BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-327J19
Chromosome8 (Build37)
Map Location 32,736,529 - 32,803,964
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC547008, Dusp26, Rnf122, BC019943, Rbm13, Fut10, LOC666330, LOC666568, 7420700N18Rik, LOC100041329
Downstream geneEG330731, LOC100041340, Nrg1, 2010007E15Rik, EG666589, EG546052
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-327J19.bB6Ng01-327J19.g
ACCGA115113GA115114
length9011,180
definitionB6Ng01-327J19.b B6Ng01-327J19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,803,064 - 32,803,964)(32,736,529 - 32,737,725)
sequence
gaattcattaaattccaagtctttggtttttactcttaacatatttcaag
gataaccctttataggtagatgatctgctcaagaaagtattgggcctgca
aacctttgcccatggattctagagtcaaccaaagaaacagtatctgaaaa
tatggtccagctgctccattatcatttagatccacaggtgggtactccga
gcttctgccgtgtctgttccttaaaatgatattcccttgtcctggcttca
tctgagatgttacttcaggaaatgccaggaggcattcttatcctgtagtc
agtttaattcagacaaaagcaatctttccatcccgacacttggctggtta
ctacttgtaatttcatagtgtaacatttcatatccataaacactggtgtg
cagagatgtggtccttttaaaataaagtcaatacagcttggaagaatgca
tttctaacagttgggaagagaaatccctttaaaaatatttattcaaaatt
gttgattcaccttgtgctaaatttttttttctgtgcccactgaaccaact
caggagtctccaatgtgctgtgtttccttctgaagccatggagttccaag
ctgactaacttattgtggcatcaccctaggatcaagtgagacctaagggg
tccagcctcaggcaagatgtccacactgatcacgttctcctacctggttt
tcaataaccatttctggttctgctacatcagatatagttgcctgaaaccc
agtctaacacaagatcacagtctgaatctgtggccttccacacaaagcag
ctcaccattggcagtggcaagtccatacttgtcttgtttacatcatatag
gatactcgcagtgatgtactaccaaccaagtgcctctctctctctctctc
t

gaattcaaacatggaaggatcctggaaggaggggctcatgcagaggtcat
ggaggggtgctgttactggcttgctcctcatggcttacctagcctgcttt
ctttgagaatccaggatggtactacccacaataagctgggatctcttcct
tcaatcacaaatcaagaaaacgtcctacagcctgatcttatggaggcatt
tcctaaattgaggttcctcctttcagatactctagcttgtgtcaagccga
cataaaaccattcacctcagtgaggctatgtaggtaaagatagaaaagat
ttttgaatgaataccttttaaaaatctatttgtggtaggagtcttgtttc
cacattattttgtttgagcttccttacaatattttctctagtaaacttac
gacaaatgaccggtagttctatctgttgtttagtggtttgtgtcttcctt
cctatactggaagatatttgaattttgaaagcgattcatggagctaatca
cactgaaagtgggaaaggcaaagctgatttgtgtaggggttctgggaatc
ctttgaggtgaaatacaagtaccaggaaatcccagagattactactgcaa
aggagaaacatttcatgcttattaaattaagaaatggcatttgacattga
gtcctccctccttaactcacaagctgctgacttaactcaaatctgtacta
attgaaggttttatttggcttaaaatggactcttaaaaaaactccaaatg
tccatgtattacatgtcattcctaattataaaatatgaatgacagaagca
aactagtccagctctccattctagataatacatgtattattatatgcaat
aaaggcaagatgtattgaaggtattagaaatataaaacatgtcaattaaa
tatgtcttctatgttttgacagtgggttttttaaattgtaggtttttata
tgtaataagtcaattttatatacaacccaagtgatcagagtgtgacctca
tctgacttcaagatcttctggattgtgacctagcaaaacgtcttggttcc
ctaacgtagctcttctcagccattattcattcacatgctagtcttttgct
ctttgcagaaaacatgcaaggactcattctctggccagaaattgacacct
actagaatctaacatcacacctggatctag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_32803064_32803964
seq2: B6Ng01-327J19.b_46_946 (reverse)

seq1  AGAGAGAGAGAGAGAGAGGCACTTGGTTGGTAGTACATCACTGCGAGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGAGAGAGAGAGAGGCACTTGGTTGGTAGTACATCACTGCGAGTAT  50

seq1  CCTATATGATGTAAACAAGACAAGTATGGACTTGCCACTGCCAATGGTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATGATGTAAACAAGACAAGTATGGACTTGCCACTGCCAATGGTGA  100

seq1  GCTGCTTTGTGTGGAAGGCCACAGATTCAGACTGTGATCTTGTGTTAGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTTTGTGTGGAAGGCCACAGATTCAGACTGTGATCTTGTGTTAGAC  150

seq1  TGGGTTTCAGGCAACTATATCTGATGTAGCAGAACCAGAAATGGTTATTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTTTCAGGCAACTATATCTGATGTAGCAGAACCAGAAATGGTTATTG  200

seq1  AAAACCAGGTAGGAGAACGTGATCAGTGTGGACATCTTGCCTGAGGCTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCAGGTAGGAGAACGTGATCAGTGTGGACATCTTGCCTGAGGCTGG  250

seq1  ACCCCTTAGGTCTCACTTGATCCTAGGGTGATGCCACAATAAGTTAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCTTAGGTCTCACTTGATCCTAGGGTGATGCCACAATAAGTTAGTCA  300

seq1  GCTTGGAACTCCATGGCTTCAGAAGGAAACACAGCACATTGGAGACTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGGAACTCCATGGCTTCAGAAGGAAACACAGCACATTGGAGACTCCT  350

seq1  GAGTTGGTTCAGTGGGCACAGAAAAAAAAATTTAGCACAAGGTGAATCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTGGTTCAGTGGGCACAGAAAAAAAAATTTAGCACAAGGTGAATCAA  400

seq1  CAATTTTGAATAAATATTTTTAAAGGGATTTCTCTTCCCAACTGTTAGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTTTGAATAAATATTTTTAAAGGGATTTCTCTTCCCAACTGTTAGAA  450

seq1  ATGCATTCTTCCAAGCTGTATTGACTTTATTTTAAAAGGACCACATCTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATTCTTCCAAGCTGTATTGACTTTATTTTAAAAGGACCACATCTCT  500

seq1  GCACACCAGTGTTTATGGATATGAAATGTTACACTATGAAATTACAAGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACACCAGTGTTTATGGATATGAAATGTTACACTATGAAATTACAAGTA  550

seq1  GTAACCAGCCAAGTGTCGGGATGGAAAGATTGCTTTTGTCTGAATTAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACCAGCCAAGTGTCGGGATGGAAAGATTGCTTTTGTCTGAATTAAAC  600

seq1  TGACTACAGGATAAGAATGCCTCCTGGCATTTCCTGAAGTAACATCTCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTACAGGATAAGAATGCCTCCTGGCATTTCCTGAAGTAACATCTCAG  650

seq1  ATGAAGCCAGGACAAGGGAATATCATTTTAAGGAACAGACACGGCAGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGCCAGGACAAGGGAATATCATTTTAAGGAACAGACACGGCAGAAG  700

seq1  CTCGGAGTACCCACCTGTGGATCTAAATGATAATGGAGCAGCTGGACCAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGAGTACCCACCTGTGGATCTAAATGATAATGGAGCAGCTGGACCAT  750

seq1  ATTTTCAGATACTGTTTCTTTGGTTGACTCTAGAATCCATGGGCAAAGGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGATACTGTTTCTTTGGTTGACTCTAGAATCCATGGGCAAAGGT  800

seq1  TTGCAGGCCCAATACTTTCTTGAGCAGATCATCTACCTATAAAGGGTTAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAGGCCCAATACTTTCTTGAGCAGATCATCTACCTATAAAGGGTTAT  850

seq1  CCTTGAAATATGTTAAGAGTAAAAACCAAAGACTTGGAATTTAATGAATT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAAATATGTTAAGAGTAAAAACCAAAGACTTGGAATTTAATGAATT  900

seq1  C  901
      |
seq2  C  901


seq1: chr8_32736529_32737725
seq2: B6Ng01-327J19.g_67_1246

seq1  GAATTCAAACATGGAAGGATCCTGGAAGGAGGGGCTCATGCAGAGGTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAACATGGAAGGATCCTGGAAGGAGGGGCTCATGCAGAGGTCAT  50

seq1  GGAGGGGTGCTGTTACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTACCTAGCCTGCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGGTGCTGTTACTGGCTTGCTCCTCATGGCTTACCTAGCCTGCTTT  100

seq1  CTTTGAGAATCCAGGATGGTACTACCCACAATAAGCTGGGATCTCTTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGAATCCAGGATGGTACTACCCACAATAAGCTGGGATCTCTTCCT  150

seq1  TCAATCACAAATCAAGAAAACGTCCTACAGCCTGATCTTATGGAGGCATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATCACAAATCAAGAAAACGTCCTACAGCCTGATCTTATGGAGGCATT  200

seq1  TCCTAAATTGAGGTTCCTCCTTTCAGATACTCTAGCTTGTGTCAAGCCGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAATTGAGGTTCCTCCTTTCAGATACTCTAGCTTGTGTCAAGCCGA  250

seq1  CATAAAACCATTCACCTCAGTGAGGCTATGTAGGTAAAGATAGAAAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAACCATTCACCTCAGTGAGGCTATGTAGGTAAAGATAGAAAAGAT  300

seq1  TTTTGAATGAATACCTTTTAAAAATCTATTTGTGGTAGGAGTCTTGTTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAATGAATACCTTTTAAAAATCTATTTGTGGTAGGAGTCTTGTTTC  350

seq1  CACATTATTTTGTTTGAGCTTCCTTACAATATTTTCTCTAGTAAACTTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTATTTTGTTTGAGCTTCCTTACAATATTTTCTCTAGTAAACTTAC  400

seq1  GACAAATGACCGGTAGTTCTATCTGTTGTTTAGTGGTTTGTGTCTTCCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAATGACCGGTAGTTCTATCTGTTGTTTAGTGGTTTGTGTCTTCCTT  450

seq1  CCTATACTGGAAGATATTTGAATTTTGAAAGCGATTCATGGAGCTAATCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATACTGGAAGATATTTGAATTTTGAAAGCGATTCATGGAGCTAATCA  500

seq1  CACTGAAAGTGGGAAAGGCAAAGCTGATTTGTGTAGGGGTTCTGGGAATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGAAAGTGGGAAAGGCAAAGCTGATTTGTGTAGGGGTTCTGGGAATC  550

seq1  CTTTGAGGTGAAATACAAGTACCAGGAAATCCCAGAGATTACTACTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGAGGTGAAATACAAGTACCAGGAAATCCCAGAGATTACTACTGCAA  600

seq1  AGGAGAAACATTTCATGCTTATTAAATTAAGAAATGGCATTTGACATTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGAAACATTTCATGCTTATTAAATTAAGAAATGGCATTTGACATTGA  650

seq1  GTCCTCCCTCCTTAACTCACAAGCTGCTGACTTAACTCAAATCTGTACTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTCCCTCCTTAACTCACAAGCTGCTGACTTAACTCAAATCTGTACTA  700

seq1  ATTGAAGGTTTTATTTGGCTTAAAATGGACTCTTAAAAAAACTCCAAATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAAGGTTTTATTTGGCTTAAAATGGACTCTTAAAAAAACTCCAAATG  750

seq1  TCCATGTATTACATGTCATTCCTAATTATAAAATATGAATGACAGAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATGTATTACATGTCATTCCTAATTATAAAATATGAATGACAGAAGCA  800

seq1  AACTAGTCCAGCTCTCCATTCTAGATAATACATGTATTATTATATGCAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGTCCAGCTCTCCATTCTAGATAATACATGTATTATTATATGCAAT  850

seq1  AAAGGCAAGATGTATTGAAGGTATTAGAAATATAAAACATGTCAATTAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCAAGATGTATTGAAGGTATTAGAAATATAAAACATGTCAATTAAA  900

seq1  TATGTCTTCTATGTTTTGACAGT-GGTTTTTTAAATTGTAGGTTTTTATA  949
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCTTCTATGTTTTGACAGTGGGTTTTTTAAATTGTAGGTTTTTATA  950

seq1  TGTAATAAAGTCAATTTTATATACAACCCAAGTGATCAGAGTGTGACCTC  999
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAT-AAGTCAATTTTATATACAACCCAAGTGATCAGAGTGTGACCTC  999

seq1  ATCTGAACTTCAAGATCTTCTGGGATTTGTGACCTTAGCAAAAACGTCTT  1049
      ||||| |||||||||||||||||   |||||||| |||| ||||||||||
seq2  ATCTG-ACTTCAAGATCTTCTGG--ATTGTGACC-TAGC-AAAACGTCTT  1044

seq1  GGTCCCTTAACGTAGCTCCTTCTTCAGGCGATTATTTCATTTCAACATGC  1099
      ||| || |||||||||| |||| ||| || |||| ||||||   ||||||
seq2  GGTTCCCTAACGTAGCT-CTTC-TCA-GCCATTA-TTCATT--CACATGC  1088

seq1  GAGTCTTTTGCTCTTTGCAGAAAAACATGAAAGGGACTTTCATCTCTCTG  1149
       ||||||||||||||||||| |||||||| || ||||  |||| ||||||
seq2  TAGTCTTTTGCTCTTTGCAG-AAAACATGCAA-GGAC--TCAT-TCTCTG  1133

seq1  GCCAGAGAGTTTGACCACCTACTAAGAATCCTAAC-TC-CACCTG--TCT  1195
      |||||| |  |||| |||||||| ||||| ||||| || ||||||  |||
seq2  GCCAGAAA--TTGA-CACCTACT-AGAAT-CTAACATCACACCTGGATCT  1178

seq1  AG  1197
      ||
seq2  AG  1180


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |