BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-318A13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 38,576,024 - 38,703,607
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSgcz
Upstream gene6430573F11Rik, Dlc1, LOC100042892, A730069N07Rik, AI429214, LOC666877, LOC100041616, 1700016D18Rik, LOC641121, LOC621149
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-318A13.bB6Ng01-318A13.g
ACCGA108024GA108025
length1,0561,011
definitionB6Ng01-318A13.b B6Ng01-318A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,576,024 - 38,577,077)(38,702,594 - 38,703,607)
sequence
gaattcagaaattgatgctctgtatcttcctcagttgctagcaactttac
ttaatgagaagagatctctcatcaaactcaaagctcacttattctccttg
tctagctagacagcttattctgggaatcccggttctacttgcccagtgct
gggaatgcaggtgggttgtcatggcaattgggcatttccacagtgccagt
gttggaaagcatggtctcatgctgtggaaagcacttcacctgctgctcta
tcttcctggccacacaggtcactttcaaatgctcacattaaattatatta
catacatctatacattgaagacatattggagtatgttaagctggctataa
attcaagattatctgtatgttctagtagaatttatttgataacagattga
ttcaaagagacaaggagaaaatatttctagaattttggttttatcttctt
ttctgatgatgtttccataattacttttgaaagacaataggcaactttct
ccataacacctgtatcctctttattgttatggcttatttattctaaatct
tagtaaaattaggtatgaggacataattgaatttgtattttttttttaga
atttaaatggtataatttcaccaagatattttttctatgattaatttacc
gagtggcatgtgttctgactagttccactagacattcatggatgcagagt
tctcataaaagctgcataaaaatagctgtatatgtttgcaaggataatgc
aagttaaagtgcctcatatccttttaagtaatgcttgatgttttcacatc
ttgttcagtttatgcctatttaagtatagtatactaatgaattatgattc
ccattcttttaagcatgtaatcttgtaatgccttgccttcttaattttta
aacatctaataggtgagagaatttttaataaaatttattaactttaatca
ataaaagttaaatagttaagcacatgcacgaaaatagatcagttttgtat
ttctttatttcagaataggaatttagaacaataacaatcttttgaacttt
aacata

gaattccccattgaaactgaatggagtttctgtgccaggaagcttacata
tcattaagaaaggcttctttcacaaggcagtggtggcacacacctttaat
cccagcacttgggagggagaggcaggtgatttctgagttcgaggccagcc
tggtctacagagagagttccaggacagccagggctacacaaagaaaccct
gtctcaaaaaaaaaaacaaaaacaaaacacaacaaaacaaaacaaaacaa
aacaaaaaaaaacaaaaaaggtttcttcctataggcttggtgaagagcga
tgagtgagtaggattgaaactgtggttactgcctgggtatgaacatagaa
gcattactttctactgtgatttatttcaagacactatctttttatccagt
tcaacggaatgttaatgcaattgcctattgattgattgagataaattgag
ataacatgcacagagtgatttcatgtgttctgactacggttgtgctttcg
tttgattgtctttgtttcgtacatatttcttaggacagtccattggtctt
acagtctgacagaaatgtaacagtgaatgcaaggaaccatatggggcagc
tcactggacagctgacagtcggtgagtgtttggaggtaaagtttgctcat
tctgtcttttatattctgtggtcaaattgaaatctttgtagctgtgtcac
ttctctaacacataggcagagatgtctttgtagtccagttgacttgcaca
tgatacaatgtgacctcaagtgagttatgatttccaaaactgggtagtta
ttggtcagtaagttacagtgggactaaattaccctggctatggtaatcat
taccccctaaatttaaaaatgtacaagttttctgtaacatatttctcatg
gtatatcaaaatagatttagaaacaccatgagtgctatgacagcttgatg
tgacaacatgatgtctatgtatctttatttagagagtattttctgaggag
agggattatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_38576024_38577077
seq2: B6Ng01-318A13.b_47_1102

seq1  GAATTCAGAAATTGATGCTCTGTATCTTCCTCAGTTGCTAGCAACTTTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAAATTGATGCTCTGTATCTTCCTCAGTTGCTAGCAACTTTAC  50

seq1  TTAATGAGAAGAGATCTCTCATCAAACTCAAAGCTCACTTATTCTCCTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGAGAAGAGATCTCTCATCAAACTCAAAGCTCACTTATTCTCCTTG  100

seq1  TCTAGCTAGACAGCTTATTCTGGGAATCCCGGTTCTACTTGCCCAGTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGCTAGACAGCTTATTCTGGGAATCCCGGTTCTACTTGCCCAGTGCT  150

seq1  GGGAATGCAGGTGGGTTGTCATGGCAATTGGGCATTTCCACAGTGCCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAATGCAGGTGGGTTGTCATGGCAATTGGGCATTTCCACAGTGCCAGT  200

seq1  GTTGGAAAGCATGGTCTCATGCTGTGGAAAGCACTTCACCTGCTGCTCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGGAAAGCATGGTCTCATGCTGTGGAAAGCACTTCACCTGCTGCTCTA  250

seq1  TCTTCCTGGCCACACAGGTCACTTTCAAATGCTCACATTAAATTATATTA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCCTGGCCACACAGGTCACTTTCAAATGCTCACATTAAATTATATTA  300

seq1  CATACATCTATACATTGAAGACATATTGGAGTATGTTAAGCTGGCTATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACATCTATACATTGAAGACATATTGGAGTATGTTAAGCTGGCTATAA  350

seq1  ATTCAAGATTATCTGTATGTTCTAGTAGAATTTATTTGATAACAGATTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAAGATTATCTGTATGTTCTAGTAGAATTTATTTGATAACAGATTGA  400

seq1  TTCAAAGAGACAAGGAGAAAATATTTCTAGAATTTTGGTTTTATCTTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAAGAGACAAGGAGAAAATATTTCTAGAATTTTGGTTTTATCTTCTT  450

seq1  TTCTGATGATGTTTCCATAATTACTTTTGAAAGACAATAGGCAACTTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGATGATGTTTCCATAATTACTTTTGAAAGACAATAGGCAACTTTCT  500

seq1  CCATAACACCTGTATCCTCTTTATTGTTATGGCTTATTTATTCTAAATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAACACCTGTATCCTCTTTATTGTTATGGCTTATTTATTCTAAATCT  550

seq1  TAGTAAAATTAGGTATGAGGACATAATTGAATTTGTATTTTTTTTTTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAAATTAGGTATGAGGACATAATTGAATTTGTATTTTTTTTTTAGA  600

seq1  ATTTAAATGGTATAATTTCACCAAGATATTTTTTCTATGATTAATTTACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAATGGTATAATTTCACCAAGATATTTTTTCTATGATTAATTTACC  650

seq1  GAGTGGCATGTGTTCTGACTAGTTCCACTAGACATTCATGGATGCAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCATGTGTTCTGACTAGTTCCACTAGACATTCATGGATGCAGAGT  700

seq1  TCTCATAAAAGCTGCATAAAAATAGCTGTATATGTTTGCAAGGATAATGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAAAAGCTGCATAAAAATAGCTGTATATGTTTGCAAGGATAATGC  750

seq1  AAGTTAAAGTGCCTCATATCCTTTTAAGTAATGCTTGATGTTTTCACATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAAAGTGCCTCATATCCTTTTAAGTAATGCTTGATGTTTTCACATC  800

seq1  TTGTTCAGTTTATGCCTATTTAAGTATAGTATACTAATGAATTATGATTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCAGTTTATGCCTATTTAAGTATAGTATACTAATGAATTATGATTC  850

seq1  CCATTCTTTTAAGCATGTAATCTTGTAATGCCTTGCCTTCTTAATTTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTTTTAAGCATGTAATCTTGTAATGCCTTGCCTTCTTAATTTTTA  900

seq1  AACATCTAATAGGTGAGAGAATTTTTAATAAAA-TTATTAACTTTAATCA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| 
seq2  AACATCTAATAGGTGAGAGAATTTTTAATAAAATTTATTAACTTTAATC-  949

seq1  AATAAAAGTTAAATAGTTAAGCACATGCACGAAATAAGATCAGTTTTGTA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||
seq2  AATAAAAGTTAAATAGTTAAGCACATGCACGAAAATAGATCAGTTTTGTA  999

seq1  TTTTCTTTATTTCAGAATAAGAA-TTAG-ACAATAACAAATCTTTGAAC-  1046
       |||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||   ||||||| 
seq2  -TTTCTTTATTTCAGAATAGGAATTTAGAACAATAACAATCTTTTGAACT  1048

seq1  TTAACATA  1054
      ||||||||
seq2  TTAACATA  1056


seq1: chr8_38702594_38703607
seq2: B6Ng01-318A13.g_66_1076 (reverse)

seq1  GTATAATCCCTCTCCTCAGAAAATTACTCTCCTAAAATAAAAGATACATA  50
      ||||||||||||||||||||||| |||||| |||||   |||||||||||
seq2  GTATAATCCCTCTCCTCAGAAAA-TACTCT-CTAAA--TAAAGATACATA  46

seq1  GACATCATGTTGTCACATCAAGCTGTCATAGCACCTCATGTGTTTTCTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   |||||||
seq2  GACATCATGTTGTCACATCAAGCTGTCATAGCA-CTCATGGTGTTTCTAA  95

seq1  ATCTATTTTGATATACCATGAG-AATATGTTACAGAAAACTTGTACATTT  149
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATTTTGATATACCATGAGAAATATGTTACAGAAAACTTGTACATTT  145

seq1  TTAAATTTA-GGGGTAATGATTACCATAGCCAGGGTAATTTAGTCCCACT  198
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTAGGGGGTAATGATTACCATAGCCAGGGTAATTTAGTCCCACT  195

seq1  GTAACTTACTGACCAATAACTACCCAGTTTTGGAAATCATAACTCACTTG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACTTACTGACCAATAACTACCCAGTTTTGGAAATCATAACTCACTTG  245

seq1  AGGTCACATTGTATCATGTGCAAGTCAACTGGACTACAAAGACATCTCTG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCACATTGTATCATGTGCAAGTCAACTGGACTACAAAGACATCTCTG  295

seq1  CCTATGTGTTAGAGAAGTGACACAGCTACAAAGATTTCAATTTGACCACA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATGTGTTAGAGAAGTGACACAGCTACAAAGATTTCAATTTGACCACA  345

seq1  GAATATAAAAGACAGAATGAGCAAACTTTACCTCCAAACACTCACCGACT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATATAAAAGACAGAATGAGCAAACTTTACCTCCAAACACTCACCGACT  395

seq1  GTCAGCTGTCCAGTGAGCTGCCCCATATGGTTCCTTGCATTCACTGTTAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGCTGTCCAGTGAGCTGCCCCATATGGTTCCTTGCATTCACTGTTAC  445

seq1  ATTTCTGTCAGACTGTAAGACCAATGGACTGTCCTAAGAAATATGTACGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTCAGACTGTAAGACCAATGGACTGTCCTAAGAAATATGTACGA  495

seq1  AACAAAGACAATCAAACGAAAGCACAACCGTAGTCAGAACACATGAAATC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAGACAATCAAACGAAAGCACAACCGTAGTCAGAACACATGAAATC  545

seq1  ACTCTGTGCATGTTATCTCAATTTATCTCAATCAATCAATAGGCAATTGC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTGCATGTTATCTCAATTTATCTCAATCAATCAATAGGCAATTGC  595

seq1  ATTAACATTCCGTTGAACTGGATAAAAAGATAGTGTCTTGAAATAAATCA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACATTCCGTTGAACTGGATAAAAAGATAGTGTCTTGAAATAAATCA  645

seq1  CAGTAGAAAGTAATGCTTCTATGTTCATACCCAGGCAGTAACCACAGTTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAAAGTAATGCTTCTATGTTCATACCCAGGCAGTAACCACAGTTT  695

seq1  CAATCCTACTCACTCATCGCTCTTCACCAAGCCTATAGGAAGAAACCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTACTCACTCATCGCTCTTCACCAAGCCTATAGGAAGAAACCTTT  745

seq1  TTTGTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTGTTTTGTTTTTG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTGTGTTTTGTTTTTG  795

seq1  TTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTTTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAA  845

seq1  CTCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCACCTGCCTCTC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCACCTGCCTCTC  895

seq1  CCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCTTGTGAAAG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCACTGCCTTGTGAAAG  945

seq1  AAGCCTTTCTTAATGATATGTAAGCTTCCTGGCACAGAAACTCCATTCAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTTCTTAATGATATGTAAGCTTCCTGGCACAGAAACTCCATTCAG  995

seq1  TTTCAATGGGGAATTC  1014
      ||||||||||||||||
seq2  TTTCAATGGGGAATTC  1011


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |