BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-324F16
Chromosome8 (Build37)
Map Location 30,716,556 - 30,851,481
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneUnc5d, LOC100041237
Downstream geneEG628189
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-324F16.bB6Ng01-324F16.g
ACCGA112691GA112692
length1,160488
definitionB6Ng01-324F16.b B6Ng01-324F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,850,305 - 30,851,481)(30,716,556 - 30,717,049)
sequence
gaattcttagttatggaacaaacagcagtttgtagatcatgaatatccca
tgtgcaaacagacttctgtaacgcttagatccctgtttattttattggtc
catggacatgttgcttttttttttctgtgatgtttttgtttagagccaat
gggtgacaatgtggaaaaatcataacactatgctctatgtttttttttaa
tgtagaacatagcatcttttaaaagaaacgggtttaaatcaccatagatg
cataagtcagtgcattatttcaaccaagtcattcactaatattaatctat
aggaagttttaccttaagcattgtatgtcatctaaaagaacagacttgac
ttaacattatctgattttggtagcatttacctatatgtgttcaaatgtcc
aattgttaaacctctgattcgaaacagaatactaagggatcatttttttt
ttgctccagttcttccctgagaaagggatacacatgctgacacttcctta
gctagctattattacaaacttgtctgaggttacacaaacatccagtcaaa
ccctcaccttccattgctaatgtgagatctctgccatttcttgagagttt
ggtagtgatgaatgctttcttcttaagtgcaattggacatacatccccaa
tatagatcggcatttctttgttctatttacatcaaatcttccctcaagtt
ttgctatttagctgacagaataattgcagatgacaagctgtgtctggctg
ccacagaatcaaaatgctttagcaaaagctaaagcaatcattagctccct
tccttacctttgttgaaagttaacaatgaattgagagctttgggcagtct
ctaggagacttgatttttggagagcatcacctctttggacaatctttgct
tacagaaactactgtatgatgcaagattctctattgtgcatgtccaaatc
atctctacaacttccctccaacatagcctggtggattttgtgagtgaaat
aaatcagtattgcctgctttaacagcactaatttcatgtttattgcacaa
ataactaactacatgtatgtcatttgttgagtatttcctctgcggagtct
attattactatcaggtagaggatcacaggtgggacatccaagctgcatat
ccttgaatcc

atgtgtgagaaaaaaatatctaaaatgaaagtttaaaattagttcctatt
gaagtagagagtaaaatgtggcaatggaaataaggaacaacaaccaaaca
tcagacagaaagagaacggaggcaggtgcctgtaaggatgtggggaaaga
gggagtggattggtgggaacataactgtcttagtcagggtttctattcct
acacaaacatcatgaccaagaagcaagttggggaggaaagggtttactcg
gcttacacttccatactgctgttcatcaccaaggaagtcaggactggaac
tcaagcaggttaggaatcaggagctgatgcagaggccatggagggatgtt
ctttactggcttgcttctcctggcttgctcagcctgctatcttatagaac
caagactgcctgtttttttatggtcccacccacaaggggcctttccccct
tgatcactaattgacaaaatgccttacagttggatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_30850305_30851481
seq2: B6Ng01-324F16.b_48_1207 (reverse)

seq1  GGATTCAAAGGTATTGCAGCTGTGGATGTCCCCACTGTTGTATCTCTACT  50
      |||||||| | || ||||||| ||||||||||  ||| ||   |||||| 
seq2  GGATTCAAGGATA-TGCAGCT-TGGATGTCCCACCTG-TGATCCTCTACC  47

seq1  GTATAAGTTATAATTAGAACTCCGCAGAAGAAATACTCAACAAATGAACA  100
        || ||| |||| ||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||
seq2  TGAT-AGTAATAA-TAG-ACTCCGCAGAGGAAATACTCAACAAATG-ACA  93

seq1  ATTACATGTTAAGTTTAGTTAATTTTGGTGCAATAAACATGGAAATTAGT  150
        |||||||  || |||||||   || ||||||||||||| |||||||||
seq2  --TACATGT--AG-TTAGTTA---TTTGTGCAATAAACAT-GAAATTAGT  134

seq1  GCTGTTTAAGCAAGGCAATACTGATTTATTTCAACTCACAAAATCCA-CA  199
      |||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||
seq2  GCTGTTAAAGC-AGGCAATACTGATTTATTTC-ACTCACAAAATCCACCA  182

seq1  GGCTATGTTGGAGGGAAGTTGTAGAGATGATTTGGACATGCACAATAGAG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTATGTTGGAGGGAAGTTGTAGAGATGATTTGGACATGCACAATAGAG  232

seq1  AATCTTGCATCATACAGTAGTTTCTGTAAGCAAAGATTGTCCAAAGAGGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTGCATCATACAGTAGTTTCTGTAAGCAAAGATTGTCCAAAGAGGT  282

seq1  GATGCTCTCCAAAAATCAAGTCTCCTAGAGACTGCCCAAAGCTCTCAATT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTCTCCAAAAATCAAGTCTCCTAGAGACTGCCCAAAGCTCTCAATT  332

seq1  CATTGTTAACTTTCAACAAAGGTAAGGAAGGGAGCTAATGATTGCTTTAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTTAACTTTCAACAAAGGTAAGGAAGGGAGCTAATGATTGCTTTAG  382

seq1  CTTTTGCTAAAGCATTTTGATTCTGTGGCAGCCAGACACAGCTTGTCATC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCTAAAGCATTTTGATTCTGTGGCAGCCAGACACAGCTTGTCATC  432

seq1  TGCAATTATTCTGTCAGCTAAATAGCAAAACTTGAGGGAAGATTTGATGT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATTATTCTGTCAGCTAAATAGCAAAACTTGAGGGAAGATTTGATGT  482

seq1  AAATAGAACAAAGAAATGCCGATCTATATTGGGGATGTATGTCCAATTGC  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAGAACAAAGAAATGCCGATCTATATTGGGGATGTATGTCCAATTGC  532

seq1  ACTTAAGAAGAAAGCATTCATCACTACCAAACTCTCAAGAAATGGCAGAG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAGAAGAAAGCATTCATCACTACCAAACTCTCAAGAAATGGCAGAG  582

seq1  ATCTCACATTAGCAATGGAAGGTGAGGGTTTGACTGGATGTTTGTGTAAC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCACATTAGCAATGGAAGGTGAGGGTTTGACTGGATGTTTGTGTAAC  632

seq1  CTCAGACAAGTTTGTAATAATAGCTAGCTAAGGAAGTGTCAGCATGTGTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACAAGTTTGTAATAATAGCTAGCTAAGGAAGTGTCAGCATGTGTA  682

seq1  TCCCTTTCTCAGGGAAGAACTGGAGCAAAAAAAAAATGATCCCTTAGTAT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTTCTCAGGGAAGAACTGGAGCAAAAAAAAAATGATCCCTTAGTAT  732

seq1  TCTGTTTCGAATCAGAGGTTTAACAATTGGACATTTGAACACATATAGGT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTTTCGAATCAGAGGTTTAACAATTGGACATTTGAACACATATAGGT  782

seq1  AAATGCTACCAAAATCAGATAATGTTAAGTCAAGTCTGTTCTTTTAGATG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTACCAAAATCAGATAATGTTAAGTCAAGTCTGTTCTTTTAGATG  832

seq1  ACATACAATGCTTAAGGTAAAACTTCCTATAGATTAATATTAGTGAATGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACAATGCTTAAGGTAAAACTTCCTATAGATTAATATTAGTGAATGA  882

seq1  CTTGGTTGAAATAATGCACTGACTTATGCATCTATGGTGATTTAAACCCG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTTGAAATAATGCACTGACTTATGCATCTATGGTGATTTAAACCCG  932

seq1  TTTCTTTTAAAAGATGCTATGTTCTACATTAAAAAAAAACATAGAGCATA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTTAAAAGATGCTATGTTCTACATTAAAAAAAAACATAGAGCATA  982

seq1  GTGTTATGATTTTTCCACATTGTCACCCATTGGCTCTAAACAAAAACATC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTATGATTTTTCCACATTGTCACCCATTGGCTCTAAACAAAAACATC  1032

seq1  ACAGAAAAAAAAAAGCAACATGTCCATGGACCAATAAAATAAACAGGGAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAAAAAAAAAGCAACATGTCCATGGACCAATAAAATAAACAGGGAT  1082

seq1  CTAAGCGTTACAGAAGTCTGTTTGCACATGGGATATTCATGATCTACAAA  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCGTTACAGAAGTCTGTTTGCACATGGGATATTCATGATCTACAAA  1132

seq1  CTGCTGTTTGTTCCATAACTAAGAATTC  1177
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTGTTTGTTCCATAACTAAGAATTC  1160


seq1: chr8_30716556_30717049
seq2: B6Ng01-324F16.g_66_559

seq1  GAATTCATGTGTGAGAAAAAAATATCTAAAATGAAAGTTTAAAATTAGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGTGTGAGAAAAAAATATCTAAAATGAAAGTTTAAAATTAGTT  50

seq1  CCTATTGAAGTAGAGAGTAAAATGTGGCAATGGAAATAAGGAACAACAAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATTGAAGTAGAGAGTAAAATGTGGCAATGGAAATAAGGAACAACAAC  100

seq1  CAAACATCAGACAGAAAGAGAACGGAGGCAGGTGCCTGTAAGGATGTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCAGACAGAAAGAGAACGGAGGCAGGTGCCTGTAAGGATGTGGG  150

seq1  GAAAGAGGGAGTGGATTGGTGGGAACATAACTGTCTTAGTCAGGGTTTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGGGAGTGGATTGGTGGGAACATAACTGTCTTAGTCAGGGTTTCT  200

seq1  ATTCCTACACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTACACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTT  250

seq1  TACTCGGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCAGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCGGCTTACACTTCCATACTGCTGTTCATCACCAAGGAAGTCAGGAC  300

seq1  TGGAACTCAAGCAGGTTAGGAATCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCAAGCAGGTTAGGAATCAGGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGG  350

seq1  GATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTATCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCTCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTATCTTA  400

seq1  TAGAACCAAGACTGCCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTT  450
      |||||||||||||||| |       |||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACCAAGACTGCCTGTTTTTTTATGGTCCCACCCACAAGGGGCCTTT  450

seq1  CCCCCTTGATCACTAATTGAGAAAATGCCTTACAGTTGGATCTC  494
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTTGATCACTAATTGACAAAATGCCTTACAGTTGGATCTC  494


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |