcggaggaggctctggtctttgcctgaggcagctctt
agctctttcttctctcctcctcaggagatggcaaaatttactttctttta
tttgaagagagttaagaagcaccatggataagttagagaaggctgaaagt
cagagtaaagctgaggagagagccatcaagtggctttcaaagcgcagatt
gccttaagagcagccctaatgcatcaagtgtatcaggaagctgtctctaa
tctgcagctgtgaagactttcatacaaaggaaagacaaagagctgttcat
ctgatgtcaagcaaacacctcctttcagctgtagccttttcatagtgacg
ggagccaccaagtcatatagctacagatacaggggtctcgaggaagcaaa
cttataagcagagctctccattccacagcaaagaagcaaatgcttacctg
tccatcataatatatggcccacctcatccaatggatgttcacgatccact
gtccaggttataggcatctttcaagtgtgcatgtttcagataccaagaga
taggctcaacctgtaaagtgtttcccttgtaaacatgaggacctgacacc
aatccctcaggacccatttgatggcacacttgggatctagcagcatgaga
gaggcatagacaagaagaccccaaagctccacaaagtgagaaactatgtc
tcaaaaagcctgataggtgtggcctaaggaataccagcagctgaagcagt
ctgatctccaaacatgtgcccatacatatgcacacatgtgtgtatgtaca
tgtgcacacacacacacatctggatagggtgcataaatttctatttagcc
acattggttatgaggagatgcaacatcatcctttctagttgacaacagac
cattcattctctggtcattggtggtggcatggcatgctccacctgctgag
taggaaatggccttggcctttgaaagagagccagtttcttcttgcagggt
agctcagggcttggggtggcatcaatttgttgtgagcttggtgaacttat
agggtgaaagaactgaactgatggagaaccaggtgagctcaacacactat
tgccttagtgtttcctggg
cctctgtggtgtgtggctgtaccttctctctgactgtgcagcgtagtgac
acggtttcggcaggttgggttcgactgtgttatttgctgacggcagacat
gaattactagctgtaaacagggctttgagtcaatattgagcttattccac
gctgcatccaacccacgtgacagtgggcagtgggggagggctgactccca
gtcggtgggaattactgttagaacaaatgcttgaatttgtaggaagattc
tgcaccttttgatagatttttcttttctagtttttttaactcttacttct
tggggacttgtctgtgataaagcaccggtgactcagacaactttgccctt
tctgacagacagctactgaaagtcaagccaaacttgcagtgtgcgtgtgc
gtgcgtgcgtgcgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgatgtgta
tgagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_128636124_128637274
seq2: B6Ng01-291E20.b_44_1212 (reverse)

seq1  CCCAGG-GACACT-AGGCAAT-GTGTG-TGA-CTCACCTTGTGTCTCCAT  45
      ||||||  ||||| ||||||| ||||| ||| ||||||| || |||||||
seq2  CCCAGGAAACACTAAGGCAATAGTGTGTTGAGCTCACCTGGT-TCTCCAT  49

seq1  CAG-TCAGTTCCTTTCACCCTATAGTTTCAC--AGCTCACAACATATTGA  92
      ||| |||||| |||||||||||||  |||||  ||||||||||| |||||
seq2  CAGTTCAGTT-CTTTCACCCTATAAGTTCACCAAGCTCACAACAAATTGA  98

seq1  TCCCA-CCCAAG-CCTG-GCTA-CCTGCA--GAGAAACTGGCTTCTCTTT  136
      | ||| |||||| |||| |||| ||||||   |||||||||| |||||||
seq2  TGCCACCCCAAGCCCTGAGCTACCCTGCAAGAAGAAACTGGC-TCTCTTT  147

seq1  CAAA-GCCAA-GCCA-TTCCTACTCAGCAAGT-GAGCATGCCATGCCAC-  181
      |||| ||||| |||| ||||||||||||| || |||||||||||||||| 
seq2  CAAAGGCCAAGGCCATTTCCTACTCAGCAGGTGGAGCATGCCATGCCACC  197

seq1  -ACAATGACCAGAGAATGAATGGTCTGTTGTCAACTAG-AAGGATGATGT  229
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACCAATGACCAGAGAATGAATGGTCTGTTGTCAACTAGAAAGGATGATGT  247

seq1  TGCATCTCCTCATAACCAATGTGGCTAAATAGAAATTTATGCACCCTATC  279
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATCTCCTCATAACCAATGTGGCTAAATAGAAATTTATGCACCCTATC  297

seq1  CAGATGTGTGTGTGTGTGCACATGTACATACACACATGTGTGCATATGTA  329
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGTGTGTGTGTGTGCACATGTACATACACACATGTGTGCATATGTA  347

seq1  TGGGCACATGTTTGGAGATCAGACTGCTTCAGCTGCTGGTATTCCTTAGG  379
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCACATGTTTGGAGATCAGACTGCTTCAGCTGCTGGTATTCCTTAGG  397

seq1  CCACACCTATCAGGCTTTTTGAGACATAGTTTCTCACTTTGTGGAGCTTT  429
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACCTATCAGGCTTTTTGAGACATAGTTTCTCACTTTGTGGAGCTTT  447

seq1  GGGGTCTTCTTGTCTATGCCTCTCTCATGCTGCTAGATCCCAAGTGTGCC  479
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTCTTCTTGTCTATGCCTCTCTCATGCTGCTAGATCCCAAGTGTGCC  497

seq1  ATCAAATGGGTCCTGAGGGATTGGTGTCAGGTCCTCATGTTTACAAGGGA  529
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAATGGGTCCTGAGGGATTGGTGTCAGGTCCTCATGTTTACAAGGGA  547

seq1  AACACTTTACAGGTTGAGCCTATCTCTTGGTATCTGAAACATGCACACTT  579
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACTTTACAGGTTGAGCCTATCTCTTGGTATCTGAAACATGCACACTT  597

seq1  GAAAGATGCCTATAACCTGGACAGTGGATCGTGAACATCCATTGGATGAG  629
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATGCCTATAACCTGGACAGTGGATCGTGAACATCCATTGGATGAG  647

seq1  GTGGGCCATATATTATGATGGACAGGTAAGCATTTGCTTCTTTGCTGTGG  679
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGCCATATATTATGATGGACAGGTAAGCATTTGCTTCTTTGCTGTGG  697

seq1  AATGGAGAGCTCTGCTTATAAGTTTGCTTCCTCGAGACCCCTGTATCTGT  729
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGAGAGCTCTGCTTATAAGTTTGCTTCCTCGAGACCCCTGTATCTGT  747

seq1  AGCTATATGACTTGGTGGCTCCCGTCACTATGAAAAGGCTACAGCTGAAA  779
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATATGACTTGGTGGCTCCCGTCACTATGAAAAGGCTACAGCTGAAA  797

seq1  GGAGGTGTTTGCTTGACATCAGATGAACAGCTCTTTGTCTTTCCTTTGTA  829
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGTTTGCTTGACATCAGATGAACAGCTCTTTGTCTTTCCTTTGTA  847

seq1  TGAAAGTCTTCACAGCTGCAGATTAGAGACAGCTTCCTGATACACTTGAT  879
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCTTCACAGCTGCAGATTAGAGACAGCTTCCTGATACACTTGAT  897

seq1  GCATTAGGGCTGCTCTTAAGGCAATCTGCGCTTTGAAAGCCACTTGATGG  929
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTAGGGCTGCTCTTAAGGCAATCTGCGCTTTGAAAGCCACTTGATGG  947

seq1  CTCTCTCCTCAGCTTTACTCTGACTTTCAGCCTTCTCTAACTTATCCATG  979
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCTCAGCTTTACTCTGACTTTCAGCCTTCTCTAACTTATCCATG  997

seq1  GTGCTTCTTAACTCTCTTCAAATAAAAGAAAGTAAATTTTGCCATCTCCT  1029
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCTTAACTCTCTTCAAATAAAAGAAAGTAAATTTTGCCATCTCCT  1047

seq1  GAGGAGGAGAGAAGAAAGAGCTAAGAGCTGCCTCAGGCAAAGACCAGAGC  1079
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGGAGAGAAGAAAGAGCTAAGAGCTGCCTCAGGCAAAGACCAGAGC  1097

seq1  CTCCTCCGAGGCTCCGGAGAATCATGGGAGAGCAGAAGCCCCTGGAGTTC  1129
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCCGAGGCTCCGGAGAATCATGGGAGAGCAGAAGCCCCTGGAGTTC  1147

seq1  TTGCGTGTGATGTGCTGAATTC  1151
      ||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCGTGTGATGTGCTGAATTC  1169

seq1: chr8_128438329_128438789
seq2: B6Ng01-291E20.g_68_528

seq1  GAATTCCCTCTGTGGTGTGTGGCTGTACCTTCTCTCTGACTGTGCAGCGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTCTGTGGTGTGTGGCTGTACCTTCTCTCTGACTGTGCAGCGT  50

seq1  AGTGACACGGTTTCGGCAGGTTGGGTTCGACTGTGTTATTTGCTGACGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACACGGTTTCGGCAGGTTGGGTTCGACTGTGTTATTTGCTGACGGC  100

seq1  AGACATGAATTACTAGCTGTAAACAGGGCTTTGAGTCAATATTGAGCTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATGAATTACTAGCTGTAAACAGGGCTTTGAGTCAATATTGAGCTTA  150

seq1  TTCCACGCTGCATCCAACCCACGTGACAGTGGGCAGTGGGGGAGGGCTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACGCTGCATCCAACCCACGTGACAGTGGGCAGTGGGGGAGGGCTGA  200

seq1  CTCCCAGTCGGTGGGAATTACTGTTAGAACAAATGCTTGAATTTGTAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGTCGGTGGGAATTACTGTTAGAACAAATGCTTGAATTTGTAGGA  250

seq1  AGATTCTGCACCTTTTGATAGATTTTTCTTTTCTAGTTTTTTTAACTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCTGCACCTTTTGATAGATTTTTCTTTTCTAGTTTTTTTAACTCTT  300

seq1  ACTTCTTGGGGACTTGTCTGTGATAAAGCACCGGTGACTCAGACAACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCTTGGGGACTTGTCTGTGATAAAGCACCGGTGACTCAGACAACTTT  350

seq1  GCCCTTTCTGACAGACAGCTACTGAAAGTCAAGCCAAACTTGCAGTGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTTTCTGACAGACAGCTACTGAAAGTCAAGCCAAACTTGCAGTGTGC  400

seq1  GTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCGTGCGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGA  450

seq1  TGTGTATGAGT  461
      |||||||||||
seq2  TGTGTATGAGT  461