BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327B20
Chromosome8 (Build37)
Map Location 123,587,891 - 123,702,475
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042333, Foxf1a, Mthfsd, Foxc2, Foxl1
Upstream geneZdhhc7, 6430548M08Rik, 1700120B06Rik, Gse1, 4833427B12Rik, LOC668301, 1190005I06Rik, Cox4nb, Cox4i1, Irf8
Downstream gene1700018B08Rik, Fbxo31, Map1lc3b, Zcchc14, Jph3, Klhdc4, Slc7a5, BC048644, Car5a, Banp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327B20.bB6Ng01-327B20.g
ACCGA114745GA114746
length1,1571,118
definitionB6Ng01-327B20.b B6Ng01-327B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(123,587,891 - 123,589,044)(123,701,357 - 123,702,475)
sequence
gaattcagagccatcctccccggatgctgcaaagttggactgggctgtgg
ccatactctggcgggccactggaaacaaggtacccagaagaaaaacccag
cctggcaagccaggcagggccgttcttcctgtgatttgaaaggaaagctc
tgcgtgtttgggaggccgattgaactctggatgctctggggtaggaacag
atctcttctcctcgctgaagtgtcaatcacagaaactttatccacactac
tgcttacaggtgccacctggggacggaccacactctcaccgtgggacttg
cagtcaatttctctagaactcctaccttgccccagcattgccccctcccc
aaagatgtcactcagccccaagactcagctgagggctgatttgtgttgaa
tccagcaggaagaaagtttgggtttttgtgctggctttgggtaagcctga
agccaacctacagctgattggaataaacaaagctggcattcgggaaattc
tttccacgattctcctgagtttgcaacaggagtgacttctcaaaacgttc
cagagaggggaccctgagaccaaactctcctccgagtaaggagatctgca
tcctgctcctgcttgaagatgggcagacactccctgggctgccagcacag
cgtgacacagagcagtgacatcctgagatgccatagagccatagagaatc
acctgtctgactgccacttctccatgtaatggctgtgtgactctcagtaa
gttcctgtatcagggaccccattttctcatatctaagcagtatgtgtaac
tacagcccggggtatacataaggaagttaatacttacagtggatggagac
tactgatgcataataaatgtcccggcatgtcactgtggctgtcttcatcc
tctacacacatgtgatggccccattataaccacacgggcagggcacagct
ctactaggagggcacaaagatctagtggtggaggttgggactcaccatgc
aaatttggacctggaggatgtcaacacaaacttctaattaacaacacatc
tgagttgcactggttgagagtctcagcccaggccatgatggccgacactg
ggcctgcttagttacctcaatggaactgcaggcataatggacggtggtac
ttgcatc
gaattctagggacagacacactgaggctctctgctgctttcccacagcgt
gcagcaccaaggggtcacatcagtcataataggtggacaggggtcacatc
agccatagtaggtggacaagggatggcaaataagctttttttttcaatga
ggaaactgaggctgggagagacccagtgtcctgtcttggcagtctggagc
tcagaacattggctgtactgttctttgtccccacagtgtatgggggctgc
ttaggacgaggggaagtgtccactgtcacttgggtagcatgtttgaccat
tttttctgtttgaccaaatggtgatctcatttaaaagcatttttgtgggt
gacctgatttccttcctcatcttatagtgacgtcagaaactgagatgggg
agtccccatacattgcttgacttttaaaataatcaaaaggaacagccagt
ttccctagccttatggcagacaccacttggacctcaaaaatggccgcaca
ctcaggcaggggaatgacacctctggagctcactggccagccagtctagc
caaatccatgagcttcaggttcagtgagagaccctgtctcaaaaggtgag
gttaaaaagagcccgggaaggcaccttgaactttcatgcatactcaaacc
cacccccacacgtgcagaccccttagggggtcaggaaggagtctcagctt
tccacctgagatgcctagtgtggtcgcagacagctactcacggctttggg
gaatgaaagatgttggggagcctgagggaactaacaacctggtgaccctc
agtggtacaggtcacataccattcaatcaactgacaggcgagcgtggcaa
aaaggaaatgtatcttatggtgaggcaggaggattgccgtgagttccggg
gaaagcctgggtttcagggcaagagtgtttcccaagcagtcacatctgta
tggagcatgaagcagacactttccttcttctcccttcccgaaagaaacac
agcaccgtgtccggtgcctcccagtgacctgtaactctagcccagaggat
tttgatactgcaagcatgtatggtgtgtgtgaaacacccacaccatatgc
cagaagaagaactgccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_123587891_123589044
seq2: B6Ng01-327B20.b_45_1201

seq1  GAATTCAGAGCCATCCTCCCCGGATGCTGCAAAGTTGGACTGGGCTGTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGCCATCCTCCCCGGATGCTGCAAAGTTGGACTGGGCTGTGG  50

seq1  CCATACTCTGGCGGGCCACTGGAAACAAGGTACCCAGAAGAAAAACCCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATACTCTGGCGGGCCACTGGAAACAAGGTACCCAGAAGAAAAACCCAG  100

seq1  CCTGGCAAGCCAGGCAGGGCCGTTCTTCCTGTGATTTGAAAGGAAAGCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGCAAGCCAGGCAGGGCCGTTCTTCCTGTGATTTGAAAGGAAAGCTC  150

seq1  TGCGTGTTTGGGAGGCCGATTGAACTCTGGATGCTCTGGGGTAGGAACAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGTGTTTGGGAGGCCGATTGAACTCTGGATGCTCTGGGGTAGGAACAG  200

seq1  ATCTCTTCTCCTCGCTGAAGTGTCAATCACAGAAACTTTATCCACACTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTCTCCTCGCTGAAGTGTCAATCACAGAAACTTTATCCACACTAC  250

seq1  TGCTTACAGGTGCCACCTGGGGACGGACCACACTCTCACCGTGGGACTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACAGGTGCCACCTGGGGACGGACCACACTCTCACCGTGGGACTTG  300

seq1  CAGTCAATTTCTCTAGAACTCCTACCTTGCCCCAGCATTGCCCCCTCCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAATTTCTCTAGAACTCCTACCTTGCCCCAGCATTGCCCCCTCCCC  350

seq1  AAAGATGTCACTCAGCCCCAAGACTCAGCTGAGGGCTGATTTGTGTTGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGATGTCACTCAGCCCCAAGACTCAGCTGAGGGCTGATTTGTGTTGAA  400

seq1  TCCAGCAGGAAGAAAGTTTGGGTTTTTGTGCTGGCTTTGGGTAAGCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCAGGAAGAAAGTTTGGGTTTTTGTGCTGGCTTTGGGTAAGCCTGA  450

seq1  AGCCAACCTACAGCTGATTGGAATAAACAAAGCTGGCATTCGGGAAATTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAACCTACAGCTGATTGGAATAAACAAAGCTGGCATTCGGGAAATTC  500

seq1  TTTCCACGATTCTCCTGAGTTTGCAACAGGAGTGACTTCTCAAAACGTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCACGATTCTCCTGAGTTTGCAACAGGAGTGACTTCTCAAAACGTTC  550

seq1  CAGAGAGGGGACCCTGAGACCAAACTCTCCTCCGAGTAAGGAGATCTGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGAGGGGACCCTGAGACCAAACTCTCCTCCGAGTAAGGAGATCTGCA  600

seq1  TCCTGCTCCTGCTTGAAGATGGGCAGACACTCCCTGGGCTGCCAGCACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCTCCTGCTTGAAGATGGGCAGACACTCCCTGGGCTGCCAGCACAG  650

seq1  CGTGACACAGAGCAGTGACATCCTGAGATGCCATAGAGCCATAGAGAATC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGACACAGAGCAGTGACATCCTGAGATGCCATAGAGCCATAGAGAATC  700

seq1  ACCTGTCTGACTGCCACTTCTCCATGTAATGGCTGTGTGACTCTCAGTAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGTCTGACTGCCACTTCTCCATGTAATGGCTGTGTGACTCTCAGTAA  750

seq1  GTTCCTGTATCAGGGACCCCATTTTCTCATATCTAAGCAGTATGTGTAAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGTATCAGGGACCCCATTTTCTCATATCTAAGCAGTATGTGTAAC  800

seq1  TACAGCCCGGGGTATACATAAGGAAGTTAATACTTACAGTGGATGGAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGCCCGGGGTATACATAAGGAAGTTAATACTTACAGTGGATGGAGAC  850

seq1  TACTGATGCATAATAAATGT-CCGGCATGTCACTGTGGCTGTCTTCATCC  899
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGATGCATAATAAATGTCCCGGCATGTCACTGTGGCTGTCTTCATCC  900

seq1  TCTACACACATGTGATGGCCCCATTATAACCACACGGGCAGGGCACAGCT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACACACATGTGATGGCCCCATTATAACCACACGGGCAGGGCACAGCT  950

seq1  CTACCAGGAGGGCACAAAGA-CCAGTGGTGGAGGTTGGGACTCACCATGC  998
      |||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTAGGAGGGCACAAAGATCTAGTGGTGGAGGTTGGGACTCACCATGC  1000

seq1  AAATTTGGACCTGGAGGATGTCAACACAAAC-TCTAATTAACAACACATC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  AAATTTGGACCTGGAGGATGTCAACACAAACTTCTAATTAACAACACATC  1050

seq1  TGAG-TGCACTGGTTGAAGAGTCTCAGGCCAGG-CATGATGGCCGACACT  1095
      |||| ||||||||||| |||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TGAGTTGCACTGGTTG-AGAGTCTCAGCCCAGGCCATGATGGCCGACACT  1099

seq1  -GGCCTGCTTAGTACCCCAAATGGACCTGCAGGGCAT-ATGGACGGTGGT  1143
       ||||||||||||  ||  |||||| ||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GGGCCTGCTTAGTTACCTCAATGGAACTGCA-GGCATAATGGACGGTGGT  1148

seq1  AACCTTGCATC  1154
      |  ||||||||
seq2  A--CTTGCATC  1157

seq1: chr8_123701357_123702475
seq2: B6Ng01-327B20.g_68_1185 (reverse)

seq1  ATGGCAGTCCTCTTTCT-GCATATTGTGTGGGTGTGTACACACACA-CAT  48
      |||||||| ||  |||| |||||| |||||||||| | |||||||| |||
seq2  ATGGCAGTTCTTCTTCTGGCATATGGTGTGGGTGT-TTCACACACACCAT  49

seq1  ACATGCCTGCAAGTATCAAAATCCTCTGGGGCTAGAGTTACAGGTCACTG  98
      |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTTGC-AGTATCAAAATCCTCT-GGGCTAGAGTTACAGGTCACTG  97

seq1  GGAGGCACCGGACACGGTGCTGTGTTTTCTTTCGGGGAAGGGAGAAGAAG  148
      |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||
seq2  GGAGGCACCGGACACGGTGCTGTG-TTTCTTTC-GGGAAGGGAGAAGAAG  145

seq1  GAAAGTGTCTGCTTCATGCTCCATACAGATGTGACTGCTT-GGAAACACT  197
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GAAAGTGTCTGCTTCATGCTCCATACAGATGTGACTGCTTGGGAAACACT  195

seq1  CTTGCCCTGAAACCCAGGC-TTCCCCGGAACTCACGGCAATCCTCCTGCC  246
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCCCTGAAACCCAGGCTTTCCCCGGAACTCACGGCAATCCTCCTGCC  245

seq1  TCACCATAAGATACATTTCCTTTTTGCCACGCTCGCCTGTCAGTTGATTG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCATAAGATACATTTCCTTTTTGCCACGCTCGCCTGTCAGTTGATTG  295

seq1  AATGGTATGTGACCTGTACCACTGAGGGTCACCAGGTTGTTAGTTCCCTC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTATGTGACCTGTACCACTGAGGGTCACCAGGTTGTTAGTTCCCTC  345

seq1  AGGCTCCCCAACATCTTTCATTCCCCAAAGCCGTGAGTAGCTGTCTGCGA  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCCCCAACATCTTTCATTCCCCAAAGCCGTGAGTAGCTGTCTGCGA  395

seq1  CCACACTAGGCATCTCAGGTGGAAAGCTGAGACTCCTTCCTGACCCCCTA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACACTAGGCATCTCAGGTGGAAAGCTGAGACTCCTTCCTGACCCCCTA  445

seq1  AGGGGTCTGCACGTGTGGGGGTGGGTTTGAGTATGCATGAAAGTTCAAGG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGGTCTGCACGTGTGGGGGTGGGTTTGAGTATGCATGAAAGTTCAAGG  495

seq1  TGCCTTCCCGGGCTCTTTTTAACCTCACCTTTTGAGACAGGGTCTCTCAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTTCCCGGGCTCTTTTTAACCTCACCTTTTGAGACAGGGTCTCTCAC  545

seq1  TGAACCTGAAGCTCATGGATTTGGCTAGACTGGCTGGCCAGTGAGCTCCA  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACCTGAAGCTCATGGATTTGGCTAGACTGGCTGGCCAGTGAGCTCCA  595

seq1  GAGGTGTCATTCCCCTGCCTGAGTGTGCGGCCATTTTTGAGGTCCAAGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTCATTCCCCTGCCTGAGTGTGCGGCCATTTTTGAGGTCCAAGTG  645

seq1  GTGTCTGCCATAAGGCTAGGGAAACTGGCTGTTCCTTTTGATTATTTTAA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGCCATAAGGCTAGGGAAACTGGCTGTTCCTTTTGATTATTTTAA  695

seq1  AAGTCAAGCAATGTATGGGGACTCCCCATCTCAGTTTCTGACGTCACTAT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCAAGCAATGTATGGGGACTCCCCATCTCAGTTTCTGACGTCACTAT  745

seq1  AAGATGAGGAAGGAAATCAGGTCACCCACAAAAATGCTTTTAAATGAGAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAGGAAGGAAATCAGGTCACCCACAAAAATGCTTTTAAATGAGAT  795

seq1  CACCATTTGGTCAAACAGAAAAAATGGTCAAACATGCTACCCAAGTGACA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCATTTGGTCAAACAGAAAAAATGGTCAAACATGCTACCCAAGTGACA  845

seq1  GTGGACACTTCCCCTCGTCCTAAGCAGCCCCCATACACTGTGGGGACAAA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACACTTCCCCTCGTCCTAAGCAGCCCCCATACACTGTGGGGACAAA  895

seq1  GAACAGTACAGCCAATGTTCTGAGCTCCAGACTGCCAAGACAGGACACTG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGTACAGCCAATGTTCTGAGCTCCAGACTGCCAAGACAGGACACTG  945

seq1  GGTCTCTCCCAGCCTCAGTTTCCTCATTGAAAAAAAAAGCTTATTTGCCA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTCTCCCAGCCTCAGTTTCCTCATTGAAAAAAAAAGCTTATTTGCCA  995

seq1  TCCCTTGTCCACCTACTATGGCTGATGTGACCCCTGTCCACCTATTATGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTGTCCACCTACTATGGCTGATGTGACCCCTGTCCACCTATTATGA  1045

seq1  CTGATGTGACCCCTTGGTGCTGCACGCTGTGGGAAAGCAGCAGAGAGCCT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGTGACCCCTTGGTGCTGCACGCTGTGGGAAAGCAGCAGAGAGCCT  1095

seq1  CAGTGTGTCTGTCCCTAGAATTC  1119
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTGTCTGTCCCTAGAATTC  1118