BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327J13
Chromosome8 (Build37)
Map Location 118,489,623 - 118,581,943
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneWwox, Maf
Downstream geneLOC384868, LOC668233, Dynlrb2, Cdyl2, LOC100043053, 2310061C15Rik, 2610510J17Rik, BC060631, 1700030J22Rik, Gcsh, Pkd1l2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327J13.bB6Ng01-327J13.g
ACCGA115101GA115102
length1,0571,077
definitionB6Ng01-327J13.b B6Ng01-327J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,580,892 - 118,581,943)(118,489,623 - 118,490,707)
sequence
gaattccagagtcatcccaaggctttccataccagccacagagcaagctc
tcatatctcatatgtgtatctataagcagatgcttgggggtttcagtttg
gtctgtaggaaacgctgtagtcttatctcctggatatttcaatgattcct
ggctatgtattatatttaagggagcatggccttgggcaagagagatagag
ttaaagagaagaagtagcatattaagaaacagatttaacaaagcaattga
gtaaatttaagttaatctaatagcctcacagtgatccagtggattgtcat
gacactaatacgatgatgcttctattgttaaagatttgagtacttgggat
agggaggggtaaaactttggaatagagcaagggctaacaaaattttccac
aaagacttgaacacaatatgtctgtctctatatacagagtgtccctgtca
caagtattcagctctacccttgtcactacaaacagccacaggacttgtga
agcaaccattatatctgtgttccagttaaatcctgtttgtgaacactgaa
acttgacttccatctactttacacgtgttacaacgtaattgccctttgtt
tgatttcttatttagaaatggtgacctcatggttagttcatgtgtcttac
aaaatgggcagtaaccagcattggactgggtaagccatatcttggtaata
actcttttaaaatcatcaaaataagtttatatatatatatatatgtatat
atatatatataaacatatatgtgtgtgtgtgtactaatttggcaaatgag
gagagagattcaacactggttggctaaataacagttatgttacagccagg
ccctacttcctaagatgtaaacgctgttctgccttaaagctgaggaagtg
ggcacagcccacatatttcactccaccagagccctgggttcttgaatcca
ggtatgtaggctttttctgtaatccgttttcttaagactgaggttctgga
cctcaagacttttgtatatcgtgtccatttaatatcctctgtgctccctg
ccaaacc

gaattcaccgaggacgagtccttaggaaacacagactccaaatagagagt
gttagttcatgcctgtggattcagtactcaggattaagaaaggcaggagg
atttcaattttgagcccaacctgggctacagagcaagttcaaggtcagct
gacctacatagcaagagcttgactcaaaacaaactacaacaaaagcacac
tccatttctccctactccactcctactgcaaatcacccactcagcaatct
acccacagcagatcccctgagttccagataaaccatctacacgaaaactt
cagacctgtgattggcttagaaatttctgtttttaaacatcacttccgac
attgtaatcctaatgccagaactcctcagaccacattggcacaatgttta
cttgtttcaacacattatcttccagaatcgagttcaatgaggacagtcct
ttggaatgaagggagcttccgaaatgcaggcatgaggaactttgggcaat
tatcattagaggcaatgatgatcgttgttggagtcctttcacaggcattg
gccctgatgctagctgatctatttataccagctcaatgaagtcttataaa
actcacgtggcgcctgcaattgttcaacctgtgagggaagtagcatttcc
cttcctgctttgctgtaattggctcctctcggagaggtgaatgaacttta
agaaccaccccatgtaatagatagcaaagaagagctggggacctggctca
ggggtagtgctcttgtctactatgtatcatgccttaggctcaatccccag
cgttacaaagcttcgtattctaatttctttaactttgaagccataatgga
agtgattgtatggggtaagagggctcaagggatcttaactcgtagcccca
attccaggtaattgtgcgtgagtgcatggcatgagagcagagactgagag
gatgttgggacctccaggagctggagttacaggatgtactgggaaatgac
ttgtgccctctgtaaaagacctatgtgctctaacactggacatcttctca
gtaccactttgtttttattaaaaactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_118580892_118581943
seq2: B6Ng01-327J13.b_46_1102 (reverse)

seq1  GGTTTTGCAGGG-GCACAGA-GATAATAAATGGGACACGATATAC-AAAG  47
      ||||| |||||| ||||||| |||| ||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GGTTTGGCAGGGAGCACAGAGGATATTAAAT-GGACACGATATACAAAAG  49

seq1  TCTTGA-GTCCAGAACCTCAGTTCTTAAGAAAACGGA-TACAG-AAAAGC  94
      |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  TCTTGAGGTCCAGAACCTCAG-TCTTAAGAAAACGGATTACAGAAAAAGC  98

seq1  CTACATACCTGGATTC-AGAACCCAGGGCTCTGGTGGAGTTGAATTATGT  143
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||
seq2  CTACATACCTGGATTCAAGAACCCAGGGCTCTGGTGGAG-TGAAATATGT  147

seq1  GGGCTGTGCCCACTTCCTCAGCTTTAAGGCAGAACAGCGTTTACATCTTA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGTGCCCACTTCCTCAGCTTTAAGGCAGAACAGCGTTTACATCTTA  197

seq1  GGAAGTAGGGCCTGGCTGTAACATAACTGTTATTTAGCCAACCAGTGTTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTAGGGCCTGGCTGTAACATAACTGTTATTTAGCCAACCAGTGTTG  247

seq1  AATCTCTCTCCTCATTTGCC-AATTAGTACACACACACACATATATGTTT  292
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCTCTCCTCATTTGCCAAATTAGTACACACACACACATATATGTTT  297

seq1  ATATATATATATATACATATATATATATATATAAACTTATTTTGATGATT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATACATATATATATATATATAAACTTATTTTGATGATT  347

seq1  TTAAAAGAGTTATTACCAAGATATGGCTTACCCAGTCCAATGCTGGTTAC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGAGTTATTACCAAGATATGGCTTACCCAGTCCAATGCTGGTTAC  397

seq1  TGCCCATTTTGTAAGACACATGAACTAACCATGAGGTCACCATTTCTAAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATTTTGTAAGACACATGAACTAACCATGAGGTCACCATTTCTAAA  447

seq1  TAAGAAATCAAACAAAGGGCAATTACGTTGTAACACGTGTAAAGTAGATG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAATCAAACAAAGGGCAATTACGTTGTAACACGTGTAAAGTAGATG  497

seq1  GAAGTCAAGTTTCAGTGTTCACAAACAGGATTTAACTGGAACACAGATAT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTCAAGTTTCAGTGTTCACAAACAGGATTTAACTGGAACACAGATAT  547

seq1  AATGGTTGCTTCACAAGTCCTGTGGCTGTTTGTAGTGACAAGGGTAGAGC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTTGCTTCACAAGTCCTGTGGCTGTTTGTAGTGACAAGGGTAGAGC  597

seq1  TGAATACTTGTGACAGGGACACTCTGTATATAGAGACAGACATATTGTGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATACTTGTGACAGGGACACTCTGTATATAGAGACAGACATATTGTGT  647

seq1  TCAAGTCTTTGTGGAAAATTTTGTTAGCCCTTGCTCTATTCCAAAGTTTT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGTCTTTGTGGAAAATTTTGTTAGCCCTTGCTCTATTCCAAAGTTTT  697

seq1  ACCCCTCCCTATCCCAAGTACTCAAATCTTTAACAATAGAAGCATCATCG  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTCCCTATCCCAAGTACTCAAATCTTTAACAATAGAAGCATCATCG  747

seq1  TATTAGTGTCATGACAATCCACTGGATCACTGTGAGGCTATTAGATTAAC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGTGTCATGACAATCCACTGGATCACTGTGAGGCTATTAGATTAAC  797

seq1  TTAAATTTACTCAATTGCTTTGTTAAATCTGTTTCTTAATATGCTACTTC  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAATTTACTCAATTGCTTTGTTAAATCTGTTTCTTAATATGCTACTTC  847

seq1  TTCTCTTTAACTCTATCTCTCTTGCCCAAGGCCATGCTCCCTTAAATATA  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTTTAACTCTATCTCTCTTGCCCAAGGCCATGCTCCCTTAAATATA  897

seq1  ATACATAGCCAGGAATCATTGAAATATCCAGGAGATAAGACTACAGCGTT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACATAGCCAGGAATCATTGAAATATCCAGGAGATAAGACTACAGCGTT  947

seq1  TCCTACAGACCAAACTGAAACCCCCAAGCATCTGCTTATAGATACACATA  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAGACCAAACTGAAACCCCCAAGCATCTGCTTATAGATACACATA  997

seq1  TGAGATATGAGAGCTTGCTCTGTGGCTGGTATGGAAAGCCTTGGGATGAC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGATATGAGAGCTTGCTCTGTGGCTGGTATGGAAAGCCTTGGGATGAC  1047

seq1  TCTGGAATTC  1052
      ||||||||||
seq2  TCTGGAATTC  1057


seq1: chr8_118489623_118490707
seq2: B6Ng01-327J13.g_66_1142

seq1  GAATTCACCGAGGACGAGTCCTTAGGAAACACAGACTCCAAATAGAGAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGAGGACGAGTCCTTAGGAAACACAGACTCCAAATAGAGAGT  50

seq1  GTTAGTTCATGCCTGTGGATTCAGTACTCAGGATTAAGAAAGGCAGGAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAGTTCATGCCTGTGGATTCAGTACTCAGGATTAAGAAAGGCAGGAGG  100

seq1  ATTTCAATTTTGAGCCCAACCTGGGCTACAGAGCAAGTTCAAGGTCAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAATTTTGAGCCCAACCTGGGCTACAGAGCAAGTTCAAGGTCAGCT  150

seq1  GACCTACATAGCAAGAGCTTGACTCAAAACAAACTACAACAAAAGCACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTACATAGCAAGAGCTTGACTCAAAACAAACTACAACAAAAGCACAC  200

seq1  TCCATTTCTCCCTACTCCACTCCTACTGCAAATCACCCACTCAGCAATCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATTTCTCCCTACTCCACTCCTACTGCAAATCACCCACTCAGCAATCT  250

seq1  ACCCACAGCAGATCCCCTGAGTTCCAGATAAACCATCTACACGAAAACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGCAGATCCCCTGAGTTCCAGATAAACCATCTACACGAAAACTT  300

seq1  CAGACCTGTGATTGGCTTAGAAATTTCTGTTTTTAAACATCACTTCCGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCTGTGATTGGCTTAGAAATTTCTGTTTTTAAACATCACTTCCGAC  350

seq1  ATTGTAATCCTAATGCCAGAACTCCTCAGACCACATTGGCACAATGTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAATCCTAATGCCAGAACTCCTCAGACCACATTGGCACAATGTTTA  400

seq1  CTTGTTTCAACACATTATCTTCCAGAATCGAGTTCAATGAGGACAGTCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTTCAACACATTATCTTCCAGAATCGAGTTCAATGAGGACAGTCCT  450

seq1  TTGGAATGAAGGGAGCTTCCGAAATGCAGGCATGAGGAACTTTGGGCAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAATGAAGGGAGCTTCCGAAATGCAGGCATGAGGAACTTTGGGCAAT  500

seq1  TATCATTAGAGGCAATGATGATCGTTGTTGGAGTCCTTTCACAGGCATTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCATTAGAGGCAATGATGATCGTTGTTGGAGTCCTTTCACAGGCATTG  550

seq1  GCCCTGATGCTAGCTGATCTATTTATACCAGCTCAATGAAGTCTTATAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGATGCTAGCTGATCTATTTATACCAGCTCAATGAAGTCTTATAAA  600

seq1  ACTCACGTGGCGCCTGCAATTGTTCAACCTGTGAGGGAAGTAGCATTTCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACGTGGCGCCTGCAATTGTTCAACCTGTGAGGGAAGTAGCATTTCC  650

seq1  CTTCCTGCTTTGCTGTAATTGGCTCCTCTCGGAGAGGTGAATGAACTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGCTTTGCTGTAATTGGCTCCTCTCGGAGAGGTGAATGAACTTTA  700

seq1  AGAACCACCCCATGTAATAGATAGCAAAGAAGAGCTGGGGACCTGGCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCACCCCATGTAATAGATAGCAAAGAAGAGCTGGGGACCTGGCTCA  750

seq1  GGGGTAGTGCTCTTGTCTACTATGTATCATGCCTTAGGCTCAATCCCCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGTAGTGCTCTTGTCTACTATGTATCATGCCTTAGGCTCAATCCCCAG  800

seq1  CGTTACAAAGCTTCGTATTCTAATTTCTTTAACTTTGAAGCCATAATGGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTACAAAGCTTCGTATTCTAATTTCTTTAACTTTGAAGCCATAATGGA  850

seq1  AGTGATTGTATGGGGTAAGAGGGCTCAAGGGATCTTAACTCGTAGCCCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGTATGGGGTAAGAGGGCTCAAGGGATCTTAACTCGTAGCCCCA  900

seq1  ATTCCAGGTAATTGTGCGTGAGTGCATGGCATGAGAGCAGAGACTGAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAGGTAATTGTGCGTGAGTGCATGGCATGAGAGCAGAGACTGAGAG  950

seq1  GATGTT-GGACCTCCAGGAGCTGGAGTTACAGGATGTACTGGGAAATGAA  999
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATGTTGGGACCTCCAGGAGCTGGAGTTACAGGATGTACTGGGAAATG-A  999

seq1  CTTGTGCCCTCTGTAAAAGACCTATGTGCTCTTAACCACTGGGCCATCTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||| || ||||| 
seq2  CTTGTGCCCTCTGTAAAAGACCTATGTGCTCT--AACACT-GGACATCTT  1046

seq1  TCCAGTACCCACTTTGTTTTTTTATTTTAAAAACTG  1085
        ||||| ||||||||||||    | ||||||||||
seq2  CTCAGTA-CCACTTTGTTTT----TATTAAAAACTG  1077


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |