BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-330N02
Chromosome8 (Build37)
Map Location 60,551,666 - 60,666,531
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040515, Hand2, Scrg1, Sap30, Hmgb2, LOC547012, Galnt7, LOC100040634, LOC100040711
Downstream gene4930431L04Rik, BC030500, LOC665116
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-330N02.bB6Ng01-330N02.g
ACCGA117362GA117363
length1,1101,108
definitionB6Ng01-330N02.b B6Ng01-330N02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(60,665,407 - 60,666,531)(60,551,666 - 60,552,774)
sequence
gaattccatctcacctccatcctaggatccaagcttacctttgaatcact
ttgtactacctggttgtccttgggcctgatctggatagttacagagcttg
aaggattgagcttcattattttttatttctttgtgatgggtcttcttgtc
atagtatcagcttaatcctagattttggaaaatagaatgtgttaaacatt
ttacttaaactgtctatcaccaatgaaactggagcctaagcacttaaagt
gaaataaaagttctttaggtattctagttcctggccctttaattgagtaa
actatcactttaattctgatgtagcattaaatgaagtgattgcttcctta
ttatttttatgattgacggatgatgttaaaccttctaagcaatcttctaa
tactgctaatgtctccccttaccatagccttagtttatagaaccttaaaa
tttaatgtttaaaagattcaacaaaatctgctgagctgtactcagagaaa
gaggcacctatgtagagaatgaaatgacaaaaactctgcttgtaagtcag
cagggcaggcacttaaaggtattcactgaacttaccaatatcaacataat
tcataagttagaaggtaatatacacataaaattaattaccaatctctgac
tgctaataagtgagtgggttaatctttgttttcttaactataacttattt
tatgttttaaagtgatttaaaaatcatcatccaaatagactttaattttt
ttgaaaatgaaagatatctatataactgatagcataaatgtttcttaatg
gatgaattcattaataaattggagtaactttactcttaaaaaaaggtaat
aatctcccttacaagatcccagtatccctttggcatcaaagctaccacaa
aacatttgcagagtataaaatctgaaggagtgacaatcactcttatcatt
actagatatagcaatccaaaaccatatgggaaagtactatagacagttat
gatttatagacaaggatctttatccacacagtgctctgttgaaaataaaa
tgtagtctttctgataacctttagagcatgtctacaaatgtaagaatatt
gtttaaagtg

gaattcactctggcttggtatatggaactgtggtaggtaaaggatgtaca
gacaaggatacttaaaggacatagaagacaatgtatgacaagatagatat
ttattccttctttgggatatttgcatttcgggcagaacatctgataactt
tgatgtcttgattattccagccatcccttcttccttatttctcatgtctc
tggatatcacagaaatagattttgctctaagcataaatggacaggtaaat
gaatacagagatactgaaatggggttaaattttccatagaccagtcatag
gtgccatattggctcagtttatgattttggcaattaggacatctgtgaca
gttgaggttaccatgagtgatcatgagatgaggataagtgtaattctgag
caaatgactaaattctaagtacatgaccgtgactaaatggcttgctgtca
tattttaatacgaaggttaaaattatgagtacatcattcttgtagatatt
ttgtattcacctctgattttgcacattcctttcttctatttatgttaaat
atgcatgacatttcccttacacatctaaaattttaagatagattatagtt
aaatgactaatatatgctaggcgatattctaaatgtgacagaatcttata
ttctagccagggagagacgatatgtgcatatatgacaatcacatcaatga
aaaagtcatgaatttgagaatttcttctttaaaggaaaatgaattatctc
tcatctggagtgagcgagaaattgcagaggggatttggtatgtgagtggc
aaattggaaaaatgagcacagttaaagatacaaagagtttgaaggataag
atcatttcaggtaaagaaagcagcatgaacttaggcataagaagataagt
gaactctgtgagatggaaaggaattcatggtgactgaagcttagaataca
gcaagtaggtgccagactgttcaatgacagggagctcagaaaaagaagag
tttcttttttatagttagactttatcgtcattatgtcccacttctaaagt
gcctatatgcccattttactttcagtgtccacacagtaattaggatccct
gtttttca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr8_60665407_60666531
seq2: B6Ng01-330N02.b_50_1159 (reverse)

seq1  CACTTTAAAC-ATATTCCTAACAATTTTGTAGGACATGCTCTAAAGGTTT  49
      |||||||||| ||||| || |||  |||||| ||||||||||||||||| 
seq2  CACTTTAAACAATATT-CTTACA--TTTGTA-GACATGCTCTAAAGGTT-  45

seq1  AATCCAGAAAGGAACTACATTTTATTTTCAACAGAGCAACTGTGGTGGAT  99
       || |||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||
seq2  -AT-CAGAAAG--ACTACATTTTATTTTCAACAGAGC-ACTGT-GTGGAT  89

seq1  AAAGATTCCTTTGTCTATAAATCATAAACTGTCTATAGTACCTTTCCCAT  149
      ||||||  | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||
seq2  AAAGAT--CCTTGTCTATAAATCAT-AACTGTCTATAGTA-CTTTCCCAT  135

seq1  ATTGGTTTTGGATTGCTATATCTAGTAATGATAAGAGTGATTGTCACTCC  199
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-TGGTTTTGGATTGCTATATCTAGTAATGATAAGAGTGATTGTCACTCC  184

seq1  TTCAGATTTTATACTCTGCAAATGTTTTGTGGTAGCTTTGATGCCAAAGG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGATTTTATACTCTGCAAATGTTTTGTGGTAGCTTTGATGCCAAAGG  234

seq1  GATACTGGGATCTTGTAAGGGAGATTATTACCTTTTTTTAAGAGTAAAGT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGGGATCTTGTAAGGGAGATTATTACCTTTTTTTAAGAGTAAAGT  284

seq1  TACTCCAATTTATTAATGAATTCATCCATTAAGAAACATTTATGCTATCA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAATTTATTAATGAATTCATCCATTAAGAAACATTTATGCTATCA  334

seq1  GTTATATAGATATCTTTCATTTTCAAAAAAATTAAAGTCTATTTGGATGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATATAGATATCTTTCATTTTCAAAAAAATTAAAGTCTATTTGGATGA  384

seq1  TGATTTTTAAATCACTTTAAAACATAAAATAAGTTATAGTTAAGAAAACA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTTTTAAATCACTTTAAAACATAAAATAAGTTATAGTTAAGAAAACA  434

seq1  AAGATTAACCCACTCACTTATTAGCAGTCAGAGATTGGTAATTAATTTTA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTAACCCACTCACTTATTAGCAGTCAGAGATTGGTAATTAATTTTA  484

seq1  TGTGTATATTACCTTCTAACTTATGAATTATGTTGATATTGGTAAGTTCA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATATTACCTTCTAACTTATGAATTATGTTGATATTGGTAAGTTCA  534

seq1  GTGAATACCTTTAAGTGCCTGCCCTGCTGACTTACAAGCAGAGTTTTTGT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAATACCTTTAAGTGCCTGCCCTGCTGACTTACAAGCAGAGTTTTTGT  584

seq1  CATTTCATTCTCTACATAGGTGCCTCTTTCTCTGAGTACAGCTCAGCAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTCATTCTCTACATAGGTGCCTCTTTCTCTGAGTACAGCTCAGCAGA  634

seq1  TTTTGTTGAATCTTTTAAACATTAAATTTTAAGGTTCTATAAACTAAGGC  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGAATCTTTTAAACATTAAATTTTAAGGTTCTATAAACTAAGGC  684

seq1  TATGGTAAGGGGAGACATTAGCAGTATTAGAAGATTGCTTAGAAGGTTTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGGTAAGGGGAGACATTAGCAGTATTAGAAGATTGCTTAGAAGGTTTA  734

seq1  ACATCATCCGTCAATCATAAAAATAATAAGGAAGCAATCACTTCATTTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATCCGTCAATCATAAAAATAATAAGGAAGCAATCACTTCATTTAA  784

seq1  TGCTACATCAGAATTAAAGTGATAGTTTACTCAATTAAAGGGCCAGGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACATCAGAATTAAAGTGATAGTTTACTCAATTAAAGGGCCAGGAAC  834

seq1  TAGAATACCTAAAGAACTTTTATTTCACTTTAAGTGCTTAGGCTCCAGTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATACCTAAAGAACTTTTATTTCACTTTAAGTGCTTAGGCTCCAGTT  884

seq1  TCATTGGTGATAGACAGTTTAAGTAAAATGTTTAACACATTCTATTTTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGGTGATAGACAGTTTAAGTAAAATGTTTAACACATTCTATTTTCC  934

seq1  AAAATCTAGGATTAAGCTGATACTATGACAAGAAGACCCATCACAAAGAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATCTAGGATTAAGCTGATACTATGACAAGAAGACCCATCACAAAGAA  984

seq1  ATAAAAAATAATGAAGCTCAATCCTTCAAGCTCTGTAACTATCCAGATCA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAAAATAATGAAGCTCAATCCTTCAAGCTCTGTAACTATCCAGATCA  1034

seq1  GGCCCAAGGACAACCAGGTAGTACAAAGTGATTCAAAGGTAAGCTTGGAT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCAAGGACAACCAGGTAGTACAAAGTGATTCAAAGGTAAGCTTGGAT  1084

seq1  CCTAGGATGGAGGTGAGATGGAATTC  1125
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGGATGGAGGTGAGATGGAATTC  1110


seq1: chr8_60551666_60552774
seq2: B6Ng01-330N02.g_67_1174

seq1  GAATTCACTCTGGCTTGGTATATGGAACTGTGGTAGGTAAAGGATGTACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTGGCTTGGTATATGGAACTGTGGTAGGTAAAGGATGTACA  50

seq1  GACAAGGATACTTAAAGGACATAGAAGACAATGTATGACAAGATAGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGATACTTAAAGGACATAGAAGACAATGTATGACAAGATAGATAT  100

seq1  TTATTCCTTCTTTGGGATATTTGCATTTCGGGCAGAACATCTGATAACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCCTTCTTTGGGATATTTGCATTTCGGGCAGAACATCTGATAACTT  150

seq1  TGATGTCTTGATTATTCCAGCCATCCCTTCTTCCTTATTTCTCATGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGTCTTGATTATTCCAGCCATCCCTTCTTCCTTATTTCTCATGTCTC  200

seq1  TGGATATCACAGAAATAGATTTTGCTCTAAGCATAAATGGACAGGTAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATATCACAGAAATAGATTTTGCTCTAAGCATAAATGGACAGGTAAAT  250

seq1  GAATACAGAGATACTGAAATGGGGTTAAATTTTCCATAGACCAGTCATAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACAGAGATACTGAAATGGGGTTAAATTTTCCATAGACCAGTCATAG  300

seq1  GTGCCATATTGGCTCAGTTTATGATTTTGGCAATTAGGACATCTGTGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCATATTGGCTCAGTTTATGATTTTGGCAATTAGGACATCTGTGACA  350

seq1  GTTGAGGTTACCATGAGTGATCATGAGATGAGGATAAGTGTAATTCTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGTTACCATGAGTGATCATGAGATGAGGATAAGTGTAATTCTGAG  400

seq1  CAAATGACTAAATTCTAAGTACATGACCGTGACTAAATGGCTTGCTGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGACTAAATTCTAAGTACATGACCGTGACTAAATGGCTTGCTGTCA  450

seq1  TATTTTAATACGAAGGTTAAAATTATGAGTACATCATTCTTGTAGATATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTAATACGAAGGTTAAAATTATGAGTACATCATTCTTGTAGATATT  500

seq1  TTGTATTCACCTCTGATTTTGCACATTCCTTTCTTCTATTTATGTTAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATTCACCTCTGATTTTGCACATTCCTTTCTTCTATTTATGTTAAAT  550

seq1  ATGCATGACATTTCCCTTACACATCTAAAATTTTAAGATAGATTATAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCATGACATTTCCCTTACACATCTAAAATTTTAAGATAGATTATAGTT  600

seq1  AAATGACTAATATATGCTAGGCGATATTCTAAATGTGACAGAATCTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGACTAATATATGCTAGGCGATATTCTAAATGTGACAGAATCTTATA  650

seq1  TTCTAGCCAGGGAGAGACGATATGTGCATATATGACAATCACATCAATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCCAGGGAGAGACGATATGTGCATATATGACAATCACATCAATGA  700

seq1  AAAAGTCATGAATTTGAGAATTTCTTCTTTAAAGGAAAATGAATTATCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGTCATGAATTTGAGAATTTCTTCTTTAAAGGAAAATGAATTATCTC  750

seq1  TCATCTGGAGTGAGCGAGAAATTGCAGAGGGGATTTGGTATGTGAGTGGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTGGAGTGAGCGAGAAATTGCAGAGGGGATTTGGTATGTGAGTGGC  800

seq1  AAATTGGAAAAATGAGCACAGTTAAAGATACAAAGAGTTTGAAGGATAAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTGGAAAAATGAGCACAGTTAAAGATACAAAGAGTTTGAAGGATAAG  850

seq1  ATCATTTCAGGTAAAGAAGGCAGCATGAACTTAGGCATAAGAAAGATAAG  900
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  ATCATTTCAGGTAAAGAAAGCAGCATGAACTTAGGCATAAG-AAGATAAG  899

seq1  TGAACTCTGTGAGATGGAAAGGAATTCATGGTGACTGAAGCTTAGAATAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCTGTGAGATGGAAAGGAATTCATGGTGACTGAAGCTTAGAATAC  949

seq1  AGCAAGTAGGTGCCAGACTGTTCAATGACAGGGAGGCTCAG-AAAAGAAG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||
seq2  AGCAAGTAGGTGCCAGACTGTTCAATGACAGGGA-GCTCAGAAAAAGAAG  998

seq1  AGTTTC-TTTTTATAGTTAGACTTTATCGTCA-TATGTCCCACTTCCTAA  1047
      |||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||
seq2  AGTTTCTTTTTTATAGTTAGACTTTATCGTCATTATGTCCCACTT-CTAA  1047

seq1  AGTGCCTATAATGCCCATTTTACCTTTCAGTGTCCACACAGTTATTTAGA  1097
      ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||  ||
seq2  AGTGCCTAT-ATGCCCATTTTA-CTTTCAGTGTCCACACAGTAATTAGGA  1095

seq1  T-CCTGTTTTTCA  1109
      | |||||||||||
seq2  TCCCTGTTTTTCA  1108


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |