BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-306F15
Chromosome8 (Build37)
Map Location 55,944,900 - 56,090,751
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpm6a
Upstream geneVegfc, Spcs3, Asb5, Spata4, Wdr17
Downstream geneLOC667624, LOC100040156, LOC100040382, LOC100040392, EG546212
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-306F15.bB6Ng01-306F15.g
ACCGA099413GA099414
length1,1771,087
definitionB6Ng01-306F15.b B6Ng01-306F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(56,089,566 - 56,090,751)(55,944,900 - 55,945,984)
sequence
gaattcagtgtatctgtttgaactcttgtgatcattgtatctcatgtata
tattttattacaaattaatatgtcatggcttttaaagaaaattcaacata
tgtatgttatttttacaatataaattgattctcctggaaattatactcac
aacagtattttttaatataatttatctgagttgtttacaaaactttgatt
cagaataagctgcaataaagggatccaaactcttgaaaaattcatacttt
tatgacttcctgaatgttatgcatttttcttactttatctagagtagtcc
tttaggactcctcttttcaatttaaaattttaagtgcacataaccctctg
aagcccaagaaatcctaacccgcaggagatctaaggaacatacttttgtt
taaagacaagctcacaacttggtaaagattagtaaatagttttaatagaa
atgcagttacaaaaccaattgttcatattttcgagaactgtcctttaggc
atgggagagagtatcaatgttaaagaaagtgtttgatgattacaccacac
tggactgggatggtatatatgaaaagatctgcgatgacaactaacaatgg
actcacttatggggactttattatgaaatagctgtcagaaggatgcatta
gaaaaaaatgtatgccaaaattaaaatgacattctacttaaatatagaaa
caatagagttgaattgttaacatttatcacttttccttaaatgtttaaat
gaacaatttaacagggcttacaatatgatattatgctctatgtttaatca
gaggaagagttatctccatgtcgattattatttaaagtataaaggatcaa
cacactgatatatttttaaattatttgctatatatttcaaagctaaatat
aaacgtacatgtttcaaagcaatgtagagttaaattatagaacatatact
tgctgtatttagttttctatactccaaacttctcatttagtactttattc
tatttatgctacttattttatgtatttatcataaacaacataaaccagta
tgtataacaagtcatgattttgtgaataccatctaccattcttatatcag
cctattaggtatcattcctatttgaagttgaaggcatgcatactacacag
ttttaactatatagttcacatatagtg
gaattcattcaatggctttgcaataatatgcactaaacattagctacaat
tttttttttgcttcttcttgtctgctaatattacctcaaactcaaaatgc
tactgaatgaattatcatttctctcattattcttttttttctcattttca
tgctctgattatttttctctgctattacatgctattacatgtaaaaataa
aaagaatggaacttcagagtttgtatcctttcacttgctgaaactagttc
tcttcatatctttacattcttgtctgcatatccccttttagctcacagtt
ttccaggatataatcttatgaggggtcatgtattaactgtaagaatcctc
ttgtttttcctgctgttagaatgttccttggttttaaatacatccaactc
atcgcaaaatttatgttttcatagaaattaatcccttatattactcaaga
agacctctaagcactttgatatttgccaactagagttaaaactctctttg
gttgagatacaaaacttcctctgatttctgtagatattccttccttgcta
tttatttatgtgggcccatttgggtactataatggaagtctcctgtaaaa
tgtaagtgatatactcgacataggtcaagaatgcccttagcattatttag
ctgttttcttctttttttaaaattggttattttatttatttacatttcaa
atgttgtccttttccccagtcttccctccctccatcccctccccctcccc
tttgcctccaagagggtgctcttccacccaccaatccatccactccttcc
tcactgatctagcatccccttacattgctcccaggtactacccaccatcc
aaacattatttagctcttgtgactcatgtgtagggacatttatttccatt
tcatggtaatgctttgagggggtggtggaaccttaggactgttggtccag
ggtagcataagtgtgccactaggagttgagacttgaaaggtataattcac
atcttaattctagctgagctctctactgaatcccacaaagtgagataaat
gtgccacccaattggcagatccatcccccatgctctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_56089566_56090751
seq2: B6Ng01-306F15.b_48_1224 (reverse)

seq1  CACTA---GTGAACTATACAGTTTAAAATTGTTGGTAGTAAATTTCAAAT  47
      |||||   |||||||||| || |||||| |||  ||||||   | |  ||
seq2  CACTATATGTGAACTATATAG-TTAAAACTGT--GTAGTA---TGC--AT  42

seq1  GCCCTC-ACTTC-AATAGGGATGAATACTTAATTAGGCTGATATA--GAT  93
      ||| || ||||| |||||| ||| |||| ||| ||||||||||||   ||
seq2  GCCTTCAACTTCAAATAGGAATG-ATACCTAA-TAGGCTGATATAAGAAT  90

seq1  TGTAGATTGTATTCAC-AAATCATGACTTTGTATACATACTTGGTTAATG  142
       |||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| ||||| |||
seq2  GGTAGATGGTATTCACAAAATCATGACTTGTTATACATAC-TGGTTTATG  139

seq1  TTGGTTTATGGATAAAATACATTAAAATAAGTAGCAATAAATAGGAATAA  192
      || |||||| ||| ||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TT-GTTTAT-GAT-AAATACA-TAAAATAAGTAGC-ATAAATA-GAATAA  183

seq1  AGTACTAAATGAAGAAGTTTGGAGTATAGAAAACTAAATACAGCAAGTAT  242
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACTAAATG-AGAAGTTTGGAGTATAGAAAACTAAATACAGCAAGTAT  232

seq1  ATGTTCTATAATTTAACTCTACATTGCTTTGAAACATGTACGTTTATATT  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTCTATAATTTAACTCTACATTGCTTTGAAACATGTACGTTTATATT  282

seq1  TAGCTTTGAAATATATAGCAAATAATTTAAAAATATATCAGTGTGTTGAT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTTGAAATATATAGCAAATAATTTAAAAATATATCAGTGTGTTGAT  332

seq1  CC-TTATACTTTAAATAATAATCGACATGGAGATAACTCTTCCTCTGATT  391
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTATACTTTAAATAATAATCGACATGGAGATAACTCTTCCTCTGATT  382

seq1  AAACATAGAGCATAATATCATATTGTAAGCCCTGTTAAATTGTTCATTTA  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATAGAGCATAATATCATATTGTAAGCCCTGTTAAATTGTTCATTTA  432

seq1  AACATTTAAGGAAAAGTGATAAATGTTAACAATTCAACTCTATTGTTTCT  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTTAAGGAAAAGTGATAAATGTTAACAATTCAACTCTATTGTTTCT  482

seq1  ATATTTAAGTAGAATGTCATTTTAATTTTGGCATACATTTTTTTCTAATG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTAAGTAGAATGTCATTTTAATTTTGGCATACATTTTTTTCTAATG  532

seq1  CATCCTTCTGACAGCTATTTCATAATAAAGTCCCCATAAGTGAGTCCATT  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTTCTGACAGCTATTTCATAATAAAGTCCCCATAAGTGAGTCCATT  582

seq1  GTTAGTTGTCATCGCAGATCTTTTCATATATACCATCCCAGTCCAGTGTG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTGTCATCGCAGATCTTTTCATATATACCATCCCAGTCCAGTGTG  632

seq1  GTGTAATCATCAAACACTTTCTTTAACATTGATACTCTCTCCCATGCCTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAATCATCAAACACTTTCTTTAACATTGATACTCTCTCCCATGCCTA  682

seq1  AAGGACAGTTCTCGAAAATATGAACAATTGGTTTTGTAACTGCATTTCTA  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACAGTTCTCGAAAATATGAACAATTGGTTTTGTAACTGCATTTCTA  732

seq1  TTAAAACTATTTACTAATCTTTACCAAGTTGTGAGCTTGTCTTTAAACAA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAACTATTTACTAATCTTTACCAAGTTGTGAGCTTGTCTTTAAACAA  782

seq1  AAGTATGTTCCTTAGATCTCCTGCGGGTTAGGATTTCTTGGGCTTCAGAG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGTTCCTTAGATCTCCTGCGGGTTAGGATTTCTTGGGCTTCAGAG  832

seq1  GGTTATGTGCACTTAAAATTTTAAATTGAAAAGAGGAGTCCTAAAGGACT  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTATGTGCACTTAAAATTTTAAATTGAAAAGAGGAGTCCTAAAGGACT  882

seq1  ACTCTAGATAAAGTAAGAAAAATGCATAACATTCAGGAAGTCATAAAAGT  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTAGATAAAGTAAGAAAAATGCATAACATTCAGGAAGTCATAAAAGT  932

seq1  ATGAATTTTTCAAGAGTTTGGATCCCTTTATTGCAGCTTATTCTGAATCA  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTTTCAAGAGTTTGGATCCCTTTATTGCAGCTTATTCTGAATCA  982

seq1  AAGTTTTGTAAACAACTCAGATAAATTATATTAAAAAATACTGTTGTGAG  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTTGTAAACAACTCAGATAAATTATATTAAAAAATACTGTTGTGAG  1032

seq1  TATAATTTCCAGGAGAATCAATTTATATTGTAAAAATAACATACATATGT  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTCCAGGAGAATCAATTTATATTGTAAAAATAACATACATATGT  1082

seq1  TGAATTTTCTTTAAAAGCCATGACATATTAATTTGTAATAAAATATATAC  1141
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTTTCTTTAAAAGCCATGACATATTAATTTGTAATAAAATATATAC  1132

seq1  ATGAGATACAATGATCACAAGAGTTCAAACAGATACACTGAATTC  1186
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGATACAATGATCACAAGAGTTCAAACAGATACACTGAATTC  1177

seq1: chr8_55944900_55945984
seq2: B6Ng01-306F15.g_68_1154

seq1  GAATTCATTCAATGGCTTTGCAATAATATGCACTAAACATTAGCTACAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTCAATGGCTTTGCAATAATATGCACTAAACATTAGCTACAAT  50

seq1  TTTTTTTTTGCTTCTTCTTGTCTGCTAATATTACCTCAAACTCAAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTGCTTCTTCTTGTCTGCTAATATTACCTCAAACTCAAAATGC  100

seq1  TACTGAATGAATTATCATTTCTCTCATTATTCTTTTTTTTCTCATTTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGAATGAATTATCATTTCTCTCATTATTCTTTTTTTTCTCATTTTCA  150

seq1  TGCTCTGATTATTTTTCTCTGCTATTACATGCTATTACATGTAAAAATAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTGATTATTTTTCTCTGCTATTACATGCTATTACATGTAAAAATAA  200

seq1  AAAGAATGGAACTTCAGAGTTTGTATCCTTTCACTTGCTGAAACTAGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGGAACTTCAGAGTTTGTATCCTTTCACTTGCTGAAACTAGTTC  250

seq1  TCTTCATATCTTTACATTCTTGTCTGCATATCCCCTTTTAGCTCACAGTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATATCTTTACATTCTTGTCTGCATATCCCCTTTTAGCTCACAGTT  300

seq1  TTCCAGGATATAATCTTATGAGGGGTCATGTATTAACTGTAAGAATCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCAGGATATAATCTTATGAGGGGTCATGTATTAACTGTAAGAATCCTC  350

seq1  TTGTTTTTCCTGCTGTTAGAATGTTCCTTGGTTTTAAATACATCCAACTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTTTCCTGCTGTTAGAATGTTCCTTGGTTTTAAATACATCCAACTC  400

seq1  ATCGCAAAATTTATGTTTTCATAGAAATTAATCCCTTATATTACTCAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGCAAAATTTATGTTTTCATAGAAATTAATCCCTTATATTACTCAAGA  450

seq1  AGACCTCTAAGCACTTTGATATTTGCCAACTAGAGTTAAAACTCTCTTTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCTCTAAGCACTTTGATATTTGCCAACTAGAGTTAAAACTCTCTTTG  500

seq1  GTTGAGATACAAAACTTCCTCTGATTTCTGTAGATATTCCTTCCTTGCTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGATACAAAACTTCCTCTGATTTCTGTAGATATTCCTTCCTTGCTA  550

seq1  TTTATTTATGTGGGCCCATTTGGGTACTATAATGGAAGTCTCCTGTAAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTATGTGGGCCCATTTGGGTACTATAATGGAAGTCTCCTGTAAAA  600

seq1  TGTAAGTGATATACTCGACATAGGTCAAGAATGCCCTTAGCATTATTTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGTGATATACTCGACATAGGTCAAGAATGCCCTTAGCATTATTTAG  650

seq1  CTGTTTTCTTCTTTTTTTAAAATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTCAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTTCTTCTTTTTTTAAAATTGGTTATTTTATTTATTTACATTTCAA  700

seq1  ATGTTGTCCTTTTCCCCAGTCTTCCCTCCCTCCATCCCCTCCCCCTCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTCCTTTTCCCCAGTCTTCCCTCCCTCCATCCCCTCCCCCTCCCC  750

seq1  TTTGCCTCCAAGAGGGTGCTCTTCCACCCACCAATCCATCCACTCCTTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCCTCCAAGAGGGTGCTCTTCCACCCACCAATCCATCCACTCCTTCC  800

seq1  TCACTGATCTAGCATCCCCTTACATTGCTCCCAGGTACTACCCACCATCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTGATCTAGCATCCCCTTACATTGCTCCCAGGTACTACCCACCATCC  850

seq1  AAACATTATTTAGCTCTTGTGACTCATGTGTAGGGACATTTATTTCCATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACATTATTTAGCTCTTGTGACTCATGTGTAGGGACATTTATTTCCATT  900

seq1  TCATGGTAATGCTTTGA-GGGGTGGTGGAACCTTTAGGACTG-TGGTCCA  948
      ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TCATGGTAATGCTTTGAGGGGGTGGTGGAACC-TTAGGACTGTTGGTCCA  949

seq1  -GGTAGCATAAGTGTGCCACTAGGAGTTGAGACTTG-AAGGTAT-ATTCA  995
       ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  GGGTAGCATAAGTGTGCCACTAGGAGTTGAGACTTGAAAGGTATAATTCA  999

seq1  CATC-TAATTCTAGCCTGAGCTCTCTACTGAATCCCACAAAGTGAGATTA  1044
      |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  CATCTTAATTCTAG-CTGAGCTCTCTACTGAATCCCACAAAGTGAGAT--  1046

seq1  AATTGTGCCACCC-ATTGGCAGAATCATTCCCCCATGCTCTC  1085
      || |||||||||| |||||||| |||  ||||||||||||||
seq2  AAATGTGCCACCCAATTGGCAG-ATCCATCCCCCATGCTCTC  1087