BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-315F22
Chromosome8 (Build37)
Map Location 18,807,043 - 18,909,858
singlet/doubletdoublet
Overlap geneAgpat5, LOC100040486
Upstream geneLOC665638, LOC100040466, Mcph1, Angpt2
Downstream geneXkr5, Defb40, Defb37, Defb38, Defb39, Defb12, Defb34, EG546038, Spag11, Defb14, Defb4, EG654452, Defb6, EG574081, Defb5, Defb3, Defb54-ps, LOC100040504, LOC100040514, Defb8, LOC100040528, LOC100041511, Defb7, LOC670326, LOC100040561, LOC624198, EG665730, 4930467E23Rik, LOC100041567, LOC547150
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-315F22.bB6Ng01-315F22.g
ACCGA106040GA106041
length1,0891,126
definitionB6Ng01-315F22.b B6Ng01-315F22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,807,043 - 18,808,132)(18,908,716 - 18,909,858)
sequence
gaattctcttgacaaatggagattccccacagatacttaaaagaacagcc
aagttactctcatatgcaagaatttaccaaggcctaggaaataggggggt
tgtggtattgcattattcatgagaaggtctgctagagcagaaccccctgg
tgctagctttcacaagactcaaaggagtaacacaaattgtgactagggtg
tgaaatccttacctgtcattaggtgaccctaggcagggctgttttatctt
tactgtaaatgttacctggttcctgtaagttccttttgaagtcattcctt
tgttttgtgtcaggtaacttcaatgtactttgcctgctgtgacatcctac
ccctttgttttctgtatcatataagactagtgttcactttgtgacattac
tttgtcattcgcccacctgcaaccagagacccattcctagcagatagcag
atccaaaaaaggagatagtctgcaacagtcaccaccttaaagaccctgtc
tccagaatcagtcaagttcaacgtctggactttgacattgacttagtgtg
tatatataagtttatataacattataaacacatgcatgtatatatataca
gttaatagacatgcattatgcatacatagtaagaagcaaatggcatataa
gaactaaattttttcataacaatgtataagaaagtgaataatgttattta
agatcttcaaaagaacacatgacttaaaattttatatttaaaagctaact
cttaagcaaatatgacatggcaaactcataactgaatgccaggacccagg
actgttattgccatggtcttggaggaagagtccactgggaggcaaagtct
aaacaagcaagatgaggagtcagtgaggctgtggtggttaggtatggaaa
tagaggtatacaaatagagataagcaaataggcagagagataaaaccaat
gcctaggactgaaaggagtggtagagtggggtgggggctagagcctctga
atagaggagaacttagatatgtacacagcaataaacattttcagtgttca
catgcagcagtacggagtgtgatttttcttccattccac
gaattcaagcattgtctccattcctaccaccaagccttggacactcagtc
ctccagatgtttgtctacccttcggttcccacagctatgatcctctctgt
aggtacctagaccttctcttgctggcattcatcatgtctcactggtcttt
tgaaactcatttggaaatctgcctacccaagctgaaacacctcgtagccc
cacatacaacttaactgtcaccacaaatatgcctaactcctcaacaggaa
agcacacatcaaaatgctaccagggcccacggttgacagagaatacatag
gaagctctaagctttagccaagggccgcagctactctctcagtttgtacc
ctcaagacagagctggtgctattgtctatcaggagacagagaacaggggt
gctgggagtcagatcagctgtggctacccactctacacaaggtcgctcac
tcagcagacatcccaagcttgctgtatctcaggttcttggataaggcacg
gagatacaaagacggccaagacagtgtcttcctcagtgggactgtgccta
gataaatagataacagataaatgtttctgtacactagtctttgttcagac
aacacatgacctggggttaacagatcatttaacaaggtagcccgtgtgca
tccacacattatttcacccatagagaggcagacctctaagaacaccacct
ctcacgtatcaagtgcattccttgtgagatgccttccagagtagggtaag
aatatgacattagattggaccactgggatcaccaagggggaaatctggtc
tggagattcaaagccagagttcactgtgcctgaggtctttgaggagcaag
ggatgggccaagtccccattgagtttggggatagaggaaatgccacacat
gaaacagagggatggctaagtgttaggacaccaggccttgagtgtgtacc
agagcaagtgtaccagaccatgaagtaccaggaacaactgtaccaactgt
gcagtgagccaaatcctacgtgactggaggtaatcaagtctaaccacaca
tgccactgcattgtgacctttgcaggtgttccagaatgtctggacctgat
catcgaacgcccacagaatggagagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_18807043_18808132
seq2: B6Ng01-315F22.b_48_1136

seq1  GAATTCTCTTGACAAATGGAGATTCCCCACAGATACTTAAAAGAACAGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGACAAATGGAGATTCCCCACAGATACTTAAAAGAACAGCC  50

seq1  AAGTTACTCTCATATGCAAGAATTTACCAAGGCCTAGGAAATAGGGGGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTACTCTCATATGCAAGAATTTACCAAGGCCTAGGAAATAGGGGGGT  100

seq1  TGTGGTATTGCATTATTCATGAGAAGGTCTGCTAGAGCAGAACCCCCTGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATTGCATTATTCATGAGAAGGTCTGCTAGAGCAGAACCCCCTGG  150

seq1  TGCTAGCTTTCACAAGACTCAAAGGAGTAACACAAATTGTGACTAGGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAGCTTTCACAAGACTCAAAGGAGTAACACAAATTGTGACTAGGGTG  200

seq1  TGAAATCCTTACCTGTCATTAGGTGACCCTAGGCAGGGCTGTTTTATCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATCCTTACCTGTCATTAGGTGACCCTAGGCAGGGCTGTTTTATCTT  250

seq1  TACTGTAAATGTTACCTGGTTCCTGTAAGTTCCTTTTGAAGTCATTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTAAATGTTACCTGGTTCCTGTAAGTTCCTTTTGAAGTCATTCCTT  300

seq1  TGTTTTGTGTCAGGTAACTTCAATGTACTTTGCCTGCTGTGACATCCTAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTGTGTCAGGTAACTTCAATGTACTTTGCCTGCTGTGACATCCTAC  350

seq1  CCCTTTGTTTTCTGTATCATATAAGACTAGTGTTCACTTTGTGACATTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTTGTTTTCTGTATCATATAAGACTAGTGTTCACTTTGTGACATTAC  400

seq1  TTTGTCATTCGCCCACCTGCAACCAGAGACCCATTCCTAGCAGATAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCATTCGCCCACCTGCAACCAGAGACCCATTCCTAGCAGATAGCAG  450

seq1  ATCCAAAAAAGGAGATAGTCTGCAACAGTCACCACCTTAAAGACCCTGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCAAAAAAGGAGATAGTCTGCAACAGTCACCACCTTAAAGACCCTGTC  500

seq1  TCCAGAATCAGTCAAGTTCAACGTCTGGACTTTGACATTGACTTAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAATCAGTCAAGTTCAACGTCTGGACTTTGACATTGACTTAGTGTG  550

seq1  TATATATAAGTTTATATAACATTATAAACACATGCATGTATATATATACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATAAGTTTATATAACATTATAAACACATGCATGTATATATATACA  600

seq1  GTTAATAGACATGCATTATGCATACATAGTAAGAAGCAAATGGCATATAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATAGACATGCATTATGCATACATAGTAAGAAGCAAATGGCATATAA  650

seq1  GAACTAAATTTTTTCATAACAATGTATAAGAAAGTGAATAATGTTATTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTAAATTTTTTCATAACAATGTATAAGAAAGTGAATAATGTTATTTA  700

seq1  AGATCTTCAAAAGAACACATGACTTAAAATTTTATATTTAAAAGCTAACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTTCAAAAGAACACATGACTTAAAATTTTATATTTAAAAGCTAACT  750

seq1  CTTAAGCAAATATGACATGGCAAACTCATAACTGAATGCCAGGACCCAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCAAATATGACATGGCAAACTCATAACTGAATGCCAGGACCCAGG  800

seq1  ACTGTTATTGCCATGGTCTTGGAGGAAGAGTCCACTGGGAGGCAAAGTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTATTGCCATGGTCTTGGAGGAAGAGTCCACTGGGAGGCAAAGTCT  850

seq1  AAACAAGCAAGATGAGGAGTCAGTGAGGCTGTGGTGGTTAGGTATGGAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGCAAGATGAGGAGTCAGTGAGGCTGTGGTGGTTAGGTATGGAAA  900

seq1  TAGAGGTATACAAATAGAGATAAGCAAATAGGCAGAGAGATAAAACCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGTATACAAATAGAGATAAGCAAATAGGCAGAGAGATAAAACCAAT  950

seq1  GCCTAGGACTGAAAGGAGTGGTAGAGT-GGGTGGGGGCTAGAAGCTCTG-  998
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||  ||||| 
seq2  GCCTAGGACTGAAAGGAGTGGTAGAGTGGGGTGGGGGCTAGAGCCTCTGA  1000

seq1  ATAGAGGAAGACTTAGATATGTACACAGCAATAAAACATTTTCAGTGTTC  1048
      ||||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGAGAACTTAGATATGTACACAGCAAT-AAACATTTTCAGTGTTC  1049

seq1  ACAATGGCAGCAGTAC-GAGTGTGATTTTTCTTAACATTCCAC  1090
      |||   |||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||
seq2  ACA--TGCAGCAGTACGGAGTGTGATTTTTCTT-CCATTCCAC  1089

seq1: chr8_18908716_18909858
seq2: B6Ng01-315F22.g_66_1191 (reverse)

seq1  CCTC-CCATTCTTGTGGGCGTTCAGAATTGATCAGCTCCAGACATTTCTG  49
      |||| |||||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||   | 
seq2  CCTCTCCATTC-TGTGGGCGTTC-GA--TGATCAGGTCCAGACAT---TC  43

seq1  TGAAACAACCTTGCAAAGGTCACAATGCAGTGGCATTGTGTGGTTAGACT  99
      || ||||  | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGAACA--CCTGCAAAGGTCACAATGCAGTGGCA-TGTGTGGTTAGACT  90

seq1  GGATAACTTCCCCAGTCCACGTAGGATTTGGCTCACCTGCCACAGTTGGT  149
       ||| ||  | ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  TGATTAC--CTCCAGT-CACGTAGGATTTGGCTCA-CTG-CACAGTTGGT  135

seq1  ACAGTTGTTCCCTGGTACTTCATGGTCTTGGTACACTTGCTTCTGGTACA  199
      ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||
seq2  ACAGTTGTT-CCTGGTACTTCATGGTC-TGGTACACTTGC-TCTGGTACA  182

seq1  CACTCAA-GCCTGGTGTCCTAACACTTAGCCATCCCTCTGTTTCATGTGT  248
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCAAGGCCTGGTGTCCTAACACTTAGCCATCCCTCTGTTTCATGTGT  232

seq1  GGCATTTCCTCTTATCCCCAAACTCAATGGGGACTTGGCCCATCCCTTGC  298
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATTTCCTC-TATCCCCAAACTCAATGGGGACTTGGCCCATCCCTTGC  281

seq1  TCCTCAAAGACCTCAGGCACAGTGAACTCTGGCTTTGAATCTCCAGACCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAAAGACCTCAGGCACAGTGAACTCTGGCTTTGAATCTCCAGACCA  331

seq1  GATTTCCCCCTTGGTGATCCCAGTGGTCCAATCTAATGTCATATTCTTAC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCCCCCTTGGTGATCCCAGTGGTCCAATCTAATGTCATATTCTTAC  381

seq1  CCTACTCTGGAAGGCATCTCACAAGGAATGCACTTGATACGTGAGAGGTG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCTGGAAGGCATCTCACAAGGAATGCACTTGATACGTGAGAGGTG  431

seq1  GTGTTCTTAGAGGTCTGCCTCTCTATGGGTGAAATAATGTGTGGATGCAC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCTTAGAGGTCTGCCTCTCTATGGGTGAAATAATGTGTGGATGCAC  481

seq1  ACGGGCTACCTTGTTAAATGATCTGTTAACCCCAGGTCATGTGTTGTCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCTACCTTGTTAAATGATCTGTTAACCCCAGGTCATGTGTTGTCTG  531

seq1  AACAAAGACTAGTGTACAGAAACATTTATCTGTTATCTATTTATCTAGGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGACTAGTGTACAGAAACATTTATCTGTTATCTATTTATCTAGGC  581

seq1  ACAGTCCCACTGAGGAAGACACTGTCTTGGCCGTCTTTGTATCTCCGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCCCACTGAGGAAGACACTGTCTTGGCCGTCTTTGTATCTCCGTGC  631

seq1  CTTATCCAAGAACCTGAGATACAGCAAGCTTGGGATGTCTGCTGAGTGAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCCAAGAACCTGAGATACAGCAAGCTTGGGATGTCTGCTGAGTGAG  681

seq1  CGACCTTGTGTAGAGTGGGTAGCCACAGCTGATCTGACTCCCAGCACCCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACCTTGTGTAGAGTGGGTAGCCACAGCTGATCTGACTCCCAGCACCCC  731

seq1  TGTTCTCTGTCTCCTGATAGACAATAGCACCAGCTCTGTCTTGAGGGTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTCTGTCTCCTGATAGACAATAGCACCAGCTCTGTCTTGAGGGTAC  781

seq1  AAACTGAGAGAGTAGCTGCGGCCCTTGGCTAAAGCTTAGAGCTTCCTATG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGAGAGAGTAGCTGCGGCCCTTGGCTAAAGCTTAGAGCTTCCTATG  831

seq1  TATTCTCTGTCAACCGTGGGCCCTGGTAGCATTTTGATGTGTGCTTTCCT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTCTGTCAACCGTGGGCCCTGGTAGCATTTTGATGTGTGCTTTCCT  881

seq1  GTTGAGGAGTTAGGCATATTTGTGGTGACAGTTAAGTTGTATGTGGGGCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGAGTTAGGCATATTTGTGGTGACAGTTAAGTTGTATGTGGGGCT  931

seq1  ACGAGGTGTTTCAGCTTGGGTAGGCAGATTTCCAAATGAGTTTCAAAAGA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGGTGTTTCAGCTTGGGTAGGCAGATTTCCAAATGAGTTTCAAAAGA  981

seq1  CCAGTGAGACATGATGAATGCCAGCAAGAGAAGGTCTAGGTACCTACAGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGACATGATGAATGCCAGCAAGAGAAGGTCTAGGTACCTACAGA  1031

seq1  GAGGATCATAGCTGTGGGAACCGAAGGGTAGACAAACATCTGGAGGACTG  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGATCATAGCTGTGGGAACCGAAGGGTAGACAAACATCTGGAGGACTG  1081

seq1  AGTGTCCAAGGCTTGGTGGTAGGAATGGAGACAATGCTTGAATTC  1143
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCCAAGGCTTGGTGGTAGGAATGGAGACAATGCTTGAATTC  1126